상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 상고이유 제1, 2점에 관하여

가. 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제4호는 면세사업에 관련된 매입세액 등을 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고, 제7항의 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따르되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율만큼 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하도록 규정하고 있다.

이러한 규정 문언과 입법취지를 종합하여 보면, 사업자가 여러 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지 귀속을 구분하여 계산하여야 하고, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 안분 계산할 때에는 여러 사업 중 공통매입세액에 관련되는 과세사업과 면세사업을 가려내어 그 부분만의 해당 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하여야 한다

(대법원 2009. 5. 14. 선고 2007두4896 판결). 한편 공통매입세액이 하나의 과세사업 또는 면세사업 중 일부분에 관련되는 경우에, 그 부분이 사업장소와 운영실태 등에 비추어 나머지 부분과 구분되는 별개의 독립된 사업 부분이라고 볼 수 없다면 해당 사업 전체의 공급가액을 기준으로 하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 한다.

나. 원심은 그 채택증거를 종합하여 다음과 같은 사실을 인정하였다.

(1) 원고는 서울아산병원을...