조심2012서3132 (2012.10.26)

위탁연구개발용역의 재수탁업체가 전담부서를 보유한 경우에만 세액공제 대상이 되는 것임

위탁연구개발의 경우 수탁업체가 전담부서를 보유하기만 하면 재수탁업체가 전담부서를 보유 하지 않더라도 세액공제비용에 해당하는 것으로 해석하는 것은 자체연구개발의 경우와의 조세형평에 반하는 것으로 재수탁업체가 전담부서를 보유한 경우에만 세액공제 대상이 되는 것으로 봄이 타당.

2013구합2600 법인세등부과처분취소

AAAA텔레콤 주식회사

남대문세무서장

2013. 5. 10.

2013. 7. 5.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 원고에 대하여 2012. 3. 27. 한 2006 사업연도 법인세 0000원의 부과 처분 및 2012. 3. 29. 한 2006 사업연도 법인세 환급가산금 00000원의 징수처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 정보통신업 등을 영위하는 내국법인인 원고는 2006 사업연도에 기술개발을 위한전담부서를 보유한 AAAA씨앤씨(AAAA AAAA) 주식회사 등 다수의 수탁업체들과 차세대 전산시스템 구축 및 전산프로그램 개발 용역을 위탁하는 내용의 계약을 체결하고， 위 수탁업체들에게 연구개발비로 0000원을 지급하였다.

나. 원고는 2006 사업연도 법인세 신고시 위 연구개발비에 대하여 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제10조에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제 신청을 누락하였다.

다. 원고는 2010. 1. 21. 피고에게 위 연구개발비에 대하여 연구 및 인력개발비 세액 공제를 적용하여 법인세 0000원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나，피고는 원고가 영위하고 있는 업종인 전기통신업이 세액공제의 적용대상에 해당되지 않는다고 보아 2010. 2. 11. 원고의 경정청구를 거부하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2010. 5. 4. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원 은 2011. 11. 30. 원고가 영위하는 전기통신업이 구 조세특례제한법 제10조 제1항에서 규정하고 있는 연구 및 인력개발비 세액공제대상에 해당한다고 판단하여 '원고가 2010. 1. 21. 경정청구를 제기한 2006 사업연도 법인세 00000원을 경정한다' 는 결정을 하였다.

마. 피고는 원고와 유사한 사안에 관하여 심판청구가 심리 중이고， 감사원의 검토가 진행 중이라는 이유로 환급결정을 보류하다가 2012. 3. 27. 원고에 대하여 위 조세심판 원의 결정 취지에 따라 2006 사업연도 법인세 000원 및 환급가산금 000원을 환급하는 결정을 함과 동시에 연구 및 인력개발비로 세액공제된 금액 전부가 부당세액공제에 해당한다는 등의 이유로， 위와 같이 환급하기로 결정한 법인세 0000원이 포함된 2006 사업연도 법인세 0000원을 경정 ・ 고 지하고， 2012. 3. 29. 위와 같이 환급하기로 결정한 환급가산금 0000원이 포함된 국세환급가산금 0000원을 징수하는 결정을 하였다.

바. 원고는 위 2006 사업연도 법인세 000원의 부과처분에 불복하여 2012. 6. 22. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2012. 10. 26. '수탁업체가 연구 개발 전담부서를 보유하고 있으면서 직접 수행한 전산개발용역 및 이들로부터 전산시스템 개발용역을 재위탁받은 기업 중 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역에 대한 비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다'는 이유로 l원고가 차세대 전산시스템 구축 및 전산프로그램 개발을 위하여 지출한 연구개발용역비 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 수탁기관이 직접 수행한 연구개발용역비와 이들 기관으로부터 연구개발용역을 재위탁받은 기업 중 연구 기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역비를 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대상으로 하여 세액을 경정한다'는 결정을 하였다.

사. 이에 따라 피고는 2012. 11. 30. 원고에 대하여 2006 사업 연도 법인세 중 000원 및 위와 같이 정수하기로 한 환급가산금 중 0000원을 환급 하였다{이하 이와 같이 환급되고 남은 2012. 3. 27.자 2006 사업연도 법인세 000원(= 000원 - 0000원)의 부과처분을 '이 사건 부과 처분'이라 하고， 2012. 3. 29.자 환급가산금 000원(= 000원 - 0000원)의 징수처분을 '이 사건 징수처분'이라 하며，이 사건 부과처분 및 징수처분을 통틀어 언급하는 경우에는 '이 사건 각 처분'이라 한다}.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제l 내지 4호증(각 가지번호 포함， 이하 같다)，을 제 1， 2， 3호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고의 주장

가) 연구개발비 세액공제에 관하여

① 구 조세특례제한법 제10조 제l항， 구 조세특례제한법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) [별표6]은 '소비성서비스업을 제외한 사업을 영위하는 내국인이 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등에 기술개발 용역을 위탁함에 따른 비용에 관하여 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다'고 규정하고 있을 뿐 기술개발용역을 위탁받은 수탁업체가 그 용역 중 일부를 제3자에게 재위탁하였을 경우 그 비용을 세액공제대상에서 제외하는지 여부에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 않은 점，② 차세대 전산시스템 구축 및 전산프로그램 개발 용역을 위탁받은 수탁업체들이 오로지 자체의 기술과 인력만으로 업무를 수행할지 아니면 위탁받은 업무 중 일부를 제3자에게 재위탁할지 여부는 수탁업체들이 업무의 특성에 따라 결정하여야 할 문제이고， 현실적으로 대규모 전산개발용역은 단일 기업의 인력 및 기술에 의존하여 수행하는 것이 불가능하므로 다른 기업에 용역의 일부를 재위 탁하는 것이 불가피한 점，③ 설령 수탁업체들이 원고로부터 위탁받은 업무 중 일부를 제3자에게 재위탁하였다고 하더라도， 그 재위탁에 따른 결과물은 최종적으로 수탁업체 들의 성과물에 포함되어 하나의 새로운 기술개발을 구성하는 것이고， 원고는 수탁업체 들의 기술개발에 대해 수탁업체들에게 연구개발비를 지급한 것이므로， 원고가 지출한 연구개발비는 연구기관 또는 전담부서를 보유한 수탁업체들에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용에 해당하는 점 등을 종합하면， 전담부서를 보유한 기업에 연구개발용 역을 위탁한 경우 재위탁 및 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고 위탁에 따른 비용은 연구개발비 세액공제대상에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.

나) 국세환급가산금에 관하여

피고가 조세심판원의 2011. 11. 30.자 결정 취지에 따라 법인세 환급결정을 한 이상 피고는 원고가 법인세를 납부한 다음날부터 환급결정일까지 국세기본법 제52조 소정의 환급가산금을 지급할 의무가 있으므로， 이 사건 부과처분이 위법한지 여부와 무관하게 이 사건 징수처분은 위법하다.

2) 피고의 주장

가) 재위탁된 연구개발비용은 세액공제대상에 해당하지 않는다. 설령 재위탁된 연구개발비용이 세액공제대상에 해당한다고 하더라도 전담부서를 보유하지 않은 재수탁업체에 지급된 비용은 세액공제대상에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 부과처분은 적법하다.

나) 국세환급가산금은 국세환급금을 지급하는 때에 가산하여 지급하는 것으로서 국세환급금과 별개의 독립한 것이 아니라 법정이자로서의 성격을 가지고 있다' 따라서 당초 환급사유가 되었던 연구 ・ 인력개발비 세액공제가 추후 요건을 충족하지 못하였다 는 이유로 법인세가 경정 ・ 고지된 이상 국세환급가산금은 원고가 법률상 원인 없이 수령 또는 보유하고 있는 부당이득에 해당하므로， 이 사건 정수처분은 적법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 연구개발비 세액공제에 관하여

가) 연구개발용역이 재위탁된 경우 세액공제대상에 해당하는지 여부

살피건대， 위 인정사실 및 을 제4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합 하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면， 연구개발용역을 재위탁함에 따른 비용은 세액공제대상에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며，특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결， 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등 참조).

(2) 구 조세특례제한법 시행령은 제6조 제2항에서 「조세특례제한법 제7조 제1항 제1호 허목에서 '대통령령으로 정하는 주문자상표부착방식에 따른 수탁생산업'라 함은 위탁자로부터 주문자상표부착방식에 따른 제품생산을 위탁받아 이를 재위탁하여 제품을 생산 ・ 공급하는 사업을 말한다」 고 규정하여 '위탁'과 '재위탁'을 구분하고 있다.

(3) 그런데 이 사건에서 문제되는 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항， [별표6]제1호 나목 ①은 세액공제를 적용받는 연구개발비에 관하여 「국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등의 기관에 연구개발용역 등을 l위탁l함에 따른 비용」 이라고 규정하고 있을 뿐이고， 연구개발용역 등이 재위탁된 경우를 세액공제대상으로 규정하고 있지 않다.

(4) 이후 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 조세특례제한법 시행령 [별표6]제l호 나목 1)은 「국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등의 기관에 과학 기술 분야의 연구개발용역을 위닥(재위닥을 포함한다)함에 따른 비용」 이라고 규정함 으로써 연구개발용역이 재위탁된 경우를 세액공제대상에 포함시켰는데， 이에 관하여 위 법률의 개정이유 및 주요내용에서 '연구개발비 세액공제대상에 일반 연구개발의 재 위탁에 따른 비용을 추가함'이라고 밝히고 있는 점，국세청의 12012 개정세법 해설l에 서 위 규정의 개정취지에 대해 '최근 기술융합 추세에 따라 하나의 기업이 모든 연구 개발용역을 수행하지 않고 위탁받은 연구개발용역 일부를 재위탁하는 현실을 감안하였다'라고 하면서 개정 전에는 재위탁의 경우 세액공제대상에 해당하지 않는다고 한 점， 기획재정부의 '2011년 세법개정 후속 시행령 개정에서 '재위탁의 경우 세액공제대상에 서 배제하였으나 세액공제를 허용하는 것으로 조세특례제한법 시행령을 개정한다'라고 한 점 등을 고려하면，2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 구 조세특례제 한법 시행령 [별표6] 제1호 나목 ①은 연구개발용역이 재위탁된 경우를 세액공제대상 에서 배제하고 있었던 것으로 보인다.

(5) 원고는 수탁업체들에게 연구개발용역을 위닥하였고 수탁업체들은 이를 승낙하였으므로， 원고와 수탁업체들 사이에는 위임에 관한 법리가 적용된다고 할 것인데， 민법 제682조 제1항은 '수입인은 위임인의 승낙이나 부득이한 사유 없이 제3자로 하여 금 자기에 갈음하여 위임사무를 처리하게 하지 못한다라고 규정하고 있다.

(6) 원고는 수탁업체들이 자신의 책임하에 한 재위탁에 대하여 세액공제를 배제하는 것은 위탁자인 원고로 하여금 자신이 하지 않은 결정에 대하여 책임을 지게 하는 것으로서 자기책임의 원칙에 반하여 부당하다는 취지로 주장하다. 그러나 원고로서는 수탁업체들과 위탁계약을 체결하면서 재위탁을 금지하는 것으로 약정하는 방법 등 으로 세액공제를 적용받을 수 있고， 원고에게 이러한 것을 요구하는 것은 원고가 누리는 막대한 조세혜택에 비추어 지나치게 불합리하다거나 가혹하다고 보기 어렵다. 따라서 원고가 수탁업체들과 이러한 약정(제한)을 체결하지 않아 세액공제 혜택을 향유하지 못한 것에 대하여 원고에게 책임이 없다고 할 수 없다.

나) 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하지 않는 경우 세액공제대상에 해당하는지 여부

살피건대，설령 연구개발용역을 재위탁함에 따른 비용이 세액공제대상에 해당 된다고 하더라도，앞서 본 바와 같이 조세감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이 라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 점，그 밖에 변론 전체의 취지를 종합하여 얄 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면，재수탁 업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있지 않은 경우에는 세액공제대상에 해당 하지 않는다고 봄이 타당하다.

(1) 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항， [별표6] 제1호 나목 ①은 연구개발용역을 위탁함에 따른 연구개발비 세액공제에 관하여 그 수탁기관을 ㉮ 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학，㉯ 국 ・ 공립연구기관，㉰ 정부출연연구기관，㉱ 과학기술 분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)，㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 '전담부서'，㉳

「산업기술연구조합 육성법」 에 의한 산업기술연구조합，㉴ 산업디자인진흥법에 의한 한국디자인진흥원，㉵ 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」 에 의한 연구개발업을 영위하는 기업，㉶ 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」 에 의한 산학협력단，㉷ 한국표준산업분류표상 기술시험 ・ 검사 및 분석업을 영위하는 기업으로 제한적으로 열거하고 있다. 한편， 구 조세특례제한법 시행령 [별표5] 제l호 가목， 구 조세특례제한법 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제548호로 개정되기 전의 것) 제6조 제l항에 의하면， 위 '전담부서'란 기술개발촉진법 시행규칙 제7조에 의하여 인정받은 기업부설연구소， 같은 규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발 전담부서를 의미한다. 또한， 구 기술개발촉진법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항 제2호， 구 기술개발촉진법 시행령(2008. 12' 31. 대통령령 제21214호 로 개정되기 전의 것) 제15조 제1항， 제2항， 구 기술개발촉진법 시행규칙(2011. 11. 25. 지식경제부령 제214호로 폐지되기 전의 것) 제7조， 제8조에 의하면， 기업부설연구소로 인정받기 위해서는 일정 수 이상의 연구전담요원을 늘 확보하고，독립된 연구시설을 갖춰 기업부설연구기관으로서 과학기술부장관으로부터 권한을 위탁받은 한국산업기술진흥협회장에게 신고하여야 하며， 연구개발전담부서로 인정받기 위해서는 과학기술분야의 연구개발업무가 그 부서의 주요업무로 되어 있고， 연구전담요원 1인 이상이 늘 확보되어 있는 등의 요건을 갖춰 한국산업기술진흥협회장에게 신고하여야 하며, 위 각 기관의 신고에 관한 사항은 과학기술부장관이 정하여 고시하도록 되어 있다. 이와 같이 조세특례제한법령은 수탁업체를 일정한 요건을 갖춘 기관으로 제한하고 있는바， 이는 현실적으로 연구개발용역에 해당하는지 여부를 판단하는 것이 용이하지 아니하여 연구개발비에 대한 세액공제제도가 악용될 가능성이 있을 뿐만 아니라 연구개발활동을 수행할 능력이 없는 업체가 이를 수행할 경우 연구개발활동이 부실하게 이루어질 수 있으므로， 내실 있고 실질적인 연구개발활동을 할 것이라고 판단되는 위 각 기관들이 수행한 연구개발용역에 대하여만 세액공제 혜택을 부여함으로써 연구개발비에 대한 세액공제제도를 객관적이고 공평하게 운영하기 위한 것으로 보인다.

(2) 만약 원고 주장과 같이 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역을 위탁하기만 하면 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고 위탁에 따른 비용이 연구개발비 세액공제대상에 해당한다고 볼 경우，세액공제를 받기 위해 일단 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역을 위탁한 후 전담부서를 보유하지 않은 기관에 재수탁하여 용역을 수행하도록 하는 등 연구개발활동이 부실화되고，연구개발비에 대한 세액공제제도가 악용될 수 있다. 뿐만 아니라 이는 실질적으로는 전담부서를 보유하지 않은 기관이 연구개발용역을 수행하였음에도，최초에 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역이 위탁되었다는 형식에만 기초하여 세액공제혜택을 부여하는 것으로서 실질과세의 원칙 에도 반한다.

(3) 조세특례제한법령은 연구개발비 세액공제를 적용받는 비용에 관하여 자체 연구개발의 경우와 위탁 및 공동연구개발의 경우를 나누고， 자체연구개발의 경우 '전담 부서에 근무하는 직원으로서 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자의 인건비'를 연구개발비 세액공제를 적용받는 비용의 하나로 규정하고 있다. 이에 관하여 서울고등법원(2010누25635호)은 '전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 연구개발비 세액공제규정이 적용되고， 전담부서에 근무하는 지원인력이라도 연구업무 전담연구원의 연구업무만을 직접적으로 지원하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 연구개발비 세액공제규정이 적용된다고 해석하여야 할 것이다'라고 판단함으로써 전담부서에 근무함과 동시에 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 세액공제비용에 해당하는 것으로 엄격하게 해석하였고，위 판결은 쌍방 당사자들의 상고가 기각됨에 따라(대법원 2011두6844호) 그대로 확정되었다. 따라서 위탁연 구개발의 경우 수탁업체가 전담부서를 보유하기만 하면 재수탁업체가 전담부서를 보유 하지 않더라도 세액공제비용에 해당하는 것으로 해석하는 것은 자체연구개발의 경우와 의 조세형평에 반한다.

2) 국세환급가산금에 관하여

살피건대， 국세기본법 제51조 제l항， 제2항， 제6항， 제52조， 같은 법 시행령 제 43조의3 제1항 제1호에 의하면， 세무서장은 납세의무자가 국세 ・ 가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액， 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 하고， 이를 납세고지에 의하여 납부하는 국세， 체납된 국세 ・ 가산금과 체납처분비， 세법에 따라 자진납부하는 국세에 충당한 후 남은 금액은 납세자에게 지급하여야 하며， 국세환급금을 충당하거나 지급할 때에는 대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일(착오납부， 이중납부， 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함에 따라 발생한 국세환급금의 경우에는 국세 납부일 다음날)부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 국세환급가산금을 국세환급금에 가산 하여야 한다. 살피건대， 국세환급금의 성질은 일종의 부당이득이고， 국세환급가산금은 국세환 급금을 지급할 때에 국세 납부일 다음날부터 지급결정일까지의 기간 동안의 소정의 이자율을 곱하여 산정되는 것으로서 부당이득에 대한 이자라고 할 것이므로， 국세환급가 산금은 국세환급금과 별개의 독립한 것이 아니라고 할 것이다. 앞서 본 바와 같이 ① 피고는 우선 2012. 3. 27. 조세심판원의 2011. 11. 30.자 결정 취지에 따라 2006 사업 연도 법인세 0000원과 이에 대한 환급가산금0000원을 환급하기로 결정하면서도 이와 동시에 연구 및 인력개발비로 세액공제된 금액 중 일부가 부당세액 공제에 해당한다는 등의 이유로 다시 위와 같이 환급하기로 결정한 위 법인세가 포함 된 법인세 000원을 부과하기로 하고 이를 경정 ・ 고지하였는바， 피고는 위 법인세에 대한 환급결정이 부적법한 것임을 이유로 위 법인세의 환급결정 및 이와 관련된 위 국세환급가산금 환급결정을 취소하는 의미에서 이 사건 각 처분을 한 점，② 위 국세환급가산금과의 관계에서 원금에 해당한다고 할 수 있는 위 법인세(국세환급금)의 환급결정이 사실상 취소된 이상 위 법인세에 대한 이자로서의 성격을 가진 위 국세환급가산금이 원고에게 귀속되어야 한다고 볼 수 없는 점，③ 이후 피고는 조세심판원의 2012. 10. 26.자 결정 취지에 따라 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유한 경우는 연구 및 인력개발비 세액공제대상에 해당하는 것으로 보아 다시 원고에게 위 법인세 중 0000원을 환급함과 아울러 이 에 대한 환급가산금 0000원을 징수하지 않고 환급한 점 등에 비추어 보면，이 사건 정수처분은 적법하다.

3) 소결론

따라서 이 사건 각 처분은 적법하고， 원고의 주장은 모두 이유 없다.

3. 결론

그렇다면， 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.