1. 이 사건 소 중 주위적 청구인 피고 과학기술정보통신부장관에 대한 소를 각하한다.

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1. 기초사실

가. 원고는 사립대학교인 C대학교의 학교경영기관이고, C대학교 산하 D연구소는 1995.경부터 B사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 수행해 오고 있다.

나. C대학교와 피고 과학기술정보통신부장관(당시 미래창조과학부장관. 미래창조과학부는 2017. 7. 26. 과학기술정보통신부로 개편되었는데, 이하 미래창조과학부와 과학기술정보통신부를 통틀어서 ‘과학기술정보통신부’라 한다)은 2015. 2.경 당해연도 협약 연구기간을 2015. 1. 1.부터 2015. 12. 31.까지로 하는 이 사건 사업의 연구개발 과제 표준협약(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다.

연구개발과제표준협약서 연구개발 사업명: B사업 총 연구개발기간(계속사업): 1995년부터 다년도 협약연구기간(3년): 2013년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 당해연도 협약연구기간: 2015년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 협약당사자 갑: 피고 과학기술정보통신부장관 을: C대학교 총장 주관연구책임자(병): 소속 D연구소(이하 ‘이 사건 연구소’라 한다) 위 연구개발과제의 수행에 관하여 갑과 을은 다음과 같이 협약을 체결한다.

제3조(연구개발비의 지급) ① 갑은 을에게 다음과 같이 정부출연연구개발비를 지급한다.

(가) 제1차: 2015년 2월 20,000,000,000원 (나) 제2차: 2015년 6월 12,835,000,000원 제4조(연구개발비의 관리 및 사용) ① 을은 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(이하 ‘관리규정’이라 한다), 동 규정 시행규칙과 피고 과학기술정보통신부장관의 연구개발사업 처리규정(이하 ‘처리규정’이라 한다)이 정하는 바에 따라 정부 또는 정부 외의 자의 출연금, 참여기업의 부담금 등의 연구개발비를 다른 용도의 자금과 분리하여 별도의 계정을...