2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2008. 6. 4. 자신이 그 지분의 100%를 소유하고 있는 자회사인 주식회사 XX(이하 'XX'라고 한다)의 유상증자에 참여하여 신주 150주(이하 '이 사건 신주'라고 한다)를 000원에 인수하였다가 2008. 12. 29. 유AA에게 이 사건 신주를 포함한 XX의 주식 전부인 175주를 대금 000원에 양도하였다.

나. 원고는 2008 사업연도 법인세를 신고하면서 위와 같은 주식거래로 인한 손실액 000원[= 취득가액 000원(= 이 사건 신주 취득가액 000원 + 기존 에 보유하고 있던 주식 25주의 취득가액 000원) - 양도가액 000원]을 투자유가증권처분손실로 손금산입하였다.

다. 피고는 2011. 7. 1. 위 손실액 000원 중 원고가 이 사건 신주에 투자하였다가 입게 된 손실액 000원 부분은 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것. 이하 '법인세법'이라고 한다) 제52조 제1항의 부당행위계산에 해당 한다는 이유로 이를 손금불산입하여 2008 사업연도 법인세 000원을 증액하는 경정결정을 하고, 이를 원고에게 고지하였다.

라. 원고는 2011. 7. 26. 위 증액경정결정에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2011. 12. 7. 원고가 이 사건 신주에 투자하였다가 입게 된 손실액을 손금산입한 것은 부당행위계산에 해당된다고 판단하면서도 원고가 투자유가증권처분손실로 손금산입하였던 000원 중 이 사건 신주와 관련된 부분은 000원이 아닌 000원이므로 피고가 손금불산입한 000원 중 000원은 손금산입하여야 한다고 판단하였고, 이에 따라 피고는 2011. 12. 14. 법인세 000원을 감액하는 경정결정을 하였다[이하 조세심판원의 결정에 따라 감액되고 남은 피고의 원고에 대한 2011. 7. 1.자 법인세 000원(= 000원 - 000원)의 부과처분을 '이 사건 처분'이라고 한다].

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 5, 6호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것. 이하 '법인세법 시행령'이라고 한다) 제87조 제1항 제2호에서 '특수관계에 있는 자'의 하나로 규정하고 있는 '주주등'에 해당하기 위해서는 XX가 원고의 주주여야 하나, 이 사건의 경우 원고가 XX의 주주일 뿐 XX는 원고의 주주가 아니므로, 대법원 2011. 7. 21. 선고 2008두150 전원합의체 판결에 따라 변경된 법리에 따르면, XX는 법인세법 제52조 제1항에서 말하는 '특수관계에 있는 자'에 해당하지 않는다.

2) 피고는 처분사유를 변경하여 XX가 법인세법 시행령 제87조 제1항 제7호의 '원고가 속한 기업집단에 소속된 다른 계열회사'에 해당하므로, 법인세법 제52조 제1항의 '특수관계에 있는 자'에 해당한다고 주장하나, 위 시행령 규정은 2001. 12. 31. 개정 전에는 '대규모기업집단'에 속하는 경우로 되어 있었는데, 국세청이 위 개정 이후에도 개정 전과 같은 대규모기업집단에 준할 정도의 규모인 경우에만 위 규정에 따른 과세를 해왔던 점에 비추어 보면, XX가 위 시행령 규정에 따른 '특수관계에 있는 자'에 해당한다고 볼 수도 없다.

3) 설사 XX가 법인세법 제52조 제1항의 '특수관계에 있는 자'에 해당한다고 하더라도, 원고가 이 사건 신주에 투자하였다가 이를 다시 양도한 행위는 경제적 합리성을 갖춘 거래로 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것이라고 볼 수 없으므로, 원고의 행위는 '부당행위계산'에 해당하지 않는다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) XX가 법인세법 제52조, 법인세법 시행령 제87조 제1항 제7호에서 규정하는 원고와 '특수관계에 있는 자'에 해당하는지에 대한 판단

피고가 이 사건 처분 당시 XX를 법인세법 시행령 제87조 제1항 제2호에 따른 '특수관계에 있는 자'로 판단하였던 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 원고의 주장과 같이 변경된 대법원 판례에 따르면 XX는 위 시행령 규정에 따른 '특수관계에 있는 자'로 인정될 수 없다. 그러나 과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로, 과세관청으로서는 소송 도중 사실심 변론종결시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환 변경할 수 있는 것인바(대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두1994 판결 등 참조), 피고는 XX가 법인세법 제52조에서 규정하고 있는 '특수관계에 있는 자'에 해당한다는 판단의 동일성이유지되는 범위 내에서 그 근거가 되는 시행령 규정을 변경할 수 있다고 할 것이므로, 피고가 이 사건에서 주장하는 바와 같이 XX가 법인세법 시행령 제87조 제1항 제7호 소정의 '원고가 속해 있는 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 '독점규제법'이라고 한다)에 의한 기업집단에 소속된 다른 계열회사'로서 원고와 '특수관계에 있는 자'에 해당하는 지에 관하여 본다.

살피건대, 독점규제법 제2조 제2호 가목은 '기업집단'이란 '동일인이 회사인 경우 그 동일인과 그 동일인이 지배하는 하나 이상의 회사의 집단'으로서 '대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사의 집단'이라고 정의하고 있고, 같은 조 제3호는 '2 이상의 회사가 동일한 기업집단에 속하는 경우에 이들 회사는 서로 상대방의 계열회사라 한다'고 규정하고 있으며, 독점규제법 시행령 제3조 제1호는 '대통령령으로 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사'의 하나로 '동일인이 단독으로 당해 회사의 발행주식 총수의 100분의 30이상을 소유하는 경우로서 최다출자자인 회사'를 규정하고 있는바, 원고가 2008. 6. 4. 이 사건 신주를 인수할 당시 XX의 발행주식 전체를 소유하고 있었던 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고와 XX는 위 독점규제법 제2조 제2호 가목에서 말하는 '기업집단'을 구성하고 있는 회사들로 서로 상대방의 계열회사라고 봄이 상당하고, 따라서 XX는 원고와의 관계에서 법인세법 제52조, 법인세법 시행령 제87조 제1항 제7호에 따른 '특수관계에 있는 자'에 해당한다고 할 것이다.

이에 대하여 원고는, 피고가 기업집단의 규모가 대규모기업집단에 준하는 경우(상호출자제한기업집단 등)에만 위 규정에 따른 과세를 해왔고, 그에 이르지 못하는 기업 집단에 대하여는 과세를 하지 않는 비과세 관행이 존재해왔는바, 피고가 위 규정을 들어 이 사건 처분을 하는 것은 국세기본법 제18조 제3항에 반하는 것이라고 주장하고 있으나, 국세기본법 제18조 제3항에 규정된 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 하는바(대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두7855 판결 등 참조), 갑 제15, 16호증의 각 기재만으로는 그와 같은 비과세 관행이 있었다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으며, 오히려 을 제8호증의 기재에 따르면, 과세관청이 상호출자제한기업집단이 아닌 경우에도 법인세법 시행령 제87조 제1항 제7호를 적용하여 과세한 사실이 있음을 알 수 있을 뿐이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 원고의 행위가 법인세법 제52조, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제l호에서 정한 부당행위계산에 해당하는지에 대한 판단

법인세법 제52조 제1항은 '납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득 금액을 계산할 수 있다'고 규정하고 있는바, 위 법령상의 '법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우'라 함은 당해 법인이 행한 거래형태가 객관적으로 보아 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 것이어서 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 인정되는 경우를 뜻한다고 할 것이다(대법원 2007. 11. 29. 선고 2005두10767 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실 및 을 제4, 5, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① XX는 2005.경부터 2007.경까지 3년 연속 순손실이 발생하는 등 경영상태가 좋지 못하였고, 이에 따라 원고가 이 사건 신주를 인수한 2008. 6. 4. 무렵에는 자본잠식 상태에 있었던 점, ② 따라서 XX의 당시 주식가치는 상속세법 및 증여세법에 따른 보충적 평가방법에 의할 때 시가가 0원에 불과하였던 점, ③ 그럼에도 불구하고 원고가 이 사건 신주를 액면가의 10배인 1주당 000원에 인수하였던 점, ④ 원고는 XX가 2008. 2. 1. '공업용 휴대식 용기'에 대한 특허를 취득하여 그에 바탕을 둔 경쟁력 있는 신상품을 만들어 판매함으로써 기업가치가 획기적으로 상승될 것이라고 예상했기 때문에 이 사건 신주를 위와 같은 대금으로 인수한 것이라고 주장하나, 당시 위 '공업용 휴대식 용기'에 대하여 가스안전공사의 사용승인도 나지 않은 상태였기에 상품개발에 대한 구체적인 계획이 있었던 것은 아닌 점, ⑤ 원고가 그로부터 6개월밖에 지나지 않은 시점인 2008. 12. 29. 유AA에게 이 사건 신주를 포함하여 원고가 보유하고 있던 XX의 주식 전체인 175주를 000원에 양도하였던 점, ⑥ 원고는 2008. 6. 4. 이 사건 신주 인수 당시 XX에 대하여 000원의 대여금 채권을 가지고 있었는데, XX의 당시 자산상태 등에 비추어 그 채권은 회수가능성이 희박하였으나, 원고의 XX에 대한 대여금 채권은 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목에 규정된 '특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련없이 지급한 가지급금'으로써 법인세법 제34조 제2항, 제19조의2 제2 항 제2호에 따라 손금산입이 불가능한 채권이었던 점, ⑦ 그럼에도 원고는, XX가 2008. 6. 4. 원고로부터 이 사건 신주의 인수대금 000원을 지급받아 원고에 대한 위 대여금 채권을 변제하도록 함으로써, 결과적으로 손금산입할 수 없었던 위 대여금채권 부분을 투자유가증권처분손실의 형태로 우회적으로나마 손금산입할 수 있는 모양새를 만들어낸 점 등을 종합하여 보면, 원고가 종내 000원에 유AA에게 양도한 이 사건 신주 150주를 그 양도일로부터 6개월쯤 전에 특수관계에 있는 XX로부터 000원에 인수한 행위는 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호에서 말하는 '자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 것'으로 그 거래형태가 객관적으로 보아 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 것이어서 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 인정되고, 갑 제7 내지 14 호증의 각 기재만으로는 이러한 인정을 뒤집기에 부족하다.

따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.