서울행정법원2013구합2600 (2013.07.05)

수탁업체가 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비도 세액공제 대상이 됨.

수탁업체가 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비도 세액공제 대상이 됨.

조세특례제한법 제10조연구・인력개발비에 대한 세액공제

2013-누-46015 법인세등부과처분취소

AAA

○○세무서장

서울행정법원 2013.07.05. 선고 2013구합2600 판결

2014. 3. 27.

2014. 4. 24.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 원고에 대하여 2012. 3. 27. 한 2006 사업연도 법인세 ○,○○○,○○○원의 부과처분 및 2012. 3. 29. 한 2006 사업연도 법인세 환급가산금 ○,○○○,○○○원의 징수처분을 모두 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1.제1심 판결이유의일부인용

이 법원의 판결 이유 중 "1. 처분의 경위"부터 "2. 이 사건 각 처분의 적법 여부, 가.당사자들의 주장, 나. 관계 법령"까지는 제1심 판결 이유 중 해당 부분(제2쪽 제5행 ~제6쪽 제6행)과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2.판단

가. 연구개발용역이 재위탁된 경우 세액공제 대상에 해당하는지 여부

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2004. 5. 27. 선고 2002두6781 판결 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 수탁업체가 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비도 세액공제 대상에 해당한다고 봄이타당하다.

1) 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호는 연구개발을 위한 비용 중 대통령령이정하는 비용이 있는 경우 세액공제를 받을 수 있다고 규정하고, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 관련 [별표 6] 제1호 나목 ①, ㉲에 의하면, 대통령령으로 정하는 비용의 하나로 "국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용"을 규정(이하 '이 사건 규정'이라 한다)하고 있는바, 문언 해석상 원고가 지출한 비용이 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 "위탁함에 따른 비용"에 해당하기만 하면 연구개발비 세액공제대상에 해당하는 것이므로, 달리 "위탁함에 따른 비용"에 "수탁자가 이를 재위탁하는경우 재위탁한 부분에 해당하는 비용은 제외된다"는 명문의 규정이 없는 이상, 수탁업체가 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비를 세액공제 대상에서 배제할 수는 없다.

2) 피고는 구 조세특례제한법 시행령 제6조 제2항에서 '법 제7조 제1항 제1호 허목에서 "대통령령이 정하는 주문자상표부착방식에 의한 수탁생산업"이라 함은 위탁자로부터 주문자상표부착방식에 의한 제품생산을 수탁받아 이를 재위탁하여 제품을 생산・공급하는 사업을 말한다'고 규정하여 '위탁'과 '재위탁'을 구분하고 있으므로, 연구개발용역이 재위탁된 경우에는 세액공제 대상에서 배제하여야 한다고 주장한다. 살피건대, 재위탁이란 위탁을 받은 자(수탁자)가 다시 제3자에게 위탁하는 것을 의미하는바,재위탁의 주체는 수탁자이므로 위탁자의 입장에서는 자신이 수탁자가 아닌 이상 재위탁을 할 수 없다. 위와 같이 '위탁'과 '재위탁'은 그 주체(수범자)가 다른데, 이 사건 규정은 그 주체가 위탁자이고, 구 조세특례제한법 시행령 제6조 제2항은 그 주체가 수탁자이므로, 위 두 규정은 그 논의의 평면을 달리한다고 할 수 있다. 결국, 구 조세특례제한법 시행령 제6조 제2항에서 '재위탁'이라는 용어를 규정하고 있다고 하여 이 사건규정을 해석함에 있어서도 위탁의 개념에 당연히 재위탁이 포함되지 않는다고 해석할수는 없다.

3) 피고는 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항(이 사건 규정의 조문번호 제9조 제2항이 제8조 제1항으로 개정되었다) 관련[별표 6] 제1호 나목 1)이 "국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등의 기관에 과학기술분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용"이라고 규정함으로써비로소 수탁업체가 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비도 세액공제 대상에 포함되었으므로 위 규정은 창설적 규정이고, 위 개정 전에는 수탁업체가 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비는 세액공제 대상에 포함되지 않는다고 주장한다. 그러나 이 사건 규정에는 '재위탁에 따른 비용은 세액공제 대상에서 제외한다'는 내용이 포함되어 있지않을 뿐만 아니라, 앞서 본 바와 같은 위탁과 재위탁의 개념에 비추어 보면, "위탁"을받은 수탁자는 위탁받은 용역을 자신이 직접 수행할 수도 있고, 제3자에게 위탁(재위탁)하여 수행할 수도 있으므로, "위탁"에는 수탁자가 제3자에게 위탁(재위탁)하는 것도포함된다고 봄이 타당하다. 또한 종래 과세관청이나 조세심판원이 이 사건 규정을 적용하면서 연구개발용역을 위탁한 경우 수탁자의 재위탁 여부를 묻지 않고 연구개발비전액을 세액공제 대상에 포함시킨 사례가 있는 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 시행령의 개정이 종래 세액공제 대상에 포함되지 않았던 재위탁 부분에 해당하는 연구개발비를 새롭게 세액공제 대상에 포함시키는 것이라고 보기 어려울 뿐만 아니라, 그것이논리필연적으로 피고가 주장하는 해석의 타당성을 뒷받침한다고 볼 만한 근거도 없다.

4) 이 사건 규정의 문언에 비추어 볼 때, 원고와 같은 이 사건 규정의 수범자가위 문언만으로 수탁업체의 재수탁 여부에 따라 세액공제 여부가 달라질 수 있음을 예측할 수 있다고 기대하는 것은 어렵다고 보인다. 또 위탁자의 세액공제 여부를 결정함에 있어서 수탁자가 자신의 책임 하에 제3자에게 위탁(재위탁)한 부분에 대하여 세액공제를 배제한다면, 이는 위탁자로 하여금 자신이 하지 않은 경제적 결정에 대하여 책임을 지게 함으로써 자기책임의 원칙에 반할 뿐만 아니라, 위탁자에게 일일이 수탁자가 제3자에게 위탁(재위탁)한 부분에 해당하는 비용을 확인하여 세액공제 대상에서 차감할 의무를 부과하는 것으로서 납세자로 하여금 법령에도 없는 의무를 부담하게 하는것이다.

5) 이 사건 규정의 입법 취지는 연구개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 연구개발을 촉진하려는 데 있고(대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115 판결 참조), 대규모 전산개발용역은 융합기술개발로서 하나의 기업이자신의 인력 및 기술에만 의존하여 모든 연구개발용역을 수행하는 것이 불가능하므로다른 기업에 전산개발용역 일부를 재위탁하는 것이 불가피한바, 수탁업체가 재위탁한부분에 해당하는 연구개발비를 세액공제 대상에서 배제하는 것은 이 사건 규정의 입법취지 및 기술융합 추세에 따른 현실을 고려하지 못한 해석이다.

나. 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하지 않는 경우 세액공제 대상에해당하는지 여부

다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있지 않은 경우에도 세액공제 대상에 해당한다고 봄이 타당하다.

1) "국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용"이라는 문언의 해석상 원고가 지출한 비용이 "국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에" 기술개발용역을 "위탁"함에 따른 비용에 해당하기만 하면 연구개발비 세액공제대상에 해당하는 것이므로, 수탁업체(국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서)는 수탁받은 연구개발용역을 모두 자신의 전담부서에서 수행할 필요는 없고, 전담부서 외의 다른 부서 또는 재수탁업체(전담부서 보유 불문)로 하여금 수행하게 할 수 있다. 또한 이사건 규정의 문언에 비추어 볼 때, 원고와 같은 이 사건 규정의 수범자가 위 문언만으로 재수탁업체의 전담부서 유무에 따라 세액공제 여부가 달라질 수 있음을 예측할 수있다고 기대하는 것은 어렵다고 보이고, 또 재수탁업체의 전담부서 유무에 따라 세액공제 여부를 달리한다면, 위탁자에게 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 일일이 확인하여 재수탁업체가 전담부서를 보유하지 않은 경우 그에 해당하는 연구용역비를 세액공제 대상에서 차감할 의무를 부과함으로써 납세자로 하여금 법령에도 없는 의무를 부담하게 하는 것이다.

2) 대규모 전산개발용역의 경우 개별 시스템을 통합・연결하는 것이 개발의 핵심적인 요소라 할 것이고, 수탁업체는 원고에 대하여 계약이행책임, 하자보수책임, 이행지체책임, 유지보수책임, 손해배상책임 등 직접 계약상의 의무를 부담하는 등 수탁업체의역할과 책임이 중요하므로, 이 사건 규정은 수탁업체의 전담부서 보유를 연구개발비세액공제의 요건으로 정하고 있다. 반면, 재수탁업체는 원고에 대하여 직접적으로 아무런 책임을 부담하지 않고, 수탁업체가 원고에 대하여 최종적인 책임을 부담하므로, 연구개발비 세액공제에 있어서 재수탁업체까지 전담부서를 보유해야 할 필요는 없어 보인다. 이는 수탁업체가 전담부서 외의 다른 부서로 하여금 연구개발용역 일부를 수행하게 하는 것과 마찬가지이다.

3) 용역수행의 결과물이 연구개발용역에 해당하고, 그 연구개발용역이 전담부서를보유한 수탁업체와의 위탁 계약에 따라 수탁업체의 계산과 책임 하에 이루어졌다면,연구개발비 세액공제 규정의 입법 취지에 어긋나지 않는다고 볼 수 있고, 수탁업체가전담부서를 보유하지 않은 제3자에게 이를 재위탁하였다고 하여 위탁자인 원고가 연구개발비 세액공제 규정을 악용하였다고 보기는 어렵다.

4) 한편 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제8조제1항 관련 [별표 6] 제1호 나목은 이 사건 규정 중 "국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서" 부분을 "국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등(전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)"으로 개정하여 재수탁업체의 비전담부서에서 수행한 연구개발용역에 관한 비용을 명시적으로 세액공제 대상에서 배제하였으나, 위 개정 규정은2013. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용될 뿐만 아니라, 위와 같은 시행령의 개정이 논리필연적으로 피고가 주장하는 해석의 타당성을 뒷받침한다고 볼 만한 근거도 없다. (한편, 피고가 들고 있는 서울고등법원 2010누25635 판결은 이 사건과 사안을 달리하는 것으로서 위와 같은 해석에 영향을 미친다고 볼 수 없다.)다.

소결

원고가 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용은 재위탁 및 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 묻지 아니하고 세액공제 대상이 된다. 따라서 이와 다른 해석을 전제로 한이 사건 각 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 살펴볼 필요 없이 모두 위법하다.

3.결론

원고의 청구는 이유 있어 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하

여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고, 이 사건 각 처분을 모

두 취소한다.