부산지방법원2011구합1079 (2012.01.12)

조심2009부2124 (2010.12.01)

각 토지의 시가를 알 수 없는 경우에 해당하므로 개별공시기자를 기준으로 안분하여 시가를 정함이 상당함

부동산을 일괄하여 매도하기로 합의하고 각 소유자들의 매매대금을 정한 별도의 계약서를 작성하였다 하더라도 부당행위계산의 유형에 열거된 행위에 해당하는 경우 부당행위계산 부인이 적용되며, 각 토지의 시가를 알 수 없는 경우에 해당하므로 각 필지별 개별공시지가를 기준으로 안분하여 시가를 정함이 상당함

2012누553 법인세부과처분취소

주식회사 XX

금정세무서장

부산지방법원 2012. 1. 12. 선고 2011구합1079 판결

2012. 9. 5.

2012. 10. 10.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2009. 2. 2. 원고에게 한 2003사업연도 귀속 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 금속 냉간압연 제조 등을 영업 목적으로 하여 설립된 회사이고, 류AA은 2000. 6. 10.부터 원고의 대표이사로 취임하여 이 사건 매매계약 당시까지 원고 회사의 대표이사로 재직하다가 2003. 6. 10. 퇴임하였다.

원고 회사는 류AA과 그 친족이 원고의 주식 100%(류AA의 아들 류BB 49%, 류AA의 동생 류CC 10%, 류CC의 아틀 류DD 40%, 류AA 1%)를 보유하고 있어, 류AA은 법인세법 시행령 제87조에서 규정한 원고의 특수관계자에 해당한다.

한편 XX공업 주식회사(이하 'XX'이라 한다)는 류AA의 동생인 류CC이 대표이사로 있고, 류AA이 XX의 주식 30.07%를 소유하고 있어, 이 사건 매매계약 당시를 기준으로 XX도 원고의 특수관계자에 해당한다.

나. 원고와 류AA 및 XX은 2003. 2. 28. OO종합개발 주식회사(대표이사 임EE, 이하 'OO종합개발'이라 한다)에게 별지1 부동산목록의 소유자란 기재와 같이 소유하는 각 토지(이하 이 사건 토지라 한다) 및 그 지상 건물(이 사건 토지와 지상 건물을 합쳐 이하 '이 사건 부동산'이라 한다)을 합계 000원에 매도(이하 '이 사건 매매'라 한다)하였다.

다. 그 후 원고와 류AA 및 XX은 피고에게 별지 2 기재 '매매대금 배분'란의 기재와 같이 이 사건 부동산의 양도가액을 산정하여 신고하였다(다만, 류AA은 실지거래가액이 아닌 기준시가에 따라 양도소득 계산을 허용한 당시 소득세법에 따라 양도소득세를 신고납부하였다).

라. 부산지방국세청장은 원고에 대한 세무조사를 실시하여, 위 세무조사 결과 이 사건 부동산 중 원고 소유의 별지 1 부동산목록 순번 6 내지 14의 각 토지에 대한 매도대금은 과소평가하는 반면, 류AA 소유의 별지 1 부동산목록 순번 15 내지 21 기재 각 토지에 대한 매도대금은 과대평가하고 또 XX 소유의 같은 목록 순번 1 내지 5의 각 토지에 대한 매도대금은 약간 과대평가하여, 원고의 익금을 적게 신고하였다고 판단 하고, 상속세 및 증여세법 제61조 제1항에 따라 공시지가를 기준으로 매매대금을 안분 하여 원고의 익금에 산입하도록 피고에게 통보하였다.

이에 피고는 별지 3 기재와 같이 000원[이 사건 매매계약에 따른 부당행위 계산부인 금액 000원(000원 + 000원) + 이 사건과 관련 없는 금액 000원(청구외 소모품비 000원 + 임원성과금 000원) = 합계 000원]을 원고의 2003사업년도 익금으로 산입하였다.

이에 따라 피고는 2009. 2. 2. 원고에게 2003사업년도 귀속 법인세 000원 (이 사건 매매계약에 따른 부당행위계산부인에 의한 익금에 따른 법인세 000원 + 청구외 소모품비 등의 익금에 따른 법인세 000원)을 경정하여 고지(이하 이 사건 처분이라 한다)하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2009. 2. 13. 이의신청을 거쳐 2009. 4. 30. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2010. 12. 1. 2006. 2. 18. 류AA이 OO종합개발로부터 현물대가로 수령한 000원과 관련하여 익금산입한 000원을 익금에서 제외하여 당해 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하고, 원고의 나머지 심판청구는 기각한다"는 내용의 결정을 하였다.

바. 조세심판원의 결정에 따라 피고가 2006년 사업연도에서 000원을 익금에서 차감하였으나, 원고의 2006년 사업연도 소득금액은 결손이고, 직전 사업연도인 2005년 사업연도 납부세액 중 환급 가능한 세액 전부가 환급 결정되어 원고에게 추가로 환급할 세액은 없었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제9호증의 2, 3, 을 제1호증의 1 내지 5, 을 제10호증의 1 내지 9의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 매매는 OO종합개발과 원고, 류AA, XX 사이에 개별적으로 이루어진 개별계약이므로 일괄계약임을 전제로 하여 법인세를 경정 처분한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 이 사건 매매는 개별계약이므로 부당행위계산 부인의 법리가 적용될 여지가 없고, 일괄계약으로 보는 경우에도 원고와 매수인인 OO종합개발은 특수관계에 있는 것이 아니므로 법인세법 시행령 제88조 제1항의 각호의 사유에 해당한다고 할 수 없고, 매도대금을 원고, 류AA이 분배한 것이 증여의 문제가 될지언정 부당행위계산 부인의 법리를 적용할 것이 아니므로 이를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

3) 또한, 부당행위계산 부인으로 법인세 부과 대상이 된다고 하여도 이 사건 부동산의 위치, 형태 등에 따라 시가의 차이가 있어 이를 반영하는 방법으로 계산하여야 하므로, 이 사건 처분은 그 세액에서도 부당하다.

나. 관계 법령

별지 4 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 부동산의 매매 경위

가) OO종합개발은 아파트를 신축할 목적으로 원고와 류AA 및 XX (이하 '매도인 등'이라 한다)으로부터 이 사건 부동산을 매수하기로 하고 2003. 1. 15. 매도인 등과 다음과 같은 내용의 약정(이하, '이 사건 매매예약'이라 한다)을 먼저 체결 하였고, 당일 매도인 등에게 약정금으로 000원을 일괄 지급하였다.

① 거래내용 및 조건 : 총 매매대금은 000원으로 하고 약정금 000원을 약정 당일 지급하며, 계약금 000원은 2003. 2. 28. 매매계약 체결 시 지급하고, 잔금 000원은 2003. 5. 30. 부동산 명도와 동시에 지급한다.

② 유효기간 및 우선매매 지위 보장 : 본 약정서의 유효기간은 약정서 체결일부터 정식 매매계약이 완료되는 시점(2003. 1. 15.-2003. 2. 28.)까지이고, 그 기간 동안 본 약정서는 계약서에 준하는 효력을 가지며, 정식 매매계약과 동시에 본 약정서 사항은 정식계약으로 대체되어 효력을 유지한다.

나) OO종합개발은 2003. 2. 28. 매도인 등과 위 약정내용에 더하여 류AA 소유의 765-2 지상의 골프연습장은 계속 운영하되, OO종합개발의 사업이 본격화 되면 OO종합개발의 비용으로 철거(제4조, 제7조)하기로 하는 내용의 매매계약서 (이하 '이 사건 일괄매매계약서'라 한다)를 작성하여 매매계약을 체결하였고, OO 종합개발은 같은 날 계약금 000원 중 기지급한 약정금 000원을 차감한 000원을 매도인 등에게 일괄 지급하였다.

다) 이 사건 매매계약체결일인 2003. 2. 28. OO종합개발은 매도인 등에게 이면 각서(갑 제5호증의 1)로써, ① 이 사건 부지에 건립예정인 신축아파트 중 가장 큰 평수에 해당하는 아파트 1채(제1항), ② 이 사건 부지에 건립예정인 신축아파트 중 공부상 실제 주거용 방이 4개가 되는 아파트 1채(41평 예상 ; 제2항) 및 ③ 이 사건 부지에서 아파트 건축사업을 할 때 해당 공사현장에서 운영되는 식당의 운영 • 수익권(제3항)을 매도인 등 또는 매도인 등이 지정하는 제3자에게 무상으로 양도하기로 약정(이하, '이 사건 각서약정'이라 한다)하였다.

라) 그 후 2003. 5. 30. OO종합개발은 잔금 000원 중 000원을 OO종합개발의 Project Financing(이하 'PF'라 한다) 자금 대출은행인 한국 외환은행 계좌에서, 원고의 계좌로 000원, 류AA의 계좌로 000원, XX의 계좌로 000원을 각 송금하는 방식으로 지급하였는데, 원고의 채권은행인 국민 은행이 당초 상환 약속한 000원에 미달한다는 이유로 원고 소유 토지에 대한 근저당권 말소를 거부하자, 류AA은 그의 계좌로 받은 매매대금 중 일부를 원고에게 송금 하여 위 근저당권을 말소토록 하였다.

마) OO종합개발이 잔금지급기일에 잔금 일부를 지급하지 아니하여 분쟁이 발생하였으나, OO종합개발은 시공사언 YY 주식회사와 공동으로 2003. 9. 8. 잔금 000원과 지연손해금을 지급하기로 하는 합의각서를 작성하였고, 그 후 OO종합개발은 류AA에게 잔금 000원과 지연이자 000원을 지급하였다.

바) OO종합개발은 2003. 9. 9. 부산지방법원에 등기의무자를 매도인 등으로 하여 이 사건 부동산 중 일부(계획도로에 저촉되지 아니 하는 부분)에 대하여 매매 대금 000원으로 한 매매계약서(갑 제8호증의 1)를 첨부하여 토지소유권이전등기 신청을 하였다.

OO종합개발은 2003. 10. 10. 부산지방법원에 등기의무자를 류AA으로 하여 이 사건 부동산 중 계획도로에 저촉되는 류AA 소유의 토지 6필지 면적 합계 2,022㎡에 대하여 매매대금 000원으로 한 매매계약서(갑 제8호증의2)를 첨부하여 토지 소유권이전등기 신청을 하였다.

OO종합개발은 같은 날 부산지방법원에 등기의무자를 원고로 하여 이 사건 부동산 중 계획도로에 저촉되는 원고 소유의 토지 9필지 면적 합계 5,037㎡에 대하여 매매대금 000원으로 한 매매계약서(갑 제8호증의3)를 첨부하여 토지소유권이전등기 신청을 하였다.

사) 매도인 등은 2004년 5월경 이 사건 각서약정상의 이익을 받을 사람으로 류AA을 지정하였다. OO종합개발이 이 사건 각서약정 내용을 이행하지 않자, 류AA이 OO종합개발을 상대로 2004년 7윌경 부산지방법원에 소를 제기하였고(부산지방법원 2004가합11288), 항소심(부산고등법원 2005나15932호) 계속중 합의가 이루어져 OO종합개발이 2006. 2. 18. 류AA에게 현물대가로 000원을 지급하였다.

아) OO종합개발은 위 000원을 지급한 무렵인 2006년 2월경에 류AA과 사이에 OO종합개발이 류AA으로부터 이 사건 부동산 중 류AA 소유의 토지와 지상건물을 매매대금 000원(위 000원 포함 ; 건물 대금 000원 포함)에 매수하는 내용의 매매계약서(갑 제3호증의 2), 원고와 사이에 OO종합 개발이 원고로부터 이 사건 부동산 중 원고 소유의 부동산을 매매대금 000원(건물 매매대금 000원 포함)에 매수하는 내용의 매매계약서(갑 제3호증의 1), XX과 사이에 OO종합개발이 XX으로부터 이 사건 부동산 중 XX 소유의 부동산을 매매대금 000원(건물 매매대금 000원 포함)에 매수하는 내용의 매매 계약서(갑 제3호증의 3, 이하 위 3건의 매매계약서 모두를 '이 사건 개별매매계약서'라 한다)를 각 작성하였는데, 이 사건 개별매매계약서의 작성일자는 실제 작성일자가 아닌 2003년 2월로 기재하였다.

이에 따라 원고, XX은 피고에게 별지 2 기재 '매매대금 배분'란의 기재와 같이 이 사건 부동산의 양도가액을 산정하여 신고하였다.

자) 한편 OO종합개발은 2006. 3. 16. 동래구청장으로부터 일자가 2003년 2월로 기재되어 있고, 류AA과 사이에 이 사건 부동산 중 류AA 소유의 부동산을 000원(건물 매매대금 000원 포함)을 지급하고 이 사건 각서약정 중 1, 2항을 이행하는 내용의 매매계약서(갑 제11호증, 이하 '이 사건 검인계약서'라 한다)에 대한 검인을 받았다.

2) 소유 토지별 현황

원고는 2002. 5. 23.경 한국감정원 동래지점에서 이 사건 부동산의 시가에 대한 감정평가를 의뢰하였는데, 한국감정원 동래지점은 2필지 이상의 토지가 일단을 이루어 사업체(공장용지) 부지로 이용되는 용도상 불가분의 관계에 있다고 보고, 원고 소유 부동산은 000원(전체의 65.2%), 류AA 소유 부동산은 000원(전체의 30.7%), XX 소유 부동산은 000원(전체의 4.1%)로 평가하였다(소송기록 105면).

또한, 이 사건 부동산 중 원고 소유의 토지들은 모여 있는 반면, 류AA 소유의 토지들은 흩어져 있고, 원고 소유 전체 토지는 12,776㎡로서 류AA 소유 전체 토지 6,076㎡에 비하여 2배 넓고, 계획도로에 저촉된 부분을 제외하고 아파트 사업부지로 쓸 수 있는 부분도 원고 소유 토지의 경우 7,739㎡로서 류AA 소유 토지 4,054㎡보다 1.9배 넓다(소송기록 320면).

3) 원고의 형편

한편, 원고는 1995년 8월 재무구조개선을 위하여 류AA의 부친으로부터 이 사건 부동산 중 원고 소유 부분을 증여받았고, 1998년 9월경 부도 처리된 후 화의절차를 진행하다가 2002년 11월경 화의절차를 종결하였는데, 그 이후 원고 소유 토지에 대하여 근저당권을 설정해주고 화의채무 상환용 자금을 대출받았던 국민은행으로부터 대출금 상환을 독촉받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 5, 6, 8, 9, 11 내지 13호증, 을 4, 6, 8호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 을 5호증의 일부 기재, 을 4호증의 영상, 제1심 증인 심FF, 곽GG, 임EE, 당심 증인 류AA의 각 일부 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 원고 회사와 특수관계자 류AA, XX 사이 거래의 존부

가) 이 사건 계약이 일괄계약, 개별계약인지 여부

(1) 법률행위의 해석은 당사자가 그 표시행위에 부여한 객관적인 의미를 명백하게 확정하는 것으로서 당사자 사이에 계약의 해석을 둘러싸고 이견이 있어 계약문서에 나타난 당사자의 의사해석이 문제되는 경우에는 문언의 내용, 그와 같은 약정이 이루어진 동기와 경위, 약정에 의하여 달성하려는 목적, 당사자의 진정한 의사 등을 종합적으로 고찰하여 논리와 경험칙에 따라 합리적으로 해석하여야 하고(대법원 2011. 12. 27. 선고 2011다5134 판결 등 참조), 이 경우 문언의 객관적인 의미가 명확하다면, 특별한 사정이 없는 한 문언대로 의사표시의 존재와 내용을 인정하여야 한다(대법원 2002. 5. 24. 선고 2000다72572 판결 참조).

(2) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어보면, 이 사건 매매계약은 OO종합개발과 매도인 등이 체결한 일괄계약으로 봄이 상당하고, 갑 제5호증의 1, 갑 제6, 17호증의 각 기재, 제1심 증인 심FF, 곽GG, 당심 증인 류AA의 각 일부 증언만으로는 위 인정을 뒤집기 어렵다.

(가) 이 사건 매매예약서와 이 사건 일괄매매계약서에는 매도인별 양도대금이 구분되어 있지 아니하고, 매도인 등이 OO종합개발에게 이 사건 부동산을 000원에 일괄 매도하는 것으로 기재되어 있다.

(나) 이 사건 검인계약서에 대한 검인을 2006. 3. 16.에 받았고, OO종합 개발에 대한 관계에서 매도인 등이 우위에 있었던 점에 비추어, 원고가 2003년 5월경 이 사건 검인계약서를 작성하여 OO종합개발에 교부하였으나 OO종합개발이 2006. 3. 16. 무렵 문서를 완성하여 검인을 받았다는 원고의 주장은 믿기 어렵다.

(다) 원고는, 이 사건 매매예약 시 및 이 사건 일괄매매계약서 작성 시 OO종합개발과 사이에 따로 개별계약을 체결하기로 구두 약정하였다고 하나, 다른 약정 내용은 모두 문서화하였음에도 개별계약에 관하여 아무런 조항을 두지 않았던 점에 비추어 믿기 어렵다.

(라) 특히 이 사건 각서약정 시 작성된 각서에는 '매수인은 매매대금 000원을 매도인에게 지급함과 동시에 다음에 열거한 사항을 매도인 또는 매도인이 지정하는 제3자에게 무상으로 양도할 것을 확인함'이라고 기재하여 현물대가를 받을 당사자를 류AA으로 특정하지 아니하였고(오히려 제1심 증인 곽GG, 임EE의 각 일부 증언에 의하면, 곽GG와 임EE는 이 사건 각서약정 시 아파트 2채 중 1채를 곽GG에게 주기 로 약정하였다), 이 사건 각서약정은 이 사건 매매대금 외에 아파트 2채 및 현장식당의 운영 • 수익권을 현물대가로 제공하기로 한 약정일 뿐 개별계약 체결에 관하여 아무런 언급이 없고, 각서 제4항의 '계약날짜는 2003년 6월 중순경에 한다'는 것은 현물제공에 관한 계약일로 보일 뿐, 이 사건 부동산에 관한 개별계약서의 작성일에 관하여 합의한 것으로 볼 수는 없다.

(마) OO종합개발이 PF자금대출 은행을 통하여 잔금 중 268억을 매도인별 계좌로 나누어 송금하였다고 하더라도, 이 사건 약정금 000원과 이 사건 계약금 000원은 매도인 등에게 일괄 지급한 점, 류AA은 원고 소유 부동산에 관한 국민은행의 근저당권 말소를 위하여 송금받은 잔금 중 일부를 원고 계좌로 다시 송금한 점 등에 비추어, 이것만으로 그 무렵 이 사건 부동산에 대한 개별계약이 성립하였다고 보기는 어렵다.

(바) OO종합개발은 2003. 9. 9. 매도인 등을 등기의무자로 하여 매매 대금 000원으로 한 일괄매매계약서를 첨부하여 이 사건 부동산 중 계획도로에 저촉 되지 아니한 토지에 관하여 토지소유권이전등기 신청을 하였고, 그 이후 소유권이전등 기를 신청하는 과정에 원고가 주장하는 이 사건 개별매매계약서가 첨부된 바는 없었다.

(사) 원고는 2002. 5. 23.경 이 사건 부동산의 시가에 대하여 감정평가를 의뢰한 결과, 이 사건 토지가 일단을 이루어 사업체 부지로 이용되는 용도상 불가분의 관계에 있다는 점, 원고 소유 토지의 시가가 류AA 소유 토지의 시가보다 2배 이상 높다는 것을 알고 있었다.

(아) 원고는, 류AA 소유의 부동산의 위치, 용도, 개발가치 등에 비추어 원고 소유의 부동산보다 시가가 더 높다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 원고 소유의 토지의 면적이 류AA 소유의 토지의 면적보다 넓고, 계획도로에 저촉되는 부분을 제외한 나머지 토지 부분도 원고가 류AA보다 넓으며, 류AA 소유의 토지는 흩어져 있는 반면 원고 소유의 토지들은 모여 있는 점에 비추어, 류AA 소유의 토지 전체의 시가가 원고 소유의 토지 전체의 시가보다 현저하게 낮은 것으로 보이고, 류AA 소유의 토지를 원고 소유의 토지와 분리하여 개별적으로 매각하기도 쉽지 않아 보인다.

[원고측 제1심 증인 심FF, 곽GG의 각 증언에 의하더라도, OO종합개발이 이 사건 부동산 전체를 000원에 매수하기로 하고, 매도인 등이 내부적으로 매매대금을 원고 000원, 류AA 000원, XX 000원으로 정한 다음, OO종합개발과 개별계약을 체결하였다는 것인바, 법인세법상의 부당행위계산 부인이 적용되지 않는 개별계약이라고 보기 위하여는 원고와 그 특수관계자의 지위에 있는 류AA, XX이 매수인과 사이에서 처음부터 각자 자신 소유의 토지에 대하여 각각의 매매조건을 협의 하여 각자의 소유 토지에 대한 매매대금을 결정하는 형식의 개별적인 매매계약이어야 하고, 원고와 류AA 및 XX이 그들 소유의 인접 토지 일단을 함께 매도하는 기회 에 원고 소유 토지의 매매대금을 낮게 평가하고 류AA이나 XX의 소유 토지의 매매대금을 높여 주는 방식으로 개별계약을 하였다면, 이 또한 부당행위계산부인의 요건에 해당할 수 있다고 보아야 한다].

나) 부당행위 계산 부인의 적용 여부

(1) 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제언의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위, 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 말하고, 법인세법 제52조에서 부당행위계산 부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계 있는 자와 한 거래가 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인바, 법인세법 시행령 제88조 제1항이 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 것으로 인정되는 경우에 관하여 제1호 내지 제8호의2에서는 개별적•구체적인 행위유형을 규정하고, 제9 호에서는 '기타 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법언의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우'라고 하여 개괄적인 행위 유형을 규정하고 있으므로, 제9호의 의미는 제1호 내지 제8호의2에서 정한 거래행위 이 외에 이에 준하는 행위로서 특수관계자에게 이익분여가 인정되는 경우를 의미한다 할 것이고, 경제적 합리성 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래 행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하며, 한편 부당행위계산 부인에 있어 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 하는 것은 아니다(대법원 2006. 11. 10. 선고 2006두125 판결 등 참조).

(2) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 매도인등이 이 사건 부동산을 OO종합개발에 000원에 매도하면서 이 사건 부동산 중 뒤에서 평가하는 바와 같이 원고 소유의 토지는 과소평가하고, 류AA 소유의 토지는 과대 평가하여 매매대금을 분배하였고, 지연손해금 000원을 류AA이 전부 수령하여, 이 사건 부동산 매매와 관련한 대금에서 건물의 매매대금을 공제한 대금 총 000원(매매대금 000원 - 건물의 매매대금 000원 + 지연손해금 000원) 중 원고에게 000원(000원 - 건물의 매매대금 000원)을, 류AA에게 000원(000원 - 건물의 매매대금 000원 + 지연손해금 000원)을, XX에게 000원(000원 - 건물매매대금 000원)을 지급하였고, 류AA이 이 사건 부동산의 매매와 관련하여 양도소득세를 신고 납부할 때 실지 거래가액이 아닌 기준시가에 따라 양도소득을 계산하는 것이 당시 소득세법상 가능하였고 실제로 그렇게 하였던 점을 고려할 때, 이는 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 거래로서 원고의 법인세 부담을 감소시키는 행위이므로, 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제9호 소정의 '이익 분여'로 서 부당행위계산 부인의 적용대상이다.

이에 대하여 원고는, 자금사정이 급박하여 이 사건 부동산을 서둘러 처분할 수밖에 없었고 그 때문에 기준시가를 상회하는 가격에 만족하였고, 자금사정이 여유가 있던 류AA은 원고와 함께 이 사건 부동산을 처분하는 바람에 기준시가보다는 훨씬 높지만 시가에 못미치는 가격을 받았을 뿐이라며 부당행위계산부인의 적용대상이 아니라고 주장하나, 위에서 본 바와 같이 이 사건 부동산에 관하여 2002년 5월 감정가가 000원이었는데 이 사건 매매대금이 000원으로 정해짐으로써 시가를 충분하게 반영한 가격으로 이 사건 매매계약이 이루어진 점, 류AA이 이 사건 매매 당시 원고회사의 대표이사로서 원고의 자금사정 압박에서 자유롭지 아니 한 지위 에 있었고 이 사건 각서약정에 따른 수혜자로 지정됨으로써 시가 외적 요소에 대한 보상이 상당 정도 이루어진 점을 종합할 때, 원고가 주장하는 나머지 사정만으로는 이 사건 부동산 중 원고 소유 부분에 대한 매도대금을 과소평가한 데 대한 합리적 설명이 라고 보기 힘들므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 부당행위계산부인 금액으로 원고 회사의 익금에 산입되어야 할 금액

가) 법인세법 시행령 제89조 제1항은 "법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상언 경우에는 그 감정한 가액의 평균액), 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액"이라고 규정하고 있다.

상속세 및 증여세법 제60조는 재산의 가액은 평가기준일 현재의 시가에 따르고(제1항), 이에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격 • 공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함하며(제2항), 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다고 규정하고 있고(제3항), 같은 법 제61조 제1항 제1호는 '토지는 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별공시지가에 의하여 평가한다'고 규정하고 있다.

상속세 및 증여세법 시행령 제49조는 평가의 원칙으로서 '법 제60조 제2항에서 수용 • 공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것이라 함은 평가기준일 전후 6개월 이내의 기간 중 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액(제1항 제1호)'을 말하고, '가액에 2 이상의 재산가액이 포함됨으로써 각각의 재산가액이 구분되지 아니하는 경우에는 각각의 재산을 법 제61조 내지 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액에 비례하여 안분계산한다(제4항)'고 규정하고 있다.

상속세 및 증여세법 시행령 제49조 제4항은 그 입법취지나 내용에 비추어 볼 때, 토지와 건물 등 수개의 자산을 일괄거래한 경우로서 그 전체의 실지거래가액은 확인되지 만 각각의 실지거래가액에 대한 구분이 불분명한 때에 그 가액의 합리적인 산정방법으로 기준시가의 비례에 의한 안분계산방법을 규정한 것인바, 전체 토지를 각 필지별 가치의 우열을 구분•특정함이 없이 전체로서 거래가액을 정한 것이라면, 필지별 실지양도 가액은 전체의 실지거래가액을 기준시가에 의하여 안분한 가액이라 할 수 있다(대법원 1994. 6. 14. 선고 93누10019 판결 취지 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 토지와 지상 건물 등 수개의 자산을 000원에 일괄매매한 경우로서 전체의 실지거래가액과 지상 건물의 실지거래 가액은 확인되지만, 각각의 토지에 대한 실지거래가액에 대한 구분이 불분명한 때에 해당하므로, 각각의 토지에 대한 시가는 전체 토지의 실지거래가액을 상속세 및 증여세법 제61조 제1항 제1호에 정한 '부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별공시지가'로 안분하여 정함이 상당하다.

나) 을 제10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 토지의 공시지가는 별지 1 기재 '공시지가'란의 기재와 같이 000원인 사실, 이 사건 토지 중 원고 소유 부분의 공시지가의 합계가 000원인 사실, 이 사건 토지 중 류AA 소유 부분의 공시지가의 합계가 000원인 사실을 인정할 수 있고, 이 사건 토지 전체 매매대금 및 지연 이자가 합계 000원인 사실은 앞에서 본 바와 같으므로, 결국 이 사건 토지 중 원고 소유 부분에 대한 대금은 000원[000원 x (원고 회사 소유 토지의 개별공시지가 합계 000원 ÷ 이 사건 토지 전체의 개별공시지가 합계 000원), 원 미만 소숫점 첫째 자리 반올림]이 된다.

따라서 원고가 특수관계인인 류AA 및 XX과 함께 이 사건 토지를 매도함을 기화로, 원고 소유의 토지 매도대금으로 안분되어야 할 금액임에도 특수관계인인 류AA, XX의 매도대금으로 안분하여 법인세 부담을 부당히 감소시킨 부당행위계산금액은 별지 3 기재와 같이 000원(000원 + 000원)임은 계산상 명백하다.

3) 소결

따라서 피고가 부당행위계산 부인으로 000원을 익금으로 산입하여 원고에게 2003년도 귀속 법인세 000원(000원 - 000원 ; 위 000원도 2003년도 귀속 법인세로 부과하였으나, 위 금액은 이 사건 부당행위계산 부인과 관련 없는 소모품비 및 임원성과금과 관련된 것이다)을 부과한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.