가. 피고가 2014. 12. 15. 원고에 대하여 한, 관세 172,821,330원의 부과처분 중 8,756,240원을 초과하는 부분 및 부가가치세 17,282,120원의 부과처분 중 875,620원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

2. 소송총비용 중 10%는 원고가 부담하고, 90%는 피고가 부담한다.

피고가 2014. 12. 15. 원고에 대하여 한 관세 172,821,330원, 부가가치세 17,282,120원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 모두 기각한다.

가. 원고의 지위와 물품수입 경위

원고는 잠수복 및 관련 액세서리의 제조·판매·수출입업을 하는 법인이다. 원고는 2010. 2. 17.부터 2013. 8. 8.까지 20차례에 걸쳐 캄보디아에 있는 세이코(Sheico Co, Ltd) 회사가 제조한 잠수복 등을 수입하였다[수입신고번호 41619-10-300378U 외 19건, 위와 같이 수입신고된 물품을 이하 ‘이 사건 수입품’이라 한다]. 이 사건 수입품은 캄보디아에서 대한민국으로 수입되었으나, 그 운송과정은 캄보디아에서 베트남까지 육상으로 운송된 다음, 베트남에서 대한민국까지 해상으로 운송되는 과정을 거쳤다.

나. 제1차 수입신고에 대한 협정관세 적용 경과

1) 원고는 2010. 2. 17. 서울세관장에게, ‘대한민국과 동남아시아국가연합 회원국 정부 간의 포괄적 경제협력에 관한 기본협정 하의 상품무역에 관한 협정’(이하 ‘이 사건 협정’이라 한다), 구 ‘자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률’(2015. 12. 29. 제13625호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 FTA관세법’이라 한다) 제4조 및 같은 법 시행령(2014. 12. 11. 대통령령 제25848호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 FTA관세법 시행령’이라 한다) 제3조 제3항 에 따른 협정관세(관세율 0%)를 적용한 수입신고[신고번호 41619-10-300378U, 이하 ‘제1차 수입신고’라 한다]를 하였다. 원고는 제1차 수입신고 당시 캄보디아에서 발행된 원산지증명서(Certificate of Origin), 상업송장(Invoice), 포장명세서(Packing List), 대금결제 관련 서류(보험서류 등) 및 베트남에서 발행된 선하증권(Bill of Lading)을 첨부하였다.

2) 서울세관장은 2010. 2. 19. 원고에게, 아래와 같이 협정관세 적용 여부 심사를 위한 서류를 2010. 3. 6.까지 보완하도록 통보하였다.

3) 원고는 그 무렵 서울세관에, ‘원산지 규정에 관한 부속서 3 제9조(직접운송원칙)의 요건 충족을 증빙할 수 있는 서류’가 구체적으로 어떤 것인지를 질의하여, 서울세관으로부터 ‘중국-홍콩 트럭 화물운송장’(통상 ‘칭단’이라 불리는 운송서류로, 중국 내륙에서 홍콩을 경유하여 외국으로 물품을 운송할 경우에 사용되는데, 화물내역과 함께 출발지 및 도착지 양쪽 세관의 확인란이 기재되어 있다) 양식을 교부받고, 2010. 2. 23. 이 사건 수입품의 운송회사 담당자에게 서울세관의 서류보완통보 내용과 함께 위 양식을 송부하였다(서울세관의 위와 같은 칭단 양식 교부행위를 이하 ‘이 사건 칭단양식교부’라 한다).

4) 원고는 서류준비시간이 촉박하자 2010. 3. 4. 우선 수입신고 정정신청(세번부호 6116.10-0000호 관세율 8% 적용 및 세번부호 6113.00-2000호 관세율 13% 적용)을 하면서 관세 8,756,240원 및 부가가치세 7,897,560원의 합계 16,653,800원을 납부하였다.

5) 원고는 2010. 3. 5.경 제1차 수입신고에 대한 협정관세의 사후적용 신청과 함께 관세 등의 경정청구를 하면서, 캄보디아에서 발행된 원산지증명서와 트럭 화물운송장(TRUCK MANIFEST, 캄보디아-베트남 육상운송 관련 내역이 컨테이너 봉인번호 및 세관 봉인번호와 함께 기재되어 있다. 이하 ‘T/M’이라 한다) 및 베트남에서 발행된 선하증권(베트남-한국 해상운송)을 제출하였다.

6) 이에 서울세관장은 2010. 4. 2. 제1차 수입신고에 대하여 협정관세를 적용하고, 구 관세법(2011. 12. 31. 법률 제11121호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 관세법’이라 한다) 제38조의3 제3항 및 같은 법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23602호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 관세법 시행령’이라 한다) 제34조 에 따라 관세를 0원, 부가가치세를 7,021,940원으로 경정하는 결정을 하였으며, 원고에게 이에 관한 세액경정통지 및 감액된 금액에 대한 환급청구안내를 한 다음, 원고의 환급청구에 따라 감액된 금액을 환급하였다(서울세관장의 위와 같은 감액경정 관련 조치들을 이하 ‘이 사건 감액경정’이라 한다).

다. 제2 내지 20차 수입신고에 대한 협정관세 적용 경과

1) 제2 내지 5차 수입신고

원고는 그 후 서울세관장에게 아래와 같이 4회에 걸쳐 추가 수입신고를 하면서, 서류준비시간이 촉박한 관계로 우선 아래 표 중 ‘당초제출서류’란 기재의 서류만 첨부한 상태로 각 관세를 납부한 다음, 곧이어 아래 표 중 ‘보완서류’란 기재의 서류를 보완하면서 협정관세의 사후적용 신청과 함께 관세 등의 경정청구를 하여, 서울세관장으로부터 협정관세를 적용한 각 감액경정결정을 받고, 아래 표 중 ‘환급금’란 기재의 각 금액을 환급받았다.

2) 제6 내지 20차 수입신고

원고는 2011. 5. 12.부터 2013. 8. 8.까지 서울세관장에게 제6 내지 20차 수입신고를 하면서, 각 원산지증명서, 상업송장, 포장명세서, T/M 및 선하증권을 첨부하여 협정관세 적용신청을 하였고, 서울세관장은 원고의 신청을 모두 그대로 수리하였다.

3) 원고는 2013. 8.경 서울세관으로부터, 협정관세를 적용받기 위해서는 기존의 T/M과 선하증권 대신에 수출당사국에서 발행된 통과선하증권(Through Bill of Lading)을 제출할 것을 권고받고, 2013. 8. 31.자 수입신고부터는 캄보디아에서 발행된 통과선하증권(갑 제7호증)을 세관에 제출하고 협정관세를 적용받았다.

라. 피고의 원산지 서면조사 및 이 사건 처분

1) 피고는 2014. 8. 5.에 이르러 원고에게, 제1 내지 20차 수입신고에 대한 협정관세 적용요건 위반 여부를 확인하기 위한 ‘원산지 서면조사’를 통지하면서, 원산지증명서, 수출입신고필증, 상업송장, 계약서, 상업서신(e-mail)철, 포장명세서, 요건확인서류 등, 운송서류(B/L, AWB 등), 통과선하증권, 환적확인서 등 협정관세 적용을 위한 직접운송요건의 충족을 입증할 수 있는 서류의 제출을 요구하였다.

2) 원고가 관련 서류들을 제출하였으나, 피고는 2014. 10. 8. 원고에게 협정관세 적용을 위한 직접운송요건을 충족하지 못하였다는 취지의 원산지조사결과를 통지하였다. 즉, 제1 내지 20차 수입신고된 물품은 수출국인 캄보디아에서 제3국인 베트남을 경유하여 대한민국으로 운송된 것임에도 불구하고, ‘이 사건 협정 부속서 3 원산지 규정’(이하 ‘부속서 규정’이라 한다) 제9조 및 ‘부록 1 원산지 규정을 위한 원산지 증명 운영절차’(이하 ‘부록 운영절차’라 한다) 제19조에서 직접운송요건 충족서류로 규정한 ‘수출당사국에서 발행한 통과선하증권’이 제출되지 않았으므로, 협정관세가 적용될 수 없다는 것이다.

3) 이에 원고는 2014. 11. 4. 구 FTA관세법 제13조 제8항 , 같은 법 시행규칙(2016. 7. 1. 기획개정부령 제566호로 전부 개정되기 전의 것) 제18조 에 따라 이의를 제기하였다. 피고는 2014. 11. 7. 원고의 이의신청을 기각한 후, 2014. 12. 15. 원고에게, 구 FTA관세법 제16조 , 구 관세법(2016. 12. 20. 법률 제14379호로 개정되기 전의 것) 제38조의3 제4항 에 따라 관세 172,821,330원, 부가가치세 17,282,120원 및 가산세 46,867,860원의 세액경정통지(이 중 아래와 같이 조세심판원의 결정에 따라 취소된 가산세 부분을 제외한 나머지 부분을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)를 하였다.

4) 원고는 2015. 2. 5. 조세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2015. 7. 13. ‘원고가 서울세관장의 이 사건 감액경정을 신뢰하고 일부 건에 T/M 등만 제출한 사정에 비추어 협정관세를 적용받기 위하여 통과선하증권을 제출하기를 기대하기는 어려워 보이므로, 가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유가 있다’고 판단하면서, 46,867,860원의 가산세 부과처분을 취소하였지만, 원고의 나머지 심판청구는 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 20호증(가지번호를 포함한다. 이하 같다), 을 제1 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 직접운송 간주요건의 충족

피고는 제1 내지 20차 수입신고된 물품에 대하여 이 사건 협정, 부속서 규정 및 부록 운영절차 제19조에 규정된 ‘통과선하증권’이 제출되지 않아 협정관세를 적용할 수 없다는 전제하에 이 사건 처분을 하였다. 그러나 이 사건 협정 어디에도 ‘통과선하증권’의 의미가 명시적으로 규정되어 있지 않은데, 이를 해상운송업자에 의하여 발행되는 선하증권만으로 한정할 경우, 이 사건과 같이 최초 운송구간이 육상운송인 경우에는 발행될 수 없는 서류를 요구하는 문제가 생기는 등 그 의미가 불명확하므로, 이 사건 처분은 조세법률주의 및 과세요건 명확성의 원칙에 반하는 규정에 근거한 것이어서 위법하다. 그렇지 않더라도, 부록 운영절차 제19조의 ‘통과선하증권’은 부속서 규정 제9조 제2항에서 정한 ‘직접운송 간주요건을 충족하였음을 증명할 수 있는 서류’의 예시에 불과하다고 보아야 한다. 제1 내지 20차 수입신고는 모두 원산지증명서, 상업송장, 포장명세서, 선하증권 및 T/M 등(이하 ‘이 사건 원고제출서류’라 한다)이 제출되어 위 조항에서 정한 직접운송 간주요건을 충족하여 모두 협정관세의 적용대상이 되므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

2) 신의성실(신뢰보호)의 원칙, 자기구속의 원칙, 소급과세금지의 원칙 위반 주장

그렇지 않더라도, 서울세관이 원고의 협정관세 서류문의에 대하여 이 사건 칭단양식교부를 한 후, 원고의 협정관세 사후적용을 위한 이 사건 원고제출서류 제출에 대하여 협정관세를 적용한 이 사건 감액경정을 한 것은 과세관청의 공적 견해의 표명에 해당하고, 원고는 이를 믿고 제1 내지 20차 수입신고에 통과선하증권 대신에 이 사건 원고제출서류만 제출하게 되었다. 그런데 피고가 이제 와서 통과선하증권이 제출되지 않았다는 이유로 협정관세 적용을 배제하고 이 사건 처분을 한 것은, 신의성실(신뢰보호)의 원칙, 자기구속의 원칙, 비과세관행 및 소급과세금지의 원칙에 반하여 위법하다. 따라서 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 제1 내지 20차 수입신고가 직접운송 간주요건을 충족하였는지 여부

1) 이 사건 협정의 직접운송 간주요건

이 사건 협정 제5조와 부속서 규정 제9조 제1항은 “협정관세가 수출당사국과 수입당사국 영역 간에 직접 운송된 상품에 적용된다.”라고 규정하고, 부속서 규정 제9조 제2항은 “상품이 수출 당사국 및 수입 당사국 영역이 아닌 하나 또는 그 이상의 제3국을 경유하여 운송되더라도, ① 그 경유가 지리적 이유로 또는 오직 운송 요건에만 관련된 고려에 의하여 정당화되고, ② 그 상품이 경유국에서 거래 또는 소비되지 아니하였으며, ③ 그 상품이 하역, 재선적 또는 그 상품을 좋은 상태로 유지하는데 요구되는 공정 외의 어떠한 공정도 거치지 아니한 경우에는 직접 운송된 것으로 간주한다.”라고 규정하고 있다(이하 ‘직접운송 간주요건’이라 한다).

그리고 부록 운영절차 제19조는 “부속서 규정 제9조의 이행목적상, 수출당사국과 수입당사국의 영역이 아닌 하나 또는 그 이상의 중간 경유국의 영역을 통하여 운송이 이루어지는 경우, 가. 수출당사국에서 발행한 통과선하증권, 나. 원산지증명서 원본, 다. 물품의 상업송장 원본의 부본, 라. 그 밖에 부속서 3 제9조의 요건을 충족하였다는 증거인 증빙서류가 있는 경우 그 서류를 수입당사국의 관련 정부당국에 제출하여야 한다.”라고 규정하고 있다. 한편 구 FTA관세법 제3조 는 구 FTA관세법 또는 관세법이 이 사건 협정과 상충되는 경우에는 이 사건 협정을 우선하여 적용하도록 규정하고 있다.

따라서 직접운송 간주요건에 의하여 협정관세를 적용받으려면 부록 운영절차 제19조 가.항에서 정한 통과선하증권을 제출하여야 하는데, 원고의 주장과 같이 그 의미가 불명확한 것인지, 이는 예시적 규정에 불과하므로 다른 서류로 대체할 수 있는지에 관하여 본다.

2) 통과선하증권의 의미 및 대체가능성 여부

이 사건 협정과 관계 법령의 규정, 위 인용 증거들과 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 부록 운영절차 제19조 가.항에서 정한 통과선하증권의 의미가 불명확하여 위 규정이 무효라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 이는 직접운송 간주요건에 의하여 협정관세를 적용받기 위하여 필수적으로 제출하여야 할 서류로 보아야 하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

① 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바( 대법원 2011. 1. 27. 선고 2010도1191 판결 등 참조), 이러한 원칙은 법률과 같은 효력을 가지는 조세조약의 해석과 적용에 있어서도 그대로 적용된다고 할 것이다. 이 사건 협정은 관세법의 특별법적 지위에 있는 것으로서 참가국 간의 무역확대를 목적으로 직접 운송되는 수입물품에 예외적으로 협정관세를 적용하고자 하는 것이다. 직접운송 간주요건 규정은 이러한 직접운송의 원칙에 대하여 다시 예외를 인정한 것이므로 엄격하게 해석하여야 한다.

② 수입국 과세관청으로서는 수입물품이 제3국을 경유하는 경우 원산지의 진정성이나 직접운송요건의 충족 여부 등을 확인하기 곤란하므로, 부록 운영절차는 원산지의 진정성이나 직접운송 간주요건을 비교적 용이하게 확인할 수 있는 서류로 통과선하증권이나 원산지증명서와 같은 증빙서류를 반드시 제출하도록 함으로써 원산지증명 및 직접운송 간주요건의 확인절차를 명확하게 규정하고, 그 절차를 준수하지 않는 경우 특혜관세를 배제할 수 있도록 하는 방법을 제도화한 것이다. 위와 같은 원산지 등 증명절차의 불이행으로 인한 특혜관세 배제라는 불이익은 수입자가 부담하여야 한다.

③ 원고의 주장과 같이 부록 운영절차 제19조에 규정된 통과선하증권 등의 서류를 예시적 규정으로 보아 다른 서류로 대체할 수 있다고 할 경우, 회원국별 또는 국내 세관별로 직접운송 간주요건의 충족 여부를 판단하기 위한 입증의 정도가 달라져 협정관세가 자의적으로 적용될 우려가 있다. 따라서 위 조항의 통과선하증권을 다른 서류로 대체할 수는 없고, 통과선하증권이 제출되지 아니한 경우에는 직접운송 간주에 관한 절차적 요건의 미비로 협정관세가 적용될 수 없다고 보아야 한다.

④ ‘통과선하증권’은 운송물이 목적지까지 운송되는 동안 여러 명의 운송인이 개입하여 같은 종류 또는 2종 이상의 운송수단을 교대로 사용하여 운송되는 경우라도, 단일한 운송인이 전 운송구간에 대한 운송책임을 담보하고 발행하는 운송증권이다. 단일한 운송인이 수출참가국에서 수입참가국까지의 전체 운송에 대하여 단일한 운송서류로서 통과선하증권을 발행한다면, 독립적인 지위에 있는 운송인이 수출국에서부터 경유국을 거쳐 수입국까지 운송 중인 화물을 직접 통제함으로써 수출업자 또는 수입업자가 개입하여 경유국에서 교역이나 소비 또는 추가가공이 이루어지는 행위를 방지할 수 있는 효과가 있고, 관세당국은 이를 통하여 원산지의 진정성이나 직접운송 간주요건의 충족 여부 등을 보다 간이하고 신속하게 확인할 수 있으므로, 이 사건 협정의 효율적인 이행을 위하여 통과선하증권의 제출필요성도 크다.

⑤ 통과선하증권(Through Bill of Lading)은 ‘선하증권’이라는 표현이 사용되어 있고, 통상 선하증권은 해상운송인에 의하여 발행된다( 상법 제852조 ). 그러나 아래와 같은 사정을 종합하여 보면, 위 규정상의 통과선하증권이 꼭 ‘해상운송인이 발행하는 선하증권’만으로 한정 해석되지는 않고, ‘한 물품의 운송과정에서 사용되는 운송수단의 종류나 수량에 무관하게 한 명의 운송인이 전체 운송구간에 대한 책임을 담보하고 발행하는 복합운송증서’ 정도로 해석되므로, 이에 관한 문제를 지적하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

㉮ 이 사건 협정에서 협정관세 적용을 위한 직접운송 간주요건으로 통과선하증권을 제출하도록 한 이유는, 운송과정에서의 추가 가공이나 원산지 세탁을 방지하기 위한 것이고, 이는 육상운송이나 항공운송 과정에서도 발생할 수 있다.

㉯ 이 사건 협정의 참가국에는 바다가 없는 내륙 국가인 ‘라오스 인민민주주의 공화국’도 포함되어 있으므로, 통과선하증권이 해상운송만을 염두에 두고 규정되었다고 볼 수는 없다.

㉰ 통과선하증권에 사용된 영문 표현인 ‘Bill(증권) of Lading(뱃짐, 화물)'은 해상운송인이 발행하는 선하증권만이 아니라 화물상환증(육상운송인 발행)이나 항공화물운송장(항공운송인 발행)을 포함한 일반적인 운송증권의 의미로도 널리 사용되고 있다.

㉱ 자유무역협정(FTA)은 지역무역협정의 한 가지 형태로서, 당사국 간의 상품과 서비스 교역에 있어 관세 및 기타 무역장벽들을 제거함으로써 교역을 확대하고 시장통합을 추진하기 위해 체결되는 협정인 점, FTA관세법과 이 사건 협정은 협정 당사국들 사이에서 자유무역지대를 창설하여 유대를 강화하는 동시에 당사국들 간 무역 장벽을 제거하여 무역과 투자 흐름을 확대함으로써 새로운 고용기회를 창출하고 생활수준의 향상 및 실질소득의 지속적인 증가를 보장함으로써 국민경제의 발전에 이바지하기 위한 것인 점( 대법원 2016. 8. 18. 선고 2015두50399 판결 참조) 등에 비추어 볼 때, 각국의 관세당국이 통과선하증권의 개념을 해석함에 있어서 불가능한 요건을 강요하여 협정관세의 적용을 부당하게 배제할 수는 없다.

3) 제1 내지 20차 수입신고가 직접운송 간주요건을 충족하였는지 여부

살피건대, ① 이 사건 수입품은 캄보디아에서 우리나라로 수입되었으나, 그 운송과정은 캄보디아에서 베트남까지 육상으로 운송된 다음, 베트남에서 우리나라까지 해상으로 운송되는 과정을 거친 사실, ② 원고가 제1 내지 20차 수입신고를 하면서 통과선하증권(내지 복합운송증권)을 제출하지 않은 채 이 사건 원고제출서류만 제출한 사실은 앞서 본 바와 같다. 따라서 제1 내지 20차 수입신고로 수입된 물품은 부록 운영절차 제19조의 직접운송 간주요건을 충족하지 못하였고, 이에 대하여 피고는 부록 운영절차 제17조 및 구 FTA관세법 제16조 에 따라 협정관세의 적용을 배제할 수 있으므로, 제1 내지 20차 수입신고된 물품에 대하여 협정관세를 적용하지 아니한 이 사건 처분은 일응 적법하다. 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라. 이 사건 처분이 신의성실(신뢰보호)의 원칙에 반하여 위법한지 여부

1) 관련 법리

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다( 대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두7741 판결 등 참조).

이 경우 행정청의 공적 견해 표명은 명시적으로만이 아니라 묵시적으로도 이루어질 수 있고( 대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두9370 판결 등 참조), 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요하나, 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고 담당자의 조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 납세자의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다( 대법원 2008. 6. 12. 선고 2008두1115 판결 등 참조).

2) 판단

가) 앞서 본 바와 같이, ① 서울세관장은 2010. 2. 19. 원고의 제1차 수입신고에 대하여 협정관세 적용 여부 심사를 위한 서류보완을 통보한 후, 원고의 ‘직접운송요건 충족을 위한 증빙서류’에 관한 질의에 대하여 이 사건 칭단양식교부를 한 사실, ② 원고가 보완서류준비시간의 부족으로 우선 제1차 수입신고에 관한 관세 및 부가가치세를 납부한 후, 2010. 3. 5.경 제1차 수입신고에 대한 협정관세의 사후적용 신청과 함께 관세 등의 경정청구를 하면서, 캄보디아에서 발행된 원산지증명서와 T/M(캄보디아-베트남 육상운송) 및 베트남에서 발행된 선하증권(베트남-한국 해상운송)을 제출한 사실, ③ 이에 서울세관장은 2010. 4. 2. 제1차 수입신고에 대하여 협정관세를 적용하고, 구 관세법과 구 관세법 시행령에 따라 관세 및 부가가치세를 감액경정하는 결정을 하였으며, 원고에게 이에 관한 세액경정통지 및 감액된 금액에 대한 환급청구안내를 한 다음, 원고의 환급청구에 따라 감액된 금액을 환급하는 조치(이 사건 감액경정)를 취한 사실, ④ 이에 따라 원고는 2010. 5. 6. 제2차 수입신고를 한 후 협정관세의 사후적용 신청을 하면서 선하증권과 T/M이 포함된 이 사건 원고제출서류만 제출하고 서울세관장으로부터 2010. 5. 24. 제1차 수입신고와 같은 감액경정결정을 받은 사실, ⑤ 원고와 서울세관장 사이의 이러한 협정관세의 사후적용 업무처리는 2011. 3. 8.자 제5차 수입신고분까지 반복되었고, 2011. 5. 12.부터 2013. 8. 8.까지 이루어진 제6 내지 20차 수입신고분은 처음부터 이 사건 원고제출서류가 모두 제출되어 협정관세 적용신청이 그대로 수리된 사실, ⑥ 원고는 2013. 8.경 서울세관으로부터 통과선하증권을 제출할 것을 권고받고, 2013. 8. 31.자 수입신고부터는 캄보디아에서 발행된 통과선하증권을 제출하여 협정관세를 적용받은 사실이 인정된다.

나) 위 인정 사실에다가 세액경정 및 환급 관계 법령의 규정(특히, 구 FTA관세법 제10조 제3 내지 5항 은, 수입자가 협정관세의 사후적용 신청과 세액경정 청구를 할 경우, 세관장은 이를 심사하여 2개월 이내에 세액경정 여부를 청구인에게 통지하고 관세를 환급하도록 규정하고 있다)을 종합하여 보면, 서울세관장은, 이 사건 원고제출서류만 첨부되었을 뿐 통과선하증권이 첨부되지 아니한 제1차 수입신고에 관한 원고의 협정관세 사후신청과 세액경정청구에 대하여, 그 적법성이나 타당성을 실질적으로 심사한 후 협정관세 적용요건을 충족하였다고 판단하여 이 사건 감액경정을 하였던 것으로 보이고, 이는 과세관청의 처분으로서 ‘이 사건 원고제출서류가 부속서 규정 제9조 제2항에서 정한 직접운송 간주요건을 충족하였음을 증명할 수 있는 서류에 해당한다’는 점에 관한 공적 견해를 표명한 것이라고 할 것이다.

따라서 이 사건 감액경정을 ‘단순히 원고의 신청이나 청구를 수리한 것으로 사실행위에 불과하다’는 취지의 피고 주장은 받아들일 수 없다.

다만 앞서 서울세관에서 원고의 ‘직접운송요건 충족을 위한 증빙서류’에 관한 질의에 대하여 이 사건 칭단양식교부를 한 사실만으로는, 과세관청이 아직 이 문제에 관한 공적 견해를 표명한 것이라고 보기에 부족하므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

다) 따라서 원고가 위와 같은 과세관청의 공적 견해 표명(2010. 5. 24.경)에 따라, 그 후 제2 내지 20차 수입신고에 통과선하증권을 제출하지 않은 채 이 사건 원고제출서류만 제출하여 협정관세를 적용받은 것은, 신의성실(신뢰보호)원칙의 적용대상이 된다고 할 것이다. 그러나 원고의 제1차 수입신고에 대한 협정관세의 사후적용 신청이나 세액경정청구(2010. 3. 5.)는, 위와 같은 과세관청의 공적 견해 표명이 있기 전에 이루어진 행위에 불과할 뿐만 아니라, 비과세관행의 인정요건인 ‘과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있었던’ 것도 아니므로( 대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두7855 판결 등 참조), 원고가 주장하는 신의성실(신뢰보호)원칙, 자기구속원칙, 비과세관행 및 소급과세금지원칙의 적용대상이 될 수 없다고 할 것이다. 원고의 이 부분에 관한 주장은 위 인정 범위 내에서 이유 있고, 나머지 주장은 이유 없다.

라) 나아가 원고에게 위와 같은 과세관청의 공적 견해 표명을 신뢰한 데 대한 귀책사유가 있었는지에 관하여 살피건대, ① 앞서 본 바와 같이 원고가 미리 서울세관에 부속서 규정의 ‘직접운송요건 충족을 증빙할 수 있는 서류’가 어떤 것인지를 질의하여 이 사건 칭단양식교부까지 받은 점, ② 과세관청조차 2013. 8.경까지는 협정관세 적용을 위한 ‘직접운송요건 충족을 증빙할 수 있는 서류’에 통과선하증권이 포함된다는 것을 제대로 알지 못하고 있었던 것으로 보이는 점, ③ 원고는 2013. 8.경 서울세관으로부터 통과선하증권을 제출할 것을 권고받자, 곧바로 2013. 8. 31.자 수입신고부터는 캄보디아에서 발행된 통과선하증권을 제출하고 협정관세를 적용받았던 점, ④ 조세심판원도 2015. 7. 13. ‘원고가 서울세관장의 이 사건 감액경정을 신뢰하고 일부 건에 T/M 등만 제출한 사정에 비추어 협정관세를 적용받기 위하여 통과선하증권을 제출하기를 기대하기는 어려워 보이므로, 가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유가 있다’고 판단하면서 46,867,860원의 가산세 부과처분을 취소하였던 점 등의 사정에 비추어 보면, 피고가 주장하는 사정이나 을 제1 내지 11호증의 각 기재만으로는 원고의 귀책사유를 인정하기에 부족하므로, 이에 관한 피고의 주장은 이유 없다.

3) 소결

따라서 이 사건 처분 중 위 신의성실(신뢰보호)원칙의 적용대상에서 제외되는 제1차 수입신고 부분에 대한 관세 8,756,240원(전체 관세 172,821,330원 중 일부)과 부가가치세 875,620원(전체 부가가치세 17,282,120원 중 일부)의 부과처분을 초과하는 부분(제2 내지 20차 수입신고 부분에 대한 관세 및 부가가치세 부과처분)은 모두 신의성실(신뢰보호)원칙에 반하는 것으로서 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지는 이유 없으므로 이를 기각하여야 할 것이다. 제1심판결 중 이와 결론을 일부 달리한 부분은 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 주문과 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[[별 지] 관계 법령: 생략]