원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 이 사건 처분의 재량권 일탈남용 여부에 관하여(상고이유 제1점) 산업기술혁신 촉진법 제11조의2 제1항 제5호는 산업기술개발사업에 참여한 기관, 단체, 기업 등이 정부출연금을 연구개발비의 연구용도 외의 용도로 사용한 경우 산업통상자원부장관이 이미 출연한 사업비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있다고 규정(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)하고 있다.

이 사건 조항의 내용 및 취지 등에 비추어 보면, 산업통상자원부장관으로부터 환수 등 권한을 위임받은 피고에게 위 환수사유가 있는 경우 환수 여부 및 환수금액을 얼마로 정할 것인지에 관하여 재량이 부여되어 있고, 다만 이러한 재량을 행사함에 있어 사실을 오인하거나 비례평등의 원칙에 위배되는 등의 사유가 있다면 이는 재량권의 일탈남용으로서 위법하게 된다(대법원 2015. 5. 28. 선고 2015두36256 판결 등 참조). 원심판결 이유에 의하면, 원심은 제1심판결 이유를 일부 인용하여, 피고는 원고가 이 사건 정부출연금 1,108,654,000원 중 286,013,339원을 협약에 따른 사업과제 수행과 무관한 용도로 사용하여 횡령하였다며 위 정부출연금에서 이미 환수한 49,141,555원, 정산금 2,072,938원 및 원고가 납부한 기술료 133,038,480원을 뺀 나머지 924,401,027원 전액을 환수한 이 사건 처분을 한 사실을 비롯한 판시와 같은 사실을 인정한 다음, ① 원고의 대표이사가 사적으로 유용하기 위해 출연금 중 일부를 횡령한 것이 아니라 원고의 생산설비 등을 보수하는 데 사용하기 위하여 횡령한 점 등에 비추어 볼 때 횡령한 돈이 이 사건 사업과 전혀 관련 없는 데에 사용되었다고 보이지 않는 점, 원고가 이 사건 사업과제를 성공적으로 수행하여 연구개발을 마친 점 등에 비추어...