아일랜드 법인이 도관이어서 한아일랜드 조세조약상 사용료소득 규정이 적용되는지 여부

특허사용료 대부분이 키프로스 소재 상위 주주에게 이전된 점으로 볼 때 아일랜드 법인이 도관이서어 한아일랜드 조세조약상 사용료 면세규정이 적용되지 않음

한아일랜드 조세조약 제12조

2015구합52807 법인세부과처분취소

AA 주식회사

BB 세무서장

2016. 3. 11.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2013. 8. 1. CC에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 ooo,ooo,ooo원의 징수처분 및 가산세 oo,ooo,ooo원의 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위

CC은 전자기기・기계・기구와 동 부속품의 제조・가공 및 판매업 등을 영위하는 회사로서, 2014. 8. 19. 서울중앙지방법원 2014회합100098호로 회생절차개시결정을 받았고 같은 날 CC의 관리인으로 간주된 대표이사 갑이 이 사건 소를 제기하였다. 주식회사 CC은 이 사건 소송 계속 중인 2015. 10. 16. '주식회사 DD'로 상호가 변경되었는데, 같은 날 인가받은 회생계획에 따라 기존 회사인 '주식회사 DD'로부터 '주식회사 CC'이 분할 신설되었고, 2015. 10. 21. 갑, 을이 주식회사 CC의 공동관리인으로 선임되어 이 사건 소송절차를 수계하였다. 또한 주식회사 CC은 기존 회사의 주요 영업자산, 인력 등을 인수함으로써 2015. 11. 26. 위 법원으로부터 회생절차 종결 결정을 받았고, 이에 주식회사 CC이 원고로서 이 사건 소송을 다시 수계하였다(이하 회생절차 개시 후 관리인을 포함하여 모두 '원고'라 한다).

나. 원고의 특허 사용료 지급 및 원천징수의무 불이행

"아일랜드 공화국(이하 '아일랜드'라 한다) 소재 법인인 EE Limited(이하 'EE'이라 한다)는 2006. 12. 21. 관계회사인 영국령 버진아일랜드 소재 법인 FF Limited(이하 'FF'라 한다)으로부터 FF 보유의 미국 등록 특허권 3건",(이하 '이 사건 각 특허'라 한다)을 재허여(sublicense) 받았고, 원고는 2010. 4. 22. EE과 사이에 이 사건 각 특허권 재허여 계약을 체결한 후 2010. 4. 27. 그 사용대가로 EE에게 o,ooo,ooo 미국달러(이하 '이 사건 사용료'라 한다)를 지급하였는데, EE이 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자라고 보아 대한민국과 아일랜드간의 소득 및 양도소득에 대한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지를 위한 협약(이하 '한・아일랜드 조세협약'이라 한다) 제12조에 따라 2010. 5. 피고에게 비과세・면제 신청서를 제출한 후 이 사건 사용료 소득에 대한 법인세를 원천징수하지 않았다.

다. 피고의 징수처분

서울지방국세청장은 2013. 4.경 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자는 EE이 아니라 그 상위 지배주주인 키프로스(Cyprus) 공화국(이하 '키프로스'라 한다)소재 GG Limited(이하 'GG'이라 한다)이므로 한・아일랜드 조세협약의 적용을 부인하고 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제98조 제1항 제3호에 따라 사용료 소득에 대한 원천징수세율 20%를 적용하여야 한다고 판단하여 이를 피고에게 통보하였고, 이에 피고는 2013. 8. 1. 원고에 대하여, 원고로서는 이 사건 사용료를 지급하면서 외국법인의 국내 원천소득에 대한 법인세를 징수했어야 함에도 그러하지 않았다는 이유로, 구 법인세법 제98조 제3항에 따라 2010 사업연도 법인세 ooo,ooo,ooo원을 징수하는 한편, 구 법인세법 제76조 제2항에 따라 원천징수불이행 가산세 oo,ooo,ooo원을 부과하였다(이하 위 징수처분 및 부과처분을 합하여 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 전심절차의 경료

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 11. 8. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2014. 11. 4. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 10, 12호증, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) EE은 물적・인적 시설을 갖추고 실질적인 사업활동을 수행하고 있는 아일랜드 거주자이자 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자이므로 한・아일랜드 조세협약 제12조 제1항에 따라 위 사용료 소득에 대하여는 과세할 수 없고, 이에 따라 원고에게 법인세 원천징수의무가 없다. 그럼에도 이와 전제를 달리 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 설령 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자가 GG이라고 하더라도, 원고는 피고에게 EE이 아일랜드 거주자임을 알 수 있는 거주자증명서, 정관, 이사회 등록명단 및 주소, 이사회 회의록, 사무실 건물 사진 등 이 사건 사용료 소득의 지급과정에서 성실하게 조사하여 확보한 자료 등을 통해서 EE이 수익적 소유자라고 판단하였던 것이고 위 사용료 소득의 실질적인 귀속자가 따로 있다는 사실을 알 수 없었으므로 그 실질적인 귀속자를 기준으로 그 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 없다. 설령 이와 달리 보더라도 원고가 원청징수의무를 이행하지 아니한 것에 정당한 사유가 있다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 처분 내지 위 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

3) 만약 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자가 EE이 아니라면 이 사건 각 특허가 미국 등록 특허인 점에 비추어 그 수익적 소유자가 미합중국(이하 '미국'이라 한다) 거주자일 가능성이 높은바, 그렇다면 이 사건 사용료 소득과 관련하여서는 국제조세조정에관한 법률 제28조, 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 '한・미 조세협약'이라 한다) 제6조 제3항에 따라 미국 거주자가 국내 거주자로부터 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용에 대한 대가로서 받은 지급금은 국내원천소득에 해당하지 아니한다. 따라서 원고는 국내원천소득이 아닌 이 사건 사용료 소득에 대한 법인세 원천징수의무가 없고 이와 전제를 달리 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

원고는 아일랜드에 소재한 EE에게 이 사건 사용료 소득을 지급하면서 한・아일랜드 조세협약상 사용료 소득을 거주지국에서 과세한다는 규정에 따라 법인세를 원천징수하지 않아 이 사건 사용료 소득에 관하여 대한민국에서 과세가 이루어지지 않았다.

피고는 EE이 아일랜드의 거주자이자 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자가 아니고, 그 지배주주인 GG이 실질적 귀속자라면서 구 법인세법 제98조 제1항 제3호 소정의 사용료 소득에 대한 원천징수세율에 따라 이 사건 처분을 한 것이므로, 이하 ① EE이 아일랜드의 거주자인지, ② 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자가 EE인지 아니면 GG인지를 판단한 후, ③ EE이 수익적 소유자가 아니라면 원고가 이를 알지 못한데에 정당한 사유가 있는지, ④ 이 사건 사용료 소득에 대하여 한・미 조세협약이 적용되어 이를 국내원천소득으로 볼 수는 없는 것인지를 순차적으로 살펴보기로 한다.

1) EE이 아일랜드 거주자인지 여부

한・아일랜드 조세협약은 일방 또는 양 체약국의 거주자인 인에게 적용된다고 하면서, 그 국가의 법에 따라 주소, 거소, 본점이나 주사무소의 소재지, 관리장소 또는 그와 유사한 성질의 다른 기준에 의하여 그 국가에서 납세의무가 있는 인을 거주자로 보고 있다.

그런데 갑 제9, 18, 19호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, EE은 아일랜드 법에 근거하여 아일랜드에 본점 및 주소지를 두고 있는 법인으로서 아일랜드 과세당국은 EE이 조세목적상 아일랜드의 거주자임을 확인하고 있는 사실이 인정되는바, 비록 뒤에서 보는 바와 같이 EE의 자본금이 미미하고 아일랜드에 인적・물적 시설을 제대로 갖추고 있지 않더라도 아일랜드 거주자로서의 지위를 부정하기는 어렵다.

따라서 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) EE이 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자인지 여부

가) 실질과세원칙과 수익적 소유자

한・아일랜드 조세협약 제12조 제1항에서는 일방체약국내의 원천으로부터 발생하는 사용료에 대하여 타방국에서만 과세되기 위한 요건으로 그 사용료를 받은 자가타방체약국의 '거주자'이어야 할 뿐만 아니라 '수익적 소유자'일 것을 요구하고 있다.

한・아일랜드 조세협약에서는 '수익적 소유자'의 의미에 관하여 따로 정의하고 있지 아니하나, 위 협약 제3조 제2항에 의하면, 협약에서 정의되지 아니한 용어는 문맥에 따라 달리 해석되지 아니하는 한 일방체약국의 국내법에 따른 의미를 가지게 되므로, '수익적 소유자'의 의미를 국내법상의 실질과세원칙을 통해 파악해 보기로 한다.

국세기본법 제14조 제1항과 구 법인세법 제4조 제1항에서 규정하는 실질과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 그 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 그 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이므로, 재산의 귀속 명의자는 이를 지배・관리할 능력이 없고, 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배・관리하는 자가 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는, 그 재산에 관한 소득은 그 재산을 실질적으로 지배・관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 할 것이고, 이러한 원칙은 법률과 같은 효력을 가지는 조세조약의 해석과 적용에 있어서도 이를 배제하는 특별한 규정이 없는 한 그대로 적용된다(대법원 2012. 4. 26. 선고 2010두11948 판결 등 참조).

이 사건의 경우, 위에서 본 것처럼 한・아일랜드 조세협약 제12조 제1항에서

아일랜드 거주자가 국내 거주자로부터 받은 사용료 소득에 관하여 자국에서만 조세부담을 지기 위한 요건으로 아일랜드 거주자가 '수익적 소유자'일 것을 요구하는 취지는 조세회피 및 탈세를 방지하기 위한 것으로 이해되고, 이는 실질과세원칙과 그 맥락을 같이 하는 것으로 볼 수 있다.

따라서 위에서 본 실질과세원칙의 법리와 한・아일랜드 조세협약 제12조 제1항에서 수익적 소유자일 것을 요구하는 취지에 비추어 보면, 한・아일랜드 조세협약 제12조 제1항에서 말하는 '수익적 소유자'라 함은 '실질과세원칙을 적용한 결과 소득이 실질적으로 귀속된 것으로 평가되는 자'라고 봄이 상당하다.

나) 입증책임

일반적으로 과세처분의 취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다 할 것이고(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누13894 판결 등), 외국법인에게 지급하는 국내원천소득에 대하여 당해 외국법인에게 법인세를 부과하기 위한 과세요건 사실은 국내원천소득을 지급받는 자가 외국법인, 즉 국내에 본점 또는 주사무소를 두지 아니한 법인이라는 점을 주장・입증함으로써 족하고, 더 나아가 그 외국법인의 주된 사무소가 구체적으로 어느 곳인지의 점까지 확정하여야 하는 것은 아니다(대법원 1994. 4. 15. 선고 93누13162 판결 참조).

한편 소송에 있어서 비과세・면세 요건에 대한 입증책임은 납세자 측에게 있고(대법원 2000. 7. 7. 선고 98두16095 판결 참조), 구 법인세법 제98조의4는 국내원천소득에 대하여 조세조약에 따라 비과세 또는 면제를 받으려는 외국법인은 관할 세무서장에게 비과세 또는 면제에 관한 신청을 하여야 한다고 규정하고 있는 점, 2014. 1. 1. 법률 12166호로 신설된 법인세법 제98조의4 제3항, 제4항은 소득지급자가 국내원천소득을 실질적으로 귀속받는 외국법인으로부터 비과세・면제신청서를 제출받지 못하거나 제출된 서류를 통해서는 실질귀속자를 파악할 수 없는 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 비과세 또는 면제를 적용하지 아니하고 법인세법 제98조 제1항 각 호의 금액을 원천징수하여야 한다고 규정하면서 이와 같이 비과세 또는 면제를 적용받지 못한 외국법인이 비과세 또는 면제를 적용받으려는 경우에는 실질귀속자 또는 소득 지급자가 3년 이내에 경정을 청구할 수 있도록 규정하고 있는데 그 입법취지는 이 사건에서도 참작될 수 있는 점을 고려하면, 납세자가 어떠한 외국법인에게 조세가 면제 또는 감면되는 조세조약이 적용된다고 주장하려면 당해 외국법인이 우리나라가 조세조약을 체결한 타방 체약국의 거주자이고 조세조약상 그 소득에 대한 과세권이 우리나라가 아닌 타방 체약국에 있다는 점을 입증하여야 할 것이다.

또한 조세조약이 이자・배당・사용료 소득에 대하여 거주자 요건 외에 수익적소유자 요건을 추가하는 이유는, 이러한 소득은 실질적 사업활동 없이 계약상・법률상 형식만으로 손쉽게 거래구조를 설정할 수 있기 때문에, 그 소득이 실질적으로는 조세조약 체결 당사국 외의 제3국에 귀속됨으로써 당해 조세조약을 적용받을 수 없는 자가 조세조약의 혜택을 누릴 목적으로 일방체약국의 거주자 지위를 이용하여 형식적으로 거래구조를 구비하는 경우를 방지하여 체약당사국 외의 제3국에 귀속되는 소득에 대한 자국의 과세권을 보장함에 있고, 현실적으로 과세관청이 국제거래로 발생한 국내원천소득의 과세와 관련된 자료를 입수하기 어려운 측면을 감안하여 보더라도, 대다수의 증거를 지배하고 있고 증거와의 거리가 가까우며 입증의 난이도가 수월한 납세자 측에게 그러한 조세상의 혜택을 주장하는 근거와 관련된 증명책임을 부담하는 것이 합리적이고 효율적인 합의점이라고 본다.

이 사건의 경우 EE이 아일랜드의 거주자라는 사실은 앞서 본 바와 같고 사

용료 소득의 경우 한・아일랜드 조세협약은 그 수익적 소유자에게 적용되므로, 원고가 한・아일랜드 조세협약상의 비과세 혜택을 누리기 위하여는 EE이 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자라는 사실을 적극적으로 입증하여야 한다.

다) 인정사실

(1) EE의 설립 경위 및 사업활동 내역

EE은 2006. 11. 29. 아일랜드에서 설립되었고(설립 당시 상호는 "HH Limited 였으나 2007. 1. 4. "EE Limited"로 변경되었다), 2006. 12. 21.

이 사건 각 특허권의 소유자인 FF로부터 위 각 특허권을 재허여 받았다.

(2) EE의 자본, 주주 및 인적・물적 시설 등 현황

(가) EE 설립 당시 수권 자본금은 100만 유로로 액면가 1유로의 보통주식

100만 주가 발행되었어야 하나, 실제 납입 자본금은 100유로로 액면가 1유로의 보통주식 100주가 발행되었다.

(나) EE주식 100주 중 99주는 GG이, 나머지 1주는 EE의 이사 갑이 보유하고 있다.

"(다) EE의 등록주소는 "Suite ooo oooooo House, ooooo, ooooooooo, Dublin o, Ireland (이하 '이 사건 주소지'라 한다)이다. 그런데 JJ Limted(이하 'JJ'라 한다), KK Limited, LL Limited 등 다수의 회사들이 같은 기간 이 사건 주소지로 등록되어 있었다.",(라) EE의 이사는 갑와을 2명이고, 감사보고서에 의하면 그 외에 다른 직원은 없다. EE은 2010. 4. 14. 위 두 명으로 구성된 이사회의 의결로 원고와 이 사건 각 특허 재허여 계약을 체결하기로 정하였다.

(마) 그런데 EE의 이사 을의 개인주소지는 룩셈부르크, 갑의 개인주소지는 영국령 채널제도(Channel Islands)였다. 을과 갑은 1,194개의 아일랜드 국적 회사의 이사로 등재된 바 있고 그 중 1,130개의 회사는 현재 폐업하였다.

(바) 을은 MM Limited에 소속된 변호사로 위 회사의 주소지 또한 이 사건 주소지와 동일하였고, 앞서 본 JJ는 회계, 장부기장, 감사, 세무컨설팅을 전문으로 하는 회사로 을, 갑, 그리고 EE의 직원이라고 주장하고 있는 병이 위 JJ의 임직원으로 등재되어 있었다.

(사) 또한 갑은 과거 728개 회사의 이사직을 겸직하고 현재는 118개 회사의 이사로 등재되어 있는 컨설턴트인데, FF와 EE 사이의 이 사건 각 특허 재허

여 계약 체결 시 FF를 대표하여 서명하였고, FF를 대표하여 원고에게 위 사실을 확인하여 주기도 하였다.

(3) 원고와 EE 사이의 이 사건 각 특허 재허여 계약의 내용

원고와 EE 사이의 이 사건 각 특허 재허여 계약에는 ① 원고가 이 사건 사용료를 1차 150만 미국달러, 2차 250만 미국달러로 분할 지급하고, EE은 위 2차 지급분 250만 미국달러를 원고의 주식을 매입하는 데 사용할 것을 약정하는 내용, ② 이 사건 사용료 소득에 대하여는 한・아일랜드 조세협약에 따라 대한민국으로부터 법인세가 과세되지 아니하고, 대한민국 국세청이 이에 대하여 조사할 경우 EE은 원고에게 협조하여 한・아일랜드 조세협약에 따른 비과세에 필요한 정보나 자료를 제공하여야 한다는 내용, ③ 위 계약과 관련한 모든 통지, 요청 등을 EE에게 전달하는 경우 미국 일리노이주 시카고에 있는 병에게 전달하여야 하고, 위 계약에 관하여 분쟁이 발생할 경우 미국 버지니아주 비엔나에서 만나 협상하여야 하며, 협상이 결렬된 경우 미국 중재위원회 국제규칙(AAA 국제규칙) 등에 따라 미국 중재위원회에 분쟁 중재를 신청할 수 있다는 내용이 각 포함되어 있다.

(4) EE에 대한 감사보고서의 내용

(가) 2007년 감사보고서

EE의 등록사업장 및 사업장소재지는 "o, ooo, Dublin o 였고, EE이 수령한 특허 사용료(Royalties)는 4,742,795유로, DQR이 지급한 특허 사용료는 4,647,939유로이고, 위 차액(매출총이익)에서 관리비를 제외한 세전경상이익은 13,468유로, 이에 대한 법인세는 3,704유로이다.

(나) 2008년 감사보고서

EE이 수령한 특허 사용료는 3,476,824유로, EE이 지급한 특허 사용료 는 3,393,282유로이고, 위 차액(매출총이익)에서 관리비를 제외한 세전경상이익은 34,057유로, 이에 대한 법인세는 8,965유로이다.

(다) 2009년 감사보고서

EE의 등록사업장 및 사업장소재지가 이 사건 주소지로 변경되었고, 매출이 전혀 없어 법인세를 납부한 바 없다.

(라) 2010년 감사보고서

EE이 수령한 특허 사용료는 3,017,246유로, EE이 지급한 특허 사용료는 2,956,928유로인데 위 2,956,928유로는 GG에게 지급되었고, 위 차액(매출총이익)에서 관리비를 제외한 세전경상이익은 8,776유로이나 이에 대한 법인세를 납부한 바 없다.

(마) 2011년 감사보고서

EE이 해당 연도 동안 GG로부터 무이자로 58,045유로를 대출받은 것 이외의 매출에 대한 기록이 없다.

[인정근거] 갑 제2, 6 내지 8, 10, 12, 13, 15호증, 을 제4 내지 6호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라) 판단

이 사건의 경우, 앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고와 EE 사이의 이 사건 각 특허 재허여 계약상 EE은 원고에게 자신이 사용료 소득의 수익적 소유자임을 증명하는 데에 필요한 자료를 제공해야 할 의무가 있음에도, 원고가 제출한 증거들만으로는 EE가 아일랜드에서 인적・물적 시설을 제대로 갖추어 실제 사업활동을 영위하고 있는 회사로 보기 어려워 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자라고 인정하기 어렵고, 오히려 이 사건 사용료 소득이 EE 주식 지분의 99%를 보유하고 있는 모회사 GG에게 이전되었고, 달리 위 사용료 소득이 다시 FF나 다른 회사로 이전되었다는 증거가 없는 이상 GG이 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자라고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① EE은 2006. 11. 29. 아일랜드에서 설립되었으나 실제 자본금은 100유로

에 불과하고, EE 주식 지분의 99%는 키프로스에 있는 GG이 보유하고 있다.

② 이 사건 주소지에는 EE 이외에도 다수의 회사들이 소재하고 있는 것으로

등록되어 있고, 원고는 EE이 위 주소지를 적법하게 임차하여 관련 사무기기를 구비하고 있다고 주장하나 이를 뒷받침할 만한 아무런 자료가 제출된 바 없으므로 EE이 실제로 사업활동을 영위할 수 있는 물적 시설을 갖추고 있다고 보기 어렵다.

③ EE의 직원은 감사보고서상 을과 갑 이사 2명에 불과한데 이들은 도합 1,194개의 아일랜드 회사의 임직원으로 등재된 바 있으나 실제로 아일랜드에 거주하고 있지는 않은 것으로 보이고, 심지어 EE과 같은 이 사건 주소지를 사업장으로 등록한 JJ라는 세무컨설팅 회사의 임직원으로도 등재되어 있다(을은 이 사건 주소지를 사업장으로 하는 MM Limited 소속 변호사로도 등재되어 있다). 또한 갑은 FF의 대표자로도 활동하고 있는 것으로 보이는바, 과연 을과 갑이 실제로 EE의 사업활동을 위하여 근무하였는지 의문이고 원고와의 이 사건 각 특허 재허여 계약에 관한 2010. 4. 14.자 이사회 결의 또한 형식적인 것에 불과한 것으로 보인다.

④ 2007, 2008년에는 특허 사용료 수입으로 매출이 발생하기는 하였으나 대부분 곧바로 특허 사용료로 지출된 것을 보면 EE이 직접 보유하고 있던 특허권은 없었던 것으로 보이고, 이 사건 사용료 4,000,000 미국달러는 당시 유로화로 환산하면 2,947,027유로로 EE의 2009년 매출의 거의 전부인바, 2009년 이후에는 이 사건 사용료 이외에 별다른 매출이 없었고 위 사용료 소득에 대한 법인세를 아일랜드 과세당국에 납부하지도 않았다. 따라서 적어도 EE가 등록사업장을 이 사건 주소지로 옮긴 2009년 이후에는 감사보고서상으로도 EE이 실제 사업활동을 영위하였다고 볼 만한 내역이 없다.

⑤ 원고는 EE이 갑 제14호증의 목록에 기재된 회사들에게 특허권을 재허여

하는 사업활동을 영위하고 있다고 주장하나, 특허권 허여의 주체는 물론 위 목록의 작성 주체조차 누구인지 알 수 없을 뿐만 아니라 그 허여 시기 또한 모두 2009년 이전이므로 갑 제14호증의 기재만으로 원고의 주장을 인정하기에는 부족하다.

⑥ 이 사건 각 특허는 모두 미국 등록 특허로서 FF가 보유하고 있고, 원고와 EE 사이의 이 사건 각 특허 재허여 계약의 내용에 의하면 원고와 EE 사이에 분쟁이 발생할 경우 협상 및 중재가 모두 미국에서 이루어지도록 정해져 있는 점을 감안하면, 아일랜드가 실질적인 조세피난처로서 유명하고 특히 한・아일랜드 조세협약상 국내에서 발생한 사용료 소득을 아일랜드 거주자에게 지급하는 경우 한국에서 과세되지 않고 아일랜드에서만 과세된다는 장점 이외에는 EE이 아일랜드에 설립되어야 할 사업상 필요성이 무엇인지 불분명하다.

⑦ EE은 2010년 원고로부터 이 사건 사용료 소득을 지급받았음에도 이에 대한 법인세를 아일랜드 과세당국에 납부하지 않은 채 곧바로 모회사인 GG에게 송금한 것으로 보이고, GG은 FF로부터 각 특허를 재허여 받은 EE과는 달리 직접 미국 등록 특허 5건을 보유하고 있고(을 제14호증 참조) EE에게 자금을 대출하여 주기도 한 점에 비추어 보면 GG을 단순히 도관회사라고 단정하기는 어렵다.

3) 원고가 EE이 수익적 소유자가 아니라는 점을 알지 못한 것에 정당한 사유가 있는지 여부

가) 실질과세의 원칙은 구 법인세법 제98조 제1항이 규정하는 국내원천소득에대한 원천징수에도 그대로 적용되므로, 국내원천소득을 지급하는 자는 특별한 사정이 없는 한 그 소득에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는지를 조사하여 실질적인 귀속자를 기준으로 그 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있다. 다만 국내원천소득을 지급하는 자는 조세수입의 조기확보와 조세징수의 효율성 도모 등의 공익적 요청에 따라 원천징수의무를 부담하는 반면, 질문검사권 등 세법이 과세관청에 부여한 각종 조사권한은 가지고 있지 아니한 점 등을 고려하면, 국내원천소득을 지급하는 자가 거래 또는 소득금액의 지급과정에서 성실하게 조사하여 확보한 자료 등을 통해서도 그 소득의 실질적인 귀속자가 따로 있다는 사실을 알 수 없었던 경우까지 실질적인 귀속자를 기준으로 그 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 볼 수는 없다(대법원 2013. 4. 11. 선고 2011두3159 판결 참조).

이와 같이 국내원천소득을 지급하는 자에게는 원칙적으로 그 소득에 관하여

귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는지를 조사하여 실질적인 귀속자를 기준으로 그 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있고, 이에 관한 자료는 대부분 국내원천소득을 지급하는 자가 지배하는 영역 내에 있어 과세관청에게 이와 반대되는 사실의 입증을 요구한다면 이는 과세관청에게 사실상 불가능한 입증을 요구하는 결과가 되어 불합리한 결론이 도출될 위험이 있는 점 등을 고려하면, 원천징수의무자가 거래 또는 소득금액의 지급과정에서 성실하게 조사하여 확보한 자료 등을 통해서도 그 소득의 실질적인 귀속자가 따로 있다는 사실을 알 수 없었다는 사정은 이를 주장하는 원천징수의무자가 입증하여야 한다고 봄이 상당하다.

나) 살피건대, 앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 이 사건 각 특허권 재허여와 관련된 논의를 시작한 시점은 2006. 3.경인데 EE은 그 이후인 2006. 11. 29. 설립된 점, ② 이 사건 각 특허가 미국등록 특허이고 위 각 특허의 권리자인 FF는 키프로스에 소재한 법인임에도 EE이 조세피난처로 유명한 아일랜드에 설립된 점, ③ 원고는 2010. 3. 29. FF로부터 EE이 이 사건 각 특허에 대한 권리를 재허여 받았음을 확인하는 메일을 받았는데 위 메일은 EE의 이사인 갑이 FF를 대표하여 보낸 것이었는바 EE의 인적 구성에 대하여 의심해 볼만한 사정이 있었던 점, ④ 원고와 EE 사이의 이 사건 특허재허여 계약 내용을 보면 대한민국 소재 원고와 아일랜드 소재 EE 사이의 분쟁을 모두 제3국인 미국에서 해결하도록 정하고 있는 것도 이례적이었던 점, ⑤ 나아가 EE의 감사보고서만 보더라도 EE의 실제 자본이 100유로에 불과하고 그 발행주식의 99%를 GG이 보유하고 있으며, 이사 2명 이외에는 직원이 없고 2007, 2008년 사용료소득의 대부분이 제3자에게 이전되었다는 사정을 알 수 있었던 점, ⑥ 원고가 제출한 비과세・면제신청서 하단에는 '세무서장은 위 신청서 내용이 사실과 다른 경우에는 관련 법률에 따라 경정 또는 경정할 수 있습니다'라는 기재(갑 제3호증)가 되어 있었던 점, ⑦ 이 사건 사용료 소득에 한・아일랜드 조세협약이 적용되기 위하여는 EE이 아일랜드 법에 근거하여 설립되고 아일랜드 거주자라는 점 뿐만 아니라 EE이 위 사용료 소득의 수익적 소유자라는 점이 증명되어야 하는 점 등에 비추어 보면, 원고는 이사건 사용료 소득의 수익적 소유자가 아일랜드의 거주자인지 그 이면의 상위 지배주주인지를 면밀히 검토하였어야 함에도 그러지 못한 것으로 보이는바, 이와 달리 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 EE에게 이 사건 사용료 소득을 지급하는 과정에서 성실하게 조사하여 확보한 자료 등을 통해서도 위 사용료 소득의 실질적인 귀속자가 EE이 아니라는 사실을 알 수 없었다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4) 이 사건 사용료 소득을 한・미 조세협약에 따라 국내원천소득으로 볼 수 없는지 여부

원고의 이 부분 주장은 이 사건 각 특허가 미국 등록 특허라는 점에 비추어 이 사건 사용료 소득이 궁극적으로 미국 거주 회사에 귀속되어 한・미 조세협약이 적용될 것이라는 점을 전제하고 있으나, GG은 키프로스, FF는 영국령 버진아일랜드에 본점 및 주사무소를 두고 있음은 앞서 본 바와 같고, 달리 이 사건 사용료 소득이 미국 거주회사에 귀속되었다는 점을 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이판결한다.