경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지의 판단시점

구 조세특례제한법 제69조 제1항은 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 양도할 때 발생하는 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있으므로, 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지에 해당하는지 여부도 양도할 때를 기준으로 판단해야함

판결내용은 붙임과 같습니다

구 소득세법 제100조 제2항

2018구단7079 양도소득세부과처분취소

박**

이천세무서장

2019. 4. 05.

2019. 4. 26.

1. 피고가 2017. 8. 4. 원고에 대하여 한 2014년 귀속 양도소득세 203,320,650원(가산 포함)의 부과처분 중 135,927,975원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 이를 3분하여 그 2는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 8. 4. 원고에 대하여 한 2014년 귀속 양도소득세 203,320,650원(가산세포함)의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 윤**은 이천시 설성면 **리 ***-8 답 2,085㎡, 같은 리 ***-9 답 1,562.2㎡ 및 같은 리 ***-15 답 3,011.4㎡(이하 통틀어 '제2토지'라 한다)를 윤aa로부터매수하기로 계약을 체결한 후, 2004. 10. 18. 다시 원고의 아버지인 박**과 사이에 제2토지를 박**에게 매도하기로 하는 계약을 체결하였다. 이후 박**은 2004. 11.24. 윤@@로부터 직접 제2토지에 관한 소유권이전등기를 경료받았다.

나. 또한 박**은 2004. 11.경 이천시 설성면 **리 ***-2 답 6,557.9㎡, 같은 리 ***-3 답 3,185.9㎡ 및 같은 리 ***-12 답 4,128.8㎡(이하 통틀어 '제1토지'라 하고,제1토지와 제2토지를 합하여 '이 사건 각 토지'라 한다)를 김**으로부터 매수하는 계약을 체결하고, 그에 기해 2004. 11. 25. 제1토지에 관하여 소유권이전등기를 경료하였다.

다. 이후 박**은 2009. 7.경 한국농어촌공사와 사이에, 이 사건 각 토지 등의 임대관리에 관한 업무를 한국농어촌공사에 위탁하는 내용의 농지임대수위탁계약을 체결하고 2009. 7. 23.부터 이 사건 각 토지 등의 임대관리 업무를 한국농어촌공사에 위탁하였다.

라. 박**은 2014. 3. 28. 한국농어촌공사에 이 사건 각 토지를 매매대금 합계677,510,000원(제1토지 457,790,000원, 제2토지 219,720,000원)에 매도하고 같은 날 소유권이전등기까지 경료해 준 후, 2014. 5. 26. 양도가액을 실거래가액으로, 취득가액을 환산취득가액으로 하여 피고에게 양도소득세 신고를 하면서, 조세특례제한법 제69조 제1항이 정한 자경농지(3년 이상 자경한 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지)에 해당한다는 이유로 103,770,790원의 산출세액 전액에 대해 세액감면 신청을 하였다. 박**은 그 후인 2014. 9. 21. 사망하였다.

마. 피고는 박**에 대한 양도소득세 조사를 실시한 후 ① 이 사건 각 토지가 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지에 해당하지 않는 것으로 보아 조세특례제한법 제69조 제1항에 따른 세액감면을 부인하는 한편, ② 원고가 제출한 제1토지에 관한 매매계약서(갑 제7호증의 1)는 진정한 계약서로 볼 수 없다는 이유로 그 계약서에 기재된 매매대금 2억 9,300만 원을 취득가액으로 인정하지 않고 환산취득가액145,471,365원을 적용하여(제2토지에 관하여는 원고가 제출한 매매계약서의 매매금액128,800,000원을 그대로 취득가액으로 인정), 2017. 8. 4. 원고에 대하여 2014년 귀속양도소득세 203,320,650원(가산세 포함)을 경정, 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라한다).

바. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2017. 11. 10. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2018. 2. 26. 심판청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 5, 8, 10, 12, 13, 14호증, 을 제1, 2, 8, 9호증(가지번호가 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 이 사건 각 토지는 조세특례제한법 제69조 제1항이 정한 '경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지'에 해당하고 소유자인 박**이 3년 이상 자경하였으므로 그 양도소득세가 전액 감면되어야 한다. 그럼에도 피고는 이 사건 각 토지가 위 '경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지'에 해당하지 않는다고 판단하여 양도소득세를 감면하지 않고 이 사건 처분을 하였으므로 이 사건 처분은 위법하다.

2) 원고가 제출한 제1토지에 대한 매매계약서(갑 제7호증의 1)는 진정한 것이므로, 거기에 기재된 매매대금 2억 9,300만 원을 제1토지의 취득가액으로 인정해야 함에도 피고가 위 매매계약서를 진정한 것으로 볼 수 없다는 이유로 그 매매대금을 부인하고 환산취득가액을 적용한 것은 위법하다. 나아가 설령 위 매매계약서의 매매대금을 실지 거래가액으로 인정할 수 없다 하더라도, 제1토지 매매 즈음 매매된, 인접ㆍ유사한 제2토지의 매매사례가 존재하므로, 소득세법 시행령 제176조의2 제3항에 따라 제2토지의매매가액을 매매사례가액으로 적용하여 제1토지의 취득가액을 산정했어야 함에도 피고가 환산취득가액을 적용한 것은 위법하다.

나. 관련 법령

별지와 같다.

다. 판단

1) 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지 해당 주장

가) 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항은 대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사에 양도하는 경우 3년 이상 자경한 토지에 대해서는 양도소득세를 전액 감면한다는 취지로 규정하고 있다. 조세특례제한법 시행령 제66조 제3항은 위 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문에서 '대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금'이란 농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정(2014. 12. 30. 대통령령 제25918호로 개정되기 전의 것, 이하 '이 사건 시행규정'이라 한다) 제4조에 따른 경영이양보조금을 말한다고 규정하고, 이 사건 시행규정은 '고령은퇴농가의 소득 안정을 도모하고 전업농 중심의 영농 규모화 촉진을 위하여 예산의 범위에서 조기에 경영이양한 농업인에게 경영이양보조금을 지급한다'고 규정하면서(제4조 제1항),경영이양보조금의 신청 대상자(제5조)와 지급대상 농지(제6조), 지급요건(제7조) 등을 규정하고 있다. 위와 같은 관련 법령의 내용과 구 조세특례제한법 제69조 제1항이 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 양도소득세 감면 대상으로 규정한 취지 등을 종합적으로 살펴보면, 구 조세특례제한법 제69조 제1항이 규정하고 있는 3년 자경 특례규정 적용 대상 토지인 '대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지'는, 이 사건 시행규정 제6조에서 정하고 있는 '경영이양보조금의 지급대상 농지'모두를 의미하는 것이 아니라, 위 시행규정 제5조와 제7조에서 정하고 있는 경영이양보조금의 신청대상자 요건 및 지급요건까지 모두 충족하여 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 의미한다고 봄이 타당하다.

나) 원고의 이 부분 주장에 대하여 보건대, 이 사건 시행규정 제5조 제1호는 경영이양보조금 신청대상자 요건 중 하나로 '선정신청일이 속하는 연도의 12월 31일 현재 농림축산식품부령으로 정하는 연령에 해당하는 농업인'일 것을 규정하고 있고, 농림축산식품부령[구 농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규칙(2015. 4. 7. 농림축산식품부령 제138호로 개정되기 전의 것)]은 위 연령을 65세 이상 70세 이하로 정하고 있는바(제3조), 이 사건 각 토지의 양도일(2014. 3. 28.)을 기준으로 할 때 박**(1939. 8. 29.생이다. 갑 제3호증의 기재)은 74세이어서(양도일이 속하는 연도의 12.31.을 기준으로 하면 75세) 이 사건 시행규정 제5조가 정한 경영이양보조금 신청대상자 요건에 해당하지 않음이 명백하므로, 결국 이 사건 각 토지는 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지라고 볼 수 없다.

이에 대하여 원고는, 이 사건 시행규정 제2조 제5호는 '경영이양'을 '한국농어촌공사에 농지를 임대 또는 임대위탁하는 것'이라고 정의하고 있는바, 박**이 2009. 7.경 한국농어촌공사에 이 사건 각 토지를 '임대위탁'한 것은 위 시행규정에 따른'경영이양'을 한 것으로 볼 수 있고, 따라서 위 시행규정 제5조 제1호가 정하는 신청대상자의 연령 요건의 충족 여부도 박**이 이 사건 각 토지를 경영이양한 위 2009. 7.기준으로 판단해야 한다는 취지의 주장을 하나, 구 조세특례제한법 제69조 제1항은 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 양도할 때발생하는 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있으므로, 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지에 해당하는지 여부도 당연히 양도할 때를 기준으로 판단해야 할 것이므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

다) 따라서 피고가, 이 사건 각 토지가 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지에 해당하지 않는다고 판단하여 양도소득세 감면을 부인한 것은 적법하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 제1토지 취득가액 관련 주장

가) 먼저 제1토지의 매매계약서(갑 제7호증의 1)가 진정한 것이므로 거기에 기재된 매매대금(2억 9,300만 원)을 취득가액으로 인정해야 한다는 주장에 관하여 보면, 앞서 든 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 제1토지 매매계약서에 적힌 매매대금은 2억 9,300만 원인 반면, 제1토지의 매도인(김**)이 신고한 양도가액은 1억 4,700만 원인 점, 박**이 제1토지 매매계약서의 매매대금 2억 9,300만 원을 매도인에게 실제 지급하였음을 확인할 수 있는 객관적인 금융거래자료가 제출되지 않은점,제1토지 매매계약서를 보더라도 중개업자의 기재가 없고 매도인, 매수인의 이름을 포함한 계약서 전체가 한 사람의 필체로 기재되어 있으며 매매당사자의 전화번호 기재조차 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 위 제1토지 매매계약서가 진정한 것이고 거기 기재된 매매대금이 실지거래가액이라는 점을 인정하기 부족하다. 이 부분 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

나) 다음으로 제1토지의 취득가액을 매매사례가액을 적용하여 산정해야 한다는 주장에 관하여 본다. 구 소득세법 시행령(2014. 7. 28. 대통령령 제25522호로 개정되기 전의 것) 제176조의2 제3항은 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우 매매사례가액을 환산취득가액보다 우선하여 적용하도록 규정하고 있다. 이 사건에 관하여 보면, 앞서 든 증거들과 갑 제16호증의 기재에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정, 즉 ① 제1토지와 제2토지의 개별공시지가는, 박**이 취득할 즈음 각 7,100원/㎡,양도할 즈음 각 21,500원/㎡으로 모두 동일하였던 점, ② 박**로부터 이 사건 각 토지를 매수한 한국농어촌공사의 의뢰에 따라 이 사건 각 토지의 시가를 감정한 감정평가법인은 "제1토지와 제2토지는 공히 '답'으로 이용 중이고, 공히 남서측 및 북동측의 포장된 농로를 통하여 진출입이 가능하며, 공히 농림지역, 가축사육제한구역, 농업진흥구역, 자연보전권역 등에 속한다"고 평가하면서 제1토지와 제2토지의 감정평가액을 똑같이 ㎡당 33,000원으로 감정하였고, 그에 따라 한국농어촌공사는 제1토지, 제2토지 모두를 ㎡당 33,000원으로 계산한 매매대금을 지급하고 매수한 점, ③ 제1토지와 제2토지가 아주 가까운 거리에 있는 점, ④ 제1토지에 관하여 박** 명의로 소유권이전등기가 경료된 것은 2004. 11. 25.이고, 제2토지에 관하여 박** 명의로 소유권이전등기가 경료된 것은 2004. 11. 24.로서 단 하루 차이밖에 나지 않는 점 등을 종합하여 보면, 위 제2토지의 매매는 제1토지와 유사한 자산의 매매사례라고 할 수 있고, 피고가 주장하는 사정, 즉 박**이 제1토지와 제2토지를 취득할 당시 위 각 토지는 가격급등세가 심해 투기지역으로 지정되어 있었던 점(을 제7호증의 기재), 두 토지가 면적에 있어 2배 정도 차이가 나고 바로 인접해 있지 않으며 도로접근성에 있어서도 차이가 있는 점 등만으로는 이와 달리 보기 어렵다. 따라서 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 제1토지의 취득가액을, 피고도 실지거래가액으로 인정한 제2토지의 매매가액을 매매사례가액으로 적용하여 산정하지 않고 환산취득가액을 적용하여 산정한 것은 위법하다.

다) 한편, 제2토지의 매매가액을 제1토지의 매매사례가액으로 적용하여 원고에게 부과할 2014년 귀속 양도소득세를 다시 계산해 보면 135,927,975원(가산세 포함)이 된다(피고의 2019. 4. 16.자 참고서면 참조).

3. 결론

그렇다면 이 사건 처분 중 위 135,927,975원(가산세 포함)을 초과하는 부분은 위법하므로 이를 취소하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.