서울행정법원2012구단4633 (2012.07.06)

검인계약서상 거래가액을 취득 실지거래가약으로 본 것은 적법함

검인계약서를 제외하고는 취득 당시 대물변제 계약서 또는 그에 준하는 채무정산자료를 보유하고 있지 않고 대물변제로 소멸하는 채권 외에 별도로 대금을 지급하였음을 인정할 증거가 없으므로 검인계약서상 거래가액을 취득 당시 실지거래가액으로 본 처분은 적법함

소득세법 제97조 외

2012누23046 양도소득세 부과처분 취소

장AA

종로세무서장

서울행정법원 2012. 7. 6. 선고 2012구단4633 판결

2013. 6. 18.

2013. 7. 26.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다.

"피고가 원고에 대하여 한 2011. 8. 1.자 양도소득세 OOOO원의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 세액 및 2011. 11. 17.(소장에 기재된2011. 8. 1.'은 오기로 보인다)자 농어촌특별세 OOOO원의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 세액을 각 취소한다.",이유

1. 양도소득세 및 농어촌특별세

아래의 사실은 당사자 사이에서 다툼이 없거나 갑 제1, 6 내지 8호증, 을 제1 내지3호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 안정된다.

○ 원고는 아래 표 기재와 같이 그 소유의 순번 1, 2 기재 각 토지를 BBB공사와 CCC공사에 수용당하고, 순번3 기재 토지를 경DD에게 매도하였다

순번

대상 토지

매매(수용) 일자

매수인(수용자)

매도대금(수용 보상금)

1

OO시 OO면 OO리 622-29 영전 3,249㎡

2010. 6. 7.

BBB공사

현금보상 OOOO원

채권보상 OOOO원

2

OO도 OO군 OO면 OO리 245-3 전 79㎡

2010. 6. 14.

CCC공사

현금보상 OOOO원

3

OO도 OO군 OO면 OO리 245 전 1,723㎡

2010. 10. 7.

경DD

OOOO원

"○ 순번 3 기재 토지는 OO도 OO군 OO면 OO리 245 전 2,790㎡에서 2002. 6. 5. 전 988㎡가 같은 리 245-2로 분할되고(남은 면적은 1,802㎡이다), 2010. 5. 3. 순번 2 기재 토지가 분할된 후 남은 토지이다(이하 순번 3 기재 토지를이 사건 토지'라 하고, 순번 2 기재 토지가 분할되기 전의 토지 1,802㎡를분할 전 토지 1,802㎡'라 한다).",○ 원고는 피고에게 2010년 귀속 양도소득세 신고를 하면서 이 사건 토지의 양도가액은 실지거래가액인 OOOO원으로 하고, 취득가액은 이 사건 토지를 대물변제로 취득하였으나 그 대물변제가액이 불분명하다는 이유로 「소득세법 시행령」 제176조의2에 의한 환산가액인 OOOO원으로 하여 순번 1, 2 기재 토지의 양도소득가액과 합산하여 계산한 양도소득세 OOOO원을 신고하였다.

○ 피고는 원고의 신고 내용에 대한 세무조사를 실시한 결과, 이 사건 토지의 전 소유자인 경EE의 진술에 기초하여 원고가 경EE에게 대여하였다는 OOOO원을 분할 전 토지 1,802㎡의 취득가액으로 보고 이 사건 토지의 취득가액을 OOOO원(= OOOO원 × 1,723㎡/1,802㎡)으로 하여 2011. 8. 1. 원고에 대하여 2010년 귀속 양도소득세를 OOOO원으로 경정하고, 위 양도소득세의 감면세액에 대하여 20%의 세율로 부과되는 농어촌특별세를 OOOO원에서 OOOO원으로 경정하였다.

"○ 원고는 위 2011. 8. 1.자 경정처분에 불복하여 2011. 10. 28. 국세청장에게 심사청구를 하였는데 심사청구에 대한 심리가 진행 중이던 2011. 11. 17. 피고는 원고와 경EE가 작성하여 여주군수로부터 검인을 받은 이 사건 토지에 관한 매매계약서상 매매대금 OOOO원을 분할 전 토지 1,802㎡의 취득가액으로 보고 이 사건 토지의 취득가액을 OOOO원(= OOOO원 × 1,723㎡/1,802㎡)으로 하여 양도소득세를 재계산한 후 2010년 귀속 양도소득세를 OOOO원으로 경정하고, 농어촌특별세를 OOOO원에서 OOOO원으로 경정하였다(이하 위 2011. 8. 1.자 양도소득세 부과처분 중 위와 같이 감액되어 잔존하는 OOOO원 부분을이 사건 양도소득세 부과처분'이라 하고, 위 2011. 11. 17.자 농어촌특별세 OOOO원의 증액경정처분을이 사건 농어촌특별세 부과처분'이라 하며, 이 사건 양도소득세 부과처분 및 농어촌특별세 부과처분을 통틀어이 사건 처분'이라 한다).",2. 당사자들의 주장

가. 원고의 주장

이 사건 양도소득세 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분 및 이 사건 농어촌특별세 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분음 아래에서 보는 바와 같은 이유로 위법하다(원고는 청구취지에서 이 사건 농어촌특별세 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분의 취소를 구하고 있으나, 위 청구원인에 관한 주장을 하거나 그 산정근거에 관한 자료를 제출한 바 없고, 당심에 이르러서는 오히려 아래에서 보는 바와 같이 이 사건 양도소득세 부과처분에서 감면되어야 할 세액아 증액되어야 한다고 주장하고 있는 바, 농어촌특별세가 양도소득세의 감면세액에 대하여 20%의 세율로 부과되는 것임을 감안할 때, 원고는 이 사건 농어촌특별세 부과처분에 관하여는 특별히 다투지 않는 것으로 보인다).

(1) 취득가액

(가) 원고가 2005. 11. 30. 경EE로부터 이 사건 토지를 대물변제 등으로 취득한 실지거래가액은 피고가 인정한 OOOO원이 아니라 OOOO원{= (OOOO원 + OOOO원 + OOOO원 + OOOO원 - OOOO원) × 1,723㎡/1,802㎡}이고, 그 세부내역은 다음과 같다(원고는 당심에 이르러 위 OOOO원을 OOOO원으로, 위 OOOO원을 OOOO원으로 변경하여 실지거래가액을 OOOO원으로 주장하고 있으나, 원고가 이 부분 주장의 변경에 따른 청구취지의 변경을 하지 않았고, 위와 같이 변경된 주장의 취득가액은 당초 주장한 취득가액보다 적으므로 당초의 취득가액 주장에 포함되어 있는 것으로 보아 당초의 취득가액 주장을 중심으로 판단하기로 한다).

[취득가액 OOOO원의 세부내역]

● OOOO원 : 원고가 경EE를 상대로 제기한 서울지방법원 96가단233 대여금청구 사건에서 1996. 4. 23. 선고되어 그 무렵 확정된 판결에서 지급을 명한 1990. 2. 2.자 대여금 OOOO원 및 이에 대한 1996. 2. 11.부터 2005. 11. 29.까지의 이자 OOOO원의 합계액(OOOO원의 대여일은 1990. 2. 2 이고, OOOO원의 대여일은 1990. 3. 6.임)

● OOOO원 : 원고가 1990. 3. 6. 경EE에게 대여한 OOOO원 및 이에 대한 1990. 3. 7.부터 2005. 11. 29.까지의 이자 OOOO원의 합계액

● OOOO원 : 원고가 1990. 2. 3. 경EE로부터 액면금 OOOO원 및 OOOO원의 각 어음공정증서를 받고 경EE에게 대여한 금원

● OOOO원 : 원고가 분할 전 토지 1,802㎡를 취득할 때 경EE에게 추가로 지급한 대금

● OOOO원 : 1996. 1. 10. 수용되어 2002. 6. 5. 이 사건 토지의 분할 전 토지 2,790㎡에서 분할된 OO리 245-2 전 988㎡에 관하여 원고가 압류・전부받아 추심한 수용보상금

(나) 설령 그렇지 않다 하더라도 원고가 이 사건 토지를 취득한 실지거래가액이 확인되지 않는 경우이므로 그 취득가액은 「소득세법」 제114조 제5항 및 같음 법 시행령 제176조의2 제2항에 의한 환산가액으로 산정하여야 한다.

(2) 필요경비

이 사건 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비는 피고가 인정한 OOOO원이 아니라 OOOO원(= OOOO원 + OOOO원 + OOOO원)이며, 그 세부내역은 다음과 같다.

[필요경비 OOOO원의 세부내역]

● OOOO원 : 위 OO리 245-2 전 988㎡가 수용되자 월고가 경EE에 대한 채권을 확보하기 위하여 수용보상금 청구채권의 압류 등에 지출한 비용

● OOOO원 : 원고가 분할 전 토지 1,802㎡를 취득할 때 납부한 등록세 및 취득세

● OOOO원 : 원고가 이 사건 토지를 경DD에게 매도할 당시 소개비로 지급한 금원

(3) 감면세액

순번 1, 2 기재 토지의 현금보상양도에 따른 과세표준은 OOOO원(= OOOO원 × OOOO원/OOOO원)이고, 채권보상양도에 따른 과세표준은 OOOO원(= OOOO원 × OOOO원/OOOO원)이므로, 현금보상에 따른 감면세액은 OOOO원(= 산출세액 OOOO원 × OOOO원/OOOO원 × 0.2)이고, 채권보상양도에 따른 감면세액은 OOOO원(= 산출세액 OOOO원 × OOOO원/OOOO원 × 0.25)이어서 감면세액의 합계는 피고가 인정한 OOOO원이 아니라 OOOO원이 된다.

(4) 예정신고 납부세액 공제

피고가 이 사건 양도소득세 부과처분을 하면서 예정신고납부세액 공제액을 OOOO원으로 하여 산정하였으나, 「소득세법」 제108조에 따른 예정신고납부세액 공제액은 OOOO원(=산출세액에서 감면세액을 차감한 세액 OOOO원 × OOOO원/OOOO원 × 5/100)이 된다.

(5) 가산세

납부불성실 가산세는 피고가 산정한 OOOO원이 아니라 OOOO원(=차가감 미납세액 OOOO원× 3/10,000 × 158일)이 된다.

나. 피고의 주장

취득가액, 필요경비, 예정신고 납부세액 공제 및 가산세에 관한 원고의 주장은 모두 근거가 없고, 감면세액에 관한 원고의 주장이 일부 이유가 있다 하더라도 이 사건 토지의 양도소득금액에 합산되어야 할 순번 1, 2 기재 토지의 양도소득금액이 피고가 이 사건 처분에서 계산한 OOOO원이 아니라 OOOO원이므로 위 OOOO원의 양도소득금액을 합산하여 계산한 정당한 세액은 이 사건 처분의 양도소득세액 및 농어촌특별세액을 초과하게 되므로 총액주의 원칙에 따라 이 사건 처분은 적법하다.

3. 양도소득금액

가. 순번 1, 2 기재 각 토지의 양도소득금액

이 사건 토지 및 순번 1, 2 기재 각 토지가 2010년에 매도 또는 수용된 사실은 위에서 본 바와 같으므로 순번 1, 2 기재 각 토지의 양도소득금액과 이 사건 토지의 양도소득금액을 합산한 양도소득금액에 대하여 2010년 귀속 양도소득세가 부과되는바, 순번 1, 2 기재 토지의 정확한 양도소득금액은 이 사건 처분에서 계산한 OOOO원이 아니라 OOOO원이라는 피고의 주장에 관하여 먼저 살펴본다.

양도가액의 경우, 순번 1 기재 토지의 수용보상금액이 OOOO원, 순번 2 기재 토지의 수용보상금액이 OOOO원인 사실은 위에서 본 바와 같으므로 순번 1, 2 기재 토지의 양도가액 합계는 OOOO원이 된다.

취득가액의 경우, 순번 1 기재 토지가 OOOO원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 순번 2 기재 토지가 OOOO원(=분할 전 토지 1,802㎡의 매매가액 OOOO원 × 79㎡/1,802㎡)인 사실은 위에서 본 바와 같으므로 순번 1, 2 기재 토지의 취득가액 합계는 OOOO원이 된다.

필요경비의 경우, 순번 1 기재 토지가 OOOO원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 순번 2 기재 토지가 OOOO원(=분할 전 토지 1,802㎡를 취득할 때 납부한 등록세 및 취득세 OOOO원 × 79㎡/1,802㎡)인 사실은 아래 나.의 (2)에서 보는 바와 같으므로 순번 1, 2 기재 토지의 필요경비 합계는 OOOO원이 된다.

장기보유특별공제액의 경우, 순번 1 기재 토지가 OOOO원, 순번 2 기재 토지가 OOOO원인 사실은 당사자 사이에서 다툼이 없는 것으로 보이므로 순번 1, 2 기재 토지의 장기보유특별공제액 합계는 OOOO원이 된다.

따라서 순번 1 기재 토지의 양도소득금액은 OOOO원([별지] 순번 1 토지 부분 양도소득금액 계산 참조), 순번 2 기재 토지의 양도소득금액은 OOOO원([별지] 순번 2 토지 부분 양도소득금액 계산 참조)이 되어 순번 1, 2 기재 토지의 양도소득금액은 합계 OOOO원이 된다. 따라서 이 부분 피고의 주장은 이유 있다.

나. 이 사건 토지의 양도소득금액

(1) 취득가액

(가) 매매당사자들이 작성하여 시장 ・ 군수 등의 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되고, 그 계약서가 실제와 달리 작성되었다는 점은 주장자가 입증하여야 한다(대법원 1993. 4. 9 선고 93누2353 판결 등 참조).

(나) 위 각 증거 및 갑 제4, 9호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 살펴본 사정은 다음과 같다.

▪ 원고는 1997. 6 경 압류 및 전부명령을 통하여 OO리 245-2 전 988㎡에 대한 토지수용보상금 OOOO원을 수령하였는데, 위 압류 및 전부명령의 집행권원은 집행력 있는 판결정본(서울지방법원 96가단233)이었다. 그런데 위 토지수용보상금은 그 수령일까지 발생한 원고의 경EE에 대한 위 판결금채권 중 이자 내지 지연손해금(1996. 2. 11.부터 1997. 6. 11.까지 약 OOOO원이다)에 충당된 후 원금 중 일부에도 충당된 것으로 보인다. 그런데 원고가 위 원금의 변제충당을 계산함이 없이 위 판결금채권 전액이 분할 전 토지 1,802㎡의 총 매수대금 OOOO원에 포함되고 여기서 토지수용 보상금을 차감해야 종국적인 매수대금이 된다고 주장하는 것은 타당하지 않다.

▪ 원고가 주장하는 채권액 OOOO원은 1990. 3. 6.자 대여금 OOOO원(변제일 1990. 4. 5.)과 그 이자 내지 지연손해금이라는 것인데, 원고가 1996년에 제기한 위 대여금청구 소송에서 이를 제외하였다는 것은 상식적으로 납득이 가지 않는다. 따라서 원고가 주장하는 OOOO원의 대여금채권이 위 판결금채권과 별도로 실제로 존재한 것인지 의심스럽다.

▪ 원고가 주장하는 OOOO원의 대여금채권은 1990. 2. 3.자 대여금의 원금이라는 것인데, 당초 소장에서는 원고가 주장하지 않았다가 2012. 5. 4.자 준비서면에서 비로소 주장하였고, 원고가 1996년에 제기한 대여금청구 소송에서 이를 제외하였다는 것은 상식적으로 납득이 가지 않는 점 등을 감안할 때, 위 OOOO원의 대여금채권 역시 위 판결금채권과 별도로 실제로 존재한 채권인지 의심스럽다.

▪ 원고는 위 검인계약서를 제외하고는 분할 전 토지 1,802㎡를 취득할 당시 대물변제계약서 또는 그에 준하는 채무정산자료를 보유하고 있지 않는 것으로 보인다.

▪ 갑 제5호증의 1, 2의 각 기재만으로는 원고가 분할 전 토지 1,802㎡를 취득할 당시 대물변제로 소멸하는 채권 외에 별도로 OOOO원을 지급하였음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

▪ 원고는 위 검인계약서가 실제와 달리 작성되었다는 점에 관한 구체적인 주장이나 입증자료를 제시하지 못하고 있다.

(다) 위와 같은 사정을 종합해 보면, 이 사건 토지의 취득 당시 실지거래가액은 위 겸인계약서상 이 사건 토지 부분에 대한 매매가액인 OOOO원(= OOOO원 × 1,723㎡/1,802㎡)으로 봄아 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(라) 환산가액 적용 여부

위에서 본 바와 같이 이 사건 토지의 취득 당시 실지거래가액은 위 검인계약서의 매매금액을 면적비율로 안분한 OOOO원(= OOOO원 × 1,723㎡/1,802㎡)으로 봄이 타당하므로, 이 사건 토지를 취득한 실지거래가액이 확인되지 않는 경우라고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 필요경비

이 사건 토지의 분할 전 토지 2,790㎡ 중 OO리 245-2 전 988㎡가 1996. 1. 10. 수용되자 원고가 경EE에 대한 채권을 확보하기 위하여 수용보상금채권의 압류 등에 소요하였다는 비용은 원고가 이 사건 토지를 취득하기 훨씬 전인 1996. 1.경 자신의 대여금채권을 보전하기 위하여 지출한 것이므로 이 사건 토지에 관한 필요경비로 인정할 수 없다.

분할 전 토지 1,802㎡를 취득할 때 납부한 등록세 및 취득세 OOOO원 중 이 사건 토지에 관한 부분은 면적비율로 안분한 OOOO원(= OOOO원 × 1,723㎡/1,802㎡)이라고 할 것인바, 피고가 여기에다 이 사건 토지에 관한 매매계약의 소개비 OOOO원을 합한 OOOO원을 이 사건 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비로 인정한 것은 정당하다고 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4. 양도소득세액 및 농어촌특별세액

가. 양도소득세액의 산출

(1) 감면세액

(가) 「조세특례제한법」 제77조 제1항은, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득 (제3호)으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2012. 12. 31. 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20(토지 등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 25로 한다)에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다.

한편 「소득세법」 제90조 제1항은, 감면소득금액이 있을 때에는 제92조 제2항에 따른 양도소득과세표준에 제104조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액에, 해당 감면소득금액에서 제103조 제2항에 따른 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 감면한다고 규정하고 있다.

(나) 순번 1 및 2 기재 토지는 위에서 본 바와 같이 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 등에 의하여 BBB공사 또는 CCC공사에 수용된 토지이AM로 「조세특례제한법」 제77조 제1항 제3호에 해당하고, 현금보상과 채권보상 분에 대한 세액감면은 수용토지의 산출세액에 한정하여 적용되는데, 순번 1 기재 토지에 대한 현금보상액이 OOOO원, 채권보상액이 OOOO원이고, 순번 2 기재 토지에 대하여는 현금보상액만 OOOO원인 사실은 위에서 본 바와 같다.

(다) 따라서 순번 1 및 2 기재 토지의 수용에 따른 양도소득세액을 산정함에 있어서, 현금보상분에 대한 감면세액은 OOOO원{= (수용토지분 산출세액 OOOO원 × 현금보상분 양도소득금액 OOOO원/수용토지분 양도소득금액 OOOO원) × 0.2}, 채권보상분에 대한 감면세액은 OOOO원{= (수용토지분 산출세액 OOOO원 × 채권보상분 양도소득금액 OOOO원/수용토지분 양도소득금액 OOOO원) × 0.25}이 되므로 세액감면 합계액은 OOOO원이 된다. 따라서 감면세액에 관한 원고의 주장은 위 인정범위 내에서 일부 이유 있다.

(2) 예정신고 납부세액 공제

양도소득세 예정신고 납부세액 공제제도의 취지가 양도소득세의 사전납부에 따른 이자상당액을 보상하고 자진납부를 유도하려는데 있는 점에 비추어 보면, 납세의무자가 양도소득세 예정신고 시에 납부할 양도소득세액 중 일부만을 자진납부한 경우의 예정신고납부세액의 공제는 자진납부한 세액에 상응하는 양도소득금액을 기준으로 계산하여야 할 것이다(대법원 1997. 7. 25. 선고 97누386 판결 참조).

을 제4호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 2010. 8. 23.에 피고에게 2010년 귀속 양도소득세 예정신고를 하면서 OOOO원을 자진납부한 사실 및 피고가 이 사건 양도소득세액을 계산함에 있어서 원고가 예정신고에 따라 실제로 납부한 위 OOOO원에 상응하는 양도소득금액에 대한 산출세액인 OOOO원(= OOOO원 ÷ 0.95)에 공제율을 적용한 OOOO원(= OOOO원 × 0.05)을 예정신고 납부세액으로 공제한 사실을 인정할 수 있는바, 위 법리에 비추어 보면, 피고의 위와 같은 예정신고 납부세액 공제는 정당하다고 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) 정당한 세액의 계산 및 그에 따른 가산세

" 위 인정사실을 기초로 하여 원고가 아 사건 토지 및 순번 1, 2 기재 토지의 양도와 관련하여 납부해야 할 양도소득세를 계산하면, [별지]정당한 세액'란 기재와 같이 양도소득세 OOOO원 및 그에 따른 가산세 OOOO원의 합계 OOOO원이 되고, 이는 이 사건 양도소득세 부과처분의 세액을 초과하므로 과세처분 취소소송에 있어서의 총액주의 원칙에 따라 아 사건 양도소득세 부과쳐분은 위법하다고 볼 수 없다(따라서 이와 다른 전제에서 납부불성실 가산세가 OOOO원이라는 원고의 주장은 이유 없다).", 나. 농어촌특별세액의 산출

" 위에서 본 바와 같은 양도소득세의 감면세액을 기초로 하여 원고가 납부해야 할 농어촌특별세를 계산하면, [별지]정당한 세액'란 기재와 같이 OOOO원이 되고, 이는 이 사건 농어촌특별세 부과처분의 세액을 초과하므로 과세처분 취소소송에 있어서의 총액주의 원칙에 따라 이 사건 농어촌특별세 부과처분도 위법하다고 볼 수 없다.",5. 결론

그렇다면 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같아하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.