전담부서 이외의 부서에서 수행한 연구개발용역에 대한 연구개발비는 세액공제대상이 아님

공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다고 할 것이고, 연구개발용역을 재위탁함에 따른 비용은 세액공제대상에 해당하지 않는다고 봄이 타당하며, 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하지 않는 경우 연구개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니함

2013구합60668 법인세등부과처분취소

주식회사 AAA은행

남대문세무서장

2014. 1. 17

2014. 3. 7.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한 2012. 3. 27.자 2006 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분 및 2012. 3. 28.자 기타경상이전수입 OOOO원의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 은행업을 영위하는 내국법인인 원고는 1999, 2001 내지 2003, 2005 사업연도에 아래 <표1> 기재와 같이 합계 OOOO원의 연구 및 인력개발비를 지출하였다.

<표1> 판결문 2쪽 참조

나. 원고는 1999 내지 2003 사업연도 법인세 신고시 1999 사업연도의 경우 OOOO원, 2001 사업연도의 경우 OOOO원, 2002 샤업연도의 경우 OOOO원, 2003 사업연도의 경우 OOOO원 합계 OOOO원을 연구 및 인력개발비로 손금산입 하였다.

다. 원고는 2006. 1. 19.부터 2006. 8. 30.까지 서울지방국세청장으로부터 2001 내지 2005 사업연도 법인제세 통합조사를 받은 결과 위 연구 및 인력개발비가 조세특례제한법 제10조에 의한 세액공제 대상에 해당한다는 확인을 받고, 위 각 사업연도의 결손금 등으로 인하여 2005 사업연도 법인세액에서 이월공제를 구하는 감액경정청구를 하여 2007. 6. 1. OOOO원의 세액공제를 받았다가, 2009. 9. 4. 법인제세 통합조사 결과에 대한 심판청구에서 일부인용 결정을 받음에 따라 2005 사업연도의 과세표준 및 세액이 경정되면서 결손금이 증가하여 납부할 세액이 없게되자 2009. 9. 25. 위 OOOO원을 2006 사업연도 법인세액에서 이월공제 받았다.

" 라. 원고는 2009. 3. 30. 2005 사업연도의 연구 및 인력개발비 OOOO원에 대하여 세액공제를 신청하는 경정청구를 하였는데, 피고는 2009. 10. 15. 전담부서를 보유하지 않은 수탁업체에 지급한 OOOO원을 제외한 나머지 OOOO원에 대한 경정청구를 받아들임으로써 원고에게 1999, 2001 내지 2003, 2005 사업연도의 연구 및 인력개발비 합계 OOOO원(= OOOO원 + OOOO원, 이하이 사건 연구인력개발비'라 한다)에 대한 세액공제액 합계 OOOO원과 환급가산금 OOOO원을 환급하였다.", " 마. 이후 서울지방국세청장은 2012. 3. 27. 피고에 대한 감사시 전담부서 이외의 부서에서 수행한 연구개발용역에 대한 연구개발비는 세액공제대상이 아니라고 지적을 하였다. 이에 따라 피고는 2012. 3. 28. 이 사건 연구인력개발비가 전담부서에서 수행한 연구개발용역에 대한 것인지 여부를 확인할 수 없다는 이유로, 원고에 대하여 2012. 3. 27. 2006 사업연도 법인세 OOOO원, 2012. 3. 28. 기타경상이전수입 OOOO원을 각 경정 ・ 고지(이하이 사건 처분'이라 한다)하였다.", 바. 1) 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐(기타경상이전수입 부과처분에 대하여는 2012. 5. 25., 2006 사업연도 법인세 부과처분에 대하여는 2012. 6. 25.) 2012. 9. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였다.

" 2) 조세심판원은 2013. 7. 17.수탁업체가 제3자에게 재위탁하여 지출한 연구 및 인력개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제대상으로 인정하는 것이 타당하다'는 이유로, 원고가 수탁업체에 확인한 연구용역 수행방식(직접 수행하였는지 재위탁 하였는지 여부)과 재수탁업체의 용역내역(용역명, 금액), 수탁업체와 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있는지에 관한 한국산업기술진흥협회장의 확인자료 등을 통해 원고가 1999, 2001내지 2003, 2005 사업연도에 지출한 연구개발비 합계 OOOO원을 아래 <표2> 기재와 같이 분류한 후 그 중 전담부서를 보유한 수탁업체가 직접 연구용역을 수행한 용역금액 OOOO원, 전담부서를 보유한 재수탁업체가 수행한 용역금액 OOOO원 합계 OOOO원을 세액공제대상으로 인정하고, 피고가 당초 세액공제대상으로 인정하였다가 부인한 인력개발비 합계 OOOO원의 경우 서울 지방국세청장이 피고에 대한 감사시 원고의 연구 및 인력개발비 모두를 지적하였다는 사유만으로 세액공제대상이 아니라고 부인하였을 뿐 직접적이고 구체적인 과세근거를 제시하지 못하고 있으므로 국세기본법 제16조의 근거과세 원칙에 위반된다고 판단하여, 피고가 2012. 3. 28. 원고에게 한 2006 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분은 연구개발비 OOOO원(1999 사업연도 OOOO원, 2001 사업연도 OOOO원, 2002 사업연도 OOOO원, 2003 사업연도 OOOO원, 2005 사업연도 OOOO원) 중 OOOO원(1999 사업연도 OOOO원, 2001 사업연도 OOOO원, 2002 사업연도 OOOO원, 2003 사업연도 OOOO원, 2005 사업연도 OOOO원)과 인력개발비 OOOO원(2001 사업연도 OOOO원, 2002 사업연도 OOOO원, 2003 사업연도 OOOO원, 2005 사업연도 OOOO원)을 조세특례제한법 제10조 제1항과 같은 법 시행령 제9조 제2항, [별표 6]에 의하여 세액공제하여 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다」라는 결정을 하였다.", <표2> 판결문 5쪽 참조

" 사. 이에 따라 피고는 2012. 8. 13. 2006 사업연도 법인세 중 OOOO원, 기타 경상이전수입 중 OOOO원을 각 감액 ・ 경정하고, 법인세 환급금 OOOO원(환급가산금 OOOO원), 기타경상이전수입 환급금 OOOO원을 통지하였다 {이하 이와 같이 감액되고 남은 2012. 3. 27,자 2006 사업연도 법인세 OOOO원 (= OOOO원 - OOOO원)의 부과처분 및 2012. 3. 28.자 기타경상이전 수입 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)의 부과처분을이 사건 각 처분'이라 한다}.",[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 첫 번째 주장

과세처분의 적법성에 관한 입증책임은 과세관청인 피고에게 있는 점, 국세청은 이 사건 이전에 연구개발 전담부서를 보유한 기업에 기술개발용역을 위탁함에 따라 지급한 비용은 기술인력개발비 세액공제의 적용대상이 된다는 입장이었는데, 종전 입장을 변경하여 2012. 3. 27.에 이르러서야 이 사건 각 처분을 한 결과 일부 수탁업체 및 재수탁업체가 폐업하거나 장부 보존기간 도과로 관련 셔류를 폐기함으로써 수탁업체 및 재수탁업체의 전담부서 보유 및 용역 수행 여부를 확인할 방법이 없게 되었는바, 이에 대한 귀책사유는 전적으로 피고에게 있는 점, 전담부서를 보유하고 있는 기업에 연구개발용역을 위탁한 원고로서는 수탁업체가 위탁받은 용역을 직접 수행할 것인지 제3자에게 재위탁할 것인지에 관여하기 어렵고, 수탁업체는 재수탁 여부 및 재수탁 금액을 원고에게 알려줄 법적 의무가 없는 접 등에 비추어 보면, 수탁업체가 원고로부터 위탁받은 용역을 재수탁 하였는지 여부 및 재수탁 금액, 재수탁업체의 전담부서 j보유 여부 등에 관한 입증책임은 피고에게 있다고 할 것이다.

2) 두 번째 주장

" 구 조세특례제한법(2005. 12. 31 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제10조, 구 조세특례제한법 시행령(2007. 2. 28 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항, [별표 6]은 연구개발비 세액공제의 적용대상이 되는 비용을 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용'으로 규정하고 있을 뿐 어떠한 제한도 두고 있지 않으므로, 합리적인 근거 없이 납세자에게 이익이 되는 규정을 축소해석 하는 것은 허용되지 않는 점, 연구개발비 세액공제에 관한 규정인 조세특례제한법 제10조는 연구개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 연구개발을 촉진하려는 데 그 취지가 있는 점, 수탁업체들로서는 모든 분야에 대해 전문성을 보유하고 있지 않은 경우 일부 용역을 재위탁할 수밖에 없는데, 수탁업체들의 자체인력이 수행한 연구개발활동과 외부인력이 수행한 연구개발활동을 차별할 필요가 없는 점, 수탁업체들은 계약이행의 보증이나 신용도 문제로 통상 대기업인 경우가 많으므로 수탁업체들에게만 업무를 수행하도록 한다면 재수탁업체의 다수를 구성하고 있는 중소기업들이 사업 기회를 상실하게 될 뿐만 아니라 전문성을 높일 수 있는 기회를 박탈당하게 되어 국가 경제에 도움이 되지 않는 점 등을 종합하면, 전담 부서를 보유한 기업이 연구개발용역을 위탁받았고 그 기업의 책임 하에 용역이 수행된 경우에는 재수탁 및 재수탁업체의 전담부서 보유 여부, 재수탁 금액에 관계 없이 수탁 업체에 지출된 비용은 연구개발비 세액공제대상에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다", 나. 관계 법령

별지 기재와 같다

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 관하여

과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다고 할 것이다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 참조). 그런데 아래에서 보는 바와 같이 연구개발용역을 재위탁함에 따른 비용은 세액공제 대상에 해당하지 않는다고 봄이 타당하고, 설령 그렇지 않다고 하더라도 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있지 않은 경우에는 세액공제대상에 해당하지 않는다고 봄이 타당하므로, 수탁업체가 원고로부터 위탁받은 용역을 재수탁하였는지 여부 및 재수탁 금액, 재수탁업체의 전담부서 보유 여부 등은 공제요건에 해당한다고 할 것이어서 이러한 사정에 관한 입증책임은 납세의무자인 원고에게 있다고 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 관하여

가) 연구개발용역이 재위탁된 경우 세액공제대상에 해당하는지 여부

살피건대, 앞서 본 사실관계 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 연구개발용역을 재위탁함에 따른 비용은 세액공제대상에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다

① 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 과세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결, 2005. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등 참조).

" ② 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것)은 제6조 제2항에서 「조세특례제한법 제7조 제1항 제1호 허목에서대통령령이 정하는 주문자상표부착방식에 의한 수탁생산업'이라 함은 위탁자로부터 주문자상표부착방식에 의한 제품생산을 수탁받아 이를 재위탁하여 제품을 생산 ・ 공급하는 사업을 말한다」고 규정하여위탁'과재위탁'을 구분하고 있다.", " ③ 그런데 이 사건에서 문제되는 구 조세특례제한법 시행령(2007. 2. 28 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항, [별표 6] 제1호 나목 ①은 세액공제를 적용받는 연구개발비에 관하여 「국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등의 기관에 기술개발용역을위탁'함에 따른 비용」 이라고 규정하고 있을 뿐이고, 기술개발용역이재위탁'된 경우를 세액공제대상으로 규정하고 있지 않다.", " ④ 이후 2012. 2. 2 대통령령 제23590호로 개정된 조세특례제한법 시행령 [별표6] 제1호 나목 1)은 「국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등의 기관에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용」 이라고 규정함으로써 연구개발용역이 재위탁된 경우를 세액공제대상에 포함시켰는데, 이에 관하여 위 법률의 개정이유 및 주요내용에서 1연구개발비 세액공제대상어l 일반 연구개발의 재위탁에 따른 비용을 추가함'이라고 밝히고 있는 점, 국세청의2012 개정세법 해설에서 위 규정의 개정취지에 대해 1최근 기술융합 추세에 따라 하나의 기업이 모든 연구개발용역을 수행하지 않고 위탁받은 연구개발용역 일부를 재위탁하는 현실을 감안하였다'라고 하면서 개정 전에는 재위탁의 경우 세액공제대상에 해당하지 않는다고 한 점, 기획재정부의2011년 세법개정 후속 시행령 개정에서재위탁의 경우 세액공제대상에서 배제하였으나 세액공제를 허용하는 것으로 조세특례제한법 시행령을 개정한다'라고 한 점 등을 고려하면, 2012. 2. 2 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 조세특례제한법 시행령 [별표6] 제1호 나목 ①은 연구개발용역이 재위탁된 경우를 세액공제대상에서 배제하고 있었던 것으로 보인다.", " ⑤ 원고는 수탁업체들에게 연구개발용역을 위탁하였고 수탁업체들은 이를 승낙하였으므로, 원고와 수탁업체들 사이에는 위임에 관한 법리가 적용된다고 할 것인데, 민법 제682조 제1항은수임인은 위임인의 승낙이나 부득이한 사유 없이 제3자로 하여금 자기에 갈음하여 위임사무를 처리하게 하지 못한다'라고 규정하고 있다.", ⑥ 원고로서는 수탁업체들과 위탁계약을 체결하면서 재위탁을 금지하는 것으로 약정하는 방법 등으로 세액공제를 적용받을 수 있고, 원고에게 이러한 것을 요구하는 것은 원고가 누리는 막대한 조세혜택에 비추어 지나치게 불합리하다거나 가혹하다고 보기 어렵다.

나) 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하지 않는 경우 세액공제대상에 해당하는지 여부

살피건대, 설령 연구개발용역을 재위탁함에 따른 비용이 세액공제대상에 해당된다고 하더라도, 앞서 본 바와 같이 조세감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 점, 그 밖에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있지 않은 경우에는 세액공제대상에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

" ① 구 조세특례제한법 시행령(2007. 2. 28 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항, [별표 6] 제1호 나목 ①은 기술개발용역을 위탁함에 따른 연구개발비 세액공제에 관하여 그 수탁기관을 ㉮ 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학, ㉯ 국 ・ 공립연구기관, ㉰ 정부출연연구기관, ㉱ 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리 법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다), ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술 분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는전담부서

㉳ 「산업기술연구조합 육성법」에 의한 산업기술연구조합, ㉴ 산업디자인진흥법에 의한 한국디자인진흥원, ㉵ 「국가과학 기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」에 의한 연구개발서비스업을 영위하는 기업, ㉶ 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 의한 산학협력단, ㉷ 한국표준산업분류표상 기술시험 ・ 검사 및 분석업을 영위하는 기업으로 제한적으로 열거하고 있다.", " 한편, 구 조세특례제한법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) [별표 5] 제1호 가목, 구 조세특례제한법 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제548호로 개정되기 전의 것) 제6조 제1항에 의하면, 위전담부서'란 기술개발촉진법 시행규칙 제7조에 의하여 인정받은 기업부설연구소, 같은 규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발 전담부서를 의미한다.", 또한, 구 기술개발촉진법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항 제2호, 구 기술개발촉진법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 제21214호로 개정되기 전의 것) 제15조 제1항, 제2항, 구 기술개발촉진법 시행규칙(2011. 11. 25. 지식경제부령 제214호로 폐지되기 전의 것) 제7조, 제8조에 의하면, 기업부설연구소로 인정받기 위해서는 일정 수 이상의 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춰 기업부설연구기관으로서 과학기술부장관으로부터 권한을 위탁받은 한국과업기술진흥협회장에게 신고하여야 하며, 연구개발전담부서로 인정받기 위해서는 과학기술분야의 연구개발업무가 그 부서의 주요업무로 되어 있고, 연구전담요원 1인 이상이 늘 확보되어 있는 등의 요건을 갖춰 한국산업기술진흥협회장에게 신고하여야 하며」 위 각 기관의 신고에 관한 사항은 과학기술부장관이 정하여 고시하도록 되어 있다.

이와 같이 조세특례제한법령은 수탁업체를 일정한 요건을 갖춘 기관으로 제한하고 있는바, 이는 현실적으로 연구개발용역에 해당하는지 여부를 판단하는 것이 용이하지 아니하여 연구개발비에 대한 세액공제제도가 악용될 가능성이 있을 뿐만 아니라 연구개발활동을 수행할 능력이 없는 업체가 이를 수행할 경우 연구개발활동이 부실하게 이루어질 수 있으므로 내실 있고 실질적인 연구개발활동을 할 것이라고 판단되는 위 각 기관들이 수행한 연구개발용역에 대하여만 세액공제 혜택을 부여함으로써 연구개발비에 대한 세액공제제도를 객관적이고 공평하게 운영하기 위한 것으로 보인다.

② 만약 원고 주장과 같이 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역을 위탁하기만 하면 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고 위탁에 따른 바용이 연구개발비 세액공제대상에 해당한다고 볼 경우, 세액공제를 받기 위해 일단 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역을 위탁한 후 전담부서를 보유하지 않은 기관에 재수탁하여 용역을 수행하도록 하는 등 연구개발활동이 부실화되고, 연구개발비에 대한 세액공제제도가 악용될 수 있다. 뿐만 아니라 이는 실질적으로는 전담부서를 보유하지 않은 기관이 연구개발용역을 수행하였음에도, 최초에 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역이 위탁되었다는 형식에만 기초하여 세액공제혜택을 부여하는 것으로서 실질과세의 원칙에도 반한다.

" ③ 조세특례제한법령은 연구개발비 세액공제를 적용받는 비해 관하여 자체 연구개발의 경우와 위탁 및 공동연구개발의 경우를 나누고, 자체연구개발의 경우전담 부서에 근무하는 직원으로서 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자의 인건비'를 연구개발비 세액공제를 적용받는 비용의 하나로 규정하고 있다 이에 관하여 서울고등법원(2010누25635호)은전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 연구개발비 세액공제규정이 적용되고, 전담부서에 근무하는 지원인력이라도 연구업무 전담연구원의 연구업무만을 직접적으로 지원하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 연구개발비 세액공제규정이 적용된다고 해석하여야 할 것이다'라고 판단함으로써 전담부서에 근무함과 동시에 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 세액공제비용에 해당하는 것으로 엄격하게 해석하였고, 위 판결은 쌍방 당사자들의 상고가 기각됨에 따라(대법원 2011두6844호) 그대로 확정되었다. 따라서 위탁연구개발의 경우 수탁업체가 전담부서를 보유하기만 하면 재수탁업체가 전담부서를 보유하지 않더라도 세액공제비용에 해당하는 것으로 해석하는 것은 자체연구개발의 경우와의 조세형평에 반한다,",3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.