대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지의 의미

대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지의 의미가 이 사건 시행규정에서 정의하고 있는 경영이양대상농지 전부를 의미한다고 볼 수 없음

조세특례제한법 제69조자경농지에 대한 양도소득세 감면

2016누34037 양도소득세부과처분취소

이aa

파주세무서장

2016.08.26.

2016.09.23.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 11. 5. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 양도소득세 69,479,640원(가산세

포함)의 부과처분을 취소한다.

1. 제1심 판결 이유의 인용

이 판결 이유는 제1심 판결 이유 중 아래와 같은 내용을 고치는 외에는 제1심 판결

이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를

인용한다.

가. 제6면 제2행부터 제10면 제16행까지 사이를 아래와 같이 고친다.

"2) 3년 자경 특례 규정 충족 여부에 관한 판단

(1) 당사자들의 주장

원고는, 이 사건 각 농지는 농업진흥지역 내의 농지로서 '농산물의 생산자를

위한 직접지불제도 시행규정' 제6조1)에서 정한 '경영이양보조금 지급대상 농지'에 해당하므로, 비록 원고가 이 사건 각 농지의 양도 무렵 76세이고, 양도 이후에도 12,828㎡의 농지를 보유하고 있어 '농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정'의 제5조,

1) 제6조(경영이양보조금의 지급대상 농지)

경영이양보조금의 지급대상 농지는 다음 각 호와 같다.

1.「농지법」제28조에 따른 농업진흥지역의 농지로서 경영이양 이전 농림수산식품부령으로 정하는 기간 이상 계속하여 소유하고 있는 논밭과수원

2.「농지법」제28조에 따른 농업진흥지역 밖의 농지 중 농림축산식품부령으로 정하는 논밭과수원

제7조에서 정하고 있는 경영이양보조금 지급요건을 갖추지 못하여 이 사건 각 농지의

양도에 따른 경영이양보조금을 실제로 지급받을 수는 없다고 하여도 이 사건 각 농지

는 3년 자경 특례 요건을 정하고 있는 구법 제69조 제1항에서 정하고 있는 '대통령령

으로 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지'에 해당하여 이 사건 각

농지의 양도에 대한 양도소득세 감면 요건은 모두 충족되었다고 주장한다.

이에 대하여 피고는, 원고가 이 사건 각 농지의 양도와 관련하여 '농산물의 생

산자를 위한 직접지불제도 시행규정'에서 정하고 있는 경영이양보조금의 지급요건을

갖추지 못하였으므로 비록 이 사건 각 농지가 농업진흥지역내의 토지로서 이를 한국농

어촌공사에 양도한 경우라고 하여도 이 사건 각 농지는 구법 제69조 제1항에서 정하고있는 '대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지'에 해당하지 않아 이 사건 각 농지의 양도에 대한 양도소득세 감면 요건은 충족되지 않았다고주장한다.

(2) 판단

위 관계법령 등에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면,

구법 제69조 제1항이 규정하고 있는 3년 자경 특례규정 적용 대상토지인 '대통령령으

로 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지'는 '농산물의 생산자를 위

한 직접지불제도 시행규정'(이하, '이 사건 시행규정'이라 한다) 제6조에서 정하고 있는'경영이양보조금의 지급대상 농지' 모두를 의미하는 것이 아니라 위 시행규정 제5조2)

2) 제5조(경영이양보조금의 신청 대상자)

경영이양보조금을 신청할 수 있는 농업인은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 자로 한다. 다만, 제14조 제1항에 따라 환수되어야

하는 금액을 완납하지 아니한 농업인은 경영이양보조금을 신청할 수 없다.

1. 제9조에 따른 경영이양보조금 지급대상자 선정신청일(이하 "선정신청일"이라 한다)이 속하는 연도의 12월 31일 현재 농림

수산식품부령으로 정하는 연령에 해당하는 농업인

2. 선정신청일 직전 10년 이상 계속하여 농업경영을 하고 있는 농업인. 다만, 질병이나 사고로 농업경영을 하지 못하였다고

인정되는 경우에는 최근 10년 중 8년 이상 농업경영을 한 농업인을 포함한다.

와 제7조3)에서 정하고 있는 경영이양보조금의 지급요건까지 모두 충족하여 경영이양

보조금의 지급대상이 되는 농지를 의미한다고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선

원고의 위 주장 또한 이유 없다.

① 구법 제69조 제1항은 3년 자경 특례와 관련하여 '농지 소재지에 거주하는

대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대

상이 되는 농지를「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는

농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인에 2012년 12월 31일까지

양도하는 경우에는 3년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통

령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다'고 규정하고 있다. 그리고 구법 제69조 제1항의

위임을 받은 구법 시행령 제66조 제3항은,「법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로

정하는 경영이양직접지불보조금"이란 이 사건 시행규정 제4조에 따른 경영이양보조금

을 말한다」고 규정하고 있다. 그리고 이 사건 시행규정(2014. 3. 18. 대통령령 제

25259호로 일부 개정되기 전의 것) 제4조는 "농림수산식품부장관은 고령은퇴농가의 소득 안정을 도모하고 전업농 중심의 영농 규모화 촉진을 위하여 예산의 범위에서 조기에 경영이양한 농업인에게 경영이양소득보조금을 지급한다"고 규정하고 있고, 위 규정제5조는 신청인의 연령 등 '경영이양보조금의 신청 대상자'의 자격요건에 관하여 규정하고 있으며, 제6조는 경영이양대상농지의 객관적 성격 등 '경영이양보조금의 지급대상

3) 제7조(경영이양보조금의 지급요건)

경영이양보조금을 받으려는 농업인은 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어야 한다.

1. 제12조에 따른 경영이양보조금 지급에 관한 약정 체결 전날까지 소유농지 중 다음 각 목에 따른 농지를 제외한 나머지 농

지에 대한 농업경영을 이양할 것

가. 농가의 자가소비량 생산을 고려하여 농림수산식품부령으로 정하는 면적 이하의 농지

나. 해당 농지의 위치, 경지정리 상태 등 경작 여건상 농림수산식품부령으로 정하는 사유로 계속 경작할 수밖에 없다고 인

정되는 농지

2. 제12조에 따른 경영이양보조금 지급에 관한 약정 체결일 현재 임차 또는 사용차 중

농지'에 관한 요건에 관하여 규정하고 있고, 제7조는 경영이양 후 잔여소유토지의 범위를 제한하는 등의 '경영이양보조금의 지급요건'에 관하여 규정하고 있다.

위와 같이 구법 제69조 제1항은 3년 자경 특례규정 대상 토지를 '대통령령으

로 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지'라고 규정하여 '경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지'의 범위가 아니라 '경영이양직접지불보조금'의

의미에 관하여서만 구법 시행령에 위임하고 있고, 구법 시행령은 다시 '경영이양직접지불보조금'의 의미를 경영이양보조금의 정의규정인 이 사건 시행규정 제4조가 정하고

있는 경영이양보조금과 같다고 규정하고 있을 뿐이다. 따라서, 3년 자경 특례에 관한

요건을 정하고 있는 구법 제69조 제1항이 그 대상토지의 범위에 관하여만 "대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지"로 제한하기 위한 규정이라고 단정할 만한 법령상의 근거는 없다.

오히려 위와 같은 각 법령의 체계와 문언의 내용을 종합하여 보면, 구법 제69

조 제1항의 '대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지'의

의미는 해당 농지가 이 사건 시행규정 제5, 6, 7조에서 규정하고 있는 경영이양보조금

의 각 지급요건을 충족하여 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 의미한다고 봄

이 상당하다.

② 다음으로 3년 자경 특례 규정 관련 법령의 연혁에 관하여 본다. 2002. 12.

11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 제69조 제1항에서 '농지법 제32조의 규정에 의한 농업진흥지역내의 농지'의 양도에 관하여 5년 자경 특례 규정이 신설되었고(이

하 '5년 자경 특례 규정'이라 한다), 2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정된 조세특례제한법 제69조 제1항에서 '대통령령이 정하는 경영이양직불보조금의 지급대상이 되는 농지'의 양도에 관하여 3년 자경 특례규정이 추가로 신설되었다. 2003. 12. 30. 대통령령제18176호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제66조는 구법 시행령과 마찬가지로 위 조세특례제한법 제69조 제1항의 '대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금'의 의미는 이 사건 시행규정에서 정하고 있는 경영이양보조금을 말한다고 규정하고 있다. 그리고 당시 시행 중이던 이 사건 시행규정(2003. 1. 1. 대통령령 제17816호로 개정된 것)은 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지의 객관적 성격에 관하여 '경영이양'에 관한 정의규정인 제2조 제4, 5호에서 '지적법에 의한 지목이 답인 토지'라고만 규정하였을 뿐 그 밖에 특별한 제한이 없었고, 그 후 2004. 1. 29. 대통령령 제18266호로 개정된 이사건 시행규정에서는 경영이양보조금의 지급요건에 관한 규정인 제4조에서 그 요건 중의 하나로 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 '선정신청일 이전 3년 이상 계속하여 소유한 농지법 제30조의 규정에 의한 농업진흥지역 안의 답'(제1항 제2의2)으로한정하였다가, 2009. 1. 6. 대통령령 제21252호로 개정된 이 사건 시행규정에서 현재와 같이 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지의 객관적 성격에 관하여 제6조에서 '경영이양보조금의 지급대상 농지'라는 제목아래 '농업진흥지역의 농지 중 일정기간 계속하여 소유하고 있는 논・밭・과수원'(제1호)과 '농업진흥지역 밖의 농지 중 일정 요건을 갖춘 논・밭・과수원'(제2호)으로 규정하고 있다.

위와 같이 3년 자경 특례 규정의 신설 당시에는 이 사건 시행규정의 경영이양

대상농지의 객관적 성격은 농지로서 지적법상 지목이 답이면 충분하였고, 따라서 답인

농지의 경우에는 당시 시행되던 농업진흥지역내의 농지의 양도에 관하여 적용되는 '5

년 자경 특례 규정'보다 그 적용범위가 오히려 더 넓었다. 그리고 2004. 1. 29. 개정된 이 사건 시행규정에서도 경영이양대상농지의 객관적 성격에 관하여 농업진흥지역내의 답일 것만을 요구하고 있어 답인 농지의 경우에는 '5년 자경 특례규정'의 양도대상농지와 차이가 없었다.

결국, 원고의 주장과 같이 3년 자경 특례 규정에서 정하고 있는 양도대상농지

가 이 사건 시행규정 중 경영이양대상농지를 정한 농지의 범위와 같다고 해석한다면,

3년 자경 특례 규정 신설 당시를 기준으로 농업진흥지역내의 농지인 밭, 과수원은 5년

자경 특례 규정이 적용되는 반면 논인 농지의 경우에는 농업진흥지역외에서도 3년 자

경 특례 규정이 적용되게 되어 지나치게 적용범위가 넓어지고, 5년 자경 특례 규정과

3년 자경 특례 규정이 중복 적용되는 불합리나 부자연스러운 결과를 초래한다. 또한

2004. 1. 29. 개정된 이 사건 시행규정 적용 당시에도 이 사건 시행규정에서 경영이양

대상 농지의 객관적 성격에 관하여 '농업진흥지역 안의 답'으로만 규정하고 있어 논인

농지의 경우 5년 자경 특례 규정이 정하는 양도대상과 같게 되어 5년 자경 특례 규정

과 3년 자경 특례 규정이 중복 적용되는 부자연스러운 결과가 초래된다.

따라서, 위와 같은 3년 자경 특례 규정 관련 법령의 연혁을 보더라도 구법 제

69조 제1항의 '대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지

'의 의미가 이 사건 시행규정에서 정의하고 있는 경영이양대상농지 전부를 의미한다고

볼 수 없고, 더 나아가 해당 농지가 이 사건 시행규정이 정하고 있는 경영이양보조금

의 각 지급요건을 모두 충족하여 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지에 한정된다

고 봄이 상당하다.

③ 재정경제부가 2004. 5. 13. 발간한 "2003년 간추린 개정세법"에서도 3년 자

경 특례 규정의 신설이유에 관하여 '고령농업인의 농지 양도를 유도하여 경영규모를

확대하고 농업의 경쟁력을 제고하는 한편, 영농에서 은퇴하는 소규모 영세 고령농업인

의 생활안정을 지원'하는데 있다고 설명하고 있다. 이와 같은 3년 자경 특례 규정의 입법취지를 보더라도 3년 자경 특례 규정의 적용대상이 되는 농지는 이 사건 시행규정에서 정하고 있는 경영이양보조금의 지급요건을 모두 충족하여 그 지급대상이 되는 농지에 한정된다고 봄이 상당하다.

④ 이 사건 시행규정 제5조에서 경영이양보조금의 신청 대상자를 '65세 이상

70세 미만으로 10년 이상 계속하여 농업경영을 하고 있는 농업인'으로 한정하고 있다

고 하더라도, 위 규정에서의 '농업경영'이란 '자기의 계산과 책임으로 농업을 영위한

것'을 의미할 뿐 해당 농지를 직접 경작할 것까지 요구하는 것은 아니고 고령의 농업

인의 경우 직접 경작 이외의 방법으로 농업경영 하는 경우가 적지 않을 것이므로 3년

자경 특례 규정의 대상 농지를 경영이양보조금의 지급요건을 모두 갖춘 농지라고 해석

한다고 하여 3년 자경 특례 규정이 일반적인 8년 자경 특례 규정의 감면 요건을 완화

하는 기능을 제대로 수행할 수 없다고 할 수 없다."

나. 제12면 제1행부터 제15행 제12행까지 사이를 "별지 관련법령"과 같이 고친다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론

을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.