1. 피고가 2012. 9. 3. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 증여세 1,539,998,560원의 부과처분을 취소한다....

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 12. 31. 아버지 B으로부터 주식회사 C(이하 ‘C’라 한다)의 발행주식 2만주(액면가 5,000원)를 증여받아 C의 발행주식 전부를 소유하게 되었고, 2005. 3.경 위 주식을 주당 1,514원으로 평가하여 증여세 8,100,000원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 이후 원고는 2006. 2. 6. 자신이 보유하고 있던 D 주식회사(이하 ‘D’이라 한다)의 주식 8만주(평가금액 6억 4,080만 원)를 담보로 한국증권금융㈜로부터 4억 원을 대출받았고, 2006. 2. 8. 위 대출금으로 C의 유상증자에 단독으로 참여하여 C 주식 8만주를 추가로 취득하였다

(이하 C의 주식 10만주 전부를 ‘이 사건 주식’이라 한다). 다.

원고는 2009. 7. 15. 쌍용해운 주식회사(이하 ‘쌍용해운’이라 한다)와 이 사건 주식을 35억 원에 양도하기로 하는 계약을 체결하고, 2009. 8. 13. 이 사건 주식을 쌍용해운에게 양도하였다.

원고는 이 사건 주식의 양도로 3,052,204,000원의 양도소득을 얻었음을 이유로 2009. 11. 30. 양도소득세 274,473,360원을 신고ㆍ납부하였다. 라.

서울지방국세청장은 2012. 4. 30.부터 2012. 6. 29.까지 기간 동안 C에 대한 주식변동조사를 하여, 이 사건 주식의 가치가 ‘타인의 기여’에 의하여 증가한 것이므로 구 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9269호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제2조 제3항에 의하여 증여세 과세대상이라고 조사하고, 법 제42조 제4항, 같은 법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22042호로 개정되기 전의 것) 제31조의9 제6항 및 제7항에 따라 이 사건 주식 양도가액 35억 원 중에서 2,992,564,169원을 원고에 대한 증여재산가액으로 보고 2012. 8. 31. 피고에게 제세결정상황통보를 하였으며, 이에 따라 피고는 2012. 9. 3. 원고에 대하여 증여세 1,539,998,560원을...