[1] 경기도지사에게서 학교용지부담금 부과·징수에 관한 업무를 위임받은 남양주시장이 개발사업시행자의 부담금 환급신청에 대하여 ‘부담금 환급요청건에 따른 경기도 면담 결과 알림’이라는 제목으로 부담금 귀속주체인 경기도지사와 협의 결과 환급이 곤란하다는 내용의 공문을 발송한 사안에서, 공문발송이 환급신청에 대한 거부처분에 해당한다고 한 사례

[2] 학교용지 확보 등에 관한 특례법 제5조 제4항 제4호 에서 정한 ‘무상공급하는 경우’의 의미

[3] 경기도지사에게서 학교용지부담금 부과·징수에 관한 업무를 위임받은 남양주시장의 부과처분에 따라 주택건설사업과 관련한 학교용지부담금을 모두 납부한 개발사업시행자가, 그 후 남양주교육청과 ‘부평초등학교 설립 및 기부채납 협약서’를 작성하고 이미 납부한 부담금을 환급하여 달라고 신청하였으나 남양주시장이 ‘경기도가 위 부담금은 정상적으로 부과·징수한 것으로 면제할 수 없다는 취지의 답변을 하였다’고 통지함으로써 거부처분을 한 사안에서, 거부처분이 위법하다고 한 사례

[1] 경기도지사에게서 학교용지부담금 부과·징수에 관한 업무를 위임받은 남양주시장이 개발사업시행자의 부담금 환급신청에 대하여 ‘부담금 환급요청건에 따른 경기도 면담 결과 알림’이라는 제목으로 부담금 귀속주체인 경기도지사와 협의 결과 환급이 곤란하다는 내용의 공문을 발송한 사안에서, 남양주시장이 경기도지사로부터 학교용지부담금 부과·징수에 관한 사무를 위임받은 이상 학교용지 확보 등에 관한 특례법 제5조 제4항 에 의한 면제 처분을 할 수 있음은 물론 부과처분을 한 후에는 조리상의 신청권에 터잡은 면제 신청 또는 환급 신청에 대하여 결정할 권한과 동시에 의무를 부담하므로, 비록 부담금이 경기도 학교용지부담금 특별회계에 귀속되었으며, 개발사업시행자의 환급청구에 대하여 경기도가 위 부담금은 정상적으로 부과·징수한 것으로 이를 면제할 수 없으며 결국 환급을 요구한다면 소송 등을 통하여 처리할 수밖에 없다는 답변을 하였다는 내용의 공문을 ‘부담금 환급요청건에 따른 경기도 면담 결과 알림’이라는 제목으로 개발사업시행자에게 발송하였다고 하더라도, 이는 본질적으로 개발사업시행자의 환급신청을 거부하는 취지의 내용이므로 위와 같은 내용의 공문을 개발사업시행자에게 발송한 것은 개발사업시행자의 환급신청에 대한 거부처분에 해당한다고 한 사례.

[2] 학교용지 확보 등에 관한 특례법 제5조 제4항 제4호 에 의하면 ‘개발사업시행자가 학교용지 또는 학교시설을 시·도 교육비특별회계 소관 공유재산으로 무상공급하는 경우’에는 필요적으로 부담금을 면제하도록 규정하고 있는데, 여기서의 ‘무상공급하는 경우’란 개발사업시행자가 학교시설의 무상공급을 이행한 경우뿐만 아니라 학교시설의 무상공급협약을 체결한 경우도 포함된다고 해석하여야 한다. 왜냐하면 규정의 문언상 그러한 해석이 자연스러울 뿐만 아니라, 부과권자는 개발사업시행자가 무상공급협약을 이행하지 않는 경우 그 이행을 청구하며 강제할 수 있고, 나아가 다시 부담금을 부과·징수할 수도 있으며, 개발사업시행자로서는 부담금을 부과받은 후 무상공급협약을 체결하고 그 이행을 하기 전이라 하더라도 부과처분의 효력을 상실시키는 면제 신청을 할 필요가 있고 부담금 납부까지 한 경우에는 이미 납부한 부담금을 환급받아 무상공급하기로 한 학교시설의 공사비로 이를 사용할 필요가 있기 때문이다.

[3] 경기도지사에게서 학교용지부담금 부과·징수에 관한 업무를 위임받은 남양주시장의 부과처분에 따라 주택건설사업과 관련한 학교용지부담금을 모두 납부한 개발사업시행자가, 그 후 남양주교육청과 ‘부평초등학교 설립 및 기부채납 협약서’를 작성하고 이미 납부한 부담금을 환급하여 줄 것을 신청하였으나 남양주시장이 ‘경기도가 위 부담금은 정상적으로 부과·징수한 것으로 면제할 수 없다는 취지의 답변을 하였다’고 통지함으로써 거부처분을 한 사안에서, 헌법재판소의 헌법불합치결정에 따라 ‘개발사업시행자가 학교시설을 무상공급하는 경우’ 부담금을 면제하도록 2009. 5. 28. 개정된 학교용지 확보 등에 관한 특례법(이하 ‘특례법’이라 한다) 제5조 제4항 제4호 는 위 기부채납에 따른 환급신청에 대해서도 적용되고, ‘무상공급하는 경우’에는 학교시설의 무상공급협약을 체결한 경우도 포함된다고 해석하여야 하므로, 개발사업시행자가 거부처분 후 학교시설 무상공급(기부채납)의 이행을 종료하였다고 하더라도 그 이전에 이미 기부채납 협약을 체결하고 그에 따라 공사를 진행하였기 때문에 그때 개발사업시행자는 학교시설을 시·도 교육비특별회계 소관 공유재산으로 무상공급하는 경우에 해당하게 되었고, 그 후 시행된 특례법 규정에 의하여 남양주시장은 개발사업시행자에게 위 부담금을 환급할 의무가 있으므로, 위 거부처분은 위법하다고 한 사례.

[1] 행정소송법 제2조 제1항 제1호 [2] 학교용지 확보 등에 관한 특례법 제5조 제4항 제4호 [3] 학교용지 확보 등에 관한 특례법 제5조 제1항 , 제4항 제4호 , 제9조

[3] 헌법재판소 2008. 9. 25. 선고 2007헌가9 전원재판부 결정 (헌공144, 1244)

앨트원도시개발 주식회사 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 전영준)

남양주시장 외 1인 (소송대리인 법무법인(유한) 화우 담당변호사 정재웅)

의정부지법 2010. 8. 17. 선고 2009구합4093 판결

2011. 4. 19.

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고 남양주시장이 2009. 9. 28. 원고에 대하여 한 학교용지부담금 환급거부처분을 취소한다.

3. 소송총비용 중 원고와 피고 남양주시장 사이에 생긴 부분은 피고 남양주시장이, 원고와 피고 남양주시 사이에 생긴 부분은 원고가 각 부담한다.

제1심판결을 취소한다. 주위적으로, 주문 제2항 판결 및 예비적으로, 피고 남양주시는 원고에게 2,002,062,400원 및 이에 대하여 이 사건 소장 송달 다음날부터 다 갚는 날까지 연 20%의 비율에 의한 돈을 지급하라.

1. 처분의 경위

가. 원고는 아파트건설 등 사업을 시행하는 회사로서 피고 남양주시장으로부터 2006. 12. 21. 남양주시 진접읍 부평리 579 외 17필지 및 같은 리 560-1 외 35필지에 관하여, 2006. 12. 22. 같은 리 283-3 외 101필지에 관하여 각 주택건설사업계획 승인을 받았다.

나. 피고 남양주시장은 2007. 7. 20. 1,399,744,400원, 2007. 10. 2. 286,165,600원 및 301,456,800원, 2007. 10. 12. 5,015,120원, 2009. 9. 25. 9,680,480원 등 총 5회에 걸쳐 원고에 대하여 위 주택건설사업(부평 1지구)과 관련한 학교용지부담금(이하 ‘이 사건 부담금’이라 한다) 총 2,002,062,400원을 부과하였고, 원고는 이 사건 부담금을 모두 납부하였다.

다. 한편 원고는 2008. 1. 28. 경기도구리남양주교육청(이하 ‘남양주교육청’이라고만 한다)과 사이에 부평지구 입주학생 등을 위하여 가칭 부평초등학교를 설립함에 있어, 남양주교육청이 위 초등학교의 용지비를 부담하고, 원고가 신축공사비를 부담하기로 하는 ‘부평초등학교 설립 및 기부채납 확약서’(갑 제6호증의 1)를 작성하였다.

라. 피고 남양주시장은 2008. 2. 25. 원고에게, 원고가 남양주교육청과 사이에 학교건립 기부채납협약을 체결하여 줄 것을 당부하고, 교육청의 기부채납협약 체결 및 학교설립계획 심의위원회에서 가결 즉시 교육청의 사업승인조건 변경을 받아 경기도에 환급 신청하여 경기도로부터 환급을 받는 대로 학교공사 착공 전까지 원고에게 환급할 계획임을 통지하였고, 원고는 2008. 3. 10. 남양주교육청과 사이에 위 부평초등학교 설립 및 기부채납 확약서와 동일한 내용의 ‘부평초등학교 설립 및 기부채납 협약서’(갑 제6호증의 5)를 작성하였다.

마. 원고는 위 부평초등학교 신축공사를 진행하면서 2008. 7. 14.과 같은 해 11. 6. 신축공사에 대한 재원이 부족함을 이유로 피고 남양주시장과 남양주교육청에 대하여 이 사건 부담금을 환급받을 수 있도록 조치하여 달라는 요청을 하였고, 이에 남양주시장은 2008. 11. 26. 원고에게 이 사건 부담금의 환급 등을 적극 추진하고 있다는 내용의 회신을 하였으며, 2008. 12. 11. 원고, 피고 남양주시, 남양주교육청 등이 모여 이 사건 부담금의 환급 등을 통한 부평초등학교 신축공사 재원 확보 방안을 협의하였다(갑 제6호증의 7 내지 11). 그 후 원고는 2009. 1. 21. 및 2009. 3. 10.에도 위 초등학교 신축공사에 대한 재원이 부족함을 이유로 피고 남양주시장과 남양주교육청에 대하여 이 사건 부담금을 환급받을 수 있도록 조치하여 달라는 요청을 하였고, 이에 대하여 피고 남양주시장은 2009. 3. 17. 원고에게, 경기도가 이 사건 부담금은 감면대상이 아니라는 이유로 환급요청을 반려하였으나 교육과학기술부에 대한 질의회신 결과 학교건물의 신축도 부담금 감면대상이라는 회신을 받아 경기도에 환급에 대하여 재검토를 요청한 상태로 조속한 시일 내에 환급 결정될 수 있도록 최선의 노력을 경주할 예정에 있으니, 우선 원고가 공사비를 선투입하여 착공하여 달라고 회신하였다(갑 제6호증의 17, 18).

바. 원고는 2009. 3. 31. 남양주교육청과의 사이에 부평초등학교의 시설규모를 종전의 24학급 규모에서 12학급 규모로 변경하는 내용의 ‘부평초등학교 설립 및 기부채납 협약서’(갑 제6호증의 19)을 다시 작성하였다.

사. 원고는 2009. 4. 22. 부평초등학교의 착공신고를 하였고, 2009. 8. 31. 피고 남양주시장에게 부평초등학교 신축공사에 자금부담이 가중되고 있으므로 이 사건 부담금을 환급하여 줄 것을 신청하였으나 피고 남양주시장은 2009. 9. 28. ‘부담금 환급요청건에 따른 경기도 면담 결과 알림’이라는 제목하에 경기도가 이 사건 부담금은 정상적으로 부과·징수한 것으로 이를 면제할 수 없으며 결국 환급을 요구한다면 소송 등을 통하여 처리할 수밖에 없다는 답변을 하였음을 통지하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

아. 원고는 부평초등학교 신축공사를 마친 후 신축된 건물에 관하여 2010. 3. 23. 원고 명의로 소유권보존등기를 마침과 동시에 경기도 명의로 소유권이전등기를 마쳐줌으로써 기부채납협약을 이행하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 7호증(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 주위적 청구

경기도지사는 학교용지부담금 부과·징수에 관한 업무를 학교용지 확보 등에 관한 특례법(이하 ‘특례법’이라고만 한다)에 따라 피고 남양주시장에게 위임하였고, 특례법 제5조 에 의하면 부담금의 부과·징수 및 면제에 관하여 규정하고 있는바, 부담금의 면제에 관한 업무도 피고 남양주시장에게 위임되었다 할 것이고, 특례법에는 부담금의 환급에 관한 규정은 없으나 환급은 면제와 동일한 법률효과를 가져오는 것이므로 환급에 관한 업무도 피고 남양주시장에게 위임되었다 할 것이다. 또한 특례법 제5조 제4항 제4호 에 의하면 개발사업시행자가 학교시설을 시·도 교육비특별회계 소관 공유재산으로 무상공급하는 경우에는 부담금을 면제하도록 규정하고 있고, 이 사건 부담금을 납부한 후 피고 남양주시장의 부담금 환급 확약을 신뢰하여 학교시설을 무상공급한 원고로서는 이 사건 부담금의 환급을 구할 법규상 또는 조리상의 권리가 있고, 부담금의 환급에 관한 업무를 위임받은 피고 남양주시장은 위 규정에 따라 원고에게 이 사건 부담금을 환급할 의무가 있음에도 이를 거부한 것은 비례의 원칙, 평등의 원칙, 신뢰보호의 원칙 등에 위반하여 위법하다.

2) 예비적 청구

피고 남양주시는 원고에게 부담금을 환급하여 주겠다는 약정 내지 확약을 하였으므로 위 약정 내지 확약에 근거하여 원고에게 부담금 상당액을 지급할 의무가 있고, 그렇지 않더라도 원고는 피고 남양주시장의 위와 같은 확약을 신뢰하고 부평초등학교 학교시설을 기부채납하였음에도 피고 남양주시장이 그 확약에 반하여 부담금을 환급하지 않음으로써 원고의 신뢰를 침해한 것으로 불법행위에 해당하므로 피고 남양주시는 국가배상법에 따라 원고에게 부담금 상당액을 배상할 의무가 있다.

나. 피고들의 본안전항변

1) 주위적 청구 부분에 대한 본안전항변

피고 남양주시장은 이 사건 부담금 부과·징수에 관한 업무를 위임받은 자로서 법률상 부담금의 귀속주체인 경기도지사와의 협의결과 환급이 곤란하다는 경기도의 입장을 단순히 전달한 것에 불과하고 이는 원고가 갖는 부담금의 환급 또는 감면청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향이 없는 단순한 의견이나 질의 답변 등의 비권력적 사실행위에 해당한다 할 것이므로 행정소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하지 아니할 뿐만 아니라, 원고에게는 부담금 환급 신청에 따른 행정행위를 하여 줄 것을 요구할 수 있는 법규상 또는 조리상의 권리가 없으므로 원고의 신청을 행정청이 받아들이지 아니하였다 하더라도 그 거부로 인하여 원고의 권리나 법적 이익에 어떤 영향을 주는 것이 아니므로 이를 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 할 수 없다.

또한 이 사건 부담금은 이미 지방자치법 제126조 에 의하여 설치된 경기도 학교용지부담금 특별회계에 귀속되었으므로 그 환급 여부를 결정할 수 있는 실질적 권한은 경기도지사에게 있다고 할 것이므로 경기도지사를 상대로 그 환급을 신청하여야 함에도 피고적격이 없는 피고 남양주시장을 상대로 한 잘못이 있다.

따라서 이 사건 소 중 주위적 청구 부분은 어느 모로 보나 부적법하여 각하되어야 한다.

2) 예비적 청구 부분에 대한 본안전항변

원고의 예비적 청구 부분은 민사소송의 방법에 의하여야 할 것이고 행정소송으로 이를 구할 수는 없으므로 부적법하여 각하되어야 한다.

다. 관계 법령

별지 기재와 같다.

라. 판단

원고의 주위적 청구 부분에 관하여 본다.

1) 본안전항변에 대한 판단

① 국민의 적극적 신청행위에 대하여 행정청이 그 신청에 따른 행위를 하지 않겠다고 거부한 행위가 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는 것이라고 하려면, 그 신청한 행위가 공권력의 행사 또는 이에 준하는 행정작용이어야 하고, 그 거부행위가 신청인의 법률관계에 어떤 변동을 일으키는 것이어야 하며, 그 국민에게 그 행위발동을 요구할 법규상 또는 조리상의 신청권이 있어야 한다. 그리고 거부처분의 처분성을 인정하기 위한 전제요건이 되는 신청권의 존부는 구체적 사건에서 신청인이 누구인가를 고려하지 않고 관계 법규의 해석에 의하여 일반 국민에게 그러한 신청권을 인정하고 있는가를 살펴 추상적으로 결정되는 것이고, 신청인이 그 신청에 따른 단순한 응답을 받을 권리를 넘어서 신청의 인용이라는 만족적 결과를 얻을 권리를 의미하는 것은 아니라고 할 것이므로, 국민이 어떤 신청을 한 경우에 그 신청의 근거가 된 조항의 해석상 행정발동에 대한 개인의 신청권을 인정하고 있다고 보이면 그 거부행위는 항고소송의 대상이 되는 처분으로 보아야 할 것이고, 구체적으로 그 신청이 인용될 수 있는가 하는 점은 본안에서 판단하여야 할 사항이다( 대법원 2009. 9. 10. 선고 2007두20638 판결 등 참조).

그런데 특례법 제5조 제1항 은 “시·도지사는 개발사업지역에서 공동주택을 분양하는 자에게 부담금을 부과·징수할 수 있다.”고 규정하는 한편 같은 조 제4항 제4호 는 “시·도지사는 개발사업시행자가 학교용지 또는 학교시설을 시·도 교육비특별회계 소관 공유재산으로 무상공급하는 경우에는 부담금을 면제하여야 한다.”고 규정하고 있으므로, 만약 부담금을 부과·징수하기 전에 위와 같은 특례법 제5조 제4항 제4호 의 면제요건이 존재하였음에도 이를 간과하고 부과·징수하였다면 부과처분의 상대방은 그 부과처분의 취소 또는 무효확인을 구하는 행정소송을 제기함으로써 법적 구제를 받을 수 있다 할 것이나, 이 사건의 경우와 같이 적법하게 부과처분을 한 후 위 면제요건에 해당하게 된 경우에는 어떤 방법으로 법적 구제를 받을 수 있는지가 문제된다(부과처분을 한 후에는 특례법 제5조 제4항 제4호 에 의한 무상공급을 하는 것이 허용되지 않는다고 보기도 어려울 뿐만 아니라 무상공급이 부과처분 전에 이루어졌는지 그 후에 이루어졌는지에 따라 부담금 면제의 효과를 부여할 것이냐 부여하지 말 것이냐가 정하여진다고 할 만한 합리적인 이유가 없기 때문이다).

부담금 부과처분이 당초 적법하게 이루어진 이상, 그 후에 면제요건에 해당하는 사정이 발생하였다 하여 그로써 그 부과처분이 위법하게 되는 것은 아니므로 그러한 후발적 사정을 원인으로 하여 그 부과처분의 취소 또는 무효확인을 구할 수는 없다 할 것이며, 나아가 그 부과처분에 기한 징수까지 이루어진 경우에는 징수된 부담금이 법률상 원인 없이 취득된 것이라고 할 수 없으므로 부당이득을 원인으로 하여 그 반환을 구할 수는 없다 할 것이고, 또한 그 부과처분행위가 위법함을 이유로 손해배상을 구할 수도 없다.

이와 같이 통상적인 법적 구제 절차에 따라 부담금 부과처분의 상대방이 권리 또는 법률상 이익의 구제를 받을 수 없는 상황에 놓이게 될 경우에는 입법자는 위와 같은 면제요건의 후발적 발생을 원인으로 하여 부과처분 상대방에게 부담금을 아직 납부하지 않은 경우에는 부담금 면제의 신청을, 부담금을 납부한 경우에는 납부한 부담금 환급의 신청을 할 수 있음을 규정하는 것이 바람직하며, 다행스럽게도 입법자가 그러한 면제 또는 환급의 신청을 할 수 있음을 정한 규정을 둔 경우에는 부담금 부과처분의 상대방은 면제 또는 환급의 신청을 구할 법규상의 신청권을 갖는다 할 것이나, 그러한 규정을 두지 않은 경우에는 부담금 부과처분의 상대방은 면제 또는 환급의 신청을 구할 조리상의 신청권을 갖는다 할 것이다.

② 한편 특례법 제5조 제1항 , 제9조 제1항 은 시·도지사가 부담금을 부과·징수하되 시·도의 조례가 정하는 바에 의하여 부과·징수에 관한 업무를 시장·군수·구청장에게 위임할 수 있다고 규정하고 있고, 이에 따라 구 경기도 학교용지부담금 부과징수 및 특별회계 설치 조례(2010. 5. 12. 조례 제4054호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘경기도 조례'라 한다) 제4조 제1항은 도지사의 부담금 부과·징수에 관한 사무를 시장·군수에게 위임하도록 규정하고 있으며, 위 규정에 따라 경기도지사는 피고 남양주시장에게 부담금 부과·징수에 관한 업무를 위임하였다. 이와 같이 피고 남양주시장이 경기도지사로부터 부담금 부과·징수에 관한 사무를 위임받은 이상 피고 남양주시장은 특례법 제5조 제4항 에 의한 면제의 처분을 할 수 있음은 물론 부과처분을 한 후에는 위에서 본 조리상의 신청권에 기한 면제의 신청 또는 환급의 신청에 대하여 결정할 권한을 가지며, 동시에 결정할 의무를 부담한다 할 것이다( 대법원 2008. 1. 17. 선고 2007다59295 판결 참조).

③ 위에서 살펴 본 바와 같이 피고 남양주시장이 부담금 면제의 신청 또는 환급의 신청에 대하여 결정할 권한을 가지며 동시에 결정할 의무를 부담하는 이상 원고의 2009. 8. 31.자 환급신청에 대하여 결정을 하여 응답을 할 의무를 부담하며, 비록 부담금이 경기도 학교용지부담금 특별회계에 귀속되었으며 원고의 환급청구에 대하여, 경기도가 이 사건 부담금은 정상적으로 부과·징수한 것으로 이를 면제할 수 없으며 결국 환급을 요구한다면 소송 등을 통하여 처리할 수밖에 없다는 답변을 하였다는 내용의 공문을 ‘부담금 환급요청건에 따른 경기도 면담 결과 알림’이라는 제목으로 원고에게 발송하였다고 하더라도 이는 본질적으로 원고의 환급신청을 거부하는 취지의 내용이므로 위와 같은 내용의 공문을 원고에게 발송한 것은 원고의 환급신청에 대한 거부처분에 해당한다 할 것이다.

④ 그러므로 피고 남양주시장의 주위적 청구 부분에 대한 본안전항변은 모두 이유 없고, 결국 원고가 피고 남양주시장을 상대로 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 이 부분 소는 적법하다.

2) 본안에 대한 판단

① 특례법 제5조 제4항 의 부담금 면제규정은 부담금의 부과 목적이 이미 달성되었거나 부담금 부과의 필요성을 야기시키지 아니하는 경우에 부담금을 면제하도록 함으로써 국민의 부담을 경감시키고자 하는 목적으로 2005. 3. 24. 개정 당시에 같은 항 제1 내지 3호 가 신설되었는데, 헌법재판소는 위 규정에 관하여 학교용지를 기부채납한 자에 대하여만 이중의 부담을 방지하는 필요적 면제 규정을 두고 학교건물을 증축하여 기부채납한 자에 대해서는 일체의 규정을 두지 아니한 것에는 그 차별에 대한 합리적 이유를 발견할 수 없어 위 부담금 면제조항은 평등권을 침해하는 것으로 헌법에 반한다고 할 것이나, 다만 입법자가 합헌적인 방향으로 법률을 개선할 때까지 위 조항을 존속하게 하여 이를 적용하게 할 필요가 있다고 판단되므로 입법자가 2009. 6. 30.을 시한으로 이 결정의 취지에 따라 ‘교육행정청과의 합의하에 기존 학교건물을 증축하여 기부채납한 자가 학교용지부담금을 면제받거나 혹은 부담금의 일정 금액을 공제받을 수 있는 방안’을 위 부담금 면제조항에 포함시켜 줌으로써 헌법에 합치되는 내용으로 이를 개정할 때까지 위 부담금 면제조항의 효력은 부담금 면제의 근거 규정이 되는 범위 내에서 잠정적으로 존속한다는 내용의 헌법불합치 결정을 하였고( 헌법재판소 2008. 9. 25. 선고 2007헌가9 전원재판부 결정 ), 이에 따라 2009. 5. 28. 같은 항 제4호 가 신설되어 같은 날 시행되었다.

이와 같은 헌법재판소의 결정취지와 결정의 시점, 위 결정취지에 따른 개정 법률의 공포, 시행의 시점, 이 사건 기부채납협약의 시점(2009. 3. 31.)과 그 이행의 시점(2009. 4. 22.경부터 2010. 3. 23.까지) 및 이 사건 거부처분의 시점(2009. 9. 28.) 등에 비추어 원고의 이 사건 기부채납에 따른 환급신청에 대하여도 개정된 특례법 제5조 제4항 제4호 가 적용된다 할 것이다.

② 또한 특례법 제5조 제4항 제4호 에 의하면 “개발사업시행자가 학교용지 또는 학교시설을 시·도 교육비특별회계 소관 공유재산으로 무상공급하는 경우”에는 필요적으로 부담금을 면제하도록 규정하고 있는데, 여기서의 ‘무상공급하는 경우’라 함은 개발사업시행자가 학교시설의 무상공급을 이행한 경우뿐만 아니라 학교시설의 무상공급협약을 체결한 경우도 포함된다고 해석하여야 한다. 왜냐하면 규정의 문언상 그러한 해석이 자연스러울 뿐만 아니라, 부과권자는 개발사업시행자가 무상공급협약을 이행하지 아니하는 경우 그 이행을 청구하며 강제할 수 있고, 나아가 다시 부담금을 부과·징수할 수도 있으며, 개발사업시행자로서는 부담금을 부과받은 후 무상공급협약을 체결하고 그 이행을 하기 전이라 하더라도 부과처분의 효력을 상실시키는 면제의 신청을 할 필요가 있고 부담금을 납부까지 한 경우에는 기 납부한 부담금을 환급받아 무상공급하기로 한 학교시설의 공사비로 이를 사용할 필요가 있기 때문이다.

③ 따라서 원고가 부평초등학교 학교시설 무상공급(기부채납)의 이행을 종료한 시기는 2010. 3. 23.로서 이 사건 거부처분이 있은 후이나, 원고는 2008. 3. 10. 남양주교육청과 사이에 원고가 부평초등학교 학교시설 신축공사비를 부담하여 기부채납하기로 협약을 체결하였고 2009. 3. 31. 그 시설규모를 변경하는 내용으로 최종적인 기부채납협약을 체결하였으며, 이에 따라 원고는 2009. 4. 22. 착공신고를 하고 공사를 진행하였는바, 이 때 이미 개발사업시행자인 원고는 학교시설을 시·도 교육비특별회계 소관 공유재산으로 무상공급하는 경우에 해당하게 되었다 할 것이고, 그 후 시행된 위 개정 법률의 규정에 의하여 피고 남양주시장은 원고에게 이 사건 부담금을 환급할 의무가 있다 할 것이다. 따라서 원고의 부담금 환급청구에 대하여 이를 거부한 피고 남양주시장의 이 사건 거부처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 주위적 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 이를 취소하고 이 사건 거부처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[[별 지] 관계 법령 : 생략]