부가가치세가 과세되는 수종의 사업과 면세되는 수종의 사업을 겸영하는 경우에 있어서 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이 그 사업 중에서도 어느 과세사업과 면세사업만에 관련된 것으로 세분이 가능한 때의 매입세액의 계산방법

사업자가 부가가치세가 과세되는 수종의 사업과 면세되는 수종의 사업을 겸영하는 경우에 있어서는 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산해야 하고 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 이를 안분 계산함에 있어서도 어느 과세사업과 면세사업만에 관련된 공통매입세액으로의 세분이 가능한 경우에는 그 공통매입세액만에 관련된 사업단위(부분)별로 구분하여 부가가치세법시행령 제61조 제 1 항 소정의 산식에 의거 이를 안분 계산해야 할 것으로 해석되므로, 사업주체(과세주체)별로 수종의 과세사업과 면세사업에 관련된 전체의 공통매입세액을 전체사업의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 총 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 방법에 의할 것이 아니고, 어느 과세사업과 면세사업만에 관련된 공통매입세액으로 구분하여 이를 그 공통매입세액에 관련된 사업부분만의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 방법에 의하여야 할 것이다.

부가가치세법 제17조 제1항 , 동법시행령 제61조 제1항

인천시 축산업협동조합 소송대리인 변호사 안명기

인천세무서장

서울고등법원 1982.3.4. 선고 81구179 판결

상고를 기각한다.

상고비용은 피고의 부담으로 한다.

상고이유를 판단한다.

부가가치세법 제17조 제 1 항 , 제 2 항 제 4 호 의 각 규정에 의하면 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하며, 이 경우 부가가치세가 면세되는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 되어 있고, 같은법조 제 5 항 의 위임에 근거를 둔 같은법시행령 제61조 제 1 항 및 같은 법시행규칙(1981.1.31 재무부령 제1468호로 개정되기 전의 것) 제18조의 2 제 1 항 의 각 규정에 의하면사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 매입세액 중 공제되지 아니하는 세액(면세사업에 관련된 매입세액)의 계산은 실지귀속에 따라 하되 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액이라고 한다)은 " 공제되지 아니하는 매입세액=공통매입세액X면세공급가액/총공급가액" 의 산식에 의하여 안분 계산하며 위 산식의 총 공급가액 또는 면세공급가액이라 함은 당해 과세기간의 총 공급가액 또는 면세공급가액의 합계액을 말한다고 되어 있는바, 위 각 규정의 취지를 종합하여 보면 사업자가 부가가치세가 과세되는 수종의 사업과 면세되는 수종의 사업을겸영하는 경우에 있어서는 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하여야 하고, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 이를 안분 계산함에 있어서도 어느 과세사업과 면세사업에만 관련된 공통매입세액으로의 세분이 가능한 경우에는 그 공통매입세액만에 관련된 사업단위(부분)별로 구분하여 앞서본 시행령 소정의 산식에 의거 이를 안분 계산하여야할 것으로 해석되며, 따라서 사업주체(과세주체)별로 수종의 과세사업과 면세사업에 관련된 전체의 공통매입세액을 전체사업의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 총 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 방법에 의할 것이 아니고 어느 과세사업과 면세사업만에 관련된 공통매입세액으로 구분하여 이를 그 공통매입세액에 관련된 사업부문만의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 방법에 의하여야 할 것으로 풀이함이 타당하고 이와 같이 해석하는 것이보다 실지귀속에 가까운 안분 계산방법으로서 위 각규정의 취의에도 합당한 것이라고 볼 것이다.

돌이켜 본건에 관하여 보건대, 원심이 이 사건에 있어서 원고 조합은 면세사업인 사료구매사업, 원유판매사업, 원유가공판매(시유)사업과 과세사업인 원유가공판매(유산균음료, 쵸코우유 등) 사업을 겸영하고 있는 사업자인데, 위 각 사업 중 전면적인 면세사업인 사료구매사업과 원유판매사업은 그 성질상 일종의 도, 소매업의 부류에 속하고 과세사업인 식품가공 사업부문은 제조업에 속하여 그 기장상의 구분도 확연하나, 다만 위 가공사업부문 중 과세식품제조사업과 면세식품 제조사업간의 공통매입세액의 실지귀속만이 구분이 분명하지 아니하다 하여 이러한 경우 면세사업에 관련된 매입세액은 원고 경영의 위 각 사업중 실지귀속이 불명한 공통매입세액에 관련된 가공사업 부문의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분 계산해야 한다고 판시한 다음 그렇다면 피고의 본건 각 부과처분중 위의 계산방법에 의하여 산정한 세액을 초과하는 부분의 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다고 판단하고 있는바, 이는 앞서 설시한 법리에 따른 것으로 정당하고 이와 다른 견해에서 원심판결을 탓하는 논지는 받아들일 수 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자의 부담으로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.