구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제113조 제1항 은 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 규정하고 있고, 구 법인세법 제113조 제4항 및 구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제156조 의 위임에 따라 구분경리의 방법을 정하고 있는 법인세법 시행규칙 제76조 는 제3항 에서 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 자산가액은 자본의 원입으로 경리하고 시가에 의하도록 하는 한편, 제4항 (이하 ‘ 쟁점 조항’이라 한다)에서 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 하되, 그 후문에서 ‘ 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호 의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.’고 규정하고 있으며, 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제74조 제1항 제1호 는 적용법인 중 하나로 사립학교법에 의한 학교법인(이하 ‘사립학교법인’이라 한다)을 들고 있다.

갑 사립학교법인이 부동산 임대사업으로 사용하던 부동산을 학교 운영시설로 사용하기 위하여 고유목적사업에 전입하면서 부동산의 시가와 장부가액의 평가차익을 자산의 임의평가차익으로 보아 익금불산입하였는데, 과세관청이 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문을 근거로 평가차익을 고정자산의 처분이익으로 보아 법인세 부과처분을 한 사안에서, 평가차익은 과세대상이 되는 고정자산의 처분이익에 해당하지 아니하고, 이때 고유목적사업준비금과 상계하는 자산가액은 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우와 마찬가지로 시가에 의하여야 한다는 이유로, 처분이 위법하다고 한 사례

구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제113조 제1항 (현행 제113조 제1항 참조), 제4항 (현행 제113조 제6항 참조), 구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제156조 , 법인세법 시행규칙 제76조 제3항 , 제4항 , 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제74조 제1항 제1호

학교법인 용문학원 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 강석훈 외 4인)

성북세무서장 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 김필용 외 3인)

서울고법 2015. 12. 10. 선고 2015누36449 판결

상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제113조 제1항 은 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 규정하고 있고, 구 법인세법 제113조 제4항 및 구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제156조 의 위임에 따라 구분경리의 방법을 정하고 있는 법인세법 시행규칙 제76조 는 제3항 에서 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리하고 시가에 의하도록 하는 한편, 제4항 (이하 ‘이 사건 쟁점 조항’이라 한다)에서 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 하되, 그 후문에서 ‘ 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호 의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.’고 규정하고 있으며, 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제74조 제1항 제1호 는 그 적용법인 중 하나로 사립학교법에 의한 학교법인(이하 ‘사립학교법인’이라 한다)을 들고 있다.

원심은 그 채택 증거에 의하여, 사립학교법인인 원고가 2007 사업연도 말에 부동산 임대사업으로 사용하던 이 사건 부동산을 학교 운영시설로 사용하기 위하여 고유목적사업에 전입하면서 이 사건 부동산의 시가와 장부가액의 평가차익(이하 ‘이 사건 평가차익’이라 한다)을 자산의 임의평가차익으로 보아 익금불산입한 사실, 이에 피고는 이 사건 쟁점 조항 후문을 근거로 이 사건 평가차익을 고정자산의 처분이익으로 보아 이 사건 법인세 부과처분을 한 사실 등을 인정하였다.

그런 다음 원심은, ① 이 사건 쟁점 조항 후문은 사립학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 본다는 것인데, 여기서의 ‘지출’은 그 문언 해석상 손익거래와 관계없는 자본원입액의 반환 등으로 해석함이 상당한 점, ② 이 사건 부동산을 비영리사업회계에 전입한 것이 그 자체로 수익성을 가지거나 수익을 목적으로 한 것이라고 할 수 없고, 이 사건 평가차익을 고정자산의 처분이익으로 볼 경우 실제 처분하지 아니한 미실현이익에 대하여 과세가 되는 결과가 발생하는 점, ③ 그 평가이익을 자본조정 등의 항목으로 계상하여 당기의 손익에 반영하지 않더라도 향후 제3자에게 처분할 때에 이를 익금으로 산입할 수 있어 조세회피의 문제가 발생하지 아니하는 점, ④ 이 사건 쟁점 조항은 구분경리를 위한 규정일 뿐 미실현이익에 대한 과세의 근거 규정이 될 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 평가차익은 과세대상이 되는 고정자산의 처분이익에 해당하지 아니하고, 이때 고유목적사업준비금과 상계하는 자산가액은 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우와 마찬가지로 시가에 의하여야 한다는 이유로, 이와 다른 전제에서 피고가 한 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.

앞서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 고정자산 처분이익의 해석, 비영리사업회계 전입 자산의 고유목적사업준비금 지출가액에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이인복(재판장) 김용덕 김소영(주심) 이기택