1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 A대학교(이하 ‘A대학’이라 한다)의 산학협력에 관한 업무, A대학의 시설 및 운영의 지원 등을 처리하기 위하여 설립된 법인이다.

나. 피고는 매년 전문대학 교육역량 강화사업의 일환으로 고등교육법 제7조, 국가균형발전특별법 제12조, ‘전문대학 교육역량 강화 사업 관리운영에 관한 훈령’(2010. 3. 26. 교육과학기술부 훈령 제167호, 이하 ‘훈령’이라 한다)에 따라 교육여건과 성과가 우수한 전문대학을 선정하여 국고보조금을 지급하고 있다.

원고는 2008년부터 2011년까지 전문대학 교육역량 강화사업 대상자로 선정되어, 피고로부터 국고보조금 290,023,610원을 받았다.

다. 감사원은 2012. 2. 1.부터 2012. 3. 9.까지 26개 전문대학 등을 대상으로 감사를 실시하고, “국고보조금으로 교직원의 인건비성 인센티브나 전임비전임 교원에 대한 급여를 지급할 수 없고, 전문대학 교육역량 강화사업을 위해 신규채용된 전담인력에 대한 급여만 지급할 수 있음에도, 별지 ‘인건비 지급내역’ 기재와 같이 A대학의 부속기관인 국제협력원에서 소속 직원 및 영어전담 교원으로 근무하는 B, C, D, E, F(이하 ‘B 등’이라 한다)에 대한 2009. 3.부터 2012. 2.까지 급여 합계 290,023,610원을 보조금으로 지급하였다.”는 사실을 적발하고, 2012. 7. 24. 교육과학기술부(2013. 3. 23. 피고로 개편되었다. 이하 ‘피고’라 한다)에 “보조금 교부결정을 취소하고, 원고에게 보조금 중 290,023,610원을 반환조치하라.”는 처분을 요구하였다. 라.

(1) 피고는 2012. 8. 8. 원고에게 감사결과에 따라 2012. 9. 24.까지 시정조치를 이행할 것을 통보하였다.

(2) A대학은 이에 불복하여 2012. 9. 3. 피고를 거쳐 감사원에 이의신청을 하였으나, 2012. 9. 18. "이의신청기한인 2012...