영업활동을 하였음에도 장부 등 증빙서류를 제출하지 아니하는 경우 추계과세 요건에 해당됨

조사대상법인과 그 대표자를 조사하고 관련 장부의 제출을 요구하는 등으로 실지조사를 하려는 노력을 기울였음에도 불구하고 조사대상법인 등이 수입금액을 확인할 수 있는 장부 등 증빙서류를 제출하지 아니한 경우에는 부가가치세법의 규정에 의한 추계과세 요건을 충족하는 것임

2008구합31758 부가가치세등부과처분취소

주식회사○○

서초세무서장

2009.9.9.

2009.9.30.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 원고에 대하여 2007. 10. 10. 한 2002년 제2기 부가가치세 15,184,190원, 2003년 제1기 부가가치세 83,504,020원, 2003년 제2기 부가가치세 50,445,250원, 2004년 제1기 부가가치세 99,369,550원, 2004년 제2기 부가가치세 85,796,260원, 2005년 제2기 부가가치세 830,510원의 각 부과처분 및 2007. 10. 19. 한 2002년 귀속 85,435,402원, 2003년 귀속 916,880,469원, 2004년 귀속 653,530,147원, 2005년 귀속 6,600,000원의 소득금액변동통지처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울 서초구 양재동 317-1 양재빌딩 3층에서 주택신축판매업을 영위하는 것을 목적으로 2002. 1. 17. 설립된 법인이다.

나. 부산지방국세청장은 원고에 대한 세무조사를 실시하여 아래와 같은 내용을 포함 한 내용의 세무조사결과(원고의 주장과 관련 없는 내용은 별도로 기재하지 아니한다)를 피고에게 통보하였다.

① 원고가 2002. 5. 13. 경매로 취득한 서울 노원구 하계동 111-1 소재 하계온천건물(이하 '이 사건 건물'이라고 한다)을 2002. 5.경부터 2004. 1.경까지 운영하면서 총 847,201,295원(= 2002년 사업연도 77,668,548원+2003년 사업연도 721,709,517원+2004년 사업연도 47,823,230 원, 이상 공급가액 기준)의 수입금액(추계 산정)을 신고 누락하였다.

② 원고는 2003. 1.부터 2006. 12.까지 이 사건 건물 지상 2층 내지 3층을 하계온천웨딩홀에, 2004. 2.부터 2009. 2.경까지 이 사건 건물 지하 1층 내지 6층을 주식회사 □□앤씨(이하 '□□앤씨'라고 한다)에 각 엄대하면서 발생한 총 1,090,909,089원(= 2004년 □□앤씨 909,090,908원+2003년 하계온천웨딩홀 181,818,181원, 각 공급가액 기준)의 임대수입을 누락하였다.

다. 이에 따라 피고는 위와 같이 통보받은 누락수입금액을 바탕으로 2007. 10. 10. 원고에게 2002년 제2기 부가가치세 15,184,190원, 2003년 제1기 부가가치세 83,504,020원, 2003년 제2기 부가가치세 50,445,250원, 2004년 제1기 부가가치세 99,369,550원, 2004년 제2기 부가가치세 85,796,260원, 2005년 제2기 부가가치세 830,510원을 각 부과・ 고지하였고(이하 '이 사건 부가가치세 부과처분'이라고 한다), 누락수입금액 중 2002년 귀속 85,435,402원, 2003년 귀속 916,880,469원, 2004년 귀속 653,530,147원, 2005년 귀속 6,600,000원이 사외유출 되어 귀속이 불분명한 것으로 보아 원고의 대표이사 강AA에 대한 각 해당 연도 귀속 상여로 소득처분 하여 2007. 10. 19. 원고에게 소득금액변동통지를 하였다(이하 '이 사건 소득금액변동통지'라고 한다).

라. 원고는 2007. 12. 12. 감사원에 심사청구를 제기하였으나 2008. 5. 8. 기각결정을 받았다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑제1, 2호증, 을제1호증의 1 내지 6, 을제2호증의 1 내 지 5, 을제3호증의 1, 2, 을제5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 부가가치세 부과처분은 아래와 같은 이유로 위법하고, 그에 따른 이 사건 소득금액변동통지 역시 위법하다.

1) 부동산 임대수입 관련

가) 원고와 □□앤씨와의 임대차계약은 □□앤씨의 보증금지급 이행지체로 인하여 해제되어 임대차계약이 성립하지 않았고, 원고가 임대보증금의 일부로 받은 10억 원의 대부분은 □□앤씨와의 법적 분쟁기간 동안 임차인이 부담하여야 할 이행강제금, 공과금 등 필요경비로 사용되었음에도 불구하고 피고가 위 10억 원을 임대수입으로 간주하고 간주임대료로 산정하여 과세한 것은 잘못되었다.

나) 원고와 하계온천웨딩홀과의 임대차계약은 임차인의 보증금지급의무의 불이행으로 인하여 계약이 파기된 바 있으며, 이와 같은 경우 계약금 1억 원은 반환하지 않기로 합의하였고 원고가 임대보증금의 일부로 지급받은 2억 원 중 1억 원은 하계온천웨딩이 부담하는 공과금으로 사용되어 임대수입과는 무관함에도 불구하고 위 2억 원을 임대수입으로 간주하고 간주임대료로 산정하여 과세한 것은 잘못되었다.

2) 하계온천의 수입금액 추계 관련

원고가 이 사건 건물을 운영한 기간 동안은 정상적인 영업을 하지 못한 기간으로서 사실상 수입이 없었고 기본적인 인건비, 전기료, 가스요금 등 이 사건 건물을 유지하기 위한 최소한의 경비를 지출하였음에도 불구하고 원고가 장부상 손금만 산입하였다고 하여 수입금액을 추계산정한 것은 추계의 필요성에 반하고 더구나 동업자권형의 사업자의 선정에 있어 그 동종사업자의 객관적 비교가능성이 전혀 없으므로 추계방법의 합리성 역시 결여되었다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 부동산 임대수입 관련 주장에 관한 판단

가) 갑제8호증, 을제5호증, 을제1호증의 2 내지 5, 을제6호증의 1, 2, 3, 을제7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 원고는 2003. 12. 30. □□앤씨와 사이에 임대기간 2004. 2. 10.부터 2009. 2. 9.까지 보증금 10억 원, 월세 1억 2천 5십만 원으로 하여 이 사건 건물 지하 1층 내지 6층에 관한 임대차계약을 체결하였다가 2004. 2. 10. 보증금 15억 원, 월 임료 1억 원으로 위 임대차계약을 변경하고 그에 따라 임대보증금 10억 원을 수령하였으나, □□앤씨로부터 매월 임료는 지급받지 못한 사실, 위 임대차계약 내용에 따르면 계약이 해지되는 경우 임대인은 임차인이 부담할 관리비, 임료, 각종 세부담금, 각종 공과금, 환경개선금 등을 보증금에서 공제하고 임대보증금을 반환하기로 되어 있는 사실, 이에 피고는 원고가 □□앤씨로부터 지급받은 임대보증금 10억 원을 임료로 대체하여 임대보증금 잔액이 없어질 때까지의 기간 동안에 임료를 지급받은 것으로 보아 2004년 제1기 과세기간 중 4억 원(2004. 3.경부터 2004. 6.경부 터, 공급대가 기준), 2004년 제2기 과세기간 중 6억 원(2004. 7.부터 2004. 12.경까지, 공급대가 기준)을 위 각 과세기간별 수입금액으로 계상하고 그에 해당하는 부가가치세를 경정・고지한 사실, 한편, 원고는 하계온천웨딩홀과 사이에 임대기간 2003. 1.부터 2006. 12.까지, 임대보증금 10억 원, 월 임료 3천만 원에 이 사건 건물 지상 2, 3층에 관한 임대차계약을 체결하고 그에 따라 임대보증금 중 일부인 2억 원을 지급받았으나, 하계온천웨딩홀로부터 매월 임료는 지급받지 못한 사실(다만 갑제9호증의 기재에 의하면 원고가 하계온천웨딩홀과 사이에 2007. 11. 27. 임대기간 2002. 11. 27.부터 5년간으로 임대차계약을 체결한 것으로 나타나 있으나, 위 임대차계약이 그 후 변경된 것으로 보이는 점, 원고의 대표이사 강AA가 작성한 을제7호증의 기재내용 등에 비추어 볼 때 결국 원고와 하계온천웨딩홀 사이의 체결된 임대차계약은 앞서 본 바와 같은 내용인 것으로 보인다), 위 임대차계약 내용에 따르면 계약이 해지되는 경우 임대인은 임차인이 부담할 관리비, 임료, 각종 세부담금, 각종 공과금, 환경개선금 등을 보증금에서 공제하고 임대보증금을 반환하기로 되어 있는 사실, 이에 피고는 원고가 하계온천웨딩홀로부터 지급받은 임대보증금 2억 원을 임료로 대체하여 임대보증금 잔액이 없어질 때까지의 기간 동안에 임료를 지급받은 것으로 보아 2003년 제1기 과세기간 중 1억 5천만 원(2003. 2.경부터 2003. 6.경부터 공급대가 기준), 2003년 제2기 과세기간 중 5천 만 원(2003. 7.부터 2003. 8.경까지, 공급대가 기준)을 각 과세기간별 수입금액으로 계상 하고 그에 해당하는 부가가치세를 경정・고지한 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.

나) 이에 대하여 원고는 위 각 임대차계약은 임차인의 보증금지급 이행지체로 인하여 계약이 해제되었을 뿐더러(특히 하계온천웨딩홀로부터 지급받은 2억 원 중 1억 원은 계약금으로서 하계온천웨딩홀의 채무불이행으로 인하여 원고에게 적법하게 몰취되었다), 위 각 임대보증금은 임차인이 부담하여야 할 공과금 등 필요경비로 사용되었다는 취지로 주장하나, 임대인의 해지통고로 건물 임대차계약이 해지되어 임차인의 점유가 불법점유가 된다고 하더라도 임차인이 건물을 명도하지 아니하고 계속 사용하고 있고 임대인 또한 임대보증금을 반환하지 아니하고 보유하고 있으면서 향후 월 임료 상당액을 보증금에서 공제하는 관계에 있다면, 이는 부가가치세의 과세대상인 용역의 공급에 해당하는바(대법원 2003. 11. 28. 선고 2002두8534 판결, 대법원 2002. 11. 22. 선고 2002다38828 판결 등 참조) 설령 원고의 주장과 같이 위 각 임대차계약이 해제 되었다고 하더라도 위 각 임차인이 그 임차목적물을 원고에게 반환하지 아니한 채 계속하여 사용하였고 이에 원고가 임대보증금을 반환치 않고 해당 월 임료 상당액을 임대보증금에서 공제하였다면 적어도 그 공제된 금액 범위 안에서 이는 부가가가치세의 과세대상인 용역의 공급이라고 봄이 상당할 뿐만 아니라(하계온천웨딩홀로부터 계약금 명목으로 수수된 1억 원 역시 임대보증금의 성격을 아울러 갖는 것이므로 이와 마찬가지로 볼 것이다), 임대차계약의 경우 임대차보증금에서 그 피담보채무 등을 공제하려면 임대인으로서는 그 피담보채무인 연체차임, 연체관리비 등을 임대차보증금에서 공제하여야 한다는 주장을 하여야 하고 나아가 그 임대차보증금에서 공제될 관리비채권 등의 발생원인에 관하여 주장・입증을 하여야 하는 것인데(관리비 등의 발생과 관련한 자료는 임대인에게 유리한 것일 뿐 아니라, 그 기초가 되는 사실관계는 대부분 임대인의 지배 영역 안에 있는 것이어서 과세관청이 이를 입증하기는 곤란하므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 그에 대한 주장・입증책임은 임대인이 진다고 봄이 타당하다) 갑제12호증, 갑제13호증의 1, 2, 갑제14호증의 1 내지 4, 갑제15호증, 갑제16호 증의 1, 2, 갑제17호증, 갑제18호증의 1, 2, 3, 갑제10 내지 25호증의 각 기재만으로 원고가 위 각 과세기간별로 임차인들이 부담하여야 할 공과금 등의 비용을 적절하게 주장・입증하였다고 보기 어렵다[만약 원고가 위 각 과세기간별로 공과금 항목에 따라 그 비용, 지급내역 등을 일목요연하게 정리하여 주장・입증하였다면 피고는 이러한 연체된 공과금 등의 비용이 순차 공제되고 남은 금액만을 간주임대료 계산의 기초로 삼아야 할 것이다].

따라서, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 하계온천의 수입금액 추계 관련 주장에 관한 판단

가) 을제1호증의 1 내지 4 을제4, 5, 10, 13, 14호증, 을제15호증의 1, 2, 을제 16호증의 1, 2, 3의 각 기재에 변론 전체의 취지에 의하면, 원고 회사가 이 사건 건물을 취득한 2002. 5.부터 □□앤씨에게 임대하기 전인 2004. 1.까지 이 사건 건물에서 하계온천을 운영하면서 발생한 경비로 인건비, 전기요금, 가스요금 등을 손금에 산입하여 신고하였으나 수입금액은 전혀 신고하지 아니한 사실, 이에 피고는 원고 대표이사 강AA 등으로부터 위 기간 동안의 수입금액 등을 기재한 장부를 보관하고 있지 아니하다는 사실을 확인한 후, 부가가치세법 제21조 제2항 단서에 정한 추계결정사유에 해 당한다고 보아 같은 법 시행령 제69조 제1항 제1호(기장이 정당하다고 인정되고 신고 가 성실하여 법 제21조 제1항의 규정에 의한 경정을 받지 아니한 동일업황의 다른 동업자와의 권형에 의하여 계산하는 방법, 이하 '동업자권형방법'이라고 한다) 및 같은 항 제4호 나목(인건비・임차료・재료비・수도광열비 기타 영업비용 중에서 일부 또는 전체의 비용과 매출액의 관계를 정한 비용관계비율, 이하 '비용관계비율방법'이라고 한다)의 방법을 적용하여 원고 회사의 수입금액을 추계결정하기로 한 사실, 그런데 원고가 이 사건 건물을 취득하기 전에 하계온천(이하 '구 하계온천'이라고 한다)의 온천 영업현황과 현재 주식회사 ◇◇스파(이하 '◇◇스파'라고 한다)의 온천 영업현황이 매출 등에서 많은 차이가 있어 그 사이에 운영을 했던 원고의 수입금액을 추계 산정함에 있어서 위 두 사업자의 매출 평균값을 적용하는 것이 타당하다는 판단 하에 구 하계온천의 전기・ 가스사용량의 수입금액 기여도와 ◇◇스파의 전기・가스사용량의 수입금액 기여도를 산출한 후 이를 평균한 금액을 바탕으로 원고 회사의 추정수입금액을 전기사용량에 의한 추정수입금액과 가스사용량에 의한 추정수입금액으로 각 계산한 다음 두 추정수입금액의 평균액을 원고의 최종 추정수입금액으로 결정하여 그에 따른 부가가치세 경정・고지한 사실을 알 수 있다.

나) 그런데, 세법상 추계과세는 수입금액이나 과세표준의 근거가 되는 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 내용이 미비 또는 허위이어서 근거과세의 방법으로 사용할 수 없는 경우에 예외적으로 인정되는 것이므로 과세관청으로서는 납세의무자가 제시하는 제반 서류 등이 미비하거나 그 내용이 허위라고 의심할 부분이 있으면 그 부 당성을 지적하고 새로운 자료를 제시받아 실지조사를 한 연후에 그렇게 하더라도 그 과세표준과 세액을 결정할 수 없고 그 조사결과 제반 증빙서류의 내용이 명백히 허위라고 판명된 경우에 한하여 비로소 추계조사방법으로 그 수입금액이나 과세표준을 결정할 수 있는 것이고, 또 그 추계의 방법과 내용도 가장 진실에 가까운 수입금액이나 소득실액을 반영할 수 있도록 합리적이고 타당성 있는 근거에 의하여 이를 결정하여야 하며 추계과세의 적법여부가 다투어지는 경우에는 그 합리성, 타당성에 관한 입증책임 은 과세관청에게 있다(대법원 1995. 1. 12. 선고 94누10337 판결, 대법원 1988. 2. 23. 선고 87누182 판결).

그런데, 앞에서 본 바와 같이 원고 회사가 추계수입의 산정대상이 되는 기간 동안의 수입금액에 관한 장부 등 증빙서류를 전혀 제출하지 아니하자, 피고는 추계과세 요건에 해당한다고 보아 그 수입금액을 추계결정한 것으로 보이는데, 이에 대하여 원고는 위 기간 동안 수입이 있었음에도 불구하고 그 증빙서류를 제출하지 아니한 것이 아니라, 위 기간 동안 전혀 영업을 하지 못하는 바람에 수업이 발생하지 않아 그 장부를 작성조차 하지 않았다는 취지로 주장하므로(이는 결국 추계과세의 요건에 해당하지 아니한다는 주장이다) 살피건대, 을제17, 18, 19, 21호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉, ① 원고는 2002. 5. 20. 서울시 노원구청장에게 구 하계온천으로부터 목욕탕 영업자의 지위를 승계한 것으로 신고한 사실, ② 원고의 대표이사 강AA는 2007. 6. 20. 부산지방국세청 담당 공무원으로부터 위 기간 동안 10여명의 인원을 두고 온천업을 영위하였으나 장부는 보관하지 못하였고, 그 후 타산이 맞지 않아 □□앤씨에게 임대하여 주었다는 취지로 진술한 사실, ③ 원고의 세무신고를 담당한 세무사 김BB 역시 원고가 위 기간 동안 하계온천을 운영하였음을 전제로 단지 장부만을 보관하고 있지 아니한 것처럼 확인서를 작성하여 주었던 사실, ④ 위 기간 동안 하계온천의 가스사용량(수용가번호 000-0000-0인 것으로 보인다)에 따르면 2002. 7.경부터 같은 해 11.경까지(위 기간 동안 가스사용량이 0으로서 이 사건 건물 인수에 따른 시설 개・보수 또는 설비에 관한 분쟁 등으로 영업을 일시 중단하였던 것으로 보인다)를 제외한 나머지 기간 동안의 가스사용량은 비록 구 하계온천의 가스사용량에 비하여 상당히 저조하기는 하지만 꾸준히 유지되었던 점, ⑤ 원고는 위 가스사용량이 강AA의 동생인 강CC이 위 기간 중 일부기간(온천은 3개월, 수영장은 1년간) 동안 원고의 허락을 받지 아니하고 무단으로 원고의 이 사건 건물 중 일부시설을 이용하여 영업을 한 때문인 것으로 보인다는 취지로 주장하나, 을제31, 32, 33호증의 각 기재, 강AA와 강CC의 관계, 영업행위의 공연성, 영업기간 등을 고려할 때 이러한 주장을 받아들이기 힘든 점 등에 비추어 보면 갑제6호증의 1 내지 4, 갑제7 호증의 1, 2, 3의 각 기재, 증인 김DD의 증언만으로는 원고 회사가 위 기간 동안 영업을 하지 않았다는 취지의 원고의 주장을 뒷받침하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없을 뿐만 아니라(즉 원고 회사는 위 기간 동안 이 사건 건물에 설치된 엘리베이터 등 일부 설비들이 타인에게 별도로 매각되는 등으로 분쟁이 발생하여 영업에 일부 차질이 빚어지기도 하였으나 꾸준히 영업활동을 영위하였다고 보이고, 이에 따라 원고는 위와 같이 □□앤씨 등에게 이 사건 건물의 일부를 임대하면서도 위 설비들이 이 사건 건물에 부합된 것으로서 이 사건 건물을 사용하고 영업하는 데 지장이 없다고 주장하였던 것으로 보인다), 앞에서 본 바와 같이 피고로서는 원고의 대표이사 강AA 등을 조사하고 관련 장부의 제출을 요구하는 등으로 실지조사를 하려는 노력을 기울였음에도 불구하고 원고가 수입금액을 확인할 수 있는 장부 등 증빙서류를 제출하지 아니하여 추계과세를 하기에 이른 것이므로 결국 부가가치세법 제21조 제2항 단서에 정한 추계과세 요건을 충족한다고 봄이 상당하다.

나아가, 피고의 추계과세의 합리성 내지 적법성 여부에 관하여 살피건대, ① 동업자권형방법의 비교대상으로 선정된 위 각 사업체는 원고가 이 사건 건물을 취득하기 전의 온천영업자와 원고가 온천의 직영을 그만두고 영업시설을 임대하여 준 온천영업자로서 업황, 업소의 위치 및 규모, 평판 등에 있어 원고의 하계온천과 밀접한 관련이 있을 것으로 보일 뿐만 아니라 특히 영업능력이나 경제상황 변화, 건물의 사용현황 등에 의한 것으로 추정되는 위 각 사업체의 매출액의 변화를 감안하여 그 평균값을 산정하여 추계산정의 기준으로 삼은 것은 합리적이라고 판단되는 점, ② 비록 위 각 사업체의 매출액의 변화가 커서 위 각 사업체의 전기・가스사용량의 수입금액 기여도의 차이 역시 크다는 사실만으로는 피고가 채택한 동업자권형방법이 원고의 수입금액 추계 산정에 있어 불합리한 방법이라고 볼 수 없는 점(오히려 영업환경이나 영업능력 등의 차이에서 기인하는 것으로 보이는 매출액 변화를 고려하여 위 각 사업자의 매출액을 평균하여 계산함으로써 이러한 차이를 합리적으로 수용하였다고 보인다), ③ 원고가 장부 등 증빙자료를 제출하지 아니하고 비용과 관련한 자료만을 제출하고 있는 이 사건에 있어서는 관련 비용으로부터 수입금액을 역으로 추산・산정하는 비용관계비율방법이유일하고도 합리적인 수입추계방법으로 보이는 점, ④ 피고의 수입 추계방법에 의하면 위 각 사업체의 전기・가스량의 수입금액 기여도를 원고가 사용한 전기・가스량에 곱하여 추정수입금액을 산정하는 것이므로 이러한 수입금액 자체가 원고의 전기・ 가스량에 비례하여 이를 반영하는 것일 뿐만 아니라, 심지어 그 사용량이 없는 달에는 추정수입금액 역시 0이 되는 점 ⑤ 위 법령에 정한 추계방법은 제한적인 것이 아니고 예시적인 것이고, 추계가 합리적인 한 어느 방법에 의하여도 무방하며, 그 방법을 혼용 하여 사용하는 것도 가능한 점 등에 비추어 보면 피고가 위 기간 동안 원고 회사가 운영한 하계온천의 수입금액을 추계함에 있어 사용한 방법과 내용은 합리적이고 타당성 있는 근거에 따랐다고 봄이 상당하다.

3) 소결론

따라서, 위와 같이 원고 회사의 부동산 임대수입을 계상하고 수입금액을 추계결정 하여 한 피고의 이 사건 부가가치세 부과처분 및 그에 따른 이 사건 소득금액변동통지 는 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없다.