원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항 제2호는 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비 중 하나로 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’을 들고 있다.

그 위임에 따라 구 소득세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제163조 제3항 제2호는 ‘자본적 지출액 등’에 해당하는 것으로 ‘양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액’을 규정하고 있다.

그런데 2015. 2. 3. 대통령령 제26067호로 신설된 소득세법 시행령 제163조 제3항 제2호의2는 ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용’ 등을 필요경비 중 자본적 지출액의 하나로 규정하고 있다.

양도소득세는 자산의 양도와 그에 따른 소득이 있음을 전제로 하여 과세하는 것이다.

자산의 양도에 따른 소득을 확정하려면 자산을 양도한 대금에서 자산의 취득, 보유와 양도에 따른 비용 등을 공제해야 한다.

위 시행령의 개정 전에는 양도가액에서 공제하는 필요경비를 ‘양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용화해비용 등의 금액’이라고 정하고 있었는데, 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 자산을 보유하기 위한 소송비용 등을 필요경비로 인정하기 위한 것이다.

토지 등의 협의매수 또는 수용에...