조심2013서0542 (2014.03.13)

과세처분취소송에 있어 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우 과세처분 전부를 취소할 수 밖에 없음

과세처분취소소송에 있어 당사자는 사실심 변론 종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출 할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수 밖에 없음

소득세법 제97조

2014구합10547 양도소득세부과처분취소

○○○

○○세무서장

2015. 2. 27

2015. 3. 27

1. 피고가 20○○. ○. ○. 원고에 대하여 한 2011년 귀속 양도소득세 ○○원의부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002. ○. ○. 아래 표1의 각 토지(이하 포괄하여 '이 사건 토지'라 한다)를정AA으로부터 매수하여 2008. ○. ○. 그 명의로 소유권이전등기를 경료하고 이를 보유하다가 이 사건 토지가 "○○○○ 보금자리주택사업"(사업인정고시일: 200○. ○. ○.)의 부지로 편입됨에 따라 ○○주택공사에 이 사건 토지를 합계 ○○원(현금보상액 ○○원, 채권보상액 ○○원)에 양도하고 2011. ○. ○. 소유권이전등기를 경료하였다.

나. 원고는 2011. ○. ○. 이 사건 토지에 관하여 취득시기는 2008. ○. ○.(등기접수일), 취득가액은 불분명한 것으로 보아 환산가액 ○○원으로 하여 피고에게 양도소득세 예정신고를 하였다.

"다. 피고는 2012. ○. ○. ~ 같은 해 ○. ○. 원고에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하여 이 사건 토지의 실지취득가액을 ○○억 원으로 보고, 2012. ○. ○. 원고에게 2011년 귀속 양도소득세 ○○원을 경정・고지(이하이 사건 처분'이라 한다)하였다.",라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2012. ○. ○. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2014. 3. 13. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 갑 제15, 18, 22호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 양도가액 관련

원고는 이 사건 토지를 양도하고 보상채권을 수령하였으므로 보상채권의 액면가액에서 평가차손을 한도로 매각차손을 공제한 가액을 그 시가로 보아야 하고, 따라서 양도가액 산정시 보상채권의 매각차손 상당액을 공제하여야 한다.

나. 취득가액 관련

원고는 이 사건 토지 매입 당시 매매대금으로 아래 라.항의 표3과 같이 매매계약서에 기재된 ○억 원 이외에도 매도인 정AA의 요구에 따라 2002. 9. 합계 ○억 원을 추가로 정AA에게 지급하였으므로, 이 사건 토지의 실지 취득가액은 ○억 원이다.

다. 기타 필요경비 관련

1) 원고가 이 사건 토지의 취득과 관련한 소송 과정에서 2006. ○. ○○보증기금에 지급한 ○억 원 및 고BB에게 지급한 ○억 ○만 원(2008. 9. ○억 원, 2008. 10. ○억○만 원, 2009. 1. ○억 원) 합계 ○억 ○만 원은 화해비용으로서, 아래 표2와 같은 변호사비용 합계 ○억 ○만 원은 소송비용으로서 각 필요경비에 산입되어야 한다.

2) 또한, 원고는 이 사건 토지에 대한 장기미등기를 이유로 2009. ○. ○○시장으로부터 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 위반에 따른 과징금 ○○원을 부과받아 이를 납부하였는바, 위 과징금도 필요경비에 산입되어야 한다.

라. 장기보유특별공제 등 관련

원고는 이 사건 토지의 매매대금으로 아래 표3과 같이 합계 ○억 원을 매도인에게 지급하였고, 따라서 원고의 이 사건 토지 취득시기는 소득세법 제98조에 따라 잔금 지급일인 2002. ○. ○.로 보아야 하므로, 이 사건 토지에 대한 양도소득세 산정에 있어서는 장기보유특별공제 및 조세특례제한법 제77조에 따른 세액 감면이 적용되어야 한다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 양도가액 관련 주장에 대하여

1) 소득세법은 양도소득의 총수입금액(이하 '양도가액'이라 한다)을 원칙적으로 자산의 양도 당시 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 '실지거래가액'이라 한다)에 의하여 계산하되, 예외적으로 일정한 경우에는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의하여 계산하고(제96조), 다만 양도가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액을 매매사례가액, 감정가액 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정하도록 규정하고 있다(제114조 제7항).

공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 수용도 양도소득세의 과세대상인 자산의 양도에 해당하므로(대법원 1995. 12. 22. 선고 95누13890 판결 등 참조), 수용의 경우에도 당해 자산의 양도가액은 실지거래가액, 즉 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액으로 계산하여야 하고, 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 당해 자산의 매매사례가액, 감정가액 또는 기준시가 등에 의하여 계산하여야 한다.

한편 소득세법 제24조는 종합소득 및 퇴직소득에 대한 총수입금액을 당해 연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의하여 계산하되(제1항), 금전 외의 것을 수입하는 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액, 즉 시가에 의하여 계산하도록 규정하고 있으며(제2항), 소득세법 제118조가 이를 양도소득세에 준용하도록 규정하고 있으나, 수용의 경우에는 당해 자산의 양도가액을 실지거래가액 또는 기준시가 등으로 계산하여야 하는 이상, 수용의 대가로 보상채권과 같은 금전 외의 것을 수입하였다고 하더라도 소득세법 제24조 제2항을 준용하여 그 양도가액을 금전 외의 것의 시가로 계산할 것은 아니다(대법원 2013. 7. 25. 선고 2010두18536 판결 참조)

2) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 ○○주택공사와 원고 소유의 이 사건 토지를 ○○원에 양도하기로 협의한 후 ○○주택공사로부터 협의된 수용보상금으로 현금 ○○원 및 액면가액 ○○원의 보상채권을 수령한 사실은 앞에서 인정한 바와 같으므로, 이 사건 토지의 양도가액은 실지의 거래대금 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액인 ○○원으로 보아야 한다. 따라서 이와 다른 전제에선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나. 취득가액 관련 주장에 대하여

위에서 거시한 증거들 및 갑 제1호증의 2 내지 4[피고는 갑 제1호증의 2, 3의 진정성립을 다투는 취지로 보이나, 갑 제1호증의 2에 날인된 정AA의 인영은 매매계약서(갑 제1호증의 1)에 날인된 인영과 동일하고, 갑 제1호증의 3에 날인된 정AA의 인영은 정AA의 인감도장에 의한 인영(갑 제1호증의 4)과 동일한 것으로 인정되는바, 이에 따라 문서 전체의 진정성립이 추정되고, 달리 반증이 없다], 갑 제5, 8호증, 을 제5호증, 을 제6호증의 1 내지 5의 각 기재, 이 법원의 감정인 김CC에 대한 필적감정촉탁 결과에 의하면, 원고가 2002. ○. ○. 정AA과의 사이에 이 사건 토지에 관하여 매매대금을 ○억 원으로 하되, 계약 당일 계약금으로 ○억 ○천만 원, 2002. ○. ○. 중도금으로 ○억 ○천만 원, 2002. ○. ○. 잔금으로 ○억 원을 지급하기로 하는 매매계약(이하 '이 사건 매매계약'이라 한다)을 체결하고, 정AA으로부터 2002. ○. ○.자로 중도금 ○억 ○만 원에 대한 영수증을, 2002. ○. ○.자로 잔금 ○억 원에 대한 영수증을 각 교부받은 사실, 이 사건 매매계약 무렵 원고는 이 사건 토지 이외에도 ○○시 ○○면 ○○리 산 ○○, ○○○ 등의 토지를 소유하고 있었고, 2002. ○.경 위 산 ○○ 토지 중 일부가 '○○~○○ 간 도로 확・포장공사' 부지로 편입되면서 ○○시장으로부터 손실보상금으로 ○○원을 지급받은 사실, 2003. ○.에는 나머지 산 ○○ 토지 및 산 ○○○ 토지를 차OO에게 ○억 ○천만 원에 매도하는 계약을 체결한 사실, 원고는 2004년에 정AA을 상대로 제기한 이 사건 부동산에 대한 소유권이전등기청구 소송에서 이 사건 부동산의 매매대금을 ○억 원으로 주장하였고, 피고의 원고에 대한 세무조사과정에서도 매매대금을 ○억 원으로 하여 이에 대한 자금출처를 소명하고 관련 금융자료를 제출한 사실, 이 사건 토지의 매매잔금 ○억 원에 대한 영수증(갑 제1호증의 3)에 기재되어 있는 정AA의 서명과 원고가 추가 매매대금 ○억 원 지급시 자기앞수표 사본에 받았다고 주장하는 정AA의 서명은 그 필적이 서로 상이한 것으로 감정된 사실을 인정할 수 있고, 이외에 원고가 주장하는 추가 매매대금에 대한 별도의 계약서나 영수증 또는 관련 금융자료 등이 이 법원에 제출된 바 없다. 이를 종합하면, 원고는 이 사건 토지의 매매대금으로 합계 ○억 원(2002. ○. ○. 계약금 ○억 ○만 원, 2002. ○. ○. 중도금 ○억 ○만 원, 2002. ○. ○. 잔금 ○억 원)을 정AA에게 지급하였다고 봄이 상당하고, 원고가 제출한 증거만으로는 이외에 추가 매매대금으로 ○억 원을 정AA에게 지급하였다는 점을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다. 기타 필요경비 관련 주장에 관하여

1) 소득세법 제97조 제1항, 같은 법 시행령((2012. 2. 2. 대통령령 제23588호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제163조 제3항에 의하면, '양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용・화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액'은 양도차익을 계산할 때 필요경비 중 자본적 지출액으로서 양도가액에서 공제하도록 하고 있다.

2) 먼저 원고가 주장하는 화해비용에 관하여 보건대, 2006. ○. ○○보증기금에 지급하였다고 주장하는 ○억 원의 경우, 원고가 제출한 증거(갑 제7, 19호증)에 의하더라도 이는 정AA의 채권자인 ○○보증기금이 원고의 어머니(이DD)를 상대로 하여 정AA이 그 소유 아파트를 이DD에게 매도한 행위에 대해 사해행위를 이유로 취소를 구하는 소송을 제기하였고, 그 소송에서 내려진 조정결정에 따라 이DD이 ○○보증기금에게 ○억 원을 지급한 것으로 보\u3000일 뿐, 이 사건 토지의 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 화해비용이라고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다음으로 원고가 이 사건 토지에 대한 소송과 관련하여 고BB에게 지급하였다고 주장하는 ○억 ○만 원(2008. ○. ○억 원, 2008. ○. ○억 ○만 원, 2009. ○. ○억 원)에 관하여 보건대, 갑 제8, 9, 20호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 정AA의 채권자인 고BB이 정AA 및 원고를 상대로 하여 ○○지방법원 ○○지원 ○○가합○○호로 이 사건 매매계약이 통정허위표시로서 무효임의 확인을 구하는 소송을 제기하였고, 2007. ○. ○. 위 법원에서 고BB의 청구를 모두 기각하는 판결이 선고된 사실, 고BB이 이에 불복하여 ○○고등법원 ○○나○○호로 항소한 사실, 원고가 2008. ○. ○.자로 고BB에게 합계 ○억 ○만 원의 약속어음 3매[지급기일 각 2008. ○. ○.(○억 원), 2008. ○. ○.(○억 ○만 원), 2008. ○. ○.(○억 원)]를 발행한 사실, 고BB이 2008. ○. ○. 위 소를 취하한 사실, 원고가 고BB에게 2008. ○. ○. ○억 원, 2008. ○. ○. ○억 ○만 원, 2009. ○. ○. ○억 원을 각 지급하고 고BB으로부터 위 약속어음 3매를 회수한 사실이 인정되는바, 이에 의하면, 원고는 고BB이 위 소송에서 항소를 하여 원고의 이 사건 토지에 대한 소유권이 확보되지 못한 상황에서, 이 사건 토지에 대한 법적 분쟁을 해결하고 그 소유권을 확보하기 위하여, 고BB이 이 사건 토지에 대한 모든 권리를 포기하고 위 소송을 취하하는 대가로 ○억 ○만 원을 지급한 것으로서, 이는 원고가 이 사건 토지의 취득 후 발생한 쟁송을 해결함으로써 그 소유권을 확보하는데 직접 소요된 화해비용이라고 봄이 상당하다. 따라서 위 ○억 ○만 원은 이 사건 토지에 관한 자본적 지출액으로서 양도가액에서 공제되어야 하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

3) 원고가 주장하는 소송비용에 관하여 보건대, 갑 제10, 11호증, 갑 제21호증의 1내지 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 고BB이 제기한 위 소송과 관련하여 원고가 2006. ○. ○. 변호사 최EE에게 ○만 원을 지급한 사실, 정AA의 채권자인 안FF가 원고를 상대로 이 사건 매매계약이 통정허위표시로서 무효임을 주장하며 이 사건 토지에 대한 원고 명의 소유권이전등기의 말소를 구하는 소송을 제기하였고, 원고가 위 소송의 1심 및 항소심과 관련하여 변호사 최EE에게 2008. ○. ○.(위 표2의'2007. ○. ○.'은 오기인 것으로 보인다) ○만 원, 2009. ○. ○. ○만 원을 각 지급한 사실이 인정되고, 위 변호사비용 합계 ○만 원은 원고가 이 사건 토지의 취득 후 발생한 쟁송을 해결함으로써 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용이라고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

원고는 이에 더하여 2007. ○. ○. 위 변호사에게 지급된 ○만 원도 소송비용으로서 필요경비에 포함되어야 한다고 주장하나, 갑 제21호증의 4, 갑 제23, 28호증의 각 기재에 의하면, 위 ○만 원은 원고가 아니라 원고가 공동대표이사로 있는 ○○주택산업의 명의로 위 변호사에게 송금된 것이고, ○○주택산업은 회사의 법률사무와 관련하여위 변호사와 별도의 법률고문계약을 체결하고 고문료 등을 지급하여 왔으므로 ○○주택산업 명의의 소송비용으로 지급되었을 가능성도 충분한 것으로 보이며, 원고는 위 표2에서 위 ○만 원이 이 사건 부동산에 대한 처분금지가처분 신청 사건(○○지방법원 ○○지원 2002○합○○호)의 성공보수와 고BB이 제기한 위 소송의 항소심(○○고등법원 2007나○○호) 사건의 수임료라고 주장하나, 위 가처분 신청은 2002. ○. ○. 인용되어 같은 해 ○. ○. 가처분 등기가 경료되었고, 고BB이 제기한 소송의 경우 2007. ○. ○. 1심 판결이 선고되어 그 이후에 항소심이 진행되었으므로, 2007. ○. ○.에 위 가처분 신청 사건의 성공보수와 위 항소심 사건의 수임료를 지급하였다는 것은 납득하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

4) 다음으로, 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 위반에 따른 과징금에 관하여 보건대, 갑 제12, 24호증의 각 기재에 의하면, 원고가 그 주장과 같이 과징금을 납부한 사실은 인정되나, 위 과징금은 소득세법 제97조 및 같은 법 시행령 제163조에서 규정하고 있는 양도자산의 필요경비에 해당한다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라. 장기보유특별공제 등 관련 주장에 관하여

1) 장기보유특별공제 등의 적용 여부와 관련하여, 먼저 원고의 이 사건 토지 취득시기에 관하여 본다. 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항에 따르면, 자산의 양도차익을 계산할 때 해당 자산의 취득시기는 위 시행령 제162조 제1항 각 호의 예외사유가 없는 한「해당 자산의 대금을 청산한 날」로 하는 것이 원칙이고, ⅰ) 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부・등록부 또는 명부 등에 기재된 등기・등록접수일 또는 명의개서일(위 시행령 제162조 제1항 제1호), ⅱ) 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부・등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일(위 시행령 제162조 제1항 제2호) 등 위 시행령 제162조 제1항 각 호의 경우에는 각 정해진 시기를 취득시기로 보도록 규정하고 있다이 사건의 경우 피고는 원고가 2009. ○. ○. 고BB에게 지급한 ○억 원을 이 사건 토지의 매매잔금으로 보고, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우로서 위 시행령에 따라 등기접수일인 2008. ○. ○.을 그 취득일로 판단하였으나, 위 나.항에서 본 바와 같이 원고는 이 사건 토지의 매매대금 합계 ○억 원 중 잔금 ○억 원을 2002. ○. ○. 정AA에게 지급함으로써 매매대금을 청산하였다고 할 것이고, 따라서 2002. ○. ○.을 그 취득시기로 봄이 상당하다.

2) 그렇다면 이 사건 토지의 경우, 보유기간이 3년 이상으로서 비사업용 토지에 해당하지 않는 토지를 양도하는 경우에 적용되는 소득세법 제95조에 따른 장기보유 특별 공제 또는「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2012년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 일정 부분 감면하는 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)이 적용될 여지가 있음에도, 피고는 원고의 이 사건 토지 취득일이 2008. ○. ○.이라는 전제에서 위 장기보유특별공제 및 세액 감면을 적용하지 아니한 채 이 사건 처분에 이르렀으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

마. 소결

피고는 원고에 대한 2011년 귀속 양도소득세를 산정함에 있어 위에서 본 바와 같은 필요경비(화해비용 ○억 ○만 원 및 소송비용 ○만 원) 및 장기보유특별공제 등을 적용하였어야 함에도 이를 인정하지 아니하여 이 사건 처분에 이르렀으므로 이 사건 처분은 위법하다.

취소의 범위에 관하여 보건대, 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론 종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니어서 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다(대법원 1995. 4.28. 선고 94누13527 판결 참조). 이 사건의 경우 당사자들이 제출한 주장 및 자료만으로는 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부 및 위 필요경비와 장기보유특별공제를 반영하여 산출된 양도소득세액에 대하여 적용될 위 조세특례제한법에 따른세액감면율을 확정할 수 없으므로, 이 사건 처분전부를 취소할 수밖에 없다.

6. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고가 부담하게 하여 주문과 같이 판결한다.