상고를 기각한다.

상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제113조 제1항은 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 규정하고 있고, 구 법인세법 제113조 제4항 및 구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제156조의 위임에 따라 구분경리의 방법을 정하고 있는 법인세법 시행규칙 제76조는 제3항에서 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리하고 시가에 의하도록 하는 한편, 제4항(이하 ‘이 사건 쟁점 조항’이라 한다)에서 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 하되, 그 후문에서 ‘조세특례제한법 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.’고 규정하고 있으며, 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제74조 제1항 제1호는 그 적용법인 중 하나로 사립학교법에 의한 학교법인(이하 ‘사립학교법인’이라 한다)을 들고 있다.

원심은 그 채택증거에 의하여, 사립학교법인인 원고가 2007 사업연도 말에 부동산 임대사업으로 사용하던 이 사건 부동산을 학교 운영시설로 사용하기...