조심-2015-서울청-4508(2016.3.23)

원고의 목돈수탁저축사업은 비영리법인의 고유목적사업이 아닌 수익사업임

원고의 목돈수탁저축사업은 비영리법인의 고유목적사업이 아닌 수익사업이므로 목돈수탁부가금은 이자의 성격으로서 손금산입 대상임

구 법인세법 제3조 제3항과세소득의 범위

2016구합66780 (2017.6.9)

OO공제회

OO세무서장

2017. 5. 12.

2017. 6. 9.

1. 피고가 20OO. O. OO. 원고에 대하여 한 20OO 사업연도 법인세 O,OOO,OOO,OOO원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 19OO. O. O. OO 및 OO원의 생활안정과 복지증진을 도모하기 위하여 OO공제회법에 따라 설립된 비영리내국법인(이하 '비영리법인'이라 한다)이다.

나. 원고는 2011 사업연도 손익계산서상 고유목적사업준비금 전입액 OOO,OOO,OOO,OOO원(= 퇴직급여부가금 OOO,OOO,OOO,OOO원 + 회원수탁부가금 OO,OOO,OOO,OOO원 + 특별가산금 OOO,OOO,OOO원)을 계상하고, 그 중 고유목적사업준비금 한도액 OOO,OOO,OOO,OOO원을 초과하는 OO,OOO,OOO,OOO원을 손금불산입하여 피고에게 법인세를 신고・납부하였다.

다. 원고는 20OO. O. OO. 피고에게, 위 퇴직급여부가금 및 회원수탁부가금 합계 OOO,OOO,OOO,OOO원은 수익사업의 손금(이자비용)에 해당한다는 이유로 당초 20OO 사업연도 법인세 신고시 고유목적사업준비금 한도초과액으로 손금불산입 신고한 부분을 손금으로 인정하여 20OO 사업연도 법인세 O,OOO,OOO,OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

라. 피고는 20OO. O. OO. 원고의 위 경정청구를 거부하였고, 원고는 이에 불복하여 20OO. O. O. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 20OO. O. OO. 기각되었다.

마. 한편 피고는 20OO. OO. OO. 다른 쟁점을 원인으로 원고의 20OO 사업연도 법인세 O,OOO,OOO,OOO원을 직권으로 환급하였다가 20OO. O. O. 위 직권취소 금액 중 일부인 OOO,OOO,OOO원을 다시 환수고지하였다[피고의 위 경정청구 거부처분 중 위 환급 및 환수고지 이후 남게 된 O,OOO,OOO,OOO원(= O,OOO,OOO,OOO원 - O,OOO,OOO,OOO원 + OOO,OOO,OOO원) 부분에 한하여 '이 사건 거부처분'이라 한다].

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 제13호증의 1의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

다음과 같은 사정을 고려할 때, 회원수탁부가금은 원고의 수익사업의 손금에 해당하므로 이 사건 거부처분은 위법하다.

① 법인세법상 비영리법인이 영위하는 연금 및 공제업 중 '기금조성 및 급여사업'만이 고유목적사업에 해당하고, 나머지 부분은 수익사업에 해당하는바, 원고가 회원들로부터 수령한 목돈수탁금을 관리・운용하여 수익을 창출하는 목돈수탁저축사업은 수익사업에 해당한다.

② 목돈수탁금은 원고의 정관상 자본에 해당하지 않고, 목돈수탁저축은 그 가입자격이 회원뿐만 아니라 회원이었던 자도 포함되며, 경제적 실질이 만기에 약정이율에 따라 원리금을 반환하는 정기예금과 동일하고, 회원수탁부가금에 대하여는 이자소득세가 부과되는바, 목돈수탁금은 부채이고, 회원수탁부가금은 이자에 해당한다.

③ 원고는 목돈수탁금을 수익사업에 사용하고, 그 사용에 대한 대가로 회원수탁부가금을 지출하였는바, 회원수탁부가금은 수익사업의 자금을 조달하는 비용에 해당하므로 수익사업의 손금에 해당한다.

④ 회원수탁부가금을 수익사업의 손금으로 인정하지 않는다면, 연금 및 공제업을 영위하는 비영리법인을 영리법인에 비하여 세제상 더욱 불리하게 취급하는 불합리한 결과가 발생하여 부당하다.

⑤ 회원수탁부가금을 20OO 사업연도에 전입액(OO,OOO,OOO,OOO원)이 아니라 실제 지급액(OO,OOO,OOO,OOO원)을 기준으로 손금산입하더라도 이 사건 거부처분은 전부 취소되어야 하는 점은 변함이 없다.

나. 피고 주장의 요지

다음과 같은 사정을 고려할 때, 회원수탁부가금은 원고의 수익사업의 손금에 해당하지 않으므로 이 사건 거부처분은 적법하다.

① 목돈수탁저축사업은 원고의 고유목적사업에 해당하므로, 회원수탁부가금은 고유목적사업의 지출금에 해당한다.

② 원고의 설립목적, 회계처리, 구분경리에 관한 법인세 관련 규정 등을 종합할 때 목돈수탁금은 원고의 자본에 해당하므로, 회원수탁부가금은 자본의 조달비용으로서 원고가 구성원인 회원에게 지급하는 분배금에 해당한다.

③ 회원수탁부가금에 대하여 이자소득세가 부과되는 것은 소득세법이 이를 이자소득세 과세대상으로 규정하였기 때문이지 그 성격이 이자이기 때문이 아니므로 회원수탁부가금을 이자비용으로서 수익사업의 손금으로 볼 수 있는지와는 논리적 상관관계가 없다.

④ 비영리법인의 수익사업의 손금산입은 고유목적사업준비금 제도를 통해 이루어지는 것이고, 그 한도초과액에 대하여 손금산입을 부인하는 것이 입법자의 의도이며, 원고는 수익사업에 자기자본인 목돈수탁금을 사용하기 때문에 손금산입이 부인되는 것이므로 타인자본을 사용하는 영리법인에 비하여 불리한 취급을 받는다고 볼 수 없다.

⑤ 설령 회원수탁부가금이 이자비용으로서 원고의 수익사업의 손금에 해당한다 하더라도, 법인세법 제40조, 법인세법 시행령 제70조, 소득세법 시행령 제45조에 따라 20OO 사업연도에 전입액이 아니라 실제 지급액을 손금산입하여야 한다.

다. 관련 법령

별지 기재와 같다.

라. 인정사실

1) 원고의 정관 중 주요 내용

제2조(목적)

공제회는 OO 및 OO원에 대한 효율적인 공제제도를 확립함으로써 이들의 생활안정과 복지증진을 도모하고 OO의 전력향상에 이바지함을 목적으로 한다.

제4조(자격)

① 다음 각호에 해당하는 자는 공제회의 회원이 될 수 있다.

1. O인사법에 의한 하사 이상의 OO

2. OO원인사법에 의한 OO원

3. OO부본부와 OO부 소속기관인 국립서울OO원, OO홍보원, OO전산정보원의 OO원, 다만, OO부 일반직 OO원 중 정부시책에 의하여 타 행정부처에 교류근무하는 자에 대하여는 교류근무 기간 중에도 회원자격이유지된다. 이 경우 교류기간 종류 후 미복귀 또는 전속조치 등의 사유발생 시는 즉시 회원자격이 상실된다.

4. 한국OO연구원법에 의하여 설립된 한국OO연구원의 직원

5. OO대학교설치법에 의하여 설립된 OO대학교의 교수, 부교수, 조교수 및 전임강사

② 다음 각호의 1에 해당하는 자는 제1항의 규정에도 불구하고 공제회의 회원이 될 수 있다.

1. 회원이었던 자로서 목돈의 위탁증식을 원하는 자. 다만, 그 위탁관리기간에 한한다.

3. 회원이었던 자로서 분할지급형 퇴직급여 가입을 원하는자. 다만, 그 가입기간에 한한다.

제5조(가입)

회원이 되고자 하는 자는 공제회 소정의 가입절차에 의하여 가입신청을 하여야 하며, 최초의 부담금을 납부한 날에 그 자격을 취득한다. 다만, 제4조 제2항에 규정된 자는 목돈위탁 또는 분할지급형 퇴직급여를 위한 금액을 납입한 때에 당연히 회원이 된다.

제6조(권리/의무)

① 회원은 소정의 부담금을 납부하고, 공제회의 운영에 협조할 의무를 진다.

② 회원은 공제회로부터 급여를 받고 공제회의 운영에 참여하며 복지시설을 이용할 권리를 가진다.

④ 회원이 그 자격을 상실하거나 원에 의하여 공제회를 탈퇴한 때에는 본인이 납부한 부담금의 반환을 청구할 권리를 가진다.

⑤ 제4조 제2항 및 제5조 단서의 규정에 의한 회원의 권리・의무에 관한 사항은 따로 정한다.

⑥ 공제회의 회원이었던 자에게는 공제회가 운영하는 복지시설을 이용하게 할 수 있으며, 기타 필요한 경우에는 일정한 범위를 정하여 회원에 준하는 대우를 할 수 있다.

제26조(사업)

① 공제회는 다음의 사업을 한다.

1. 회원에 대한 급여

2. 회원을 위한 복지・후생시설의 운영

3. 회원을 위한 복지・후생사업

4. 기금조성을 위한 사업

② 제1항 제2호의 회원을 위한 복지ㆍ후생시설의 운영은 다음 각호와 같다.

1. 복지를 위한 시설

2. 요양을 위한 시설

③ 제1항 제3호의 회원을 위한 복지・후생사업은 다음 각호와 같다.

1. 회원에 대한 대여

2. 회원을 위한 자가 마련 지원

3. 회원을 위한 목돈수탁관리

4. 회원에 대한 출산보조금 지급

5. 회원에 대한 재해위로금 지급

6. 회원자녀에 대한 성년축하금 지급

7. 회원을 위한 분할지급형 퇴직급여

8. 기타 회원을 위한 복지・후생사업

④ 제1항 제4호의 기금조성을 위한 사업은 다음 각호와 같다.

1. 주택사업

2. 부동산의 취득・처분 및 임대

3. 부동산 개발업

4. 해외 부동산개발 및 자원개발 사업 등

5. 유가증권에의 투자

6. 식품제조업

7. 가죽, 가방, 신발제조업 및 도소매업

8. 섬유제품 및 봉제의복 제조업

9. 전산관련사업, 임대차사업 및 전기통신공사업

10. 부동산신탁업, 담보부사채신탁업, 신탁업 부수업무

11. 여신전문금융업법에 의해 등록을 한 업무, 금융 및 운용 리스 업무

12. 시설관리 용역사업

13. 환경관련사업 및 위ㆍ수탁사업

14. 전문건설업

15. 재생재료수집, 판매 및 가공처리업

16. 전기공사업, 전기기기제조업, 별정통신사업, 부가통신사업, 공동주택관리업, 광고ㆍ광고대행 및 이벤트사업

17. 전자상거래업, 에너지절약사업

18. 체육시설업, 주차장업, 의예식장업, 위생 및 식품접객업 등 관련 서비스업

19. 창고업

20. 복합운송 주선업 및 화물자동차 운수사업

21. 골재채취사업

22. 무역업

23. 종합 및 중계 유선방송사업

24. 출판, 인쇄 및 번역업

25. 기타 수입사업

제28조(자본금)

공제회의 자본금은 회원의 부담금 및 사업에서 생기는 순수익금으로 한다.

제30조(부담금의 납부)

회원은 매월 가입 구좌수에 대한 부담금을 납부하여야 한다.

제31조(부담금)

① 회원의 부담금은 구좌수별로 하되, 1구좌당 5,000원으로 한다.

② 회원가입 부담금 상한구좌 수는 따로 규정으로 정한다.

제32조(급여의 종류)

회원에 대한 급여의 종류는 다음과 같다.

1. 퇴직급여

2. 학자급여

제33조(급여금의 계산 기간)

회원의 급여금은 자격을 취득하는 날이 속하는 달로부터 기산하여 그 자격을 상실한 날이 속하는 달까지로 하되, 부담금을 납부하지 아니한 기간은 이에 산입하지 아니한다.

제34조(급여의 양도금지)

급여를 받을 권리는 이를 양도할 수 없다. 다만, 기존 대여자 및 대여를 희망하는 회원이 직접 본인 명의의 대출을 위하여 퇴직급여금을 본회와 업무 협약을 맺은 금융기관에 담보로 제공하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제38조(퇴직급여)

① 퇴직급여는 부담금 납부기간에 따라 별표에 의한 퇴직급여지급률표에 따라 산정된 금액으로 한다.

제38조의3(특별가산금)

기금운영결과 당기순이익이 발생한 경우 운영위원회에서 정하는 일정금액을 특별가산금으로 지급할 수 있다.

제39조(학자급여)

① 학자급여에 가입하고자 하는 자는 퇴직급여에 가입한 회원이어야 한다.

② 학자급여에 가입한 회원은 따로 정하는 규정에 의하여 부담금을 납부하여야 한다.

제40조(부담금의 반환)

① 회원이 공제회를 탈퇴할 때에는 부담금을 반환한다.

② 부담금의 반환기준은 따로 규정으로 정한다.

제45조의2(지급준비금의 적립)

공제회는 매 회계연도 결산기마다 공제사업의 종류별로 장래에 지급할 고유목적사업에 충당하기 위한 지급준비금을 계상하고 적립하여야 한다.

2) 원고의 회원목돈수탁관리규정 중 주요 내용

제1조(목적)

이 규정은 정관 제4조의 회원이 위탁한 목돈 등 보유자금을 본회가 수탁관리(이하 '목돈수탁저축'이라 한다)함에 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

제3조(자격)

목돈수탁저축에 가입할 수 있는 자는 다음 각호에 해당하는 자로 한다.

1. 정관 제4조 제1항에 해당하는 자

2. 회원으로 1년 이상 가입하였던 자

제3조의2(목돈수탁저축 회원의 권리와 의무)

정관 제6조 제5항에 따라 회원이었던 자로서 목돈수탁저축에 가입한 자에게는 정관 제26조 제3항 제1호, 제2호, 제4호 내지 제8호에 규정된 복지후생사업의 지원 및 지급을 제한한다.

제4조(가입절차)

목돈수탁저축의 가입을 원하는 자는 본회에 가입신청을 하고 본회가 지정한 금융기관 계좌에 수탁금을 입금하여야 한다.

제5조(가입금액)

① 목돈수탁저축의 가입금액은 최소 100만 원부터 5억 원 범위 내에서 가입할 수 있다.

제6조(가입기간)

목돈수탁저축의 가입기간은 6개월, 1년, 2년으로 한다. 다만, 본인의 원에 의하여 6개월, 1년, 2년 단위로 자동으로 재가입할 수 있다.

제8조(이자지급 방법)

이자는 가입자의 희망에 따라 월별 또는 만기 시에 이를 지급한다.

제9조(월별지급)

월별로 이자수령을 원할 때에는 매월 말일까지 가입자 거래 금융기관 계좌에 자동입금 조치한다.

제10조(만기시 지급)

① 목돈수탁저축 만기시에는 본인 명의 통장으로 원리금을 지급한다. 단, 만기 전 재가입을 신청할 경우 지급하지 아니한다.

제11조(중도해약)

① 본회는 다음 각호의 경우에 중도 해약한다. 이 경우에는 소정의 서류를 본회에 제출하여야 한다.

1. 가입자가 원할 때

2. 가입자가 사망한 때

제12조(적용금리)

① 목돈수탁저축의 적용금리는 시중실세금리를 감안하여 이사회의 의결을 거쳐 이를 정한다. 다만, 적용금리가 변경된 경우 기존 가입자에 대하여는 가입 당시 금리를 적용한다.

② 6개월, 1년, 2년 만기 후 자동으로 재가입시 금리는 재가입 당시 금리를 적용한다.

제15조(회계)

목돈수탁저축 원금과 회원부담금은 통합 운영하되 회계처리는 구분 관리한다.

제15조의2(이익금 처리)

목돈수탁저축으로 발생된 이익금은 이를 목돈수탁저축 가입자의 지불준비금 또는 회원복지를 위하여 사용할 수 있다.

3) 한국표준산업분류의 주요 내용

K. 금융 및 보험업

65. 보험 및 연금업

653. 연금 및 공제업

6530. 연금 및 공제업

65301. 개인 공제업

사업체 구성원의 복지와 대여에 사용하기 위한 공제기금을 운영하는 산업활동을 말한다. <예시> 군인공제, 교원공제

65302. 사업 공제업

사업체 상호간의 협동조직을 통하여 사업활동에 필요한 각종 보증과 사업자금융자 등을 하기 위한 공제기금을 조성하여 운영하는 산업활동을 말한다. <예시> 건설공제, 주택공제

65303. 연금업

가입자가 퇴직 후에 소득보장을 받도록 현 소득의 일부를 기금으로 공제하여 관리 및 운영하는 산업활동을 말한다. <예시> 군인연금, 교원연금, 공무원연금, 국민연금

4) 원고의 목돈수탁저축사업에 관한 회계 및 세무처리 현황

원고는 그동안 목돈수탁저축사업에서의 목돈수탁금 및 회원수탁부가금에 대한 회계 및 세무처리에 관하여 OO공제회법 및 정관에 관련 규정이 없다는 이유로 퇴직급여사업에서의 회원부담금 및 퇴직급여부가금에 대한 회계 및 세무처리에 준하여 목돈수탁금을 자본금으로 회계처리하고, 회원수탁부가금은 매년 지급준비금을 설정하여 손익계산서에 비용으로 계상하고, 세무상으로는 고유목적사업준비금 사용으로 처리해왔다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6 내지 9, 11 내지 15, 18호증(각 가지번호 포함), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 목돈수탁저축사업이 수익사업에 해당하는지 여부

가) 비영리법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지 여부는 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나, 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 한다(대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두12455 판결, 대법원 2013. 1. 24. 선고 2010두8508 판결 등 참조).

구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제3조 제3항은 "비영리법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 '수입사업'이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다."고 규정하면서 제1호에서 "제조업, 건설업, 도매업・소매업, 소비자용품수리업, 부동산・임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 것"이라고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령(2012. 1. 25. 대통령령 제23527호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제2조 제1항은 "법 제3조 제3항 제1호에서 '대통령으로 정하는 것'이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만 다음 각 호의 사업을 제외한다."고 규정하면서 제5호 (나)목에서 "연금 및 공제업 중 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업(기금조성 및 급여사업에 한한다)"을 규정하고 있다.

그리고 구 법인세법 시행령 제56조 제5항은 "법 제29조 제1항에서 '고유목적사업'이라 함은 당해 비영리법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다."고 규정하고 있다.

따라서 원고와 같이 특별법에 의하여 설립된 비영리법인이 공제업을 영위하는 경우 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 기금조성 및 급여사업에 한하여 고유목적사업에 해당하고, 그 외에 수익이 발생하는 사업은 원칙적으로 수익사업에 해당한다고 봄이 타당하다.

나) 위와 같은 법리에 비추어 앞서 인정한 사실, 갑 제2, 6 내지 17호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합할 때, 목돈수탁저축사업은 원고의 수익사업에 해당한다고 봄이 타당하다.

① OO공제회법 및 정관에 규정된 원고의 설립목적은 OO 및 OO원에 대한 효율적인 공제제도를 확립함으로써 OO 및 OO원의 생활안정과 복리증진을 도모하는 것인데, 목돈수탁저축사업은 가입자격이 OO 및 OO원에 한정되지 않고, 과거 회원이었던 자를 포함하며(수탁금 기준으로 과거 회원이었던 자가 약 68%를 차지하고 있다), 과거 회원이었던 자로서 목돈수탁저축에 가입한 경우에는 회원에 대한 복지후생사업의 지원 및 지급을 제한하고 있다. 따라서 목돈수탁저축사업이 원고의 설립목적을 직접 수행하는 사업이라고 보기 어렵다.

② 정관상 원고의 회원에 대한 급여의 종류는 퇴직급여와 학자급여에 한정되고, 위와 같은 급여는 매월 부담금(최대 75만 원)을 납부하는 회원에 한하여 지급받을 수 있으며, 이는 회원인 OO 및 OO원의 생활안정과 복리증진을 도모하기 위한 것으로 원고의 설립목적을 직접 수행하는 사업으로 볼 수 있는바, 원고가 영위하는 공제업 중 기금조성 및 급여사업이란 회원이 매월 납부한 부담금으로 공제기금을 조성하여 퇴직 등의 사유가 있을 때 회원에게 퇴직급여 등을 지급하는 사업을 의미한다고 봄이 타당하다.

③ 반면에 목돈수탁저축사업은 회원이나 과거 회원이었던 자로부터 목돈(최대 5억 원)을 수탁받아 이를 각종 금융상품과 수익사업에 투자하여 얻는 수익금으로 약정기간(최대 2년, 다만 재가입 가능) 종료 후 수탁받은 목돈 원금에 약정이율(시중 정기예금 이율보다 약 0.5% 높은 수준)에 따라 정해진 이자(회원수탁부가금)를 더하여 반환하는 사업을 말하는바, 이는 은행 등 다른 영리법인의 사업방식과 다르지 않고, 그 목적도 가입자의 생활안정과 복리증진을 도모하기 위한 것이라기보다는 수익사업을 위한 투자 재원을 마련하기 위한 것으로 보인다.

④ 기획재정부도 원고의 세법 등 해석 신청에 대하여 2016. 9. 26. "OO공제회법에 따라 설립된 원고가 같은 법 제14조 제2항에 따라 수행하는 목돈수탁저축사업은 법인세법 시행령 제2조 제1항 제5호 (나)목 중 '기금조성 및 급여사업'에 해당하지 아니하는 것으로, 법인세법 제3조 제3항의 '수익사업'에 해당한다."고 회신하였다.

2) 회원수탁부가금이 수익사업의 손금에 해당하는지 여부

가) 구 법인세법 제19조 제1항은 "손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생한 손비의 금액으로 한다."고 규정하고 있고, 제2항은 "제1항에 따른 손비는 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다."고 규정하고 있다.

여기서 '일반적으로 용인되는 통상적인 비용'이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 그 형태・액수・효과 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.

나) 위와 같은 법리에 비추어 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합할 때, 회원수탁부가금은 원고의 수익사업에 손금에 해당한다고 봄이 타당하다.

① 목돈수탁금은 원고의 정관상 자본금으로 규정되어 있지 않고, 일반적인 자본금과 달리 회원이 탈퇴하기 전에도 약정기간이 종료되면 반환되며, 그 대가로 운영실적과 관계없이 약정이율에 따라 산정된 회원수탁부가금을 지급하는 점을 고려할 때 그 경제적 실질은 부채로 봄이 타당하고, 설령 원고가 목돈수탁금을 회원부담금에 준하여 자본금으로 회계처리 해왔고, 이에 따라 신용상 좋은 평가를 받아 왔더라도 목돈수탁금의 부채로서의 성격이 변경되는 것은 아니다.

② 목돈수탁저축사업이 은행 등 다른 영리법인의 사업방식과 다르지 않고, 과거 회원이었던 자로서 목돈수탁저축에 가입한 경우에는 회원에 대한 복지후생사업의 지원 및 지급을 제한하고 있는 점을 고려할 때, 가입자로서는 시중 정기예금 이율 이상의 대가를 받지 않고서는 목돈수탁저축에 가입할 이유가 없다고 보이므로 회원수탁부가금은 목돈수탁저축사업과 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 통상적으로 지출하였을 것으로 인정되는 이자비용에 해당한다.

③ 결국 회원수탁부가금의 경제적 실질은 차입금의 이자에 해당하고, 구 법인세법 제28조 제1항 각 호에서 정하는 손금불산입 예외에 해당하지 않으므로 원고의 수익사업의 손금에 산입하는 것이 타당하다. 그럼에도 이를 원고의 수익사업의 손금에 산입하지 않는다면, 은행 등 다른 영리법인의 경우보다 손금산입의 범위에 있어 불리한 취급을 받게 되는 결과가 발생하여 부당하다.

④ 비영리법인의 고유목적사업준비금 제도는 당해 사업연도에 실제 지출하지 않은 손비에 대하여도 장래에 고유목적사업에 사용될 것을 전제로 손금에 산입해주는 특례를 정한 것이므로, 비영리법인이 당해 사업연도에 수익사업을 위하여 실제 지출한 손비에 대하여 법인세법상 기본원칙에 따라 손금산입하는 것을 배제하는 취지라고 보기 어렵다.

⑤ 원고가 그동안 회원수탁부가금을 수익사업의 손금으로 처리하지 않고 고유목적사업준비금 한도 내에서만 손금으로 처리해 온 것은 목돈수탁저축사업도 원고의 고유목적사업에 해당한다는 세무 관행에 따른 것으로 보이는데, 앞서 본 바와 같이 목돈수탁저축사업이 원고의 수익사업인 이상 위와 같은 세무 관행은 더 이상 유지될 수 없다고 봄이 타당하다.

3) 취소의 범위

가) 구 법인세법 제40조 제1항은 "내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다."고 규정하고, 제2항은 "제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다."고 규정하고 있으며, 구 법인세법 시행령 제70조 제1항은 "법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 이자 등의 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호에 따른다."고 규정하면서 제2호에서 "법인이 지급하는 이자 및 할인액은 소득세법 시행령 제45조의 규정에 의한 수입시기에 해당하는 날이 속하는 사업연도"라고 규정하고 있다.

그리고 구 소득세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23588호로 개정되기 전의 것) 제45조 제4호 (가)목은 보통예금・정기예금・적금 또는 부금의 이자의 경우 이자소득의 수입시기를 '실제로 이자를 지급받는 날'로 규정하고 있다.

나) 앞서 살펴 본 목돈수탁저축의 가입자격, 만기, 이율, 회원수탁부가금 지급방식 등을 고려할 때, 목돈수탁저축의 경제적 실질은 정기예금과 유사하다고 봄이 타당하므로, 위와 같은 법령에 의할 때 회원수탁부가금은 정기예금의 이자와 같이 원고가 가입자에게 실제로 회원수탁부가금을 지급하는 날이 속하는 사업연도에 수익사업의 손금으로 산입되어야 한다.

그런데 갑 제13호증의 1, 제17호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 20OO 사업연도에 목돈수탁저축 가입자에게 실제로 지급한 회원수탁부가금의 합계액은 OO,OOO,OOO,OOO원인 사실, 이를 20OO 사업연도에 수익사업의 손금으로 산입할 경우 이로 인하여 고유목적사업준비금 전입액이 감액되는 것을 감안하더라도 결손이 발생하여 법인세 과세대상 소득금액이 존재하지 않는 사실이 인정된다.

따라서 원고가 실제 지급한 회원수탁부가금을 기준으로 손금산입하더라도 이 사건 거부처분은 전부 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.