청주지방법원-2017-구합-3316(2018.05.31)

이 사건 주식 양도일 현재 이 사건 주식을 중소기업 주식이라 할 수 있는 지 여부

이 사건 주식의 양도일인 2013.1.23.현재 이 사건 쟁점법인의 중소기업여부는 직전 사업연도 말일을 기준으로 판단하여야 하고, 신설법인의 경우에는 양도일 현재를 기준으로 판단하여야 함

소득세법 104조1항11호, 중기법 제2조 등

대전고법(청주) 2018누945

***

ㅁㅁ세무서장

제2심 판 결

국패

2018.10.31.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2016. 2. 1. 원고에게 한 2013년 귀속 양도소득세 93,926,560원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 적을 이유는, 제1심 판결 이유의 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 당사자들의 주장

1) 원고의 주장

구 소득세법 제104조 제1항 제11호 및 구 소득세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24356호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법 시행령'이라 한다) 제167조 의8은 '주식 등의 양도일 현재 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업'이라고 하여 중소기업의 판단기준을 중소기업기본법 및 그 시행령에 위임하였는데, 구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 '구 중소기업기본법 시행령'이라 한다) 제3조의3 제1항 전단은 중소기업 해당 여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도를 기준으로 한다고 규정하고 있으므로, 양도소득세를 산출할 때 주식 등의 양도일 현재 중소기업에 해당하는지 여부는 그 직전 사업연도를 기준으로 판단하여야 한다.

그런데 이 사건 주식양도일의 직전 사업연도인 2012년도 말일을 기준으로 위 주식의 발행인인 DD중공업은 중소기업에 해당하므로, 이 사건 주식양도에 적용될 양도소득세율은 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나.목에 따른 10%가 되고, 이와 달리 전진중공업이 중소기업에 해당하지 않는다는 전제 아래 양도소득세율을 20%로 계산한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장

구 소득세법 제104조 제1항 제11호는 '중소기업' 해당 여부에 관한 판단을 구 소득세법 시행령 제167조의8에 위임하고 있고, 구 소득세법 시행령 제167조의8은 중소기업 여부의 판단을 다시 구 중소기업기본법 제2조(2014. 1. 14. 법률 제12240호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 '구 중소기업기본법'이라 한다)에 위임하고 있다.

나아가 구 중소기업기본법 제2조는 중소기업인지에 관한 구체적 판단기준을 구 중

소기업기본법 시행령 제3조 내지 제3조의3에 위임하고 있는데, 그중에서도 구 중소기업기본법 시행령 제3조의3 제1항 후단은 중소기업 여부의 적용기간을 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날로부터 1년까지로 정하고 있다.

즉, 2011년도 말을 기준으로 중소기업의 적용요건을 갖추었다면 2012. 4. 1.부터 2013. 3. 31.까지 중소기업에 해당하고, 2012년도 말을 기준으로 중소기업의 적용요건을 갖추었다면 2013. 4. 1.부터 2014. 3. 31.까지 중소기업에 해당한다. 따라서 이 사건 주식양도일인 2013. 1. 23.을 기준으로 DD중공업이 중소기업인지 여부는 2011년도 말일을 기준으로 판단하여야 한다.

그런데 이 사건 주식양도의 대상기업인 DD중공업은 2011년도 말일을 기준으로 할 때에는 독립성 기준을 충족하지 못하여 구 중소기업기본법상의 중소기업에 해당하지 아니하므로, 결국 이 사건 주식양도에 양도소득세율 20%를 적용한 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 중소기업 해당 여부의 판단 시점

가) 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 및 구 소득세법 시행령 제167조의8에서 양도소득세율 10%가 적용되는 '중소기업'은 '주식 등의 양도일 현재 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업'을 말한다고 규정하여 중소기업의 판단기준을 구 중소기업기본법에 위임하였고, 구 중소기업기본법 제2조는 중소기업의 요건을 규모 기준과 독립성 기준으로 나누면서 다시 그 구체적인 기준에 관하여 구 중소기업기본법 시행령에 위임하였으며, 이에 따라 구 중소기업기본법 시행령 제3조 내지 제3조의3에서는 중소기업 요건의 기준의 판단 시점, 적용 기간 등을 규정하고 있는바, 이러한 규정들의 위임체계에 비추어 피고의 주장과 같이 2013. 1. 23.에 양도된 이 사건 주식의 대상기업인 DD중공업의 중소기업 해당 여부는 직전 사업연도의 1년 전 사업연도인 2011년 말일을 기준으로 판단하여야 한다고 볼 여지도 있기는 하다.

나) 그러나, 앞에서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 주식 등의 양도일인 2013. 1. 23.을 기준으로 이 사건 주식양도의 대상기업인 DD중공업이 중소기업에 해당하는지 여부는 위 양도일의 직전 사업연도 종료일인 2012년 말일을 기준으로 판단하는 것이 타당하다.

① 구 소득세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23588호로 개정되기 전의 것) 제167조의8은 '대통령령으로 정하는 중소기업이란 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 말한다.'고 규정하였다가, 2012. 2. 2. 개정되면서 위 '주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재'를 '주식 등의 양도일 현재'로 변경하였고, 이는 이 사건에 적용되는 구 소득세법 시행령 제167조의8에서도 동일하다.

위와 같이 변경된 취지는, 중소기업 해당 여부를 양도일이 속한 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재를 기준으로 판단하되, 직전 사업연도가 없는 신설기업의 경우는 양도일 현재를 기준으로 판단하도록 하기 위한 것으로, 판단 시점에 대한 납세자의 혼란을 줄이고 양도일 현재 기업의 실질을 정확히 반영하기 위한 것으로 볼 수 있다.

② 한편 이 사건에 적용되는 구 중소기업기본법 시행령의 제3조의3은 2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 일부 개정되어 2012. 1. 1.부터 시행된 구 중소기업기본법 시행령에서 신설되었고, 위 조항 제1항은 "중소기업 해당 여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수 등을 기준으로 하되, 중소기업 여부의 적용기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간으로 한다"고 정하고 있는데, 그 신설 취지는 재무제표 작성 기간에는 해당 기업의 중소기업 해당 여부를 판단할 수 있는 자본금・매출액 등의 자료가 없어 중소기업 여부의 판단이 곤란하므로, 이를 해결하기 위하여 해당 기업의 재무제표 작성 기간을 고려한 3개월의 적용 기간을 설정하고 그 작성에 따른 명확한 자료를 근거로 중소기업 해당 여부를 판단함으로써 법적 안정성을 높이기 위함이다.

③ 그런데 구 소득세법 제105조 제1항 제2호는 양도소득세의 대상이 되는 주식양도의 경우 양도소득과세표준의 신고를 "그 양도일이 속하는 분기의 말일부터 2개 월"로 규정하고 있으므로, 위 규정에 따른 양도소득세의 과세표준 신고는 언제나 양도일 기준 직전 사업연도의 재무제표 작성 이후가 될 수 있다. 그렇다면 앞에서 본구 소득세법 시행령과 구 중소기업기본법 시행령의 개정 취지에 비추어 볼 때, 구소득세법령의 적용과 관련한 중소기업 해당 여부에 대한 판단에도 구 중소기업기본법 시행령 제3조의3 제1항 후단이 적용된다고 해석하는 것은 불합리하다. 이는 판단

시점에 대한 납세자의 혼란을 가중하고, 양도일 현재 기업의 실질을 정확히 반영하지 못하는 결과를 초래하는 반면, 재무제표 작성 기간과 관련한 법적 안정성의 이익도 없다.

④ 이 사건의 경우에도, 원고는 이 사건 주식의 양도일인 2013. 1. 23.이 속하는 분기의 말일부터 2개월인 2013. 5. 31.까지 양도소득과세표준의 신고를 하면 되므로 관련 재무제표의 작성과 관련한 문제가 없을뿐더러(구 중소기업기본법 시행령 제3조의3제1항 후단에서 정한 직전 사업연도 말일에서 3개월이 지난 후이다), 직전 사업연도 말일인 2012. 12. 31.을 기준으로 중소기업 해당 여부를 판단하면 그로부터 1년 전인2011. 12. 31.을 기준으로 하는 것보다 양도일 현재 기업의 실질을 더욱 정확히 반영할 수 있다.

⑤ 만일 구 소득세법령에 따른 중소기업에 해당하기 위한 요건에 구 중소기업기본법 시행령 제3조의3 제1항 후단도 충족되어야 한다고 보면, 직전 사업연도 말일에 중소기업의 지위를 상실한 경우에도 해당 양도일이 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날 이전인 경우에는 직전 사업연도 말일이 아닌 그보다 1년 전 사업연도 말일을 기준으로 해당 사업연도에도 여전히 중소기업에 해당하는 세율의 적용을 받게 되는 반면, 이 사건과 같이 직전 사업연도 말일에 중소기업의 지위를 취득하였음에도 해당 양도일이 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날 이전인 경우에는 직전 사업연도 말일이 아닌 그보다 1년 전 사업연도 말일을 기준으로 중소기업 여부를 판단하게 되어 해당 사업연도에 중소기업에 해당하는 세율을 적용받지 못하게 되는바, 이는 기업의 실질을 제대로 반영하지 못한다.

2) DD중공업이 2012년도 말 기준으로 중소기업에 해당하는지 여부 DD중공업이 2012. 12. 31.을 기준으로 주식회사 DD의 지분을 29.96% 보유하였던 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 구 중소기업기본법 시행령 제3조의2 제1 항은 직전 사업연도 말일 현재를 기준으로 관계기업 해당 여부를 판단하는바, 직전 사업연도 말일인 2012. 12. 31. 현재 DD중공업과 주식회사 DD은 관계기업이 아니므로 DD중공업의 중소기업 해당 여부 판단 시 주식회사 DD의 매출액 등을 합산할 필요가 없어 DD중공업은 중소기업에 해당한다.

3) 소결론

따라서 DD중공업이 중소기업에 해당하지 않음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 이를 취소하고 이 사건 처분을 취소한다.