비상장 중소기업 대주주가 양도한 주식의 양도세율

자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주"라고 규정하고 있다고 하여, 위 규정에서 언급하는'대주주'가 주권상장법인의 대주주에 한정하는 것이라고 해석할 수는 없다.

소득세법 제114조

2018구단8461 양도소득세경정거부처분취소

고00

000세무서장

소송수행자 고00

2019. 4. 24.

2019. 5. 1.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 1. 12. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 000,000,000원의 경정

거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 5. 12. 주권비상장 중소기업인 주식회사 AAA 이하'이 사건 회사'라고 한다)가 발행한 주식 00만 주(총발행 주식 000만 주 중 약 19.17%, 이하 '이 사건 주식'이라고 한다)를 취득하였다가 2016. 5. 11. 이 사건 회사에게 위 주식을 00억 원에 양도하고, 2016. 8. 30. 피고에게 '대주주가 양도하는 중소기업의 주식에 해당한다'고 보아 20%의 세율을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 000,000,000원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 그후 원고는 2017. 11. 21. 피고에게 이 사건 회사가 비상장법인이고 중소기업기본법에 따른 중소기업에 해당하므로 대주주가 양도하는 중소기업 주식이라도 하더라도 이 사건 주식은 비상장주식에 해당하기 때문에 양도소득세 세율 10%를 적용해야 한다는 이유로 양도소득세 485,750,000원을 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

다. 이에 피고는 2018. 1. 12. 비상장 중소기업의 대주주가 양도한 주식에 대하여도 구소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제11호 다목에서 정한 20%의 세율이 적용된다는 이유로 원고에 대하여 양도소득세 경정거부처분(이하 '이 사건 처분'이라고 한다)을 하였다.

라. 원고는 2018. 2. 26. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2018. 5. 24. 심판청구 기각결정이 내려졌다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전

체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에서 "중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10"이라고 규정하고 있고, 위 규정 중 '대주주'의 의미에 관하여는 정의하고 있는데, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 규정된 '대주주'는 주권상장법인의 주식임을 전제로 하는 것이어서 중소기업의 주주인 원고에 대하여 위 규정을 근거로 대주주 여부를 판단할 수는 없다.

따라서 원고에 대하여는 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에서 정한 세율 10%가 적용되어야 함에도 불구하고, '대주주'에 해당함을 전제로 구 소득세법 제104조제1항 제11호 다목에서 정한 세율 20%를 적용한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

1) 별지 기재와 같다.

2) 구 소득세법 제94조 제1항 제3호는 "다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 '주식등'이라 한다)의 양도로 발생하는 소득"을 양도소득세 과세대상인 양도소득으로 규정하면서, 그 가목에서 "자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 '주권상장법인'이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 '대주주'라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 '증권시장'이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것"을, 그 나목에서 "주권상장법인이 아닌 법인의 주식등"을 각 규정하고 있었다.

3) 또한 구 소득세법 제104조 제1항 제11호는 제94조 제1항 제3호에 따른 자산의 양도소득세 세율에 관하여, 그 가목에서 "대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 '중소기업'이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30", 그 나목에서 "중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10", 그 다목에서 "그 밖 의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20"을 각 규정하고 있었다.한편 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 구 소득세법(이하 '개정 구 소득세법'이라고 한다) 제94조 제1항 제3호 가목은 "주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등"으로 규정하면서, 그 1)에서 "소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등"을, 그 2)에서 "1)에 따른 대주주에 해당하는 아니하는 자가 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장(이하 '증권시장'이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등"을 각 규정하였고, 개정 구 소득세법 제104조 제1항 제11호는, 그 가목에서 "소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서'대주주'라 한다)가 아닌 자가 양도하는 주식등으로서 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 중소기업'이라 한다)의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 10", 그 나목에서 "대주주가 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30", 그 다목에서 "그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20"을 각 규정하였다.

다. 판단

1) 중소기업이자 주권비상장법인인 이 사건 회사가 발행한 주식의 양도소득에 대한 양도소득세 세율을 정함에 있어서도 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에 의한 '대주주'의 개념이 적용되는지 여부에 대하여 살펴보기로 한다.

2) 개정 구 소득세법 제104조 제1항 제11호에 의하면, 소유주식의 비율・시가총액등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 대주주 라 한다)가 아닌 자가 양도하는 주식등으로서 대통령령으로 정하는 중소기업의 주식등에 대하여는 세율 10%를 적용하는 반면(가목), 대주주가 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등에 대하여는 세율 30%를 적용하며(나목), 그 밖의 주식에 대하여는 세율 20%를 적용한다(다목)고 규정함으로써, 위 규정 자체에서 대주주의 개념을 '소유주식의 비율・시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 대주주 라 한다)'라고 명확하게 규정하는 한편, 그 대주주의 개념을 중소기업과 대기업에 구분하지 않고 동일하게 적용하고 있다.

이와 달리 구 소득세법 제104조 제1항 제11호에서는, 대통령령으로 정하는 중소기업 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등에 대하여는 세율 30%를 적용하고(가목), 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다)에 대하여는 세율 10%를 적용하며(나목), 그 밖의 주식등에 대하여는 세율 20%를 적용한다(다목)고 규정함으로써, 위 나목 괄호 속에서 언급하는 '대주주'가 무슨 의미인지 위 규정 자체만으로는 명확하지 않도록 규정하고 있었다.그러나 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 주권상장법인 이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율・시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 대주주 라 한다)"라고 규정함으로써, 같은 제3장에 속하는 제104조 제1항 제11호 나목에서 언급하는 '대주주'의 개념까지 동일하게 적용하도록 규정하였다. 따라서 개정 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 각 목의 규정내용은 그와 같이 개정되기 전의 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 각 목의 규정내용을 좀 더 명확하게 표현한 것에 불과하다.

3) 이 사건 주식 양도 당시 시행되던 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되어 2017. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제157조 제4항은, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호에 근거하여, 그 각 호에서 대주주의 개념을 다음과 같이 규정하고 있다. ① 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 주식등 이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자1인(이하 이 장에서 주주 1인 이라 한다) 및 그와 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 기타주주 라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 2[코스닥시장상장법인 {대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 코스닥시장 이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다 } 또는 코넥스시장상장법인 {자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제11조 제2항에 따른 코넥스시장(이하 코넥스시장 이라한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다 }의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 4. 이하 이 조에서 같다]이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 2에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 2 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다(제1호), ② 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 50억 원[코스닥시장상장법인의 주식 등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 40억 원으로 하고, 코넥스시장상장법인의 주식등의 경우에는 10억 원으로 한다] 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주(제2호). 이처럼 구 소득세법 시행령 제157조 제4항은 주권상장법인과 주권비상장법인을 구분하지 아니하고 '대주주'의 범위를 정하고 있다2).

한편 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제2호에서 주식등의 시가총액에 따라 '대주주'의 개념을 규정하고 있는데, 그 시가총액의 평가에 관하여 구 소득세법 시행령 제157조 제6항 제1호에서 "'주권상장법인의 주식등의 경우에는 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액(직전사업연도 종료일 현재의최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액)", 제2호에서 "제1호 외의 주식등의 경우에는 제165조 제4항의 규정에 의한 평가액"이라고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제2호에서 "제1호(1주당 가액의 평가는 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다는 내용)를 적용하는 경우 법 제99조 제1항 제4호의 주식등(이하 이 호에서 '비상장주식등'이라 한다)을 발행한

2) 다만, 2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정된 시행령 부칙 제1조에 따르면, 개정 시행령 제157조 제4항 중 '자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등에 해당하는 경우'는 그 시행일이 2017. 1. 1.이고, '자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인의 주식등에 해당하는 경우'는 그 시행일이 2016. 4. 1.이다. 그러므로 비상장 중소기업의 주식을 대상으로 한 이 사건 처분에 대하여는 개정 시행령 제157조 제4항이 아니라 개정 전 구 소득세법 시행령 제157조 제4항이 적용된다.

법인이 다른 비상장주식등을 발행한 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이하의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식등의 평가는 제1호에도 불구하고 법인세법 시행령 제74조 제1항 제1호 마목에 따른 취득가액에 따를 수 있다"고 규정함으로써, 비상장주식의 경우에도 시가총액에 의한 '대주주'여부를 판단하는 근거규정이 된다.

위와 같은 점에서 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주"라고 규정하고 있다고 하여, 위 규정에서 언급하는 '대주주'가 주권상장법인의 대주주에 한정하는 것이라고 해석할 수는 없다.

4) 원고는 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일인 2015. 12. 31. 현재 이 사건 회사 발행주식의 약 19.17%를 보유하고 있었음은 앞서 본 바와 같고, 따라서 원고는 구 소득세법 시행령 제157조 제4항에서 정한 대주주에 해당하므로, 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에서 정한 세율 10%가 아니라 그 다목에서 정한 세율20%가 적용되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 받아들일 수 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같다

판결한다.