2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 7. 22. 원고에 대하여 한 2008년 제1기분 부가가치세 ○○○원의 부과처분 및 2014. 1. 17. 원고에 대하여 한 2008년 제2기분 부가가치세 ○○○원, 2009년 제1기분 부가가치세 ○○○원, 2009년 제2기분 부가가치세 ○○○원, 2010년 제2기분 부가가치세 ○○○원, 2011년 제2기분 부가가치세 ○○○원의 각 부과처분을 모두 취소한다는 판결.

가. 서울특별시장은 2004. 11. 20. 낙후된 취락지역을 개발, 정비하여 주거환경을 개선하고 공공임대주택을 건립하여 서민주거생활 안정에 기여할 목적으로, 사업시행자를 PP공사(구 CC공사, 이하 'CC공사'라고 한다)로 지정하여 서울 **구 **동, **동 일대 485,076.5㎡를 KK 도시개발구역으로 지정하고 개발계획을 수립하였다.

나. CC공사는 2007. 2. 8. KK지구(이하 '이 사건 사업지구'라 한다) 전체 면적에 관하여 도시개발사업의 단지조성공사를 입찰에 부쳤는데, 원고와 UU건설 주식회사가 시공자로 선정되었다. 이에 따라 원고와 UU건설 주식회사는 2007. 4. 11. CC공사와 사이에 이 사건 사업지구 도시개발사업 단지조성공사에 관한 공사도급계약(이하 '이 사건 계약'이라 한다)를 체결하였는데, 전체 공사는 토공사, 우수공사, 오수공사, 상수도공사, 포장공사, 구조물공사 및 문화재 시굴조사(이하 '이 사건 공사'라 한다) 등으로 구성되어 있었다.

다. 이 사건 사업지구 중 CC공사가 유상으로 공급하는 주택건설용지에는 주택법 제2조 제3호에서 정한 '국민주택'의 건설을 위하여 공급되는 부분이 포함되어 있는데, 당초 이 사건 계약에서는 우수공사비, 오수공사비, 상수도공사비, 포장공사비, 구조물공사비, 문화재 시굴조사비는 전부가 부가가치세 과세대상인 것으로 하고, 토공사와 그 부대공사비는 조세특례제한법 제106조에 따라 직접공사비에 전체 공사면적에서 국민주택 부지면적이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액이 국민주택 건설용역의 공급가액으로서 부가가치세가 면제되고 나머지만 부가가치세의 과세대상인 것으로 하였다. 그러나 서울특별시는 CC공사가 시행하는 국민주택건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안에 대하여 검토한 결과, 한 사업지구 내에서 국민주택규모의 국민주택과 그 초과규모의 공동주택을 함께 건설하는 경우 '전체 건설용역에 대한 부가가치세 중 총 유상공급 면적에서 국민주택건설용지 면적이 차지하는 비율에 상응하는 부가가치세'는 면제된다는 결론을 내리고, 2007. 9. 3.경 CC공사에게 위와 같은 결론에 따라 아직 부가가치세 상당액이 지급되지 않은 국민주택 건설사업과 관련하여서는 시공사와의 설계변경을 통해 공사대금 감액조치를 취하라고 지시하였다.

"라. CC공사는 위와 같은 서울특별시의 지침에 따라 2007. 12. 17. 원고 및 UU건설 주식회사와 사이에 총 택지개발공사비에 이 사건 사업지구의 유상공급부지면적에서 국민주택부지면적이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액이 국민주택 건설용역의 공급가액으로서 부가가치세가 면제되고 나머지만 부가가치세의 과세대상인 것으로 변경계약(이하 '이 사건 변경계약'이라 한다)을 체결하였다.",마. 원고는 이 사건 변경계약에 따라 과세부분에 대해서는 세금계산서를, 면세부분에 대해서는 계산서를 각 발행하고, 그에 따라 부가가치세를 신고・납부하였다.

바. **지방국세청장은 CC공사에 대하여 법인정기조사를 실시한 결과 원고가 CC공사에 공급한 택지조성공사용역은 아파트 건설용역이 아닌 택지조성만을 위하여 CC공사로부터 별도로 도급받아 수행한 것으로서 국민주택단지 조성과 직접 관련이 없으므로 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제4호에 따라 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역에 해당하지 아니한다고 보고 관련 과세자료를 피고에게 통보하였다.

사. 이에 따라 피고는 원고가 이 사건 공사와 관련하여 CC공사에 교부한 계산서 금액을 부가가치세 과세분 공급대가로 보고 원고에 대하여, 2013. 7. 22. 2008년 제1기분 부가가치세 56,898,000원을 경정・고지하였고(이후 위 부가가치세 중 10,496,327원을 감액하였다), 2014. 1. 17. 2008년 제2기분 부가가치세 307,305,770원, 2009년 제1기분 부가가치세 118,847,430원, 2009년 제2기분 부가가치세 105,931,680원, 2010년 제2기분 부가가치세 58,658,530원, 2011년 제2기분 부가가치세 85,515,510원을 각 경정・고지하였다(이하, 위와 같이 감액되고 남은 2008년 제1기분 부가가치세를 포함하여 위 각 부가가치세 부과처분을 합하여 '당초 처분'이라 한다. 그 구체적 내역은 아래 표 기재와 같다).

아. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2014. 9. 17. 위 심판청구를 기각하였다.

자. 피고는 이 사건 소송 계속 중이던 2016. 8. 19. 당초 처분 중 가산세 부분(위 사.항 표 중 [가산세 부분]란 기재 부분)을 직권으로 취소하였다[이하 위와 같이 취소되고 남은 부가가치세 부과처분(위 사.항 표 중 [본세 부분]란 기재 부분)을 '이 사건 처분'이라 한다].

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 17호증, 을 제2, 3, 6, 7호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 주위적으로, 이 사건 공사 중 택지 조성 공사용역은 주택이 건설되기 위하여 필수적으로 수반되어야 하는 용역으로서, 주택 건설용역의 일부를 이루고 있는 것이므로 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호가 정한 용역에 해당한다. 설령 이 사건 공사가 국민주택 건설용역 자체가 아니라고 하더라도, 통상적으로 국민주택 건설용역에 부수하여 공급되는 용역에 해당하므로, 위 규정 및 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제3항에 따라 부가가치세가 면제되어야 한다. 또한, 원고는 국세청의 공적 견해표명과 서울특별시 및 그 산하 공기업인 CC공사의 견해를 신뢰하고 CC공사의 요구에 따라 과세부분과 면세부분을 나누어 각각 세금계산서 및 계산서를 발행한 후 그에 따라 부가가치세를 신고・납부한 것이므로, 이 사건 처분은 신뢰보호원칙에 반하여 위법하다.

2) 예비적으로, 피고는 원고가 수행한 공사용역 전체가 과세대상임을 전제로 이 사건 처분을 하였으나, 적어도 원고가 수행한 이 사건 공사 중 토공 및 부대공의 경우에는 공급대가 중 전체 공사 면적에서 국민주택 건설용지 면적이 차지하는 비율에 해당하는 부분에 대하여는 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 따라 부가가치세가 면제되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 공사가 국민주택 건설용역에 해당하는지 여부

가) 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호는 대통령령으로 정하는 국민주택과 그 주택의 건설용역에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제106조 제4항은 '대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역'이란 '주택법에 따른 국민주택 규모 이하의 주택', '건설산업기본법, 전기공사업법, 소방법, 정보통신공사업법, 주택법, 하수도법, 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 국민주택 규모 이하의 주택의 건설용역'을 말한다고 규정하고 있으므로, 위 규정에 의해 부가가치세가 면제되는 것은 국민주택 그 자체의 공급과 그 국민주택의 건설에 있어 필수적인 건설용역이나 전기공사용역, 소방용역 등의 관련 건설용역의 공급이다(대법원 1992. 2. 11. 선고 91누7040 판결 등 참조).

나) 위와 같은 법리를 토대로 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 공사가 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 의하여 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역에 해당한다고 볼 수 없다.

① CC공사는 KK 도시개발사업의 시행자로서 사업지구내 토지를 수용 또는 사용하여 도시개발사업을 시행하는데, 그 도시개발사업에 따른 토지이용계획 및 기반시설계획에 의하면, 사업지구내 토지는 주택건설용지(단독주택용지, 공동주택용지, 근린생활시설용지)와 공공시설용지(도로, 주차장, 광장, 공원, 녹지, 학교, 공공청사, 체육시설, 교육시설, 사회복지시설, 자족시설, 종교시설 등)로 구성되고, CC공사는 주택건설용지에 공공임대주택과 분양주택을 건설하여 공급하게 된다. 그런데, 이 사건 공사는 CC공사의 개발계획 및 실시계획에 따른 일련의 사업시행과정에서 CC공사로부터 도급받아 시행하는 사업지구내 단지조성공사로서 이 사건 사업지구 전부에 대한 토공사, 우수공사, 오수공사, 상수도공사, 포장공사, 구조물공사, 문화재 시굴조사 등인바, 이러한 단지조성공사 단계에서는 국민주택단지(공공임대주택단지와 전용면적 85㎡이하의 분양주택단지)의 위치나 면적이 구체적으로 확정되었다고 볼 수 없는 것이어서 원고의 주장과 같이 주택 건설에 필요하고 수반된다는 이유로 이러한 공사 단계에서부터 이 사건 공사가 국민주택 건설용역에 모두 포함된다고 볼 경우, 위와 같이 주택건설용지가 아닌 공공시설용지의 건설 공사를 포함하여 면세의 범위가 무분별하게 확대될 위험이 있다(이에 대하여 원고는 단지조성공사 단계에서 이미 국민주택단지의 위치나 면적이 구체적으로 확정된 것이라고 주장하나, 사업실시계획인가고시 이후 통상 수 차례의 사업실시계획변경인가가 이루어질 뿐만 아니라 실제로 이 사건 사업의 경우에 있어서도 수 차례의 사업실시계획변경인가를 통하여 공동주택용지, 공공시설용지의 면적이 변경되었던 것으로 보이는 점을 감안하면, 갑 제3, 5호증의 각 기재만으로는 원고의 위 주장을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 아무런 없다).

② 원고가 제공한 용역(공사)은 이 사건 사업지구 전부에 대한 토공사, 우수공사, 오수공사, 상수도공사, 포장공사, 구조물공사, 문화재 시굴조사 등으로서 비록 이 사건 사업계획에 의하여 이 사건 사업지구 내에 국민주택(공공임대주택과 전용면적 84㎡이하의 분양주택)의 건축이 예정되어 있다하더라도 이러한 국민주택의 건축과 공급은 원고의 용역(공사)이 종료된 이후의 사정으로 사업계획상 이 사건 사업지구 내에 국민주택용지가 포함되어 있다는 사정만으로 원고의 용역을 국민주택 건설용역에 포섭할 수는 없다. 즉 원고는 국민주택의 건축을 위하여 그에 필수적인 택지조성과 관련된 공사를 하였다기보다 전체 사업단지의 조성과 관련된 공사용역을 제공한 것이고, 그 후 그 중 일부 토지에 국민주택이 건축되어 공급된 것이다.

③ 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인바(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결, 대법원 2012. 3. 15. 선고 2011두14524 판결 등 참조), 조세특례제한법 시행령 제106조 제4항 제2호에서 부가가치세의 면제대상을 '국민주택 건설을 위한 용역'이나 '국민주택 건설과 관련된 용역'이 아닌 '국민주택의 건설용역'으로 규정하고 있는 이상 이는 국민주택 자체의 건설용역만을 의미한다고 보아야 하고, 이 사건 공사와 같이 국민주택 등의 건설에 앞서 독자적으로 진행된 단지 전체에 대한 기반시설 공사까지 이에 포함되는 것으로 볼 수는 없다.

④ 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 입법취지가 국민주택의 수요자인 서민들에게 보다 저렴한 가격으로 주택을 공급받을 수 있도록 지원하는데 있다고 하더라도, 이는 국민주택 자체의 건설용역에 대하여 부가가치세를 면제하는 방법을 통해서도 상당부분 달성될 수 있는 것이고, 입법자가 그 적용범위를 무조건 확대하여 국민주택의 건설과 관련 있는 모든 용역에 대해 부가가치세를 면제하고자 하는 의도에서 위와 같은 규정을 입법하였다고 볼 수도 없다.

2) 이 사건 공사가 국민주택 건설용역에 부수하는 용역으로서 부가가치세 면제대상에 해당하는지 여부

가) 구 부가가치세법 제1조 제4항은 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 규정하고, 같은 법 제12조 제3항에서는 '부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다'고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제3조 제1, 2호에서는 '주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역'으로 '당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역', '거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역'을 규정하고 있다.

나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다고 할 것이므로, 구 부가가치세법 제12조 제3항의 규정에 따라 부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급으로서 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 것의 범위는 부가가치세가 면세되는 주된 재화 또는 용역을 공급하면서 그에 필수적으로 부수되는 어느 재화 또는 용역을 공급하는 사업자 자신의 거래로만 국한하여야 하고(대법원 2001. 3. 15. 선고 2000두7131 전원합의체 판결, 대법원 2002. 11. 8. 선고 2001두4849 판결 등 참조), 이는 조세특례제한법으로 면세되는 재화 또는 용역에 대하여도 마찬가지다.

다) 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 종합해 보면, 원고는 이 사건 사업지구에서 국민주택 건설용역이 포함되지 않은 이 사건 공사만을 수행하였을 뿐 국민주택 건설공사는 수행하지 않았고, 다른 시공사들이 그 건설공사를 수행한 것으로 보이는바, 따라서 설령 이 사건 공사를 국민주택 건설에 필수적으로 부수되는 용역으로 보더라도, 국민주택 건설공사라는 주된 용역의 공급자가 아닌 원고가 독립적으로 CC공사에게 제공한 이 사건 공사는 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 의해 부가가치세가 면제되는 부수용역이라고 볼 수 없다.

3) 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 반하는지 여부

가) 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없으며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하였는데, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되는 경우에는 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용될 수 있으나(대법원 2006. 4. 27. 선고 2003두7620 판결 등), 과세관청의 의사표시가 일반론적인 견해표명에 불과한 경우에는 신뢰보호의 원칙을 적용할 수 없고{대법원 2001. 4. 24. 선고 2000두5203 판결, 대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두19447, 2007두19454(병합) 판결 참조}, 과세관청이 구체적인 사안에 대하여 어떤 견해를 표명한 경우에도 그것이 중요한 사실관계와 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것이라면 공적인 견해표명에 의하여 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여된 경우라고 볼 수 없다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 참조). 또한, 행정상 법률관계에 있어서 특정의 사항에 대해 신뢰보호의 원칙상 처분청이 그와 배치되는 조치를 할 수 없다고 할 수 있을 정도의 행정관행이 성립되었다고 하려면 상당한 기간에 걸쳐 그 사항에 대해 동일한 처분을 하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 처분청이 그 사항에 관해 다른 내용의 처분을 할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 그러한 처분을 하지 않는다는 의사가 있고 이와 같은 의사가 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 한다 할 것이므로, 단순히 착오로 어떠한 처분을 계속한 경우는 이에 해당되지 않는다 할 것이고, 따라서 처분청이 추후 오류를 발견하여 합리적인 방법으로 변경하는 것은 위 원칙에 위배되지 않는다(대법원 1993. 6. 11. 선고 92누14021 판결 참조).

나) 위와 같은 법리를 토대로 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정들, 즉 ① 서울특별시와 CC공사는 과세관청이 아니므로, 서울특별시나 그 지시를 받은 CC공사가 원고에게 자체적으로 판단한 국민주택건설용지 비율에 따라 부가가치세 면세율을 정하도록 요구한 것만으로는 이를 과세처분에 있어서 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명이라고 할 수 없는 점, ② 원고는 이 사건 처분이 국세청의 공적 견해표명[부가가치세과-5035(2008. 12. 29.) (갑 제22호증의 2), 부가1265.1-1366(1983. 7. 9.)(갑 제22호증의 1)]에 대한 원고의 신뢰를 침해한다고 주장하고, 국세청이 위 질의회신에서 '건설산업기본법 등에 의하여 등록한 자가 국민주택 택지조성을 위한 건설용역을 제공하는 경우에는 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것임', '조세감면규제법 시행령 제58조에 규정하는 자가 공급하는 국민주택 건설용역에는 국민주택 택지조성을 위한 건설용역과 국민주택에 부수되는 부대시설인 도로포장, 상수도, 조경, 어린이놀이터, 운동시설, 울타리(담장) 등의 설치에 대한 건설용역이 포함되는 것임'이라고 답변한 사실은 인정되나, 위 질의회신은 원고의 질의에 대한 답변이 아닐 뿐만 아니라 단순한 상담 내용에 불과하여 이를 원고에 대한 과세관청의 공식적인 견해표명이라고 보기 어렵고, 구체적인 사실관계가 불명확하여 이 사건 공사에도 동일하게 적용된다고 단정할 수 없으며, 위 질의회신이 예규로서 대외적으로 공표되었다 하더라도 이는 불특정의 납세자를 상대로 일반적으로 공표한 세법 해석에 관한 견해 표명에 불과하여 신뢰보호원칙의 적용에 요구되는 과세관청의 공적 견해표명에 해당된다고 보기 어려운 점, ③ 위 2008. 12. 29.자 질의회신의 경우 원고가 CC공사와 사이에 공사도급계약을 체결한 2007. 4. 11. 뿐만 아니라, 이 사건 변경계약을 체결한 2007. 12. 21.로부터도 약1년이 경과한 이후에 이루어진 것이고, 원고가 이 사건 공사를 함에 있어 위와 같은 국세청의 질의회신 내용을 알고 있었다거나 이를 바탕으로 부가가치세가 감면될 것으로 신뢰하여 이 사건 공사를 하였다고 볼 증거도 없는 점, ④ 피고도 **지방국세청장으로부터 과세자료를 통보받기 전까지는 원고가 이 사건 공사대금 중 일부를 제외하고 부가가치세를 신고하였다는 사실을 인지하지 못했던 것으로 보일 뿐 달리 피고가 원고에게 위 신고의 정당성에 대해 어떠한 신뢰를 부여했다고 볼 만한 사정도 없는 점, ⑤ 이외에 달리 신뢰보호의 원칙상 피고가 이 사건 처분과 같은 조치를 할 수 없을 정도로 이 사건 공사와 같은 도시개발사업 단지조성공사에 대한 비과세관행이 존재한다고 볼 뚜렷한 자료도 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 처분에 신뢰보호원칙을 위반한 위법이 있다고 볼 수 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

4) 소결

따라서, 이 사건 처분은 적법하고, 이에 대한 원고의 주장은 모두 이유 없다.(위와 같이 원고가 수행한 이 사건 공사 전체가 국민주택 건설용역에 해당하지 아니하여부가가치세 부과 대상에 해당한다고 보는 이상, 이 사건 공사 중 일부에 대하여 부가가치세가 면제되어야 한다는 취지의 원고의 예비적 주장 또한 이유 없으므로, 이에 대하여는 더 나아가 판단하지 아니한다).

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.