임차주택 임대차 자금지급은 사택의 제공에 갈음하여 행하여진 것으로 그 실질이 사택의 제공과 동일시 할 수 있음

종업원에게 사택을 제공하는 경우에는 부당행위계산부인의 대상에서 제외되나, 종업원이 사택을 제공받지 못하고 '주택임차자금을 보조받았다'는 이유로 그 인정이자 상당액을 상여처분하여 근로소득세를 부과한다면 과세형평에 어긋나는 점 등을 고려하면 이 사건 임차주택 임대차 자금지급은 사택의 제공에 갈음하여 행하여진 것으로 그 실질에 있어서는 사택의 제공과 동일시 할 수 있음

2011구합34115 법인세경정거부처분취소

주식회사 XX

남대문세무서장

2012. 4. 18.

2012. 5. 4.

1. 피고가 원고에 대하여 한 원고의 2010. 3. 26.자 2005 사업연도 귀속 법인세 감액경정거부처분 중 과세표준 000원 및 산출세액 000원에 관한 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위 및 업무무관가지급금 관련 경정처분 경위

(1) 원고는 1999. 1. 4. 주식회사 QQ은행과 주식회사 HH은행이 합병하여 신설된 법인으로 2002. 5. 20. '주식회사 LL은행'에서 현재 상호로 변경하였다.

(2) 주식회사 QQ은행은 1997 사업연도부터 1999 사업연도까지 뒤에서 보는 바와 같이 자신의 명의와 계산으로 국민주택규모 이하의 주택(이하 '이 사건 임차주택'이라 한다)을 임차하는 형식을 취하되 실질적으로는 '복지지침'에 따라 일정 요건을 갖춘 종업원들에게 임차에 소요되는 자금을 무상으로 지급하고, 이 사건 임차주택에 관한 임대차보증금을 업무용 고정자산 중 임대차보증금으로 계상하고 위 각 사업연도별 법인세를 신고하였다.

(3) 피고는 2003. 3. 31. 원고에게 "이 사건 임차주택의 임대차보증금은 특수관계자에 대한 업무무관가지급금이므로, <표 1> 기재와 같이 인정이자를 익금산입하고, 관련 지급이자를 손금불산입하여 1997 내지 1999 사업연도 각 결손금을 감액경정한 후, 1998 사업연도 귀속 법인세 000원 및 1999 사업연도 귀속 법인세 000원을 경정 •고지하였다.

〈표 1> 이 사건 임차주택에 관한 임대차보증금 관련 세무조정 내용

(아래 표 생략)

나. 제1차 경정거부처분 및 불복 경위

(1) 원고는 2007. 1. 31. 피고에게 "이 사건 임차주택 중 2000. 4. 3. 현재 임대차 기간이 남아있는 주택분을 종업원에게 제공한 것은 부당행위계산부인의 대상이 아닌 '사택의 제공'에 해당하므로, 2003. 3. 31.자 경정처분에 따라 익금산입, 손금불산입된 인정이자 및 관련 지급이자 중 위 주택분 관련 금액을 각 익금불산입, 손금산입함으로써 발생하는 이월결손금 000원을 2004 사업연도 귀속 법인세 과세표준 산정시 공제하여 당해 사업연도 법인세 과세표준 및 세액감경(위 이월결손금 공제 이외에도 다른 경정청구사유를 함께 들어 과세표준을 종전 신고금액인 000원에서 000원으로, 산출세액을 000원에서 000원으로 각 감경하는 내용이다)을 구한다"는 청구(이하 '제1차 경정청구'라 한다)를 하였다.

"(2) 피고는 2007. 12. 27. 원고에게 ''1997 사업연도부터 1999 사업연도까지 원고의 종업원에 대한 임대차보증금 제공과 관련한 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입에 따른 경정처분에 대하여 그 처분일(2003. 3. 31.)로부터 90일이 경과할 때까지 불복청구를 제기하지 아니하여 위 처분에 관한 확정력이 발생하였고, 2005. 3. 31. 1999 사업연도 이전 사업연도 귀속 법인세의 부과제척기간이 모두 만료되었다"는 이유로 경정거부처분(이하 '제1차 거부처분'이라 한다)을 하였다.",(3) 원고는 2008. 3. 20. 조세심판원에 제1차 경정거부처분의 취소를 구하는 심판 청구를 제기하였고, 2010. 8. 23. 조세심판원으로부터 "제1차 경정거부처분을 취소하고 1999 사업연도에 익금산입된 인정이자 상당액 중 000원 및 손금불산입된 지급이자 상당액 중 000원 합계 000원을 각 익금불산입 및 손금산입하여 계산된 결손금 상당액을 공제받을 수 있는 이월결손금으로 하여 2004 사업연도 귀속 법인세 과세표준과 세액을 경정한다"는 결정을 받았다.

다. 제2차 경정거부처분 및 불복 경위

(1) 원고는 2008. 3. 28. 피고에게 제1차 경정청구와 같은 이유로 2003. 3. 31.자 경정처분에 따라 익금산입, 손금불산입된 인정이자 및 관련 지급이자 중 2000. 4. 3. 현재 임대차기간이 종료한 주택분 관련 금액을 각 익금불산입, 손금산입함으로써 발생하는 이월결손금 000원을 2004 사업연도 귀속 법인세 과세표준 산정시 공제하여 당해 사업연도 법인세 과세표준을 000원에서 000원으로, 산출세액을 000원에서 000원으로 각 감경할 것을 구한다"는 청 구(이하 '제2차 경정청구'라 한다)를 하였다.

(2) 피고는 2008. 7. 7. 원고에게 제1차 경정거부처분과 같은 이유로 경정거부처분 (이하 '제2차 거부처분'이라 한다)을 하였다.

(3) 원고는 2008. 10. 2. 조세심판원에 제2차 경정거부처분의 취소를 구하는 심판 청구를 제기하였고, 2010. 12. 29. 조세심판원으로부터 1999 사업연도에 익금산입된 인정이자 상당액 000원을 익금불산입하고, 손금불산입된 지급이자 상당액 000원을 손금산입하여 계산된 결손금 상당액을 공제받을 수 있는 이월결손 금으로 하여 2004 사업연도 귀속 법인세 과세표준과 세액을 경정한다"는 결정을 받았다.

라. 2004 사업연도 귀속 법인세의 환급경위

(1) 피고는 2010. 2. 12. 원고에게 "피고가 2006. 3. 2. 원고에 대하여 한 2004 사업연도 귀속 법인세의 과세표준 000원 및 산출세액 000원의 감액경정거부처분을 취소한다"는 '대법원 2010. 1. 28. 선고 2008두1795 판결'에 따라 2004 사업연도 귀속 법인세의 과세표준을 000원에서 0원으로, 산출세액도 이에 상응하여 000원에서 0원으로 각 경정하는 처분을 하였다.

(2) 피고는 그 무렵 위 경정처분의 내용에 따라 원고가 이미 2004 사업연도 귀속 법인세로 납부한 금액 중 가산세 부분을 제외한 나머지 금액을 모두 원고에게 환급하였다.

마. 이 사건 경정거부처분의 경위

원고는 2010. 3. 26. 피고에게 제1, 2차 경정청구와 같은 이유로 2005 사업연도 귀속 법인세 과세표준을 000원, 세액을 000원으로 감액하여 달라"는 청구를 하였으나, 피고로부터 아무런 결정 통지를 받지 못하였다(이하 '이 사건 경정거부처분'이라 한다)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13호증, 을 제1호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 경정거부처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

종업원에게 사택을 제공한 것이므로 이 사건 임차주택에 관한 임대차보증금은 업무무관가지급금이 아니거나, 종업원에게 임대차보증금을 대여한 것으로 보더라도 경제적 합리성을 갖추어 부당행위계산부인 대상이 아니다. 따라서 1997, 1998 사업연도의 이 사건 임차주택에 관한 임대차보증금 관련 인정이자 및 지급이자 상당액이 각 익금불산입 및 손금불산입되면 결손금이 증액되므로, 이에 따라 1997 내지 2004 사업연도에 공제가능하였던 정당한 이월결손금이 순차 공제되었음을 전제로 2005 사업연도에 공제할 결손금을 계산하여야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 업무무관가지급금 해당성 등에 관하여

법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제2항 제7호의2의 반대해석상 '법인이 법인의 출자자나 출연자가 아닌 임원 및 종업원에게 사택을 제공하는 행위'는 부당행위계산부인의 대상에서 제외되고 (1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정된 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호에서는 이를 명문화하였다), '사택의 제공'은 법인세법 제43조의2 제2항 제2호의 '자금의 대여액'이 아니므로 업무무관가지급금에도 해당하지 않는 반면, '사택의 제공'의 실질이 종업원에게 000원을 초과하여 임대차보증금을 무상 또는 저리로 지급한 경우에 해당한다면 부당행위계산부인의 대상이 된다[법인세법 시행령 제46조 제2항 제7호, 동 시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 개정되기 전의 것) 제22조 제1, 2항]. 따라서 '사택의 제공'인지 아니면 '사용인에게 000원을 초과하여 임차에 소요되는 자금을 저리 또는 무상으로 지급한 경우'인지에 따라 부당행위계산부인의 대상인지 여부가 결정되는바, 그 판단방법은 임대차계약체결권자, 임차인 명의, 임대차보증금의 지급 및 관리, 종업원의 부담정도 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.

이 사건으로 돌아와 보건대, 원고는 자신의 명의로 임대차계약을 체결하고 임대차보증금을 지급한 점(갑 제13호증의 1, 2), 그런데 '복지지침'(갑 제12호증) 제28조 제2항에 의하면, 임대차보증금 수혜직원이 원고 직원주택조합에 참여하는 경우 동 조합주택 입주시까지, 동 조합주택 이외의 기타 신축 중인 국민주택규모 이하의 주택을 취득할 경우 동 주택 입주시까지 임대차보증금의 환입이유예되는 점, '복지지침' 제33 조 제2항에 의하면, 입주하는 종업원은 임대차보증금채무반환을 보증해야 하는 점, '복지지침' 제36조 제3항에 의하면, 입주한 종업원이 소속된 장은 수혜자격을 상실한 종업원으로부터 일정기한 내에 임대차보증금을 회수해야 하고, 기한 내에 회수가 안될 경우 지연손해금을 정구하여야 하는 점, 원고가 수혜직원에게 지원한 임대차보증금은 000원을 초과하는 것으로 보이는 점(갑 제13호의 1, 2) 등을 고려할 때, 원고는 자신의 명의와 계산으로 이 사건 임차주택을 임차하는 형식을 취하되, 실질적으로는 이 사건 임차주택에 입주하는 종원들에게 000원을 초과하는 임차에 소요되는 자금을 무상으로 지급한 것으로 봄이 상당하다. 그러나 한편 원고가 사택을 직접 구입 하여 소유함으로써 발생하는 자금 및 관리 부담 등에 비추어 자금을 보조하는 편이 훨씬 유리한 점, 무연고지로 전출되어 생활근거지 이외의 장소에 별도의 주거 장소를 마련하여야 할 경우도 있는 점, 원고는 종업원의 주거안정을 도움으로써 노사안정 및 근무의욕 고취로 무형의 이익을 얻을 수 있는 점, 종업원에게 사택을 제공하는 경우에는 부당행위계산부인의 대상에서 제외되어 이로 인한 세법상 아무런 불이익을 받지 않는 데 비하여, 종업원이 사택을 제공받지 못하고 "주택 임차 자금을 보조받았다"는 이유로 그 인정이자 상당액을 상여처분하여 근로소득세를 부과한다면 과세형평에 어긋나는 점, 1999 사업연도 귀속 법인세와 관련하여 조세심판원에서 '사택의 제공'으로 인정받은 점 등을 고려할 때, 원고의 이 사건 임차주택 임대차 자금지급은 사택의 제공에 갈음하여 행하여진 것으로서 그 실질에 있어서는 사택의 제공과 동일시 할 수 있으므로, 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래라고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분은 주장은 이유 있다.

(2) 이월결손금 공제에 관하여

(가) 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액은 모두 법인세법상 결손금에 해당하고, 법인의 과세 표준 등 확정신고나 정부의 조사•결정에 따른 과세표준 등 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것이 아니므로 이월결손금이 공제되지 아니하고 과세 표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 법인세법의 관계 규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있다(대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두2652 판결 참조). 또한 이월결손금은 법정 공제기간인 5년 이내에서 먼저 발생한 것부터 순차로 공제하여야 하는 것인 데다가 어느 사업연도에 이월결손금을 공제할 것인지 여부를 납세자의 선택에 맡길 경우 소득발생여부에 따라 자의로 각 사업연도의 과세표준 및 세액을 왜곡시킬 가능성이 있어 객관적으로 존재하는 이월결손금의 액수를 산정하는 것이 상당하다는 점 등을 감안하면, 종전 사업연도의 과세표준 및 세액이 확정되었더라도 그 후 사업연도의 과세표준 등을 산출함에 있어서는 전의 사업연도에 공제가능하였던 정당한 이월결손금이 순차로 공제 되었음을 전제로 당해 연도에 공제할 결손금을 계산하여야 한다(대법원 2004. 6. 11. 선고 2003두13212 판결 참조).

(나) 이 사건으로 돌아와 보건대, 1997, 1998 사업연도 귀속 법인세에 대해서는 제척기간의 경과로 더는 다툴 수 없지만, 원고가 1997, 1998 사업연도에 발생한 이월 결손금 중 미공제된 이월결손금이 있으므로 1997 내지 2004 사업연도에 공제하였던 정당한 이월결손금이 순차로 공제되었음을 전제로 2005 사업연도에 공제할 이월결손금을 계산하여 당해 사업연도 귀속 법인세 과세표준 및 세액을 다시 산출하여야 한다"고 주장하는 이 사건에서는 1997, 1998년 사업연도 귀속 법인세의 과세표준 결정이 잘못되어 결손금이 있다는 등의 주장을 할 수 있다.

나아가 앞서 본 바와 같이 피고는 이 사건 임차주택에 관한 임대차보증금을 업무무관가지급금으로 보아 원고의 1997 사업연도 결손금을 000원, 1998 사업연도 결손금을 000원 만큼 각 감액경정하였으므로, 1997, 1998 사업연도의 임대차보증금 관련 인정이자 및 지급이자 상당액을 각 익금불산입 및 손금불산입하면, 1997 사업연도 결손금이 000원, 1998 사업연도 결손금이 000원 추가인정된다. 따라서 갑 제11호증의 1 내지 9의 각 기재에 의하면, 위와 같은 방법에 따른 2000 사업연도 이후의 이월결손금은 아래 계산 및 〈표 2> 기재와 같고, 이에 따라 2005 사업연도 귀속 법인세 과세표준 산정시 공제되는 이월결손금은 000원이 되므로, 2005 사업 연도 귀속 법인세의 과세표준은 000원(= 위 이월결손금 000원 - 피고가 산정한 이월결손금 000원) 감액경정되어야 하고, 2005 사업연도 귀속 산출세액도 000원(= 000원 x 25%, 소숫점 첫째 자리에서 반올림) 감액경정되어야 하므로, 원고 의 이 부분 주장도 이유 있다.

〈각 사업연도별 누적 이월결손금〉

① 1997 내지 2000 사업 연도 : -000원(= 1997 사업 연도 000원 + 1998 사업 연도 000원 + 1999 사업 연도 000원 + 2000 사업 연도 000원)

② 2001 사업 연도 : -000원(= 2001 사업 연도 소득금액 000원+ 2001 사업 연도 자산수증이익 000원 - 1997 내지 2001 사업 연도 누적 이월결손금 000원)

③ 2002 사업 연도 : -000원(= 2002 사업 연도 소득금액 000원 - 2001 사업 연도 누적 이월결손금 000원)

④ 2003 사업 연도 : -000원(= 2003 사업 연도 소득금액 000원 - 2002 사업 연도 누적 이월결손금 000원)

⑤ 2004 사업 연도 : -000원(= 2004 사업 연도 소득금액 000원 - 2003 사업 연도 누적 이월결손금 000원)

〈표 2> 각 사업연도별 소득(결손)금액과 이월결손금 공제액

(아래 표 생략)

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.