1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 6. 26. 화성시 B 공장용지 3,936㎡와 그 지상 제에이동호 공장 165㎡, 제비동호 공장 490㎡, 제씨동호 공장 329㎡ 및 창고 1,089㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다) 및 기계장치 8점(이하 ‘이 사건 기계장치’라 한다)를 공매절차를 통하여 취득한 다음 2006. 8. 17. 주식회사 C(이하 ‘C’라 한다)에게 이 사건 부동산 및 이 사건 기계장치를 양도하였고, 2006. 10. 30. 피고에게 이 사건 부동산의 양도가액을 8억 원(토지 4억 7,000만 원, 건물 3억 3,000만 원)으로 하여 양도소득세 16,476,030원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 평택세무서장은 원고에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하여 원고가 이 사건 부동산 및 기계장치를 14억 3,400만 원(부가가치세 포함)에 양도한 것으로 보아 이 사건 부동산의 양도가액을 10억 7,100만 원(토지 7억 4,100만 원, 건물 3억 3,000만 원)으로 피고에게 과세자료를 통보하였다.

다. 피고는 이에 따라 2012. 8. 6. 원고에게 원고의 과소신고분 271,000,000원과 관련하여 2006년 귀속 양도소득세 225,931,610원을 경정ㆍ고지하였다가, 원고의 이의신청에 따라 중부지방국세청장이 이 사건 부동산 및 기계장치의 양도가액의 구분이 불분명한 경우에 해당한다는 전제에서 이 사건 부동산과 기계장치의 양도가액 14억 3,400만 원을 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 규정에 의하여 원고가 이 사건 부동산 및 기계장치를 공매로 취득할 당시 한국감정원의 감정평가액으로 안분하여 이 사건 부동산의 양도가액을 966,861,977원(토지 623,089,381원, 건물 343,772,596원)으로 결정하자, 피고는 2013. 4. 24. 2006년 귀속 양도소득세 88,312,630원을 감액ㆍ경정하였다. 라.

피고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2013. 9. 3....