원고의 상고는 이를 기각하고 이 부분 상고비용은 원고의 부담으로 한다.

원심이 채택한 증거관계를 기록에 대조하여 살펴보면, 원심의 사실인정은 옳고 거기에 논지와 같은 채증법칙의 위배나 심리미진의 위법이 있다고 할 수 없다. 논지는 이유가 없다.

2. 피고의 상고이유를 본다.

국세기본법 제21조 제2항 제1호 , 제22조 제2항 제3호 , 제26조의2 제1항 제1호 , 제3항 , 같은법시행령 제12조의3 제2항 제1호 와 소득세법 제143조 , 같은법시행령 제191조 등의 관계규정에 의하면, 원천징수하는 소득세의 납세의무는 그 소득금액을 지급하는 때에 성립과 동시에 확정되고 원천징수의무자는 그 원천징수한 세액을 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 정부에 납부하도록 되어 있으므로, 과세관청으로서는 원천징수의무자가 당해 소득을 지급하는 때의 다음달 10일이 도과한 날로부터 그 원천징수할 세액에 대한 부과권을 행사할 수가 있는 것이라고 할 것이고, 한편 법인세법에 의하여 처분되는 소득에 있어서는 소득세법시행령 제198조 제1항 에 의한 소득금액변동통지가 있은 때에 같은 법조 제2항 에 의하여 소득금액을 지급한 것으로 의제하게 됨으로써 당해 법인의 원천징수의무가 자동적으로 성립확정되는 효과를 가져오는 것이므로, 소득금액변동통지에 관한 위 규정들이 단순히 그 지급시기만을 의제하는 규정은 아니라고 함이 당원의 견해다 ( 당원 1991.2.26. 선고 90누4631 판결 ; 1993.1.19. 선고 92누8293 판결 등)

따라서 이 사건 원심이 확정한 바와 같이 피고가 1984.사업연도분 원고 법인의 법인세과세표준 등을 경정결정함에 있어 그 판시의 가공비용을 원고의 임원 등에 대한 상여로 처분하여서 1990.3.16.경 원고 법인에게 소득금액변동통지를 하였다면, 원고 법인은 다음달 10일인 1990.4.10.까지 상여처분된 금액에 대한 원천징수세액을 납부하여야 하고 정부는 위 법정납부기한이 도과한 때로부터 그 부과권을 행사할 수가 있는 것이라고 하겠으므로, 그로부터 5년이 도과하기 전에 원고 법인에 대하여 위 원천징수세액을 고지한 피고의 과세처분이 제척기간이 만료된 후의 것이라고 볼 수는 없는 것이다.

이와 달리 원심이, 과세청의 내부지침인 기본통칙에 기속되어서, 원고 법인의 원천징수납세의무가 성립되지도 아니한 1984년도의 종합소득세 과세표준 등 확정신고기한이 도과한 때로부터 곧바로 부과권을 행사할 수 있는 것으로 전제하고서, 위 과세처분이 그로부터 5년의 제척기간이 만료된 후의 것이어서 위법하다고 판단하였음은 소득금액변동통지의 효과와 그로 인한 원천징수납세의무의 성립확정시기 내지는 국세부과권의 제척기간에 관한 법리를 오해한 것이라고 할 것이고, 원심의 위와 같은 법리오해는 원심판결 중 피고 패소부분에 영향을 미쳤음이 분명하므로 이 점을 지적하는 논지는 이유가 있다.

3. 그러므로 피고의 상고이유를 받아들여 원심판결 중 피고 패소부분을 파기하고 이 부분 사건을 원심법원에 환송하며, 원고의 상고는 이를 기각하고 이 부분 상고비용은 패소한 원고의 부담으로 하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.