중소기업 비상장주식을 양도한 자가 구 소득세법 시행령 제157조 제4항에서의 대주주에 해당하면, 이에 대한 양도소득세율은 20%를 적용함

비상장주식의 경우에도 구 소득세법 시행령 제157조 제4항에 해당하면 '대주주'라고 봄이 상당하고, 이러한 대주주가 중소기업의 주식 등을 양도하는 경우에는 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 다.목에 따라 양도소득세율 20%를 적용하는 것이 타당함

소득세법 제104조양도소득세의 세율

소득세법 시행령 제157조 제7항대주주의 범위

2017구합23415 양도소득세 경정청구거부처분취소

백AA, 전BB

○○○세무서장

2017. 12. 15.

2018. 1. 19.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 11. 21. 원고들에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고들은 비상장 주식회사인 ■■■■ 주식회사(이하 '이 사건 회사'라 한다)의총 발행주식수 440,000주 중 각 20,000주(4.55%, 이하 '이 사건 각 주식'이라 한다)를 보유하였던 주주들이다.

나. 원고들은 2016. 5. 20. 이 사건 각 주식을 주식회사 △△△△△△에게 각 양도대금 583,260,000원으로 하여 양도하였고, 2016. 7. 20. 이 사건 각 주식의 양도로 인한 양도소득금액을 각 477,346,400원(= 양도대금 583,260,000원 - 취득가액 100,000,000원 - 필요경비 5,916,300원)으로 하여 이에 대한 양도소득세 94,969,280원(양도소득세율 20% 적용)을 각 신고하였다.

다. 원고들은 2016. 9. 19.경 '이 사건 각 주식은 비상장주식이고, 비상장주식에는 대주주가 존재하지 아니하므로, 원고들에 대하여 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제11호 나.목에 따라 양도소득세율 10%가 적용되어야 한다'라고 주장하면서 기 납부한 양도소득세 94,969,280원 중 47,484,640원을 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

라. 피고는 '대주주의 개념은 상장주식과 비상장주식 모두에게 적용되는 것이고, 원고들은 이 사건 회사 주식 중 4.55%의 주식을 보유한 대주주에 해당되므로, 양도소득세율 20%를 적용한 것은 적정하다.'라는 취지로 원고들의 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

마. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거친 후, 2017. 5. 16. 국세청장에게 심사청구를 하였으나 2017. 7. 24. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 4호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목 및 구 소득세법 시행령(2016. 11. 29.대통령령 제27617호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제157조 제4항에서 규정하고 있는 '대통령령으로 정하는 대주주(이하 '대주주'라고 한다)'는 '자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 '주권상장법인'이라 한다)의 주식 등'을 보유한 주주 중 일정 비율 이상을 보유한 주주를 의미하는 것으로 해석해야 한다. 따라서 주권상장법인이 아닌 법인(이하 '주권비상장법인'이라 한다)이자 중소기업인 이 사건 회사의 주주들에게는 대주주의 개념이 적용될 수 없으므로, 주권비상장법인의 주식(이하 '비상장주식'이라 한다)을 양도한 원고들에게 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나.목에 따라 양도소득세율 10%가 적용되어야 한다.

2) 설령 비상장주식에도 대주주의 개념이 적용된다고 하더라도, 이 사건 회사의 총 발행주식 중 불과 4.55%를 보유하였던 원고들이 이 사건 회사의 대주주에 해당한다고 할 수 없다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

중소기업이자 주권비상장법인인 이 사건 회사의 주주들에게도 구 소득세법 제94조제1항 제3호 가.목에 의한 '대주주'의 개념이 적용되는지 여부에 대하여 살피건대, 관련 법령의 규정 및 앞서 인정된 각 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 비상장주식의 경우에도 구 소득세법 시행령 제157조 제4항에 해당하면 '대주주'라고 봄이 상당하고, 이러한 대주주가 중소기업의 주식 등을 양도하는 경우에는 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 다.목에 따라 양도소득세율 20%를 적용하는 것이 타당하다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

① 구 소득세법 제94조 제1항 제3호에서 '주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율・시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것'이라고 규정한 것은 상장주식을 이용한 변칙증여를 방지하고 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세형평을 기하기 위하여 상장주식을 거래하는 경우에 대하여도 양도소득세를 과세하도록 하되, 일시에 모든 상장주식을 대상으로 하기보다는 자본시장의 충격을 완화하고 소액투자자의 이익을 어느 정도 보호해 주기 위하여 일정 규모 이상의 주식을 소유한 자의 거래 등을 과세대상으로 하다가 자본시장이 건전하게 발전되면 그 범위를 점진적으로 확대하고자 하는 입법자의 의도를 반영한 것일 뿐[헌법재판소 2006. 2. 23. 선고 2004헌바32,2005헌바63・102・104・105(병합) 결정 등 참조], 주권상장법인의 경우에 있어서만 대주주의 개념을 인정하기 위하여 규정한 것으로 해석하기는 어렵다.

② 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 나.목에서는 양도소득의 범위에 대하여 '주권상장법인이 아닌 법인의 주식등'으로 규정하고 있어, 비상장주식의 경우에는 대주주와 대주주가 아닌 주주(이하 '소액주주'라 한다)를 구분하지 아니하고 모두 양도소득의 범위에 포함하고 있는 것으로 보인다.

③ 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목의 위임에 따라 구 소득세법 시행령 제157조 제4항에서는 '법인의 주식 등을 소유하고 있는 주주 및 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(직계존비속, 친족관계 등, 이하 '기타주주'라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계액에서 차지하는 비율이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주'(제1호) 내지 '주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 25억 원 이상인 경우의 해당 주주 및 기타주주'(제2호)를 '대주주'로 규정하고 있어, 주권상장법인과 주권비상장법인을 구분하지 아니하고 '대주주'의 범위를 정하고 있다.

④ 나아가 구 소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것) 제157조 제4항, 제5항에서는 '유가증권 시장에 상장된 주권을 발행한 법인(주권상장법인)의 주식'과 '한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식'의 양도를 구분하여 규정하면서, 주권상장법인의 대주주에 대하여만 그 범위를 규정하고 있었는데, 위 구 소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것)에 의하더라도 주권상장법인의 대주주의 개념을 주권비상장법인의 대주주를 정의함에도 동일하게 적용하여야 하는 것으로 해석하였을 뿐만 아니라(대법원 2007. 11. 29. 선고 2006두18041 판결 참조), 개정된 구 소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정된 것) 제157조 제4항에서는 '주권상장법인'과 '주권비상장법인'을 구분하지 아니하고 '대주주'의 개념을 동일하게 적용하는 것으로 개정된 것으로 보인다.

⑤ 더욱이 구 소득세법 시행령(2005. 8. 5. 대통령령 제18988호로 개정된 것)에서 구 소득세법 시행령에 이르기까지 '대주주'에 해당하기 위한 요건을 '코스닥상장법인의 주식', '코넥스상장법인의 주식', '벤처기업의 주식' 및 '기타 법인의 주식'을 구분하여 '대주주'의 요건을 달리 규정하고 있는바, 위와 같은 규정 또한 주권비상장법인의 주식의 경우에도 '대주주'가 존재함을 전제로 한 규정이라고 보아야 한다.

⑥ 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제2호에서 보유하고 있는 주식 등의 시가총액에 따라 '대주주'의 개념을 규정하고 있는데, 구 소득세법 시행령 제157조 제6항 제1호에서는 '주권상장법인의 주식 등'의 시가총액 산정기준을, 제2호에서는 '그 외의 모든 주식 등'의 시가총액 산정기준을 각 규정하고 있는 것으로 보이는바, 이는 비상장법인의 경우에도 시가총액에 의한 '대주주' 여부를 판단하기 위한 규정이라고 봄이 상당하다.

⑦ 구 소득세법 제94조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제1호에 의하면 소유주식의 비율이 100분의 1(1%) 이상인 경우 '대주주'에 해당하므로, 이 사건 회사의 총 발행주식 중 각 4.55%을 보유한 원고들은 이 사건 회사의 '대주주'에 해당한다.

3. 결 론

그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.