2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 0000. 00. 00. 원고에게 한, 0000년 귀속 종합소득세 000,000,000원, 0000년 귀속 종합소득세 00,000,000원 각 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 0000. 00. 00. 통신장비 개발, 제조 및 판매업체인 주식회사 비ooo(0000. 00. 00. 글ooo 주식회사로 상호 변경, 이하 '이 사건 회사'라 한다)을 설립하여 회장 직함으로 업무를 총괄하던 사람이고, 유oo은 0000. 00. 00. 까지 이 사건 회사의 대표이사로 근무한 사람이다.

나. 피고는 0000년경 이 사건 회사의 0000, 0000 각 사업연도 세무조사를 실시하여 이 사건 회사에서 사외유출된 000,000,000원(0000년 000,000,000원, 0000년 000,000,000원 이하 '이 사건 사외유출액'이라 한다)이유oo에게 귀속되었음을 이유로 유oo에 대한 상여로 소득처분하였다. 그런데 유oo이 위 소득처분에 따른 종합소득세 부과처분 취소소송(서울행정법원 2013구합0000호)에서 승소확정판결을 받자, 피고는 관련 형사재판(서울중앙지방법원 2008고합0000호)의 증거자료 등을 근거로 원고를 이 사건 회사의 사실상 대표자로 보아, 이 사건 사외유출액의 귀속 불분명을 이유로 이를 원고에 대한 상여로 소득처분하고, 0000. 00. 00 원고에게 0000년 귀속 종합소득세 000,000,000원, 0000년 귀속 종합소득세 00,000,000원을 증액 경정・고지하였다(이하 '이 사건 각처분'이라 한다).

다. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 0000. 00. 00 이의신청을 거쳐 0000. 00. 00 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 0000. 00. 00 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 7, 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 5호증, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 유oo에게 이 사건 회사 주식과 경영권을 모두 양도한 0000. 00. 00부터유oo으로부터 다시 주식과 경영권을 양수한 0000. 00. 00까지는 이 사건 회사의 회장 직함으로 수주 및 자금지원 활동만 하였을 뿐 이 사건 회사의 경영에 관여하지 않았다. 이 사건 사외유출액은 유oo이 로비자금으로 사용하겠다며 가져간 돈이므로 실질적으로 유oo에게 귀속된 것이고, 설령 귀속자가 불분명하다고 하더라도 이 경우 피고는 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서에 따라 당시 대주주이자 대표이사로서 사실상 이 사건 회사의 경영을 지배하고 있던 유oo에게 소득처분을 하여야 하므로, 이와 달리 원고를 사실상의 대표자로 본 이 사건 각 처분은 위법하다.

2) 원고와 유oo은 모두 이 사건과 관련하여 세무조사를 받고 형사사건의 수사도 받았다. 이후 원고는 피고가 유oo에게 소득처분하였다고 알고 있었는데, 피고는 유oo이 제기한 행정소송에서 유oo과 이해관계가 상반되는 원고에게 소송고지를 하거나 원고를 증인으로 신청하는 등의 방법으로 적극적으로 증명하지도 않고 그 행정소송에서 패소하자 항소도 하지 않은 채 이 사건 각 처분을 하였다. 그 과정에서 피고는 유oo이 제기한 행정소송 판결이나 원고에 대한 형사판결을 확인하였을 뿐 원고에게 이사건 사외유출액의 귀속 등에 관하여 사실관계를 확인하지도 않았다. 따라서 이 사건각 처분은 국세기본법 제15조의 신의성실 원칙 내지 제16조의 근거과세 원칙을 위반한 것으로서 위법하다.

3) 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 따르면 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과하면 더 이상 국세를 부과할 수 없다. 2006년 귀속 종합소득세의 부과제척기간은 2012. 5. 31.까지이고, 2007년 귀속 종합소득세의 부과제척기간은 2013. 5.31.까지이므로, 0000. 00. 00. 이루어진 이 사건 각 처분은 부과제척기간이 지난 것으로서 무효이다. 피고는 0000. 00. 00.법률 제11124호로 신설된 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 후단 규정을 들어 부정행위로 포탈・환급・공제받은 법인세와 관련하여 소득처분된 금액에 대한 부과제척기간은 10년이라고 하나, 위 개정법률 부칙은 2012. 1. 1. 이후 최초로 소득처분하는 금액부터 적용한다고 규정하고 있고, 최초 이 사건 회사에 대한 세무조사 후 유oo에 대한 소득처분은 0000. 00. 00.경 이루어졌으므로, 이 사건 각 처분은 연장된 부과제척기간 규정이 적용될 수 없다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 원고가 사실상의 대표자인지 여부

1) 법인세법 제67조에 의하면 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여・배당・기타사외유출・사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분하도록 되어 있고, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호에 의하면 익금에 산입된 금액의 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보아 상여로 처분하여야 하는데, 같은 호 괄호 부분에서는 대표자의 의미에 관하여 '소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 30 이상을 소유하고있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다.'고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제43조제6항에서는 임원은 다음 각 호의 1에 규정하는 직무에 종사하는 자로 한다고 규정하면서 제1호에서 법인의 회장・사장 등 이사회의 구성원 전원과 청산인, 제4호에서 기타 제1호 내지 제3호에 준하는 직무에 종사하는 자를 규정하고 있다. 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험의 법칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀진 경우에는 납세의무자가 문제로 된 해당 사실이 경험의 법칙을 적용하기에 적절하지 아니하다거나 해당 사건에서 그와 같은 경험의 법칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점 등을 증명하지 못하는 한 해당 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2006. 9. 22. 선고 2006두6383 판결, 대법원 2014. 5. 29. 선고 2014두2027 판결 등 참조). 한편, 행정재판에 있어서는 형사재판의 사실인정에 구속을 받는 것이 아니라고 하더라도 동일한 사실관계에 관하여 이미 확정된 형사판결이유죄로 인정한 사실은 유력한 증거자료가 되므로, 행정재판에서 제출된 다른 증거들에 비추어 형사재판의 사실판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한 이와 배치되는 사실을 인정할 수 없다(대법원 1999. 11. 26. 선고 98두10424 판결 등 참조).

한편 법인세법상의 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데에 그 취지가 있는 것이므로(대법원 2010. 10. 28. 선고 2010두11108 판결 등 참조), 이 경우 대표자는 그 금원이 현실적으로 자신에게 귀속되었는지 여부에 관계없이 종합소득세를 납부할 의무가 있고, 대표자가 종합소득세 납부의무를 면하려면 대표자가 인정상여로 처분된 소득금액이 자신에게 귀속되지 않았을 뿐만 아니라 귀속자가 따로 있음을 밝히는 방법으로 그 귀속이 분명하다는 점을 증명하여야 한다(대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다49789 전원합의체 판결, 대법원 2013. 3. 28. 선고 2010두20805 판결 등 참조). 그리고 사외유출된 금액의 귀속이 불분명한 경우 법인등기부상 대표자로 등재되어 있는 자가 있다고 하더라도 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서 괄호규정이 위 규정에 해당하는 자가 있는 경우에는 그 자를 대표자로보도록 규정하고 있으므로 귀속불분명에 따른 익금산입액의 소득처분 상대방은 법인등기부상 대표자가 아니라 위 괄호규정에 해당하는 대표자가 된다.

2) 갑 제2 내지 4호증, 을 제2, 6, 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 다음 사실이 인정된다.

가) 원고는 이 사건 회사의 설립과 유상증자를 통하여 이 사건 회사의 발행주식 중 52%에 해당하는 000,000주를, 원고의 배우자인 지oo은 이 사건 회사의 발행주식 중 40%에 해당하는 000,000주를 각 보유하였다. 위 000,000주의 소유명의는 0000. 00. 00. 유oo으로 변경되었다가, 그 중 00,000주는 김oo, 박oo, 김△△으로, 나머지 000,000주는 0000. 00. 00.. 지oo으로 변경되었다. 위 000,000주의 소유명의는 0000. 00. 00. 유oo의 배우자 홍남미로 변경되었다가, 그 중 00,000주는 최oo로, 나머지 000,000주는 0000. 00. 00. 원고의 조카 서00으로 변경되었다(별지 '이 사건 회사의 주식변동내역' 참조, 이하 위 000,000주와 000,000주를 합쳐 '이 사건 주식'이라 한다).

나) 원고는 0000. 00. 00. 서울중앙지방법원(2008고합0000호)에서, '이 사건 회사의 회장 지위에서 회계・경영을 지휘・감독하는 사람으로서, 대표이사인 유oo과 공모하여 0000. 0.경부터 0000. 0.경까지 원고가 관리하는 차명계좌를 이용하여 이 사건 회사의 자금을 횡령하고, 이 사건 회사의 자금을 이용하여 원고가 대표이사로 있는 주식회사 크니아이의 주식을 고가로 인수함으로써 이 사건 회사에 재산상 손해를 가하였다는 범죄사실로 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령)죄 및 특정범죄가중처벌등에관한 법률위반(배임)죄로 유죄판결을 선고받았고, 위 판결이 확정되었다(서울고등법원 2008노0000호, 대법원 2009도0000호, 파기환송심 서울고등법원 2009노0000호, 이하 포괄하

여 '관련 형사판결'이라 한다).

다) 위 형사사건 진행시 원고는 이 사건 회사를 자신과 자신의 처가 소유하고 있는 자신의 개인 소유 회사라고 생각하여 위 범죄사실과 같은 행위를 하였다는 내용의 반성문을 작성하여 재판부에 제출하였고, 당시 유oo에게는 총 3차례에 걸쳐 이 사건 회사의 주식 중 지oo, 서00 명의로 된 주식 이외의 주식을 서00 명의로 정리하라는 지시와 함께 이 사건 회사의 업무 등에 관한 지시를 하고, 대표이사인 유oo이 실제 주식을 보유하지 않았으므로 유oo에게 제2차 납세의무자 관련 세금이 부과된다면 실질적 사주로 변경하면 될 것이며, 유oo에게 부과되는 일이 발생한다면 원고와 원고의 배우자에게 부과되도록 변경할 것이며, 주식이 한 주도 없는 유oo이 자신이 쓴 돈도 아니고 사주가 횡령한 돈 때문에 구속을 당하게 되었다는 등의 내용이 기재된 편지를 작성하여 보냈다.

라) 이 사건 주식 명의가 0000. 00. 00. 유oo과 홍00 앞으로 변경될 당시 원고와 지oo이 그 주식대금 상당액을 수령하였다는 점에 관한 금융자료는 없다. 한편 0000. 00. 00. 당시 유oo과 홍00 명의로 남아있던 이 사건 회사 주식 000,000주와 000,000주(이하 000,000주와 000,000주를 합쳐 '이 사건 48만 주'라 한다)의 명의가 지oo과 서동연으로 변경될 무렵, 지oo 명의의 계좌에서 유oo 명의의 우리은행 계좌(000-000)로 000,000,000원(= 000,000주 × 000원), 서00 명의의 계좌에서 홍00 명의의 우리은행 계좌(000-000)로 000,000,000원(= 000,000주 × 000원)이 각 이체되었으나, 위 각 돈은 곧바로 출금되어 이 사건 회사의 법인 계좌(우리은행 000-000)로 입금되었다.

마) 유oo과 홍00가 피고의 제2차 납세의무자 지정 및 조세부과처분의 취소를 구한 이 법원 2013구합0000호 사건에서는, 유oo이 이 사건 회사의 실제 대표이사로서 업무를 수행하였더라도, 이 사건 주식의 실질소유주는 원고이고, 유oo과 홍00는 명의만 대여한 것이라고 봄이 타당하다는 이유로 유oo과 홍00에 대한 위 처분을 취소하였다.

바) 유oo이 0000. 00. 00. 원고에게 '본인은 이 사건 회사의 대표이사로 재직 중인 바, 원고가 이 사건 회사에 빌려준 모든 자금에 대하여 0000년 말까지 2배로 갚을 것을 약속한다.'는 내용의 각서를 작성해 주었으나, 유oo은 이 법원 2015구합0000호 사건의 증인으로 증언하면서, 원고와 사이에 원고의 주장과 같은 약정을 한 사실이 없다고 부인하면서 위 각서가 0000. 00. 00.자 이 사건 주식 양도와 관련하여 작성된 것은 맞지만 당시 남들이 위 주식 양도를 허위거래라고 의심할 수 있으니 위와 같은 각서를 작성해두자고 원고와 협의하여 작성하게 된 것이라고 진술하였다.

사) 관련 형사사건에서 원고가 제출한 반성문과 원고가 유oo에게 보낸 편지에는 "유oo은 이 사건 회사의 주식을 전혀 보유하고 있지 않으며, 원고가 이 사건 회사의 실질적 사주이다"고 기재되어 있다.

아) 0000. 00. 00.자 서울중앙지방검찰청 수사보고서에 의하면, 이 사건 회사의 회계담당자인 임00의 컴퓨터에서 발견된 차명의심계좌의 목록이 첨부되어 있고, 임00이 위 계좌들은 차명계좌로서 이를 이용하여 비자금을 관리하여 왔다고 인정하였다는 내용이 기재되어 있으며, 위 차명의심계좌의 목록에는 이 사건 00만 주의 양도대금이 입금된 유oo 명의의 우리은행 계좌(000-000)와 홍00 명의의 우리은행계좌(000-000), 서00, 지oo 명의의 계좌도 포함되어 있다.

자) 유oo은 관련 형사판결의 범죄사실과 관련하여 원고와 함께 검찰조사를 받았는데, 검사는 0000. 00. 00. 유oo이 이 사건 회사의 소유자이자 회장인 원고의 지시에 따라 범행을 저지른 것이고, 이로 인하여 유oo이 실제 취득한 이익이 없다는 등의 이유로 유oo에 대해 기소를 유예하였으며, 한편, 유oo은 0000년에도 이 사건 회사의대표이사로 재직하면서 0000년 매입처별세금계산서를 허위로 제출하고 조세를 포탈하였다는 혐의로 검찰 조사를 받았는데, 검사는 0000. 00. 00. 피의사실은 인정되나, 유oo이 이 사건 회사의 대표로서 이 사건 회사의 회장으로 실제 운영자였던 원고의 지시에 따라 본건 범행에 이르게 되었고, 그로 인해 조성된 비자금 등 수익은 전적으로 원고가 임의 사용하였던 것으로 확인된다는 등의 이유로 유oo에 대해 기소를 유예하였다.

차) 회사의 비자금 관리를 맡아온 임00은 검찰 조사에서, 자신이 원고와 유oo의 자금을 관리하고 있다고 하면서도 해당 자금은 거의 전부가 원고의 자금이라고 진술하였다.

카) 원고는 이 사건 주식의 명의가 유oo, 홍00로 변경된 이후에도 이 사건 회사의 지급품의서, 자금 현황 보고서, 생산 관련 현황 보고서 등에 최종결재를 하여왔다. 원고가 최종 결재한 것으로 나타나 있는 서류들 중 지급품의서, 생산관련 현황보고서의 경우 유oo은 회계담당자인 임00 이사 등과 함께 '검토'란에 서명을 한 것으로 되어 있는 반면, '승인'란에는 원고의 서명이 되어 있고, 원고가 별도의 결재란 없이 여백에 서명을 한 것은 일부에 불과하며, 다수의 서류에 원고의 결재란을 두어 원고가 최종 승인을 하였다.

타) 과세관청은 원고가 이 사건 회사의 과점주주에 해당한다고 보아 0000 및 0000 각 사업연도 법인세에 관하여 원고에게 제2차 납세의무를 부과하였고, 원고는 이에 불복하여 다투었으나 패소하였으며(서울행정법원 2015구합0000), 항소와 상고가 모두 기각되었다(대법원 2016두0000).

3) 이러한 사실관계에 비추어 보면, 원고가 0000년과 0000년경 이 사건 주식의 실질소유자로서 이 사건 회사의 경영을 사실상 지배한 사실상의 대표자로 인정되고, 원고가 제출한 자료만으로는 이를 뒤집기에 부족하다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

라. 신의성실 원칙 및 근거과세 원칙 위반 여부

일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두7741 판결 등 참조). 그런데, 앞서 본 바와 같이 피고는 유oo에게 소득처분을 하고 종합소득세 부과처분을 하였을 뿐 원고에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 한 바 없고, 이 사건 회사의 사실상의 대표자였던 원고가 유oo에 대한 과세처분을 신뢰한 데 대하여 귀책사유가 없다고 볼 수도 없으며, 원고는 유oo에 대한 과세처분을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 한 바도 없고, 피고가 이 사건 각 처분을 함으로써 원고의 이익이 침해되었다고 볼 수도 없다. 또한 피고는 유oo이 제기한 행정소송 판결이나 원고에 대한 관련 형사판결 및 그 증거자료 등을 근거로 이 사건 각 처분을 한 것이므로, 그 과정에서 원고에게 사실관계를 확인하는 등의 조치를 취하지 아니하였다고 하더라도 그것만으로 국세기본법상의 근거과세 원칙에 위반하였다고 볼 수 없다. 이 부분 원고 주장은 이유 없다.

마. 부과제척기간 도과 여부

1) 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호는 국세의 부과제척기간에 관하여 '납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급・공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간'이라고, 같은 항 제3호는 '제1호 등에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간'이라고 규정하고 있었다. 그런데 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정된 국세기본법은 제26조의2 제1항 제1호 후단에 '이 경우 부정행위로포탈하거나 환급・공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세에 대해서도 그 소득세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다.'는 규정(이하 '개정규정'이라 한다)을 신설하였다. 개정규정의 적용과 관련하여 국세기본법 부칙(2011. 12. 31. 법률 제11124호) 제2조 제1항은 '제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 법인세법 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다.'고 규정하고 있다.

2) 위와 같은 개정규정은, 판례가 법인의 사기 기타 부정한 행위로 인하여 법인세의 부과제척기간이 10년에 해당하더라도 법인의 대표자가 귀속분명으로 인한 상여처분 또는 귀속불분명으로 인한 상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 행한 것으로 보기 어렵다는 이유로 상여처분 또는 인정상여처분으로 인한 종합소득세에 관한 부과제척기간이 원칙적으로 5년이라고 판시하자(대법원 2010. 1. 28. 선고 2007두20959 판결, 대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두11382 판결 등 참조), 법인세법에 의하여 소득처분된 금액에 대한 조세범처벌법의 적용을 배제한 구 조세범처벌법(2010. 1. 1. 법률 제9919호로 전부 개정되기 전의 것) 제9조의2 제2호를 삭제함과 아울러 사기 기타 부정행위로 포탈한 법인세와 관련하여 상여, 배당 등으로 처분한 금액에 대한 소득세의 부과제척기간도 법인세와 마찬가지로 10년으로 삼기 위하여 마련된 것이다. 한편 조세법률주의를 규정한 헌법 제38조, 제59조의 취지에 의하면 국민에게 새로운 납세의무나 종전보다 가중된 납세의무를 부과하는 규정은 그 시행 이후에 부과요건이 충족되는 경우만을 적용대상으로 삼을 수 있음이 원칙이고 특별한 예외규정이 없는한 그 시행시기 이전에 이미 종결한 과세요건사실에 소급하여 적용하는 것은 허용될 수 없지만(대법원 2011. 9. 2. 선고 2008두17363 전원합의체 판결 등 참조), 헌법 제13조 제2항 내지 국세기본법 제18조 제2항에서 말하는 소급입법은 이미 과거에 완성된 사실・법률관계를 규율의 대상으로 하는 이른바 진정소급효를 가지는 입법만을 말하는 것이므로, 개정 법률 시행 후 최초로 제척기간의 진행이 시작되는 것부터 새로운 입법을 적용하는 경우에는 진정소급효 또는 부진정소급효의 입법에 속하지 아니하고(대법원 2001. 9. 14. 선고 2000두406 판결, 헌법재판소 2003. 6. 26. 선고 2000헌바82 결정 등 참조), 개정 법률 시행 당시 사실관계가 진행 중이거나 부과제척기간이 진행 중에 있는 것에 관하여는 이른바 부진정소급효의 입법에 불과하여 원칙적으로 새로운 법령의 적용이 가능하다(대법원 1983. 4. 26. 선고 81누423 판결, 대법원 1999. 9. 3. 선고 98두7060 판결, 대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결, 헌법재판소 1997. 6. 26. 선고 96헌바94 결정 등 참조). 개정규정의 부칙규정을 문언대로만 해석하면 법인세법 제67조에 따른 처분이 2012. 1. 1. 이후에 있기만 하면 그 소득처분에 따른 소득세나 법인세의 부과제척기간은 언제나 10년이 될 수 있지만, 앞서 본 바와 같이 진정소급입법은 허용되지 않으므로 2012. 1. 1. 이후 소득처분이 이루어진 경우라고 하더라도 개정규정의 시행일 전에 이미 부과제척기간이 도과한 경우에는 개정규정의 부칙규정을 적용할 수 없다고 보아야 한다(대법원 2014. 3. 27.자 2013두25627 판결 등 참조). 그러나 개정규정의 시행일 당시 아직 부과제척기간이 도과하지 아니한 상태에서 2012. 1. 1. 이후 소득처분이 이루어졌다면 개정규정의 부칙규정이 적용되어 그 포탈한 법인세에 관한 상여처분으로 인한 소득세의 부과제척기간은 10년이 된다고 보아야 할 것이다(대법원 2015. 10. 15.자 2015두45274 판결 등 참조). 따라서 2006년 귀속분 종합소득세의 경우에는 그 신고기한인 2007. 5. 31.의 다음날부터 부과제척기간이 진행하고 개정규정의 시행일인 2012. 1. 1. 당시 그 부과제척기간 5년이 도과하지 않았으므로 개정규정의 부칙규정이 적용될 수 있으며, 2007년 귀속분 종합소득세의 경우에도 마찬가지이다. 그리고 개정규정의 부칙규정에서 말하는 '2012. 1. 1. 이후 최초로 하는 소득처분' 이란 2012. 1. 1. 개정규정의 시행일 당시 부과제척기간이 도과하지 아니한 과세대상에 관하여 2012. 1. 1. 이후 최초로 소득처분을 하면 일률적으로 부과제척기간 10년을 적용한다는 것이므로, 2006년 귀속분 종합소득세의 경우 2012. 1. 1. 전에 최초로 소득처분을 한 경우에는 개정규정의 부칙규정이 적용되지 아니하여 그 부과제척기간은 5년이 되겠지만(대법원 2016. 9. 29.자 2016두44513 판결의 원심은, 2007년 귀속분 종합소득세의 경우 2012. 1. 1. 전에 최초로 소득처분을 한 경우에도 개정규정의 부칙규정이 적용될 수 있다고 보았으나, 이는 2012. 1. 1. 전의 소득금액변동통지가 관할 없는 과세관청에 의하여 이루어졌다가 2012. 1. 1. 이후 새로이 법인세법 제67조에 따른 적법한 소득금액변동통지가 이루어진 사안에 관한 것으로서, 아래에서 보는 바와 같이 적법한 최초의 소득처분만을 '2012. 1. 1. 이후 최초로 하는 소득처분'으로 보는 이상 위 대법원 판결이 이러한 판단과 배치되는 것으로 볼 수 없다), 2012. 1. 1. 이후 소득처분을 한 경우에는 개정규정의 부칙규정이 적용되어 그 부과제척기간은 10년이 되는 것으로 보아야 한다. 2006년 귀속분 종합소득세에 관하여 2012. 5. 31.까지 최초로 소득처분을 하지 아니하여 종전규정에 따른 부과제척기간 5년이 경과한 것처럼 보이더라도 소득처분이 개정규정에 따른 부과제척기간 만료일인 2017. 5. 31.까지 이루어졌다면, 개정규정은 그 시행일 당시 아직 부과제척기간이 도과하지 아니한 과세대상에 관하여 일률적으로 부과제척기간을 정하고자 한 것인 점, 과세관청의 소득처분 시기에 따라 납세자별로 부과제척기간이 달라지는 것은 형평에 맞지 아니한 점, 개정규정의 부칙규정에서 말하는 '2012. 1. 1. 이후 최초로 하는 소득처분'을 요건으로 둔 것은 2012. 1. 1. 전에 이미 소득처분이 이루어진 과세대상에 관하여는 개정규정에 따른 부과제척기간을 적용할 수 있더라도 이미 과세권이 발동된 이상 그러한 범위 내에서 조세법률관계를 종전규정에 따라 조기에 확정하고자 한 것으로 볼 수 있는 점, 개정규정의 부칙규정이 개정규정의 적용대상으로 '2012. 1. 1. 이후 종전규정에 따른 부과제척기간 내에 소득처분을 할 것'이라는 요건을 명시적으로 두지 아니한 점 등을 종합할 때, 이러한 경우에는 개정규정이 적용되어 그 부과제척기간은 10년이 되고, 2006년 귀속분 종합소득세에 관하여 2012. 5. 31.까지 최초로 소득처분을 하여야만 비로소 개정규정을 적용할 수 있는 것은 아니다(대법원 2016. 7. 14. 선고 2014두45246 판결 참조). 나아가 개정규정의 부칙규정에서 말하는 '2012. 1. 1. 이후 최초로 하는 소득처분'이란 문제되는 소득세 납세의무자에게 사외유출 되었음을 전제로 하는 소득처분을 말하므로, 과세관청이 법인등기부상 대표자에게 사외유출 되었다고 보아 2006년 귀속분 종합소득세에 관하여 2012. 1. 1. 전에 소득처분을 함으로써 그 법인등기부상 대표자에 관하여는 종전규정에 따른 부과제척기간 5년이 적용될 수 있었다고 하더라도, 만약 과세관청이 위와 같은 소득처분에 따라 법인등기부상 대표자에게 종합소득세 부과처분을 하였다가 소송 패소 등을 이유로 이를 취소하였다가 2012. 1. 1. 이후에 비로소 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서의 괄호 규정에 따른 사실상의 대표자에 대한 소득처분을 새로이 하였다면, 그 사실상의 대표자에 대한 2006년 귀속분 종합소득세에 관하여는 2012. 1. 1. 이후에 최초로 소득처분이 이루어진 것이므로, 이에 관하여는 개정규정의 부칙규정이 적용되어 그 부과제척기간을 10년으로 보아야 할 것이다. 마찬가지로 2007년 귀속분 종합소득세의 경우에도 2018. 5. 31.까지 소득처분이 이루어지면 그 종합소득세의 부과제척기간은 10년이 될 수 있다.

3) 갑 제8호증, 을 제3 내지 5, 14, 16호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는 2011. 11.경 이 사건 회사에 대하여 0000, 0000 각 사업연도 법인세를 경정・고지하면서 그 무렵 이 사건 사외유출액을 유oo에 대한 상여로 소득처분을 한 사실, 이후 유oo이 위 소득처분으로 인한 0000년, 0000년 귀속 종합소득세 부과처분을 다툰 행정소송에서 승소확정판결을 받은 사실, 이에 피고는 0000.0.경 이 사건 사외유출액을 원고에 대한 상여로 소득처분을 하였고 이어 0000. 00. 00. 원고에게 이 사건 각 처분을 한 사실이 인정된다. 그리고 이 사건 사외유출액은 이 사건 회사가 거래처로부터 물건을 공급받는 형식을 취하여 대금을 거래처로 유출한 뒤 이를 반환받는 방식으로 조성한 비자금을 원고 주도하에 사용함으로서 발생한 것으로서, '사기 기타부정행위'에 해당하는 것으로 볼 수 있다. 위 인정사실을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고의 0000년, 0000년 귀속 종합소득세의 부과제척기간 5년(2012. 5. 31. 및 2013. 5. 31.)이 만료되기 전 개정규정이 신설되었고, 이 사건 각 처분은 피고가 2012. 1. 1. 이후 최초로 원고에 대하여 이 사건 사외유출액의 소득처분을 함으로써 부과된 것이므로, 위 소득처분에 따른 0000년, 0000년 귀속 종합소득세의 부과제척기간은 개정규정이 적용되어 0000. 00. 00. 및 0000. 00. 00.까지이다. 따라서 이 사건 각 처분은 부과제척기간 내에 이루어진 것으로서 적법하고 이 부분 원고 주장은 이유 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없어 기각하고 소송비용은 패소자인 원고가 부담하도록 하여 주문과 같이 판결한다.