사업자등록증상 개업연월일은 말 그대로 '사업을 개시한 시점'에 불과하므로 개업연월일을 건물의 신축연도라고 단정할 수는 없음.

사업자등록증상 개업연월일은 '사업을 개시한 시점'에 불과하므로 개업연월일을 건물의 신축연도라고 단정할 수는 없고, 원고가 영위한 양계업의 규모가 그리 크다고 할 수는 없는 점, 건물신축연도가 다투어지는 시점은 지금부터 약 30년 전인 점 등에 비추어 원고가 사업자등록을 하지 않은 상태에서 먼저 건물을 증축하고 사업을 개시하였을 가능성도 충분함.

소득세법 제97조

2014구합20263

〇〇〇

〇〇세무서장

2015. 5. 27.

2015. 6. 17.

1. 피고가 2013. 6. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 82,384,600원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다(청구취지 및 청구원인 변경신청서 기재 '징수결정'은 착오로 보인다).

1. 처분의 경위

가. 원고는 2011. 5. 26. 〇〇도 교육감과 사이에 자신 소유의 〇〇시 〇〇동 〇〇 임야 1,673㎡, 같은 동 447 임야 630㎡(이하 토지는 지번으로만 특정함) 및 그 지상 건

물 등에 관한 손실보상협의를 하고, 같은 날 〇〇 및 〇〇 토지에 관하여 공공용지의 협의취득을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다.

나. 원고는 2011. 8. 1. 피고에게 양도소득세를 신고하면서 〇〇 및 〇〇 토지와 건물

등의 취득가액을 환산가액인 572,073,160원으로 계산하였는데, 그 중 건물 956.3㎡1)(이하 '이 사건 건물'이라 한다)에 관하여는 그 취득일을 1981년으로 하여 환산가액491,068,804원으로 계산하였고, 이에 따라 산정한 양도소득세 83,595,710원 및 농어촌특별세 4,179,780원을 신고・납부하였다.

다. 〇〇지방국세청장은 2013. 3.경 피고에 대한 종합감사를 실시한 후 이 사건 건물

의 신축연도를 확인할 수 있는 객관적인 증빙서류가 없다는 이유로, 피고에게 원고가

양계장업 사업자등록을 한 1985년을 이 사건 건물의 신축연도로 하여 환산취득가액을

다시 산정할 것을 통보하였다.

라. 이에 피고는 2013. 6. 1. 이 사건 건물의 신축연도를 1985년으로 한 환산취득가액 253,338,460원을 산정한 다음, 원고에 대하여 2011년 귀속 양도소득세 82,384,600원 및 농어촌특별세 4,070,460원을 경정・고지(각 가산세 포함, 그 중 위 양도소득세 경정・고지를 이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2013. 8. 7. 심판청구를 하였으나 2013. 11. 15. 조세심판

원은 청구기각 결정을 하였다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1, 5, 7, 8, 13호증, 을 제1, 6 내지 8호증(각 가지

번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 군제대 직후인 1981년경 형 AAA과 함께 당시 모친 BBB 소유의 〇〇, 〇〇, 〇〇 토지 위에 이 사건 건물인 양계 축사를 신축하고 그 해 말부터 'CCC'이란 상호로 본격적으로 양계업을 시작하였다. 이후 445 토지는 AAA이, 〇〇, 〇〇 토지는 원고가 각 취득하였으나 원고와 AAA은 토지 경계에 대한 인식 없이 양계업을 해왔다. 경상북도 〇〇교육지원청이 2011. 5.경 시행한 〇〇초등학교 신설사업에 원고와 AAA 소유의 위 각 토지가 편입되어 토지 및 건물에 관한 보상을 받게 되었는데, AAA 소유의 토지 위에 원고가 신축한 건물은 원고가 보상을 받고, 원고 소유의 토지 위에 AAA이 신축한 건물은 AAA이 보상을 받았다.

원고는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호의 규정에 따라 이 사건 건물의 취득시기를 실제 신축시점인 1981년으로 하여 양도소득세 신고를 하였는데, 피고는 사실관계를 제대로 파악하지 못하고 사업자등록증상 개업시점인 1985년을 이 사건 건물의 취득시기로 보아 원고에게 양도소득세를 경정・고지한 것이므로, 피고의 이 사건 처분은위법하다.

나. 관계법령

다. 인정사실

1) 〇〇, 〇〇, 〇〇, 〇〇 토지에 관한 부동산등기부상 소유권이전등기의 주요한 내역은 다음과 같고(갑 제5호증의 1 내지 3 등), 각 토지의 위치 등은 별지 2 도면 표시와 같다.

2) 원고와 AAA이 2011년경 공익사업인 〇〇초등학교 신설공사와 관련하여 사업시행자인 〇〇와 사이에 체결한 손실보상협의 중 〇〇, 〇〇, 〇〇 토지 및 그 지상 건물 등에 관한 주요 내역은 다음과 같다(갑 제4, 6호증, 을 제3호증). 이 사건 건물은 〇〇, 〇〇, 〇〇 토지 위에 있고, 모두 다섯 동으로 이루어져 있는데, 〇〇 토지 위의 작업장과 양계장은 하나의 건물이나 보상 시 용도에 따라 구분되어 평가되었다.

3) 이 사건 건물을 포함한 〇〇, 〇〇, 〇〇, 〇〇1 토지 위의 건물들은 부동산등기부, 일반건축물대장에 전혀 등재되어 있지 않고, 다만 〇〇시가 작성한 '2011. 7. 일반건축물(2011년도분) 정기과세내역서'(갑 제3호증)에 다음과 같이 445 토지 위 건물 5동이 위치하고 소유자는 AAA이며 동인에게 재산세를 부과한 사실이 기재되어 있다.

4) 〇〇교육지원청 교육장은 사실조회 회신에서 AAA 소유의 〇〇 토지상의 건물에 대한 보상금을 원고에게 지급한 경위에 대하여 '〇〇초등학교 신설부지 보상 시 건물은 무허가 건물이었으며, 원고가 보상받은 〇〇 지상의 지장물은 원고가 사용하고 있었고 원고 소유임을 주장하여, 〇〇 토지 소유자 AAA에게 해당 지장물이 원고의 소유임을 확인하였고, 토지 및 지장물 보상계획 통보 시 대상 토지 및 물건조서 내용에 이의가 있을 경우 열람 기간 내에 이의신청을 안내하였으나, 원고와 AAA의 이의신청이 없어 토지조서 및 물건조서를 확정하고 감정평가 실시 후 보상하였음'이라고 밝혔다.

5) 〇〇초등학교 신설공사 편입 토지 등에 관한 감정평가를 담당한 주식회사 〇〇감정평가법인, 주식회사 〇〇감정평가법인은 〇〇, 〇〇, 〇〇 지상 건물의 보상평가에 관한 〇〇교육지원청 교육장의 의견요청에 대하여, '대상건물은 건물등기부등본, 일반건축물대장 등본에 등재되지 아니한 상태이며, 다만 과세대장에는 1969. 1. 1.신축된 목조 스레트지붕 건물 5개동이 등재되어 있음. 그러나 과세대장상 건물은 조사 시점 현재 당해 지번상의 건물과는 구조가 상이하고, 현상 등으로 볼 때 동일 건물로 보기는 어려운 실정임. 감정평가에 있어 건물의 내용연수는 정상적인 유지보수가 이루어지고 있는 점을 고려한 장래 경제적 내용연수 또는 잔존내용연수를 기준으로 하며, 대상건물의 신축연도는 고려하지 아니하였음'이라고 회신하였다(을 제5호증의 1, 2).

6) 원고는 2013. 3.경 〇〇지방국세청장의 종합 감사 직후, 이 사건 건물의 신축연도가 1981년도임을 증명하기 위하여, 피고에게 양계장업 관련 거래처, 인근 주민, 동장등의 확인서(갑 제2호증의 1 내지 10)를 제출하였는데, 그 내용은 대부분 원고가 1981

년경부터 양계업을 하였다는 취지이다.

7) 한편 원고가 2001. 6. 29. 피고로부터 발급받은 사업자등록증에는 '개업년월일:1985. 12. 1., 사업장소재지: 〇〇시 〇〇동 〇〇, 사업의 종류: 축산업(산란계, 육계), 교부사유: 재교부'라고 기재되어 있다(갑 제8호증).

인정근거 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 5, 8호증, 을 제3, 5호증(각 가지번호 포

함)의 각 기재, 이 법원의 〇〇교육지원청 교육장에 대한 사실조회 결과,변론 전체의 취지

라. 판단

1) 관련규정 및 법리

소득세법 제97조 제1항 제1호는 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제한 필요경비로 취득가액을 규정하고, 취득가액은 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액(가목), 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액(나목)으로 산정한다고 규정하고, 소득세법 제114조 제7항은 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액・매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있다. 그리고 소득세법 제98조는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고, 소득세법 시행령 제162조 제1항은 법 제98조 전단에서 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우 란 다음 각 호의 경우를 말한다고 하면서 제4호에서 '자기가 건설한건축물에 있어서는 건축법 제22조 제2항에 따른 사용승인서 교부일. 다만, (...) 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다'고 규정하고 있다. 한편, 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있으므로 위 법령상의 취득시기나 양도시기는 원칙적으로 과세권자가 이를 입증하여야 한다.

2) 판단

"위 법리에 비추어 이 사건 건물의 취득시기를 1985년으로 보아 양도차익을 산정한 이 사건 처분의 적법 여부에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 관계법령, 앞서 거시한 각 증거, 갑 제9호증, 을 제10, 11호증의 각 기재 및 영상에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정에 비추어 보면, 사업자등록증에 기재된 양계업 개업시점은 건물의 취득시기 확정에 관한 합리적인 기준으로 볼 수 없고, 오히려 원고가 제출한 증거들에 의하면 1981년경 원고가 이 사건 건물을 신축・증축하는 등으로 취득함으로써 사실상 사용하였다고 볼 여지가 있다. 따라서 이 사건 건물의 신축연도를 1985년으로 보아 그에 따른 환산취득가액으로 양도차익을 산정한 피고의 이 사건 처분은 위법하고, 원고의 주장은 이유 있다. ① 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있으므로, 원고에게 이 사건 건물에 관한 양도소득세를 부과하는 이 사건 처분의 경우, 이 사건 건물의 취득시기인 '사실상의 사용일', 즉 이 사건 건물의신축연도'는 원칙적으로 과세권자인 피고가 이를 입증해야 한다. ② 이 사건 건물은 441 토지상의 창고 12.71㎡, 445 토지상의 작업장 및 양계장 523.97㎡(= 167.01㎡ + 356.96㎡), 창고 27.6㎡, 446 토지상의 중추실 133.62㎡, 중추실 258.40㎡ 총 5동으로 이루어져 있고, 그 합계면적은 956.3㎡이다. ③ 피고가 원고에게 교부한 2001. 6. 29.자 사업자등록증에는, 원고가 이 사건 건물 소재지와 인접한 〇〇시 백천동 〇〇를 사업장소재지로 하여 1985. 12. 1.부터 축산업(산란계, 육계)을 개업하였음이 나타나고, 피고는 이를 근거로 원고가 1985년도에 이 사건 건물을 신축・취득한 것이라고 주장한다. ④ 부가가치세법상의 사업자등록은 과세관청으로 하여금 부가가치세의 납세의무자를 파악하고 그 과세자료를 확보케 하려는 데 입법취지가 있는 것으로서, 이는 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 관할세무서장에게 소정의 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립되는 것이고, 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과하다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2009두5886 판결 참조). 사업자등록증상 개업연월일은 말 그대로 '사업을 개시한 시점'에 불과하여, 위 시점을 곧바로 이 사건 건물의 신축연도라고 단정할 수는 없고, 오히려 원고가 영위한 양계업의 규모가 그리 크다고 할 수는 없는 점, 건물신축연도가 다투어지는 시점은 지금부터 약 30년 전인 점 등에 비추어 원고가 사업자등록을 하지 않은 상태에서 먼저 건물을 증축하고 사업을 개시하였을 가능성도 충분하다.",⑤ 피고는 사업자금 대출 시에 사업자등록증이 필수적으로 요구되므로, 원고가 사업자등록증을 발급받고 그 무렵 대출을 받아 이 사건 건물을 신축하는 등 양계업을 개시한 것으로 보는 것이 타당하다고 주장한다. 그러나 원고가 사업자등록증상 개업연월일 무렵인 1985. 12.경 양계업 관련 사업자금 등을 대출받았음을 인정할 아무런 증거가 없다(갑 제9호증의 기재에 의하면, 원고는 그로부터 1년 3개월 정도가 지난 1987. 3. 30. 농협은행 계좌를 신설한 사실이 인정되고, 이에 대하여 원고는 '사업자등록을 하지 않은 상태에서 1981년경부터 이 사건 건물을 신축하여 양계업을 하다가 형님 중 한분이 목돈이 필요하다고 하여 당좌를 사용하기 위해 사업자등록을 한 것인데,

당좌 개설요건으로 사업자등록 조건 외에 일정기간 잔고의 존재가 필요하여 뒤늦게 계

좌를 개설하게 된 것이다'고 주장하고 있을 뿐이다).

⑥ 피고가 제출한 1982. 5. 및 1985. 12. 각 항공사진(을 제10, 11호증)으로는 이 사건 건물이 1985년에 신축된 것으로 인정하기에 부족하다. 오히려 아래의 각 사정들에 의하면, 원고는 1981년경부터 이 사건 건물 등에서 양계업을 하였다고 볼 여지가 있다.

⑦ '2011. 7. 일반건축물 정기과세내역서'에는 〇〇 토지상 건물 5동에 관하여 재산세가 부과된 사실이 나타나는데, 위 5동 건물의 신축년도가 '1969. 1. 1.'로, 증개축일자가 '1981. 6. 18.'로 기재되어 있다.

⑧ 위 과세내역서에는 건물 5동(연면적: 252㎡, 585㎡, 30.1㎡, 60㎡, 189㎡)이 〇〇 토지 위에 소재하는 것으로 되어 있으나, 2011. 5.경 협의보상 시 현황을 직접 확인하고 작성된 물건조서에는 445 토지에 연면적 100㎡ 이상의 건물은 1동(작업장 및 양계장)만 있고, 446 토지에 원고 소유의 중추실 건물 2동(연면적: 133.62㎡, 258.4㎡) 등이 있는 것으로 나타난다. 이에 대하여 당시 현황조사를 통해 건물 등의 감정평가를 담당했던 감정평가법인들도 '과세내역서 기재 건물 5동은 조사시점 현재 당해 지번상의 건물과는 구조가 상이하고 현상이 다르다'는 의견을 밝히기도 했다. 따라서 위 과세 내역서에 기재된 건물의 소재지 등은 현황과는 다른 것으로서 정확하다고 볼 수는 없으나, 〇〇, 〇〇, 〇〇 토지 위에 있는 건물내역, 건물 신축 시점과 현재의 시점에서 측량 기술의 차이, 일부 건물의 노후로 인한 멸실 등을 고려하면, 위 과세내역서상 건물 5동은 1969. 1. 1.경 신축되어, 1981. 6. 18.경 증개축되었다가, 일부 멸실 등으로 이 사건 건물의 일부로 잔존하고 있다고 볼 여지도 있다.

⑨ 원고의 양계업(CCC) 관련 거래처, 양계장 직원, 인근 주민, 동장 등은 원고가 〇〇토지 등에서 1981년경부터 2011년경까지 양계업을 한 사실이 있다는 내용의

확인서를 작성하였다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.