조심2010전1789 (2011.06.29)

발전설비는 '산업'부문에 속하는 시설로서 '에너지이용시설'에 해당하므로 세액공제대상임

이 사건 발전설비는 전기생산과정에서 폐기・방출되는 폐열에 해당하는 배기열을 이용하는 설비이고, '산업'부문에 속하는 시설로서 연소폐열을 이용하여 증기 등 유효한 에너지를 발생시키는 '에너지이용시설'에 해당하므로 에너지절약시설 투자에 대한 세액공제대상임

2011구합3502 법인세부과처분취소

XX 주식회사

예산세무서장

2012. 2. 29.

2012. 3. 21.

1. 피고가 원고에 대하여 한 ① 2010. 3. 11. 2004 사업연도 귀속 법인세 1,984,038,435 원의 부과처분, ② 2010. 3. 13. 2005 사업연도 귀속 법인세 1,332,470,900원, 2006 사업연도 귀속 법인세 1,991,321,550원, 2007 사업연도 귀속 법인세 1,927,094,720원의 각 부과처분, ③ 2010. 4. 19. 2008 사업연도 귀속 법인세 3,330,832,154원의 감액 경정청구거부처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위 등

가. 원고는 1996. 10. 9. 전기사업법 제5조 및 민자발전사업기본계획에 따라 발전사업에 대한 정부의 허가를 받아 전력자원의 개발 및 판매 등을 목적으로 설립된 법인으로서 2001. 4. 1. 및 2008. 3. 1. 충남 당진군 송악면 XX리에 LNG(액화천연가스) 복합화력발전설비 2기를 준공하여 전력을 생산하여 판매하고 있다.

나. 원고가 건설한 복합화력발전설비는 1차로 가스터빈을 이용하여 전력을 생산한 후 그 과정에서 발생된 배기열을 이용하여 배열회수보일러, 증기터빈 등으로 구성된 발전설비(이하 '이 사건 발전설비'라고 한다)에서 2차로 전력을 생산하는 구조로 되어 있다. 1차로 전력을 생산하는 부분에서의 열효율은 약 30-40%이나, 이 사건 발전설비를 이용하여 2차 생산을 함으로써 열효율은 50-60%로 증가한다.

다. 원고가 복합화력발전설비 2기를 건설하면서 그 중 이 사건 발전설비 부분에 투자한 비용은 아래 [표 1] 기재와 같다.

라. 원고는 2002. 10. 29. 한국전력공사로부터 1호기의 이 사건 발전설비 부분의 경우 에너지절약시설에 해당하여 투자금액의 일부를 법인세에서 공제받을 수 있을 것으로 판단된다는 취지의 통지를 받았다. 이에 원고는 2002. 12. 27. 국세청에 이 사건 발전설비의 내용을 설명하면서 세액공제 대상인지 여부에 관한 질의를 하였고, 국세청은 2003. 1. 13. '전기생산의 산업활동을 영위하는 법인이 전기를 생산하는 발전활동 과정에서 발생되는 폐열을 이용하여 추가적인 전기를 생산함에 있어서 폐기에너지회수설비와 관련한 투자 중 연소폐열을 이용하여 열 또는 전기를 발생시키는 설비는 에너지절약시설투자 세액공제 대상인 것이나, 기존설비에 대한 보수 등에 해당하는 경우에는 세액공제 대상에 해당되지 아니하는 것으로 원고의 경우가 해당되는지 여부는 실질내용에 따라 사실판단할 사항이다'는 취지의 답변을 하였다.

마. 원고는 2003. 3. 31. 2002 사업연도 귀속 법인세 신고 시 1호기의 이 사건 발전 설비 부분에 대한 투자액 중 세액공제 대상인 3,300,437,745원의 투자세액 공제를 신고하였고, 2002 사업연도 귀속 법인세에서 563,196,130원을, 2004 사업연도 귀속 법인세에서 1,984,038,435원을, 2005 사업연도 귀속 법인세에서 753,203,180원을 각 세액공제 받았다.

바. 원고는 2호기의 이 사건 발전설비 부분과 관련하여 2005 사업연도 귀속 법인세에서 579,267,720원을, 2006 사업연도 귀속 법인세에서 1,991,321,550원을, 2007 사업연도 귀속 법인세에서 1,927,094,720원을 각 세액공제하여 법인세를 신고・납부하였고, 2010. 2. 19. 2008 사업연도 귀속 법인세 중 3,330,832,154원의 감액경정청구를 하였다.

사. 피고는 구 조세특례제한법 시행규칙(2008. 4. 29. 기획재정부령 제16호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 후 조세특례제한법 시행규칙'이라고 한다) 제13조의2 [별표 8의5] 제1호 나목은 에너지사용자의 에너지이용시설을 대상으로 하고 있으므로 발전업에 종사하는 원고에 대하여는 이를 적용할 수 없고, 가스터빈에서 1차 발전 후 배출되는 500°C의 열은 폐열이라고 볼 수 없다는 이유로 원고에 대하여 아래 [표 2] 기재와 같은 처분을 하였다(그 중 가산세 부분을 제외한 나머지 부분을 이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

아. 원고는 2010. 5. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2011. 6. 29. 가산세 부과처분 부분에 대한 원고의 청구를 받아들여 이를 취소하고, 나머지 부분에 대한 청구는 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 10호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가지 번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 1호기의 이 사건 발전설비에 대한 1998년부터 2000년 사이의 투자금액에 대해서는 구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것. 이하 '개정 전 조세특례제한법'이라고 한다) 제25조, 구 조세특례제한법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것. 이하 '개정 전 조세특례제한법 시행령'이라고 한다) 제22조 제1항 제1호, 구 조세특례제한법 시행규칙(2001. 3. 28. 재정경제부령 제184호로 개정되기 전의 것. 이하 '개정 전 조세특례제한법 시행규칙'이라고 한다) 제13조 제1항 [별표 3]이 적용되는데, 그 규정에서는 개정 후 조세특례제한법 시행규칙과 달리 '에너지 발생 및 공급시설'과 '에너지이용시설'을 구분하지 않고 있으므로, 이 사건 처분의 2004, 2005 사업연도 귀속 법인세 부과액 중 2,348,536,780원(= 1998년부터 2000년까지의 투자금액 합계 58,234,658,414원 x 5%에서 제척기간이 만료된 2002년 세액공제분 563,196,131원을 차감한 금액) 부분은 이 사건 발전설비가 개정 전 조세특례제한법 시행규칙 [별표 3] 제2호 다.의 (11)의 (가)목에서 규정하는 '폐열 또는 폐가스를 이용하는 설비'에 해당하는지 여부 에 따라 투자세액 공제대상인지 여부를 판단해야 한다.

2) 복합화력발전시설의 1차 발전설비인 가스터빈에서 나오는 배기열은 1차로 전기 생산을 위하여 사용되고 난 나머지 열인 점, 이 사건 발전설비가 없다면 그 배기열은 그대로 버려질 수밖에 없고 실제로 복합발전이 아닌 단순화력발전시설에서는 가스터빈에서 나오는 배기열이 그대로 버려지고 있는 점 등에 비추어 보면, 엄격해석 및 문언 해석의 원칙상, 이 사건 발전설비에서 사용되는 배기열은 개정 전・후 조세특례제한법 시행규칙에 규정된 '폐열'에 해당하고, 배기열의 온도가 5000e에 이른다는 이유로 이를 폐열로 볼 수 없다는 해석은 부당하다.

3) 1호기의 이 사건 발전설비에 대한 2001년 투자금액 및 2호기의 이 사건 발전설비에 대한 투자금액에 대하여는 개정 후 조세특례제한법 시행규칙이 적용되는데, 개정 후 조세특례제한법 시행규칙 [별표8의5] 제1호 나.의 (1)목의 '산업'에 원고가 영위하는 '발전업'도 포함 되고, 원고가 설치・가동하는 발전시설은 한편으로는 전기를 생산하는 에너지 발생 및 공급시설이지만, 다른 한편으로는 전기 생산을 위하여 에너지를 사용하는 에너지이용 시설에 해당하므로, 이 사건 발전설비가 에너지이용시설이 아니라는 이유로 세액공제 대상이 아니라는 피고의 해석은 부당하다.

4) 따라서 이 사건 발전설비는 개정 전 조세특례제한법 시행규칙 [별표 3] 제2호 다.의 (11)의 (가)목의 '폐열을 이용하는 설비' 및 개정 후 조세특례제한법 시행규칙 [별표 8의5] 제1호 나.의 (1)의 (가)의 2)목에서 규정하는 '연소폐열을 이용하여 증기 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비'에 해당된다.

5) 국세청은 2003. 1.경 원고의 질의에 대한 회신을 통하여 위와 같은 취지의 유권 해석을 하였고, 원고는 이를 신뢰하여 2호기의 이 사건 발전설비에 투자하였는바, 이 사건 처분 중 2호기 투자금액과 관련된 부분은 신의성실의 원칙에 위배되어 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다

다. 판단

1) 이 사건 발전설비가 에너지이용 합리화법에서 정한 '에너지절약형 시설'에 해당 하지 않아 세액공제 대상이 될 수 없다는 주장에 대한 판단

피고는, 개정 전 조세특례제한법 시행령 제22조 제1항 제1호는 '법 제25조 제1항 본문에서 대통령령이 정하는 시설이라 함은 에너지이용합리화법에 의한 에너지절약시설로서 재정경제부령이 정하는 시설'이라고 규정하고 있고, 개정 후 조세특례제한법 시행령 제22조의2 제1항 제1호는 '법 제25조의2 제1항에서 대통령령이 정하는 에너지절약시설이라 함은 에너지이용 합리화법에 의한 에너지절약형 시설 등으로서 재정경제부령이 정하는 시설'이라고 규정하고 있는바, 이 사건 발전설비가 개정 전・후 조세특례제한법 시행규칙 별표에서 정하고 있는 '에너지절약시설'에 해당하는지에 대하여 살펴볼 것도 없이 구 에너지이용합리화법(2002. 3. 25. 법률 제6671호로 개정되기 전의 것. 이후 몇 차례 개정되기는 하였으나 이 사건에 적용될 법령의 내용은 동일하므로 이하 '에너지이용 합리화법'이라고만 한다)에 의한 '에너지절약형 사셜'에 해당하지 않으므로, 개정 전・후 조세특례제한법에 따른 세액공제 대상이 되지 않는다고 주장한다.

살피건대, 에너지이용 합리화법 제21조 제1항은 '정부는 에너지이용합리화를 촉진 하기 위하여 대통령령이 정하는 에너지절약형 시설투자, 에너지절약형 기자재의 제조・설치・시공 기타 에너지이용합리화에 관한 사업에 대하여 금융・세제상의 지원 또는 보조금의 지급 기타 필요한 지원을 할 수 있다'고 규정하고 있고, 그 시행령(2002. 9. 26. 대통령령 제17747호로 개정되기 전의 것. 이하 '에너지이용 합리화법 시행령'이라고 한다) 제19조 제1항은 '법 제21조의 규정에 의한 지원대상이 되는 에너지절약형 시설투자는 다음 각호의 시설투자로서 산업자원부장관이 재정경제부장관과 협의하여 고시하는 것으로 한다. 1. 노후된 보일러 및 산업용 요로등 에너지다소비 설비의 대체, 2. 집단에너지사업, 열병합발전사업, 폐열이용사업과 대체연료사용을 위한 시설 및 기기류의 설치, 3. 10퍼센트이상의 에너지절약 효과가 있다고 인정되는 에너지절약형설비 및 기자재의 제조 또는 설치'라고 규정하고 있는바, ① 개정 전・후 조세특례제한법이 에너지이용 합리화법 제21조 제1항의 위 규정내용에 따라 에너지절약시설 설비투자에 대하여 세액공제를 해 주는 제도를 마련하고 있는 것인 점, ② 개정 전・후 조세특례제한법 시행규칙 각 별표 는 그 내용상 에너지이용 합리화법 시행령에서 추상적으로 열거하고 있는 '에너지절약형 시설'에 해당되는 설비의 내용을 구체적으로 정하고 있는바, 위 별표 규정이 에너지 이용 합리화법에 의한 '에너지절약형 시설'의 범위를 벗어나는 다른 시설을 포함하고 있는 것이라고 보기는 어려운 점, ③ 개정 후 조세특례제한법 시행령 제22조의2 제1항 제l호는 '에너지이용 합리화법에 의한 에너지절약형 시설 등으로서'라고 그 표현이 개정되었는 바, 에너지이용 합리화법에 의한 '에너지절약형 시설'을 세액공제의 대상이 되는 에너지절약시설의 하나의 예시로 표현하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 개정 전・후 조세특례제한법 시행규칙 각 별표에 해당되면 세액공제의 대상이 된다고 봄이 상당하므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 발전설비가 개정 전 조세특례제한법 시행규칙 [별표 3] 제2호 다.의 (11)의 (가)목의 '각종 열설비 또는 생산공정에서 폐기・방출되는 폐열 또는 폐가스를 이용하는 설비'에 해당하는지에 대한 판단

원고가 지적하는 바와 같이 1호기의 이 사건 발전설비에 대한 1998년부터 2000년 사이의 투자금액에 대해서는 개정 전 법령이 적용되므로, 이 사건 발전설비가 개정 전 조세특례제한법 시행규칙 [별표 3] 제2호 다.의 (11)의 (가)목의 '각종 열설비 또는 생산공정에서 폐기・방출되는 폐열 또는 폐가스를 이용하는 설비'에 해당하는지에 관하여 본다.

살피건대, '폐열'의 사전적 의미는 '쓰고 난 열' 또는 '목적한 일에 쓰고 난 나머지 열'을 말하고, '폐열보일러'의 사전적 의미는 '다른 공정에서 생기는 배기가스의 남은 열을 이용하는 보일러'를 일컬으며, 일반적으로 '복합발전'이라 함은 에너지(발전연료)의 연소과정에서 발생하는 가스를 이용하여 가스터빈을 구동하는 발전과정(1차 발전)을 거친 뒤 가스터빈에서 배출되는 '폐열'을 이용하여 보일러를 가열하고 여기에서 발생하는 증기를 이용하여 다시 발전(2차 발전)하는 화력발전방식으로 설명되고 있는바, 이러한 점에 비추어 보면, 이 사건 복합화력발전설비에서 1차로 가스터빈을 이용하여 전기를 생산한 후 발생된 배기열은 '폐열'에 해당한다고 보아야 할 것이고, 복합화력발전시설이 1차 발전 후 배출되는 증기를 이용하여 2차 발전을 하는 시설 전체를 가리킨다 하더라도 그러한 사정만으로 1차 발전 후 배출되는 배기열이 '폐열'이 아니라고 볼 수 없으며, 그 폐열의 온도가 500°C에 달한다 하여 이와 달리 볼 아무런 근거가 없다.

그렇다면, 이 사건 발전설비는 전기생산공정에서 폐기・방출되는 폐열에 해당하는 배기열을 이용하는 설비이므로, 이는 개정 전 조세특례제한법 시행규칙 [별표 3] 제2호 다.의 (11)의 (가)목의 '각종 열설비 또는 생산공정에서 폐기・방출되는 폐열 또는 폐가스를 이용하는 설비'에 해당한다.

3) 이 사건 발전설비가 개정 후 조세특례제한법 시행규칙 [별표 8의5] 제1호 나.의 (1)의 (가)의 2)목에서 규정하는 '연소폐열을 이용하여 증기 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비'에 해당하는지에 대한 판단

살피건대, 앞서 본 바와 같이 복합화력발전 과정에서 1차 발전 후 발생하는 배기열이 '폐열'에 해당하는 점에다가 아래에서 보는 여러 사정들을 더하여 보면, 이 사건 발전설비는 개정 후 조세특례제한법 시행규칙 [별표 8의5] 제1호 나.의 (1)의 (가)의 2)목에서 규정하는 '연소폐열을 이용하여 증기 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비'에 해당한다.

가) 개정 후 조세특례제한법 제2조 제3항에 의하면 업종의 분류는 통계청 고시 한국표준산업분류에 따르도록 규정하고 있고, 한국표준산업분류에 의하면 '화력, 원자력, 수력, 풍력, 태양력, 조력 및 기타 에너지원으로 발전설비를 이용하여 전기를 직접 생산하는 사업체의 산업활동'을 '발전업'으로 분류하고 있는바, 1차로 가스터빈에서 전기를 생산한 후 발생된 배기열을 이용하여 다시 2차로 전기를 생산하는 이 사건 발전설비는 '산업' 부문에 속하는 시설로 봄이 상당하다.

나) 에너지이용 합리화법 제2조에 의하면, 에너지를 사용하는 공장 ・ 사업장 등의 시설이나 에너지를 전환하여 사용하는 시설을 '에너지사용시설'이라 하고, 에너지를 생산 ・ 전환 ・ 수송 또는 저장하기 위하여 설치하는 설비를 '에너지공급설비'라고 하여 이를 구분하여 규정하고 있으나, 개정 후 조세특례제한법 시행규칙 [별표 8의5] 규정은 '연소폐열 ・ 공정폐열 및 폐가스를 이용하여 증기 ・ 온수 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비' 또는 '기타 폐기되는 자원을 이용하여 열 또는 전기를 발생시키는 설비' 등 유효한 에너지 및 열 또는 전기를 '발생지키는 설비를 '폐기에너지회수설비'라 하여 '에너지이용시설'의 하나로 규정하고 있는바, 에너지를 발생시키는 설비라 하더라도 일정한 경우 이를 '에너지이용시설'로 보고 있으므로, 이 사건 발전설비가 전기를 발생시키는 시설로서 에너지이용 합리화법 제2조의 '에너지공급설비'에 해당한다고 하더라도 위 [별표 8의5] 규정의 '에너지이용시설'에 해당될 수 있다 할 것이고, 위 [별표 8의5] 규정에서 '에너지이용합리화시설'을 '에너지 발생 및 공급시설'과 '에너지이용시설'로 구분하고, '에너지 발생 및 공급시설'에는 '보일러, 요 ・ 로, 집단에너지시설'을 규정하고 있다 하더라도, 앞서 본 바와 같이 '에너지이용시설'에는 연소폐열 등을 이용하여 증기, 용수, 열 또는 전기 등 유효한 에너지를 발생시키는 시설도 포함되어 있으므로, 에너지를 발생 시키는 시설로서 위 '보일러, 요 ・ 로, 집단에너지시설'에 해당하지 않더라도 위 [별표 8 의5] 규정의 '에너지이용시설'로서의 요건을 갖추면 '에너지이용시설'에 해당한다 할 것 인바, 이 사건 발전설비는 연소폐열을 이용하여 전기를 발생시키는 설비로서 비록 위 [별표 8의5] 규정의 '에너지 발생 및 공급시설'에는 해당하지 않더라도 '에너지이용시설'에는 해당한다고 봄이 상당하다.

다) 한편, 이 사건 발전설비가 당초부터 에너지 발전을 목적으로 하되 발전과정에서의 열효율 제고를 염두에 두고 1차 전기생산시설인 가스터빈과 결합된 사실상 단일 설비형태로 설계가 된 것이라 하더라도, 단순화력발전의 경우 가스터빈에서 나온 배기열은 그대로 폐기되는 점, 이 사건 발전설비와 가스터빈을 구동하여 전기를 생산하는 발전설비는 그 시설과 기능면에서 분리 가능한 별개의 설비인 것으로 보이는 점, 당초 가스터빈 발전설비만을 설치하여 배출되는 폐열을 그대로 폐기하다가 에너지 효율증대의 목적으로 그러한 폐열을 이용하기 위하여 증기터빈 발전시설을 추가로 설치하는 경우에는 개정 후 조세특례제한법상 에너지이용시설에 해당하여 세액공제의 대상이 될 수 있을 것으로 보이는 반면, 처음부터 가스터빈과 증기터빈을 함께 설계하여 설치하는 경우에는 세액공제의 대상이 될 수 없다고 해석하는 것은 심히 형평에 반하는 부당한 결과가 초래되는 점 등의 사정을 종합하면, 이 사건 발전설비 부분만을 따로 떼어 에너지이용 시설로 봄이 상당하다.

4) 따라서 이 사건 발전설비는 개정 전 조세특례제한법 시행규칙 [별표 3] 제2호 다.의 (11)의 (가)목의 '폐열을 이용하는 설비' 및 개정 후 조세특례제한법 시행규칙 [별표 8의5] 제1호 나.의 (1)의 (가)의 2)목에서 규정하는 '연소폐열을 이용하여 증기 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비'로서 '에너지이용시설'에 해당한다 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.