조심-2018-중-0908 (2018.04.30)

주권비상장법인 대주주가 양도한 주식에 대한 양도세율

주권비상장법인 주주들에게도 '대주주'의 개념이 적용되고, 원고들이 대주주에 해당하는 이상 20%의 양도세율을 적용하는 것이 타당함

소득세법 제94조양도소득의 범위

인천지방법원-2018-구합-50240 (2018.11.08)

OOO 외 1명

△△△세무서장

2018.09.20.

2018.11.08.

1. 원고들의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

1. 처분의 경위

원고들은 주권상장법인이 아닌 법인(이하 '주권비상장법인'이라 한다)이자 중소기업인 ZZZZ화장품 주식회사의 주주로, 원고 AAA는 발행주식총수 000주 중 00주(발행주식총수의 29.03%)를, 원고 BBB은 발행주식총수 000주 중 00주(발행주식총수의 15.17%)를 보유하고 있었다(이하 원고들이 보유하던 주식을 '이 사건 주식'이라 한다).

원고들은 2016. 10. 19. VVV홀딩스 유한회사에 이 사건 주식을 0,000,000원(원고 AAA) 및 0,000,000원(원고 BBB)에 양도하고, 피고에게 아래 표와 같이 양도소득세율 20%를 적용하여 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다.

원고들은 2017. 12. 4. 피고에게 "이 사건 주식 양도 당시 시행되던 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 대주주의 범위를 주권상장법인의 대주주로 한정하고 있으므로, 주권비상장법인의 대주주인 원고들이 중소기업의 주식인 이 사건 주식을 양도한 것은 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에서 정한 '대주주가 아닌 자가 양도하는 경우'에 해당하여 양도소득세율 10%가 적용되어야 한다"라고 주장하면서 이미 납부한 양도소득세 중 정당한 양도소득세를 초과하는 부분(원고 AAA는 000,000원 중 000,000원, 원고 BBB은 000,000원 중 000,000원)을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

피고는 '구 소득세법상의 대주주는 주권상장법인의 대주주 및 주권비상장법인의 대주주 모두를 의미하는 것이고, 원고들은 주권비상장법인의 대주주에 해당하므로, 원고들의 이 사건 주식의 양도는 대주주가 중소기업의 주식을 양도한 경우에 해당하여 구소득세법 제104조 제1항 제11호 다목에서 정한 양도소득세율 20%가 적용된다'는 이유로 2018. 1. 4. 원고 AAA의 경정청구를 거부하는 처분을 하고, 2018. 1. 5. 원고 BBB의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 원고들에 대한 처분을 '이 사건 각 처분'이라 한다).

[인정근거] 갑 제1호증, 을 제1, 2호증의 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목은 '대주주가 아닌 자'가 중소기업의 주식을 양도한 경우에 양도소득세율 10%를 적용하도록 규정하고 있는데, 여기에서의 '대주주'는 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목, 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제157조 제4항에 따라 주권상장법인의 대주주만을 의미하는 것이므로, 주권비상장법인의 대주주는 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 '대주주가 아닌 자'에 해당한다.

원고들은 주권비상장법인의 대주주로서 중소기업 주식인 이 사건 주식을 양도하였으므로, 원고들의 이 사건 주식 양도는 대주주가 아닌 자가 중소기업의 주식을 양도한경우에 해당하여 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 양도소득세율 10%가 적용되어야 한다. 따라서 이와 달리 보아 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

구 소득세법 제94조 제1항 제3호, 제104조 제1항 제11호, 구 소득세법 시행령 제157조 제4항, 제6항 등 관계법령의 규정 내용과 취지 등에 의하면, 구 소득세법 제104조 제1항 제11호의 '대주주'에는 주권상장법인의 대주주와 주권비상장법인의 대주주가 모두 포함되는 것으로 봄이 타당하고, 원고들이 주권비상장법인의 대주주로서 중소기업주식인 이 사건 주식을 양도한 것은 대주주가 중소기업 주식을 양도한 경우에 해당하여 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 다목의 양도소득세율 20%가 적용되어야 한다.따라서 이 사건 각 처분은 적법하다.

① 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득세의 과세대상이 되는 주식 양도소득의 범위에 관하여 '주권상장법인의 주식으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주의 양도로 발생하는 소득'을 규정하고 있는데, 이는 주권상장법인의 주식 양도에 대하여도 그 주식을 이용한 변칙증여를 방지하고 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세형평을 기하기 위하여 그 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세하기로 하되, 자본시장의 충격을 완화하고 소액투자자의 이익을 어느 정도 보호하기 위하여 시행 초기에는 일정 규모 이상의 주식을 소유한 자의 주식양도만을 과세대상으로 하다가 자본시장이 건전하게 발전되면 그 과세대상의 범위를 점진적으로 확대하고자 하는 입법취지에 따른 것인 점(헌법재판소 2015. 7. 30. 선고2013헌바460 결정 등 참조), 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 나목은 주권비상장법인의 주식 양도에 대하여는 그 양도인의 주식 소유 규모와 상관없이 모든 주주의 주식양도소득이 양도소득세의 과세대상에 포함되도록 규정하고 있는 점 등을 고려하면, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 '대통령령으로 정하는 대주주'의 주식 양도에 관하여 규정한 것은 주권상장법인의 주식이 양도되는 경우에 특히 대주주의 주식 양도만을 양도소득세의 과세대상으로 하는 취지일 뿐, 양도소득세 과세대상에 해당하는 주식 양도에 대한 양도소득세율에 있어서 주권상장법인 대주주의 주식 양도와 주권비상장법인 대주주의 주식 양도를 서로 다르게 취급하려는 취지라고 볼 수 없다.

② 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 구 소득세법 제3장(거주자의 양도소득에 대한 납세의무)에서의 '대주주'라 함은 "소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주"를 말한다고 규정하고 있고, 이에 따라 구 소득세법 시행령 제157조 제4항은 소유주식 비율 또는 시가총액을 기준으로 대주주의 구체적인 범위에 관하여 규정하고, 제157조 제6항은 제157조 제4항의 시가총액의 내용에 관하여 주권상장법인 주식의 경우와 그 밖의 주식의 경우를 나누어 달리 규정하고 있다. 만약 원고들의 주장과 같이 구 소득세법 제3장 및 구 소득세법 시행령 제3장에서의 '대주주'가 주권상장법인의 대주주만을 의미하는 것이라면, 구 소득세법 시행령 제157조 제6항에서 대주주의 기준인 시가총액의 내용을 정하면서 주권상장법인 주식의 경우 외에 그 밖의 주식의 경우에 대하여도 별도로 규정할 이유가 없다.

또한, 구 소득세법 시행령 제157조 제4항은 2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되면서 대주주의 범위를 확대하였는데, 위 개정규정의 시행과 관련하여 소득세법 시행령 부칙(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호) 제1조는 주권상장법인의 경우에 2016. 4.1.부터, 주권비상장법인의 경우에 2017. 1. 1.부터 위 개정규정이 시행되도록 규정하고 있다. 이는 구 소득세법 시행령 제157조 제4항의 '대주주'에 주권상장법인의 대주주와 주권비상장법인의 대주주가 모두 포함됨을 전제로 하는 것이다.

③ 구 소득세법 제104조 제1항 제11호는 주식 양도에 대한 양도소득세율에 있어서 주식 양도인이 대주주인지 여부, 양도되는 주식이 중소기업 주식인지 여부, 대주주가 중소기업 외의 법인의 주식을 양도하는 경우의 그 주식 보유기간이 1년 미만인지 여부 등의 기준에 따라 그 세율이 다르게 적용되도록 규정하고 있다. 일반적으로 대주주와대주주 아닌 주주 사이에는 담세력 등에서 큰 차이가 있으므로, 위와 같이 주식 양도인이 대주주인지 여부에 따라 양도소득세율이 다르게 적용되도록 하는 것은 합리적인이유가 있는 것으로 볼 수 있다. 그런데 원고들의 주장과 같이 구 소득세법 제104조 제1항 제11호의 '대주주'가 주권상장법인의 대주주만을 의미하는 것으로 보는 경우에는주식 양도인이 주권상장법인의 대주주인지 아니면 주권비상장법인의 주주(대주주 포함)인지에 따라 양도소득세율이 다르게 적용되는 결과에 이르게 되고, 이러한 결과는 주권상장법인의 대주주와 주권비상장법인의 대주주 양자만을 비교하더라도 그 양자를서로 다르게 취급하는 것으로서 그 합리적인 이유를 찾기 어려운 것으로 보인다.

④ 원고들은 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 및 제104조 제1항 제11호가 2016.12. 20. 법률 제14389호로 개정된 내용에 의하면 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목의 '대주주'는 주권상장법인의 대주주만을 의미하는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 그와 같이 개정된 내용은 앞서 본 바와 같이 구 소득세법 제104조 제1항 제11호의 '대주주'에 주권상장법인의 대주주와 주권비상장법인의 대주주가 모두 포함되는 것으로 해석되는 개정 전 규정의 내용을 좀 더 분명하게 정한 것으로 보일 뿐이다.

3. 결론

원고들의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.