서울행정법원-2016-구합-65619(2017.04.13)

세무조사과정에서 발견된 매입거래에 대한 엑셀파일을 근거로 이루어진 추계과세의 적법성

장부가 없는 사업자에 대하여 세무조사과정에서 발견된 엑셀파일에서 확인되는 매입거래를 기준으로 이루어진 추계과세처분은 정당함. 동일한 과세목적물에 대하여 실질과세와 추계과세가 동시에 이루어지는 것은 적절하지 아니하므로 전체 매입거래를 기준으로 하여 추계 과세표준을 산정한 후, 기 신고된 가액을 차감하여 산출된 정당세액을 초과하는 부분은 부당함

부가가치세법 제57조

2017누45300 부가가치세등부과처분취소

김AA 외 1명

○○세무서장 외 1

2018. 11. 29.

2019. 01. 31.

1. 제1심 판결 중 아래에서 취소하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.

가. 피고 ○○세무서장이 2015. 0. 0. 원고에 대하여 [별지1] 순번 2, 4, 5, 7, 8 기재와 같이 한 각 부가가치세 부과처분 중 [별표1] '정당세액'란 기재 각 금액을 초과하는 부분(각 가산세 포함) 및 나. 피고 BBB세무서장이 2015. 0. 0. 원고에 대하여 [별지1] 순번 9, 11 기재와 같이 한 종합소득세 부과처분 중 [별표1] '정당세액'란 기재 각 금액을 초과하는 부분(각 가산세 포함)을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송 총비용 중 85%는 원고가 부담하고, 15%는 피고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고 ○○세무서장이 2015. 0. 0. 원고에 대하여 [별지1] 순번 1내지 8 기재와 같이 한 각 부가가치세(각 가산세 포함) 부과처분과 피고 BBB세무서장이 2015. 0. 0. 원고에 대하여 [별지1] 순번 9 내지 11 기재와 같이 한 각 종합소득세(각 가산세 포함) 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 2. 15.부터 CCC라는 상호로 의류 도매업을 하다가, 2009. 6. 10. 배우자 DDD 명의(상호 'EE')로, 2010. 1. 1. 자녀 FFF 명의(상호 'GG')로 사업자등록을 하고 위 상호로도 의류 도매업을 하였다.

"나. 서울지방국세청(이하 '조사청'이라 한다)은 2015. 0. 0.부터 이루어진 원고에 대한 세무조사과정에서 위 업체들의 원단 결재금액, 공장공임 등이 기록된 엑셀파일 등이 저장된 이동식저장매체(USB)를 발견하고, 위 USB에 저장되어 있는 자료(이하 '이 사건 USB 자료'라고 한다) 중 각 거래처별로 월별ㆍ분기별 원단 결제금액을 기재해 놓은 자료(을 제13호증의 4, 이하이 사건 원단별 결제총액 자료'라 한다)의 상단 금액 합계액과 거래처별로 일자별, 품목별, 공임단가를 기재해놓은 자료(을 제13호증의 3, 5, 6, 이하이 사건 공장공임 자료'라 한다)의 공임 합계액을 원고의 매입금액으로 판단하였다.",다. 조사청은 이 사건 USB 자료 등에 기초하여, 아래 표 기재와 같이 원고가 2011.1. 1.부터 2014. 12. 31.까지 원단을 매입하고 그 대금 등으로 00,000,000,000원을 결제하였음에도 불구하고, 0,000,000,000원의 매입세금계산서만을 수취하였다고 보고, 피고들에게 원고가 위 미수취 매입세금계산서 금액 00,000,000,000원(= 00,000,000,000원-0,000,000,000원)을 '셔츠 및 외의 도매업' 매매총이익률로 환산한 00,000,000,000원 상당의 의류 매출에 관한 신고를 누락하였음을 통보하였고, 피고들은 위 과세자료에 근거하여 원고에게 청구취지 기재 부가가치세 및 종합소득세를 각 경정ㆍ고지하는 처분을 하였다(이하 위 각 부과처분을 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2015. 0. 0. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2016. 0.

0. 그 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 제7호증, 을 제1호증 내지 제15호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 절차적 위법

원고의 아들인 HHH은 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법'이라 한다) 제81조의10 제1항에서 규정하고 있는 '납세자'가 아니므로, 조사청이 위 HHH의 동의를 받아 이 사건 USB 자료를 보관하였다고 하더라도, HHH이 납세자가 아닌 이상 HHH의 동의는 효력이 없고, 조사청이 납세자인 원고의 동의를 받지 아니하고 취득한 이 사건 USB 자료는 위법수집증거에 해당한다. 따라서 이에 근거한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 실체적 위법

가) 이 사건 USB 자료는 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때 그 진정성이나 신빙성이 없다. 따라서 이 사건 USB 자료에 근거한 이 사건 처분은 실질과세원칙, 근거과세원칙에 위배되어 위법하다.

(1) 이 사건 공장공임 자료에는 날짜, 품목, 장수, 공임, 합계금액 등 세부적인 거래내용이 기록되어 있는 반면, 이 사건 원단별 결제총액 자료에는 그러한 내용이 기재되어 있지 않고 단지 금액만이 기재되어 있을 뿐이어서, 어떠한 근거로 이 사건 원단별 결제총액 자료가 작성되었는지를 전혀 알 수 없으므로 이 사건 원단별 결제총액 자료는 신빙성이 없다. 또한 원고가 JJJ에게 이 사건 USB 자료를 작성하라고 지시한 사실이 전혀 없고, JJJ이 신고포상금을 받기 위해 사후에 만들었거나 사전에 만든 자료를 수정하였을 가능성을 배제할 수 없다.

(2) 조사청은 이 사건 원단별 결제총액 자료의 상단 금액이 원고의 실제 원단매입 금액이고, 위 상단 금액의 20%에 해당하는 하단 금액이 원고가 매입세금계산서로 수취하기 위하여 기재한 금액이라고 보았는데, 위 하단 금액과 원고가 실제로 수취한 세금계산서상의 금액이 전혀 일치하지 않으므로, 이 사건 USB 자료는 신빙성을 인정할 수 없다. 만약 JJJ이 위 하단 금액을 과소신고를 위한 기준으로 삼기 위하여 기재한 것이라면, 신고 후 원고가 실제 수취하고 신고한 내역으로 수정하였어야 할 텐데 JJJ이 이를 수정하지 않았다는 점에서 위 자료는 신빙성이 없다.

(3) 이 사건 '알자나 프로그램' 자료에 따른 2014. 4. 4.부터 2014. 12. 31.까지의 원고의 매출액과, 이 사건 원단별 결제총액 자료에 매매총이익률을 적용하여 계산한 같은 기간 동안의 원고의 매출액이 일치하지 아니하므로, 이 사건 원단별 결제총액 자료는 신빙성이 없다.

(4) 동대문 의류업체의 특성에 비추어 볼 때, 2011년부터 2014년까지 총 4년의 기간 동안 약 000억 원 상당의 원단을 매입하는 것은 불가능하다. 피고들이 주장하는 원고의 원단 매입금액이 지나치게 높아 신빙성이 없다.

(5) 조사청 소속으로 원고에 대한 세무조사를 실시한 KKK은 관련 형사사건에서 증인으로 나와 이 사건에서 추계의 기초사실로 사용한 이 사건 USB 자료에 대하여 작성자 JJJ의 실제 작성 여부, 기재된 원단업체의 존재 여부, 위 원단업체가 원고에게 자료에 기재된 금액 상당의 원단을 공급하였는지 여부 등에 대하여 전혀 조사를 하지 않았다고 진술하였다. 이와 같이 세무조사 당시 이 사건 USB 자료의 의미와 신빙성에 관한 실지조사가 전혀 이루어지지 않았으므로, 이 사건 USB 자료의 정확성을 담보할 수 없다. 특히, 사업자등록번호 및 대표자 성명이 특정되지 않은 업체의 경우, 업체의 존재 여부조차 알 수 없고, 원고와 이 사건 USB 자료에 기재된 금액대로의 거래가 있었는지 여부도 전혀 밝혀지지 아니하였는바, 적어도 사업자등록번호 및 대표자 성명이 특정되지 않은 업체는 이 사건 처분에서 제외되어야 한다.

나) 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때 이 사건 처분의 추계 결정 방법은 그 자체로 위법하다.

"(1) 원고가 운영하는EE

GG'의 영업은 원단을 매입하여 의류를 제조한 후 판매하는 업종인데, 원고의 영업의 실질이 무엇인지에 대한 아무런 조사 없이 셔츠 도매업의 매매총이익률을 적용하였다. 피고들은 원단매입 비용뿐만 아니라 의류를 가공하는데 사용한 공장공임까지 매입금액에 포함하여, 이 매입금액을 기초로 매매총이익률로 환산하는 추계방식에 의하여 매출금액을 00,000,000,000원으로 산정하였는데, 원고의 업종이 제조업이라면 경비로 지출한 공장공임은 매입금액에서 제외하여야 한다.",(2) 당해 과세연도의 매출액을 매매총이익률에 의한 추계조사 방식으로 경정하기 위해서는 재고수량 및 금액에 대한 조사를 통하여 이를 확정하고 그에 따른 매출액을 추계하여야 함에도, 매출원가의 산정에 기말상품의 재고액에 관한 조사를 하지 아니하고 전부 팔린 것을 전제로 매출누락을 추계하였다. 부가가치세법 시행령 제104조 제1항 제4호 다목은 일정기간 동안의 평균재고금액과 매출액 또는 매출원가의 관계를 정한 상품회전율 에 의한 추계 방법을 규정하고 있으므로, 이 사건과 같이 당사자에게 상당한 재고가 있는 경우에는 그 재고를 고려한 추계 방법을 선택했어야 함에도, 재고를 전혀 반영하지 않은 추계 방법을 선택하였다.

"(3) 원고가 동대문시장에서 판매하는 제품은 의류 한 벌당 몇 천 원에 불과한 저가의 제품인데, 원고의 판매가격은 이 사건에 있어서 피고들이 적용한 매매총이익률(2011년 21.1%, 2012년 22.82%, 2013년 24.41%, 2014년 24.41%)에 훨씬 미치지 못한다. 그럼에도 피고들은 위와 같은 매매총이익률을 적용하였는바, 이처럼 원고의 특수한 사정을 고려하지 아니하고 일률적인 매매총이익률을 적용한 것은 합리성과 타당성이 인정되지 아니한다. 또한 같은 업종이라도 지역, 종업원 수, 임대료 등이 달라서 매출원가 대비 매출액의 비율이 다름에도 동일한 업종별 매매총이익률을 적용하였다. 부가가치세법 시행령 제14조 제1항 제4호(이하 '이 사건 시행령 규정'이라 한다)는 국세청장에게사업의 종류별ㆍ지역별로 일정기간 동안 매출액과 매출총이익의 비율을 정한 매매총이익률'을 정할 것을 위임하고 있는데, 이 사건 매매총이익률은 위 시행령 규정의 위임 범위 및 기준인사업의 종류별ㆍ지역별'을 충족하지 못하였을 뿐만 아니라 이 사건 시행령 규정이 위임하지 아니한업종별 사업자수'를 또 다른 기준으로 하였다.",(4) 원고는 피고들이 인정하는 매입신고금액보다 0,000,000,000원을 더 많이 신고하였다. 따라서 추계 매출금액의 기초로 사용된 매입누락금액이 과다하게 산정됨으로써 추계 매출금액도 잘못 산정되었다.

나. 관계 법령

[별지2] 기재와 같다.

다. 이 사건 처분의 절차적 적법성 여부

1) 관련 법리

구 국세기본법 제81조의10 제1항은 '세무공무원은 세무조사의 목적으로 납세자의 장부 또는 서류 등을 세무관서에 임의로 보관할 수 없다. 다만, 납세자의 동의가 있는 경우에는 목적에 필요한 최소한의 범위에서 세무조사 기간 동안 일시 보관할 수 있다.'고 규정하고 있고, 제2항 본문은 '제1항 단서에 따라 일시 보관하고 있는 장부 등에 대하여 납세자가 반환을 요청한 경우에는 조사에 지장이 없는 한 즉시 반환하여야 한다.'고 규정하고 있으며, 제3항은 '제1항에 따라 납세자의 장부 등을 세무관서에 일시 보관하고자 하는 경우에 세무공무원은 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는자로부터 일시보관 동의서를 받아야 하며, 일시보관증을 교부하여야 한다.'고 규정하고 있다.

2) 인정사실

"갑 제27호증, 을 제20, 21호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, ① 조사청이 원고에 대한 개인통합조사를 개시한 날인 2015. 0. 0. 조사청 소속 조사관이 CCC 사무실의 컴퓨터에 꽂혀 있는 이 사건 USB 장치를 발견하였고, 당시 사무실에 있던 원고의 아들 HHH으로부터조사공무원이 요청한 장부ㆍ서류 등의 제출 및 세무관서 일시 보관에 대하여 동의한다.'는 내용의 동의서를 작성ㆍ제출받은 다음 이 사건 USB 장치를 가지고 나온 사실, ② 원고는 2015. 4.경 세무사 LLL를 위 사건의 세무대리인으로 선임하였는데, 세무조사 종결 후인 2015. 12. 16. LLL를 통하여 이 사건 USB 자료 및 기타 서류 등을 반환받은 사실, ③ 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 0. 0.경 조세심판원에 심판청구를 하였고, 위 청구가 기각되자 2016. 0. 0.경 서울행정법원에 이 사건 소를 제기하였는데, 위 심판청구 및 소제기 당시 원고는 이 사건 USB 자료의 신빙성만을 다투었을 뿐 이 사건 USB 자료의 취득 경위에 대한 절차의 위법을 다투지 아니하다가 이 사건 2017. 0. 0.자 준비서면을 통하여 비로소 이 사건 USB 자료의 일시 보관에 관하여 이의를 제기하였던 사실을 인정할 수 있다.",3) 판단

위 인정사실에 의하여 알 수 있는 원고와 HHH 사이의 친족관계, 이 사건 USB 자료의 관리 상태, 조사청이 이 사건 USB 자료를 보관하다가 반환한 경위 및 그 동안의 원고의 태도 등에 비추어 보면, HHH은 원고로부터 이 사건 USB 자료의 관리를 위임받은 사람으로서 원고를 대리하여 이 사건 USB를 제출할 권한이 있는 자라고 보는 것이 타당하다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

라. 이 사건 처분의 실체적 적법성

1) 이 사건 USB 자료의 신빙성 인정 여부

가) 인정사실

(1) 이 사건 USB 자료 중 이 사건 원단별 결제총액 자료의 파일명은 '분기별 세금계산서'이고, 2011년 2분기부터 2014년 3분기까지 각 고정 거래처별로 15일 단위로 거래 금액으로 보이는 금액이 기재되어 있으며, 상단에는 각 금액의 합계액이, 하단에는 위 상단 합계액의 20%에 해당하는 금액이 기재되어 있다. 한편 이 사건 공장공임자료에는 공장별로 제작을 맡긴 일자와 품목, 수량, 공임 및 합계 금액이 자세하게 기재되어 있다.

(2) 원고는 2015. 0. 0. 조사청의 범칙혐의자 심문 당시 "이 사건 원단별 결제총액 자료를 원고의 직원 JJJ이 CCC의 운영과 관련하여 작성하였다. 정확한 금액은 건건이 확인하기 어려우나 현금결제 등을 한 것으로 세금계산서를 수취하지 아니한 것은 사실이다.", "이 사건 USB 자료에 기재된 공장공임과 원단 결제금액은 2011년부터 2014년까지 원고가 운영하는 업체의 공장공임과 원단 결제금액이다.", "매입누락한 원단은 모두 의류로 제조하여 매출하였으나, 그 때 그 때 현금을 받고 매출한 후 기록하지 않아 정확한 매출거래처 및 매출금액은 알 수 없다."라는 취지로 진술하였다(을 제4호증 중 4, 6쪽 참조). 또한 원고는 매출 및 매입 금액 중 일부를 원고 및 FFF, DDD 명의의 금융계좌를 이용하여 입금 받거나 지급한 사실이 있다는 취지의 확인서(을 제6호증)를 작성하여 제출하였다.

(3) 원고는 2015. 0. 0. 관련 형사사건(MMM지방법원 2015고합000호, 이하 '관련 형사사건'이라 한다)의 검찰 조사 당시 "원고 명의로 개설된 계좌는 2013년도까지는 일부 사용했으나 그 이후부터는 사용하지 않았고, 원단가게에 돈을 줄 때에는 주로 남편 DDD, 아들 FFF 명의의 통장을 이용하였다.", "분기별로 디자이너들이 '원단별

"결제총액' 등으로 제목을 붙여 작성하여 원고에게 보고하였다."라는 취지로 진술하였다. 원고의 직원 PPP은 "처음에 JJJ이 표를 만들어 주면, JJJ이 하는 것을 보고 배워서 위원단별 결제총액' 표를 만들었다. 원단가게에 대금을 지급했으므로 그에 대한 세금계산서를 발급받기 위하여 이렇게 표를 작성한 것으로 알고 있다."라는 취지로 진술하였다(갑 제18호증의 9 중 2, 5~7쪽 참조).", "(4) 원고는 2015. 0. 0. 검찰 4회 조사에 이르러 수사관으로부터, 계속 세금신고 누락한 매입내역이 지나치게 많다고만 주장하고 이를 검증할 자료는 제출하지 않고 있다, JJJ, XXX, PPP 등의 디자이너들은 자신들이 원단업체에서 보내온 정산서를 보고, 그 정산서가 맞는지 여부를 확인한 다음 원단대금의 20%에 해당하는 세금계산서를 받기 위하여 위와 같이원단별 결제총액'이라는 이름으로 원단대금과 20%에 해당하는 금액을 표시하여 원고에게 주었고, 원고는 이를 근거로 원단업체에 원단대금을 지급하고 대금의 20%에 해당하는 세금계산서를 무상으로 받았다고 진술하였다, 범죄일람표는 원고가 고용한 디자이너들이 작성한 원단별 결제총액표와 공장공임표를 보고 작성된 것으로 원고는 근거 없이 내용을 부정하고 있다."라는 등의 추궁을 받자, 그 기재와 같은 거래내역을 다투면서도 그것이 원고의 직원들에 의해 작성된 자료라는 사실 자체는 모두 인정하는 취지의 진술을 하였다(갑 제18호증의 11 중 5~7쪽 참조).",(5) 원고의 직원 XXX, PPP은 관련 형사사건에서 증인으로 출석하여 "이 사건 원단별 결제총액 자료는 JJJ, XXX, PPP 등이 함께 작성하였고, 15일 단위로 원단업체의 자료와 비교ㆍ확인하면서 작성하여 허위로 입력한 부분이 없다."라는 취지로 진술하였다.

(6) 이 사건 USB 자료는 원고의 거래내역을 확인할 수 있는 유일한 장부이다.

[인정근거] 갑 제18호증의 9, 11, 을 제4, 6호증, 을 제13호증의 3 내지 6, 을 제23, 25호증의 각 기재에 변론 전체의 취지

나) 판단

위 인정사실 및 아래 거시 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 USB 자료는 JJJ 등 원고의 직원들에 의하여 업무상 작성된 자료로서 원고의 실제 거래내역에 부합하는 것으로 그 신빙성이 높다.

(1) 이 사건 USB 자료 중 이 사건 원단별 결제총액 자료에는 이 사건 공장공임 자료와 달리 원단 매입금액과 관련하여 구체적인 품목별 원단 매입내역이나 재고 등을 확인할 자료가 없기는 하다. 그러나 이 사건 원단별 결제총액 자료의 규모나 구체성에 비추어 볼 때, JJJ이 위 자료를 허위로 작성할 만한 특별한 동기나 사정이 보이지 않고, 달리 JJJ이 일방적으로 작성하였다거나, 신고포상금을 받기 위하여 사후에 만들었거나 사전에 만든 자료를 수정하였다는 점을 인정할 만한 자료도 없다. 오히려 이 사건 원단별 결제총액 자료는 JJJ 혼자 임의로 작성한 것이 아니라 원고의 사업장에서 근무하던 PPP, XXX이 함께 작성하였고, 15일 단위로 원단업체의 자료와 비교ㆍ확인하면서 작성한 것이어서 허위 개입의 여지가 적은 것으로 보인다. 원고는 달리 이 사건 USB 자료 내용이 사실과 다르다고 볼 만한 신빙성 있는 다른 자료를 제시하지 못하고 있다.

(2) 관련 형사사건 공소장(갑 제00호증)에 "피고인은 원단업체로부터 실제 공급받은 원단대금의 약 20% 상당에 해당하는 매입세금계산서를 교부받는 등 세금계산서를 축소하여 발급받고"라고 기재되어 있기는 하다. 그러나 이 사건 원단별 결제총액 자료의 하단 금액은 원고가 과소신고를 하기 위한 일응의 기준으로 삼기 위하여 기재한 것으로 보일 뿐, 피고들이 위 하단 금액을 이 사건 과세처분의 근거로 삼았다고 보기 어렵고, 위 하단 금액이 원고가 실제 수취한 세금계산서상의 금액과 일치하지 않는다거나, JJJ이 신고 후 위 하단 금액을 수정하지 않았다는 이유만으로 이 사건 원단별 결제총액 자료의 신빙성을 배척할 수는 없다.

"(3) 을 제5, 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 '알자나 프로그램' 자료에 의한 2014. 0. 0.부터 2014. 0. 0.까지의 원고의 매출액은 된다. 이에 따르면, 이 사건 '알자나 프로그램' 자료에 따른 2014. 4. 4.부터 2014.12. 31.까지의 원고의 매출액과, 이 사건 원단별 결제총액 자료에 매매총이익률을 적용하여 계산한 같은 기간 동안의 원고의 매출액이 10억 원 이상 차이가 나는 것은 원고가 주장하는 바와 같다. 그러나 이 사건 '알자나 프로그램' 자료가 위 기간 동안의 매출액을 전부 반영하고 있다고 볼 만한 자료가 없으므로, 이 사건알자나 프로그램' 자료와 이 사건",원단별 결제총액 자료에 따른 매출금액이 서로 차이가 난다는 사정만으로 이 사건 원

단별 결제총액 자료의 신빙성을 배척할 수는 없다.

"(4) 갑 제13호증의 1 내지 6의 각 기재에 의하면, 원고가 운영하던CCC' 주변의 다른 동대문 의류업체들이 2011년부터 2014년까지 약 00억 원 내지 약 00억원을 매입대금으로 신고한 사실은 인정된다. 그러나 제1심 증인 김기상의 증언에 의하면, 동대문 의류업체에서 세금계산서를 발행하지 않는 현금거래가 빈번하게 이루어졌던 것으로 보이는 점, 이 사건알자나 프로그램' 자료에 의하더라도 2014. 0.경부터 2014. 0.경까지의 총 9개월의 기간동안 원고의 매출액은 00억 원이 넘는바, 4년 동안 000억 원 상당의 원단 매입금액이 지나치게 높다고 보이지 않는 점, 원고가 제출한 주변 의류업체들과 원고의 사업 내용, 점포규모, 직원 수, 외형, 거래 형태 등이유사하다는 점을 인정할 만한 아무런 자료가 없는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 USB 자료에 따르면, 위 주변 의류업체들의 매입세액과 비교하여 원고의 매입규모가 높다는 사정만으로 그 중 이 사건 원단별 결제총액 자료의 신빙성을 배척할 수는 없다.",(5) 이 사건 USB 자료는 원고가 보관하고 있던 사실상의 유일한 자료로서, PPP, XXX, JJJ 등 원고의 직원들이 업무에 관하여 작성한 사실이 인정되고, 이 사건 USB 자료의 규모나 구체성에 비추어 볼 때 위 직원들이 허위의 거래내역을 기록하였을 만한 특별한 사정이 발견되지 않는다. 따라서 피고들이 이 사건 USB 자료에 나타난 원고의 모든 거래업체 및 거래내역에 대한 실지조사를 하지 않았다고 하여 이 사건 USB 자료의 신빙성을 배척할 수 없다.

2) 이 사건 추계결정 방법의 적법 여부

"가)셔츠 및 외의 도매업' 매매총이익률 적용의 적법성 여부",(1) 관련 법리

과세처분의 취소를 구하는 소송에서 그 과세처분의 위법 여부는 그 과세처분에 의하여 인정된 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 할 것이므로, 과세관청이 과세표준과 세액의 산출ㆍ결정과정에서 잘못을 저질러 과세처분이 위법한 경우라도 그와 같이 하여 부과ㆍ고지된 세액이 정당한 산출 세액의 범위를 넘지 아니하고 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면 정당세액 범위 내의 부과고지처분이 위법하다 하여 이를 취소할 것은 아니다(대법원 2006. 6. 15. 선고 2004두3823 판결 참조).

(2) 판단

"앞서 든 증거와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 또는 사정들을 위 법리에 비추어 볼 때, 조사청이 이 사건 처분 당시셔츠 및 외의 도매업' 매매총이익률을 적용한 것이 위법하다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.", "(가) 원고는 사업자등록 및 부가가치세 신고를 할 당시, 스스로업태'를도매 및 소매업'으로,종목'을셔츠 및 외의 도매업'으로, '업종코드'를 '513121'으로 하여 신고하였고, 피고들은 이에 따라셔츠 및 외의 도매업' 매매총이익률을 적용하였다.", "(나) 원고의 사업장이 소재한 서울 ◎◎ ◇◇◇1가길 소재 ◆◆프라자의 2018. 10. 현재 사업자등록 내역에 의하면, 총 300개 사업자 중 155개 업체는 부동산 임대업으로, 5개 업체는 기타 서비스 등으로, 2개 업체는 제조업으로 사업자등록을 하였고, 나머지 138개는 원고와 동일한 도ㆍ소매업으로 사업자등록을 하였다. 따라서 원고처럼 원단을 구매하여 외부에 의류 임가공을 맡기고 이를 다시 판매하는 업체들이 대부분 도ㆍ소매업으로 사업자등록을 하고 있는 것으로 보인다. 그렇다면 국세청이 작성한셔츠 및 외의 도매업' 매매총이익률에는 위와 같은 동종업계 의류 도매업체의 매출액 및 매출총이익이 조사ㆍ반영되었을 것이다.", "(다) 동대문에서 의류가 생산ㆍ판매되는 과정을 보면섬유

방직' 등의 상호를 가진 원사업체들이 원단을 제조해서 원단업체에 판매하고, 원단업체는 의류 도매업체에 원단을 판매하며, 의류 도매업체는 의류를 디자인하여 임가공업체에 원단과 디자인 도안을 주면서 의류생산을 맡긴 후 생산된 의류를 받아서 판매하는 구조이다. 국세청의 업종별 부가가치율표에의류 임가공업'이라는 업종이 따로 규정되어 있지 않고, 원고는 원단을 구입한 후 공임을 인건비로 지출하는 것이 아니라 외부에 공임을 지급하여 원단을 가공하므로, 의류 도ㆍ소매업자에 유사하다.",(라) 설령 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건의 업종을 제조업으로 보아 부가가치율을 적용한다 하더라도, 이에 따른 원고의 매출추계액을 '원단매입대금(공급가액)×1÷(1-부가가치율)'의 공식에 따라 산정하여 각 과세기간별 매출누락액을 [별지5] 기재와 같이 계산해 보면, 이 사건 처분의 기초로 삼은 누락매출금액보다 더 많은 금액이 된다(나아가 뒤에서 보는 바와 같이 도매업 매매총이익률을 적용한 정당세액 산출 과정에서 산정되는 매출누락액보다도 많다).

나) 재고 및 재고처리용 할인판매에 관한 추가 반영이 필수적인지 여부

(1) 과세관청이 납세자로 하여금 세금계산서ㆍ장부 기타 증빙의 부당성을 지적하고 새로운 자료를 제출하게 하여 실지조사를 하더라도 과세표준과 세액을 결정할 수 없음이 명백한 경우까지 실지조사를 하지 아니하였음을 이유로 추계 결정 및 그에 따른 과세처분이 위법하다고 볼 수는 없다(대법원 1996. 7. 30. 선고 94누15202 판결 참조).

(2) 매매총이익률에 의한 추계 방식에 따라 누락 매출금액을 계산하는 산식은 "추계 매출금액 = 매출원가÷(1-매매총이익률)"이 되고, 여기에서 '매출원가'는 "기초재고액 + 당기매입액 - 기말재고액"을 가리키는 것이다. 따라서 매매총이익률 적용에 따라 매출금액을 정확하게 추계하는 데에는 '기초재고액'과 '기말재고액'이 필요하다고 할 수 있다. 한편 이 사건 USB 자료 중 파일명 '공장재고', '공장재고장[1]', '원단재고' 의 자료에는 일정 시점에 원고의 사업장에 일정량의 원단 재고가 존재한 사실은 인정된다. 그러나 나아가 위 자료만으로는 각 과세기간 기초재고액과 기말재고액을 파악할 수 없고, 원고는 이 사건 변론종결일 현재까지도 정확한 기초재고액, 기말재고액에 관한 주장 및 증명을 하지 못하고 있다. 여기에 원고와 같은 업체는 매년 일정액의 기초재고액과 기말재고액을 유지하는 것이 통상적인 점 등의 사정을 보태어 보면, 피고들이 기초재고액 및 기말재고액에 관한 조사 없이 매입누락금액에 매매총이익률을 적용하여 매출액을 추계한 것은 그 합리성과 타당성을 인정할 수 있다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

"(3) 이 사건셔츠 및 외의 도매업' 매매총이익률이 동종업계의 사업자들의 표준손익계산서 등을 업종별로 분석하여 상ㆍ하위 20%를 제외한 사업자의 평균에 의하여 산정된 이상, 재고ㆍ재고처리용 할인판매(이하 '땡처리'라 한다)ㆍ기부 등에 의한 손실 역시 반영되어 있다고 보는 것이 타당하다. 즉, 의류업종에 있어서 재고처리, 땡처리는 원고의 특별한 사정이 아닌 보편적 현상으로서, 땡처리한 금액도 매출액으로 부가가치세 신고대상이 되므로, 성실한 사업자는 땡처리 금액을 매출세액으로, 땡처리 대응 매입금액은 매입세액으로 하여 신고ㆍ납부하였을 것인바, 이 사건에 적용된 매매총이익률에는 의류업종의 땡처리 금액을 반영하고 있다. 원고는, 이 사건 과세기간 동안 땡처리와 기부 금액 등으로 인하여 정상가격과 실제 매출금액 사이의 차액이 0,000,000,000원(= 0,000,000,000원 - 000,000,000원)이라는 거액에 달한다고 주장한다(2018. 0. 0.자 준비서면 9, 10쪽 참조). 그러나 갑 제15 내지 17호증, 갑 제25, 36호증(각 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 원고의 주장 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.",다) 사업의 종류별ㆍ지역별로 정한 매매총이익률이어야만 하는지 여부

"(1) 구 부가가치세법 시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15195호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항은 추계경정방법에 관하여다음 각 호에 규정하는 방법 중 가장 적당하다고 인정되는 방법에 의한다.'라고 규정하고, 제4호에서국세청장 또는 관할지방국세청장이 업종별로 정한 다음의 기준 중의 하나에 의하여 계산하는 방법'을 규정하였다. 그 후 개정된 구 부가가치세법 시행령(2000. 3. 13. 대통령령 제16751호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항은 추계경정의 방법에 관하여다음 각 호에 규정하는 방법에 의한다.

제4호국세청장이 사업의 종류별지역별로 정한 다음 각 목 중 어느 하나에 해당하는 기준에 따라 계산하는 방법'을 규정하는 것으로 개정되었고, 이는 위 시행령이 2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부개정된 이후 제104조로 변경되었을 뿐 이 사건 처분 당시까지 그 내용이 동일하게 유지되고 있다. 위 시행령의 개정 취지는 추계경정방법 중가장 적당하다고 인정되는 방법'의 증명이 사실상 어려워 추계과세방법 선택에 대한 합리성 증명책임이 주요 쟁점이 될 수 있으므로, 이러한 다툼을 사전에 예방할 수 있는 근거를 마련하고자 하는 것이다. 이와 같은 구 부가가치세법 시행령의 개정 취지 및 경위에 비추어 볼 때, 가장 합리적인 추계과세방법에는 종전의업종별' 외에종류별ㆍ지역별' 등의 다양한 기준에 따라 정해질 수 있다는 것을 예시한 것으로 보는 것이 타당하다. 따라서 피고들이 적용한 매매총이익률이 '규모별ㆍ업종별'로 정해진 것이라고하여 위 시행령 규정에 위반한 것으로 위법하다고 할 수 없다. 또한 의류 도매업의 경우 인터넷에 의한 주문 증가와 물류시스템의 발전으로 지역별 매매총이익률의 차이를 구분할 실익이 크지 않다. 오히려 종류별ㆍ지역별 매매총이익률을 별도로 계산하게 되면 업종에 따라 건수가 지나치게 적어져 소수의 사업자에 의해 매매총이익률이 급격하게 달라지는 경우가 생겨 부당하게 될 여지가 있다.",(2) 을 제23, 24, 28호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고의 직원인 XXX, JJJ은 관련 형사사건에서 증인으로 출석하여 동대문 의류 도매업체에서 생산하는 3,500원짜리 티셔츠 한 벌당 생산원가는 0,000~0,000원(이익률 00~00%)이고, 7,000원짜리 티셔츠 한 벌당 생산원가는 0,000~0,000원(이익률 00~00%)인 경우가 많다는 취지로 증언한 사실을 인정할 수 있다. 이에 따르면 피고들이 이 사건 처분 당

시 유사 업종별 평균 매매총이익률 21~24%를 적용한 것이 지나치게 높아 부당하다거

나 불합리하다고 보이지 않는다.

라) 공제된 매입신고액이 과소한지 여부

"(1) 원고는 [별지3] '업체명'란 기재 업체들과 관련하여 피고들이 파악하여 전체 매입금액에서 공제한 매입신고금액이 원고가 실제 신고한 매입세금계산서 금액보다 0,000,000,000원이 적다고 주장한다. 그러나 갑 제29호증의 2, 을 제14, 27호증의 각 기재에 의하면, 2012년을 제외하고는 [별지3]공제차액'란 기재와 같이 피고가 파악하여 전체 매입금액에서 공제한 매입신고금액이 원고가 주장하는 실제 매입세금계산서 수취액보다 더 많은 사실이 인정된다.",○ 2011년: 00,000,000원 추가 공제

○ 2012년: 0,000원 미공제

○ 2013년: 000,000,000원 추가 공제

○ 2014년: 00,000,000원 추가 공제

"(2) 원고는, 이 사건 원단별 결제총액 자료에 기재되어 있는RR'는RR텍스타일'을 의미하고,RR텍스타일'은 이후QQ텍스타일'로 상호를 변경하였는데, 원고가RR텍스타일'의 상호로 매입신고를 하였음에도, 조사청은 원고가RR'의 상호로 매입신고를 전혀 하지 않은 것으로 파악하였다고 주장한다. 그러나 을 제14, 27호증의 각 기재에 의하면 조사청은RR' 또는RR텍스타일'의 상호로 매입신고를 한 내역은 파악하지 못하였지만,QQ텍스타일'의 상호로 매입신고를 한 내역을 파악하여 이를 원고의 매입신고금액에 반영한 사실이 인정된다.", "(3) 원고는, 2011년 1기 매입세금계산서 000만 원을TTT(TTT스타일)' 상호로 매입신고하였으나, 피고가 이 사건 처분에서 이를 제외하지 않았다고 주장한다. 그러나 갑 제29호증의 2, 을 제14, 27호증의 각 기재에 의하면 피고는 2011년 제1기 매입세금계산서 0,000,000원 매입신고 된 것을 파악하여 이를 반영하였고, 오히려 전체 금액을 합산하였을 때 원고가 주장하는WW텍스타일' 상호 매입신고금액 00,000,000원 보다 더 많은 00,000,00원을 파악하여 반영한 사실이 인정된다.",(4) 한편 피고들은 이 사건 USB 자료에서 파악되는 전체 매입금액에서 원고가 신고한 매입금액을 공제하여 누락한 매입금액을 산출한 다음 여기에 매매총이익률을 적용하여 매출 누락금액을 산정하여 이 사건 처분을 하였다. 그러나 뒤에서 보는 바와 같이 이러한 방식은 단일한 과세목적물에 관하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정한 것으로 위법하다. 원고에 대한 정당한 세액을 산정하기 위해서는 이 사건 USB 자료에서 파악되는 전체 매입금액을 기초로 매매총이익률에 따른 총 매출액을 추계한 다음 원고가 신고한 매출금액을 공제하는 방법으로 매출 누락금액을 산정하여야 할 것이다. 결국 피고들이 이 사건 처분을 함에 있어 공제한 원고의 매입신고금액이 얼마인지 여부는 정당한 세액을 산정함에 있어서 별다른 의미가 없는 것이기도 하다. 원고의 이 부분 주장은 어느 모로 보나 받아들일 수 없다.

3) 매출누락금액 산정의 위법성 여부

가) 관련 법리

단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 부가가치세법 등 관계법령이 인정하는 과세방법이라 할 수 없으므로 일부 누락된 매출액에 관하여는 추계의 방법으로, 신고된 매출액에 관하여는 실지조사의 방법으로 과세표준을 산정하여 합산하는 것은 위법하여 허용될 수 없다(대법원 2001. 12. 24. 선고 99두9193 판결, 대법원 2007. 7. 26. 선고 2005두14561 판결 등 참조). 나아가 과세처분에서 인정된 세액의 다과에 다툼이 있는 경우 과세처분이 위법한지 여부는 당사자의 주장증명에 따라 그 세액이 정당한 세액을 초과하는가 여부에 의하여 이를 판단하여야 한다(대법원 1986. 7. 8. 선고 84누551 판결 참조).

나) 판단

앞서 본 바와 같이, 피고들이 2011년도부터 2014년도까지의 원고의 부가가치세 또는 종합소득세 과세표준 및 세액을 경정함에 있어 원고가 부가가치세 신고 시 누락한 매입부분, 즉 원고가 매입한 합계 00,000,000,000원 상당의 의류에 관한 매출액에 관하여는 위와 같이 매매총이익률을 적용하여 추계의 방법으로 산정하고, 그 이외에 원고가 신고한 매출액에 관하여는 실지조사의 방법으로 산정하였다. 이는 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정한 것으로서 위법하다. 한편 앞서 든 각 증거에 의하면, 이 사건 총 매입결제액에 매매총이익률을 적용하여 매출추계액을 산정한 후, 기신고매출액을 차감하여 매출누락액을 구하면 아래 표 기재와 같다.

따라서 이 사건 처분 중 부과처분액이 위 정당세액의 범위 내에 있는 부분, 즉 2011년 제1기, 2012년 제1기, 2013년 제2기 각 부가가치세 부과처분 및 2012년 귀속 종합소득세 부과처분은 적법하다. 이 사건 처분 중 부과처분액이 위 정당세액을 초과하는 부분, 즉 2011년 제2기, 2012년 제2기, 2013년 제1기, 2014년 제1기, 2014년 제2기 각 부가가치세 부과처분 및 2011년, 2013년 귀속 각 종합소득세 부과처분 중 위 정당세액을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하다. 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중 위 정당한 세액을 초과한 세액에 관한 원고 패소 부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 이 사건 처분을 취소한다. 제1심 판결 중 나머지 부분은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 기각한다.