서울행정법원 2006. 10. 10. 선고 2005구합20795 판결

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제목

중복조사금지 위반여부 및 국세부과제척기간 도과여부

요지

탈세제보에 의한 세무조사는 탈루혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 기한 것으로 중복조사금지 원칙에 반하지 않고, 가공매입세금계산서 수취에 따른 대표자 상여처분에 관한 근로소득세의 부과제척기간은 10년을 적용하여야 할 것임

주문

1. 피고 ○○세무서장이 2003. 11. 10. 원고에 대하여 한 1996년 귀속 원천분 근로소득세 금 969,270,590원,1997년 귀속 원천분 근로소득세 금 465,146,130원의 징수처분을 모두 취소한다.

2. 원고의 피고 ○○세무서장에 대한 나머지 청구와 피고 ○○세무서장에 대한 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용 중 원고와 피고 ○○세무서장 사이에 생긴 부분 중 보조참가로 인한 부분은 피고 ○○세무서장의 보조참가인이, 나머지는 이를 2분하여 그 1은 원고가 나머지는 피고 ○○세무서장이 각 부담하고, 원고와 피고 ○○세무서장 사이에 생긴 부분은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

주문 제1항과 같은 판결 및 피고 ○○세무서장이 2003. 3. 3. 원고에 대하여 한 1996년 제1기 부가가치세 금 61,428,100원, 1996년 제2기 부가가치세 금 180,825,100원, 1997년 제1기 부가가치세 금 126,902,420원, 같은 해 7. 4. 원고에 대하여 한 1996 사업연도 법인세 금 843,534,950원, 1997 사업연도 법인세 금 387,292,480원의 부과처분과 피고 ○○세무서장이 2003. 3. 10. 원고에 대하여 한 1996년 제1기 부가가치세 금 18,088,060원의 부과처분을 모두 취소한다.

이유

1. 부과처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증, 갑 제52, 53호증, 갑 제55호증의 1, 2, 을 제1, 2호증의 각 1 내지 5, 을 제3 내지 7호증, 을 제8호증의 1, 2, 3, 을 제9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고 회사는 1995. 10. 23. '○○○○ 주식회사'라는 상호로 반도체 부품 제조 등을 목적으로 설립된 회사로서, 설립 이후 상호, 본점소재지 및 대표이사의 변경내역은 다음 표와 같다.

순번

상 호

변경일자

○○○○ 주식회사

주식회사 ○○○○○○

1998. 3. 4.

주식회사 ○○○○○○

1998. 9. 29.

[상호]

※ 이 사건 변론 종결 이후인 2006. 8. 31. 주식회사 ○○○으로 상호가 변경되었다.

순번

본점 소재지

변경일자

○○ ○○구 ○○동 ○○번지

1996. 12. 19.

○○ ○○구 ○○동 ○○번지

1997. 12. 15.

○○ ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지

2004. 12. 31.

[본점소재지]

※ 이 사건 변론종결 이후인 2006. 9. 5. '○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지로 본점이 이전되었다.

순번

성명

재임기간

조○○

1995. 10. 23. ~ 1997. 1. 3. / 1997. 2. 4. ~ 2005. 1. 3./

김○○

1997. 1. 3. ~ 1997. 2. 4.

양○○

2005. 1. 4.~ 2005. 9. 14.

안○○

2006. 3. 6. ~ 현재까지

[대표이사]

나. ○○지방국세청장은 2000. 3. 16.부터 같은 해 5. 29.까지 원고 회사의 1996 ~ 1999 사업연도에 대한 세무조사를 실시하였고(이하 '이 사건 1차 세무조사'라 한다), 그 후 원고 회사 전 대표이사 김○○{아래에서 보는 바와 같이 원고 회사를 설립한 주식회사 ○○(이하 '소외 회사'라 한다)의 전 대표이사로서 조○○의 매부인 피고 ○○세무서장의 보조참가인(이하 '참가인'이라 한다)의 동생이다}으로부터 관련 자료가 첨부된 탈세제보를 받고 2002. 6. 20.부터 같은 해 9. 30.까지 원고 회사에 대한 특별세무조사(이하 '이 사건 2차 세무조사'라 한다)를 실시하였다.

다. ○○지방국세청장은 이 사건 2차 세무조사 결과, 원고 회사가 1996년 제1기 내지 1997년 제1기 과세기간 중 주식회사 ○○○○ 등 6개 업체로부터 본점(원고 회사의 본점 소재지가 위 ○○ ○○구 ○○동 ○○번지 ○○ ○○구 ○○동 ○○번지이었던 당시를 의미한다) 명의로 공급가액 합계 금 2,839,658,750원(1996년 제1기 472,523,900원, 1996년 제2기 1,390,962,350원, 1997년 제1기 976,172,500원)의 가공매입세금계산서와 1996년 제1기에 ○○ ○○군 ○○면 ○○리 ○○소재 명의로 공급가액 금 139,138,938원의 가공매입세금계산서를 수취하여, 당해 과세기간의 부가가치세를 신고함에 있어 그 매입세액을 공제하고, 공급가액을 각 사업연도 법인세 신고서 손금에 산입한 사실을 적발하고, 피고들에게 이를 과세자료로 통보하였다.

라. 이에 피고들은 위 가공세금계산서의 매입세액 공제를 부인하고, 그 공급가액을 손금불산입하여 원고 회사에 대하여, 피고 ○○세무서장은 2003. 3. 3. 1996년 제1기 부가가치세 금 61,428,100원, 1996년 제2기 부가가치세 금 180,825,100원, 1997년 제1기 부가가치세 금 126,902,420원 합계 금 369,155,620원 및 2003. 7. 4. 1996 사업연도 법인세 금 843,534,950원, 1997 사업연도 법인세 금 387,292,480원 합계 금 1,230,827,430원을 각 부과하였고, 피고 ○○세무서장은 2003. 3. 10. 1996년 제1기 부가가치세 금 18,088,060을 부과하였다(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다).

마. 한편, 피고 ○○세무서장은 위 세무조정에 따라 발생한 원고 회사의 소득차액을 사외로 유출한 귀속불분명 소득으로 보아, 이를 1996년 제1기 내지 1997년 제1기 사이에 원고 회사 대표이사로 재직하였던 조○○과 김○○에게 각 재직기간으로 안분하여 인정상여로 처분하여, 2003. 7. 3. 원고 회사에 대하여 조○○의 1996년분 금 2,202,887,717원, 1997년분 금 984,307,271원, 2003. 8. 11. 김○○의 1997년분 금 89,482,479원에 대한 각 소득금액변동통지를 하였고, 원고 회사가 이에 대한 근로소득세를 징수·납부하지 아니하자, 2003. 11. 10. 원고 회사에 대하여 1996년분 원천징수 소득세 금 969,270,590원, 1997년 원천징수 소득세 금 465,146,130원 합계 금 1,434,416,720원을 징수·고지하였다(이하 '이 사건 징수처분'이라 한다).

바. 원고 회사가 이 사건 부과·징수처분에 불복하여 국세심판원에 제기한 심판청구 내역과 그 결과는 다음과 같다.

처분청

부과·징수처분

심판청구일

심판결정일

심판결과

피고

○○세무서장

2003. 3. 3.자 부가가치세

2003. 9. 26.

(이의신청을 거침)

2005. 4. 6.

청구 기각

2003. 7. 4.자 법인세

2003. 9. 26.

2003. 11. 10.자 근로소득세

2003. 11. 28.

종전 심판청구

취지에 추가

피고

○○세무서장

2003. 3. 10.자 부가가치세

2003. 9. 23.

2005. 4. 11.

청구 기각

2. 이 사건 부과·징수처분의 적법 여부

가. 원고 회사의 주장

(1) ○○지방국세청장은 이 사건 부과처분과 동일한 과세연도, 세목 및 과세목적물에 대하여 이미 이 사건 1차 세무조사 당시 원고 회사가 가공세금계산서를 수취한 사실을 적발하였음에도 그에 대한 과세처분을 하지 않고 있다가, 갑자기 2년이 경과한 후 특별한 사정변경이 없었음에도 다시 이 사건 2차 세무조사를 실시하였는바, 이는 구 국세기본법(2002. 12. 18. 법률 제6782호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법'이라 한다) 제81조의 3 및 구 국세기본법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17830호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법 시행령'이라 한다) 제63조의 2 소정의 중복조사 금지의 원칙에 반하므로, 위법한 이 사건 2차 세무조사를 근거로 하는 이 사건 부과·징수 처분은 위법하다.

(2) 피고 ○○세무서장은 위 세무조정 결과 발생한 1996년 제1기 내지 1997년 제1기 사이의 소득차액을 귀속불분명 소득으로 보아 조○○과 김○○에게 인정상여로 처분한 다음 이 사건 징수처분을 하였는데, 국세기본법 제26조의 2 제1항 제3호에 따라 원천징수 소득세의 부과제척기간은 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년이고, 조○○과 김○○의 상여로 인한 갑근세 최종 신고기한은 1998. 2. 10.이므로, 그로부터 5년 이상이 경과한 2003. 11. 10.고지된 이 사건 징수처분은 원천징수 근로소득세가 부과제척기간의 도과로 소멸한 이후의 징수처분으로서 위법하다.

(3) 피고 ○○세무서장은 원고 회사의 1996년 제1기 내지 1997년 제1기 사이의 대표자를 조○○과 김○○이라고 보았으나, 조○○은 명목상 대표이사에 불과하고, 실제위 기간 동안 원고 회사를 실질적으로 경영한 사람은 참가인이다. 따라서, 위 가공매입세금계산서의 수취에 따른 가공원가 계상분의 소득차액은 참가인에게 귀속되었다고 보아야 하므로, 조○○과 김○○이 원고 회사의 실질적 대표자임을 전제로 하는 이 사건징수처분은 위법하다.

나. 관계법령

○ 국세기본법 제14조 (실질과세)

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

○ 국세기본법 제26조의 2(국세부과의 제척기간)

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

○ 국세기본법 제27조 (국세징수권의 소멸시효)

① 국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리는 이를 행사할 수 있는 때로부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다.

○ 국세기본법 제81조의 3 (중복조사의 금지)

세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재경정·재조사를 할 수 없다. (2002. 12. 18. 법률 제6782호로 개정되기 전의 것)

○ 국세기본법 시행령 제12조의 3 (국세부과제척기간의 기산일)

① 법 제26조의 2 제4항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음날. 이 경우 중간예납·예정신고 및 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.

② 다음 각호의 날은 제1항의 규정에 불구하고 국세를 부과할 수 있는 날로 한다.(2003. 12. 30. 대통령령 제18172호로 개정되기 전의 것)

1. 원천징수의무자 또는 납세조합에 대하여 부과하는 국세에 있어서는 당해 원천징수세액 또는 납세조합징수세액의 법정납부기한의 다음날

○ 국세기본법시행령 제63조의 2(중복조사의 금지)

법 제81조의 3에서 "기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우" 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. (2002. 12. 30. 대통령령 제17830호로 개정되기 전의 것)

1. 부동산투기·매점매석·무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세협의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사난 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의4 및 법 제81조의 7의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우

○ 구 법인세법 제32조 (결정과 경정)

⑤ 제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다. (1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것)

○ 구 법인세법 시행령 제94조의2 (소득처분)

① 법 제32조 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. (1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것)

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여·배당·기타소득·기타 사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(출자자인 임원과 그와 제46조의2 제3항의 특수관계에 있는 주주가 소유하는 주식 또는 출자지분을 합하여 당해 법인의 총 발행주식 또는 총 출자지분의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그자를 대표자로 하고, 조세감면규제법 제36조 제5항 및 제40조의 5 제6항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 출자자인 이사 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로 한다.

○ 소득세법 제70조 (종합소득 과세표준확정신고)

① 당해연도의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 소득세법 제127조 (원천징수의무)

① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각호의 1의 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자는 이 절의 규정에 의하여 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다. (1998. 12. 28. 법률 제5580호로 개정되기 전의 것)

4. 갑종에 속하는 근로소득금액

○ 소득세법 제128조 (원천징수세액의 납부)

원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 원천징수 관할세무서·한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 다만, 상시고용인원수 및 업종 등을 참작하여 대통령령이 정하는 원천징수의무자는 근로소득에 대하여 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 분기의 마지막 달의 다음달 10일까지 납부할 수 있다. (1998. 12. 28. 법률 제5580호로 개정되기 전의 것)

○ 소득세법 시행령 제192조 (소득처분에 의한 배당·상여 및 기타소득의 지급시기 의제)

① 법인세법에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당·상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일 내에 재정경제부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우 또는 당해 법인이 국세징수법 제86조 제1항 제1호·제2호 및 제4호의 규정에 해당하는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다. (2005. 2. 19. 대통령령 제 18705호로 개정되기 전의 것)

② 제1항의 경우에 당해 배당·상여 및 기타소득은 그 통지서를 받은 날에 지급하거나 회수한 것으로 본다.

③ 법인의 소득금액을 신호함에 있어서 법인세법 시행령 제106조의 규정에 의하여 처분되는 배당·상여 및 기타소득은 당해 법인이 법인세 과세표준 및 세액의 신고기일에 지급한 것으로 본다. (2005. 2. 19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것).

다. 인정사실

앞서 든 각 증거와 갑 제3호증의 1, 2, 3, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제5, 6호증의 각 1, 2, 3, 갑 제7, 8호증, 갑 제9, 10호증의 각 1, 2, 갑 제11 내지 14호증, 갑 제15호증의 1, 2, 3, 갑 제16, 17호증, 갑 제18호증의 1, 2, 3, 갑 제19호증의 1, 2, 갑 제20, 21호증, 갑 제 22호증의 1 내지 5, 갑 제23, 24호증의 각 1, 2, 갑 제25호증의 1 내지 4, 갑 제26호증, 갑 제27, 28, 29호증의 각 1, 2, 3, 갑 제30호증, 갑 제31, 32호증의 각 1 내지 4, 갑 제33호증, 갑 제34호증의 1, 2, 갑 제35호증의 1, 2, 3, 갑 제36, 37,호증, 갑 제38호증의 1, 2, 갑 제39호증의 1 내지 4, 갑 제40호증의 1 내지 14, 갑 제41호증, 갑 제42호증의 1 내지 4, 갑 제43호증, 갑 제44호증의 1 내지 4, 갑 제45호증, 갑 제46호증의 1, 2, 3, 갑 제47호증의 1, 2, 갑 제48 내지 51호증, 갑 제54호증의 1, 2, 3, 갑 제 55호증의 1, 2, 갑 제57호증(을 제17호증의 1, 2와 같다), 갑 제58, 59호증, 갑 제60호증의 1 내지 4, 갑 제61, 62호증, 갑 제63호증의 1 내지 5, 갑 제64 내지 70호증, 갑 제71호증의 1, 2, 을 제11호증, 을 제12호증의 1 내지 4, 을 제13호증, 을 제14호증의 1, 2, 을 제15, 16호증, 을 제20호증의 각 기재와 증인 김○○(참가인)의 일부 증언(뒤에서 믿지 않는 부분 제외)에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정 할 수 있다.

(1) 소외 회사의 설립, 운영 및 조세포탈 경위

㈎ 소외 회사는 참가인과 조○○경이 1987. 6. 23. 설립한 회사로서 반도체 클린룸(clean room) 특수바닥재 제조업 등을 영위하였고, 법인등기부상 1987. 6. 23.부터 1996. 12. 31.까지는 조○○이, 1997. 1. 1. 이후에는 김○○이 대표이사로 재임하였다.

㈏ 그런데 소외 회사의 업무집행에 관한 최종결재권은 참가인이 보유하고 있었고, 소외 회사의 자금관리도 참가인이 주도하였으며, 반면 조○○은 소외 회사에서 이사의 직함으로 대외적인 영업업무만을 담당하였다.

한편, 소외 회사의 거래대금은 회사 계좌에 입금된 후 수일 내에 소외 회사의 임 · 직원 및 참가인 친 · 인척 명의의 차명계좌를 거쳐 참가인 등의 계좌로 입금되었다.

㈐ 소외 회사는 1995 ~ 2001 사업연도에 걸쳐 주식회사 ○○○○ 외 26개 업체로부터 금 10,331,942,292원 및 과세특례자로부터 금 37,382,000원의 가공매입세금계산서를 수취하여 당해 과세기간의 부가가치세를 신고함에 있어 그 매입세액을 공제하고, 공금가액을 각 사업연도 법인세 신고시 손금에 산입하였으며, 참가인의 아들인 김○○에게 1996 ~ 2001 사업연도에 걸쳐 합계 금 105,870,200원의 급여를 지급한 것처럼 허위로 회계처리하고, 이를 당해 사업연도 법인세 신고시 손금에 산입하였다.

㈑ 이에 ○○세무서장은 2003. 8. 5. 소외 회사에 위 가공매입세금계산서 및 가공 급여 부분을 손금불산입하여 1998 ~ 2000 사업연도 법인세 합계 금 691,721,950원을 부과하고, 위 가공세금계산서와 가공급여에 따른 각 사업연도 소득차액을 소외 회사의 실질적 대표자인 참가인에게 인정사여로 소득처분하여 소외 회사에 소득금액변동통지를 하였으며, 이에 소외 회사는 그에 따른 소득세를 징수 · 납부하였다.

㈒ ○○○○지방법원은 2003. 10. 14. 2003고합751호로 ① 참가인이 1995. 1. 31.부터 같은 해 12. 30.까지 주식회사 ○○○○로부터 총 17차례에 걸쳐 합계 금 1,927,501,770원의 가공매입세금계산서를 수취하여 법인세 금 578,250,531원을 포탈하고, ② 참가인, 김○○이 공동하여 1997. 1. 10.부터 같은 해 12. 17.까지 주식회사 ○○○○ 등으로부터 총 34차례에 걸쳐 합계 금 2,950,914,050원의 가공매입세금계산서를 수취하여 법인세 금 826,255,934원을 포탈하였다는 공소사실에 대하여 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률위반(조세)죄 등을 인정하여 참가인에게 징역 2년 6월에 집행유예 3년 및 벌금 15억원, 김○○에게 징역 2년 6월 및 벌금 9억원을 각 선고하였고(김○○에 대하여는 위 범죄사실 이외에 뇌물공여죄가 추가로 인정되었다), 위 판결은 그 항소심인 ○○고등법원이 2004. 2. 6. 선고 2003노2992호로 항소를 기각하고, 상고심인 대법원이 2005. 7. 28. 선고 2004도1557호로 상고를 기각함으로써 그대로 확정되었다.

㈓ ○○지방법원은 2006. 7. 13. 2005구합1805, 2005구합2549호로 소외 회사가 피고 ○○세무서장을 상대로 제기한 법인세부과처분취소 및 근로소득원천징수세 환급거부처분취소 사건에서 소외 회사의 실질적 대표자는 참가인으로서 피고 ○○세무서장이 위 가공매입세금계산서 및 가공급여에 따른 소득차액을 참가인에게 인정사여로 처분하고 소외 회사에 소득금액변동통지를 하여 근로소득세를 원천징수하도록 한 것은 적법하다는 등의 이유로 소외 회사의 청구를 기각하였다(현재 ○○고등법원 2006누1874, 2006누1904호로 항소심이 진행중이다).

(2) 원고 회사 설립 및 운영 경위

㈎ 소외 회사는 회사의 자산규모가 커짐에 따라 관할세무서가 ○○세무서에서 ○○지방국세청으로 이관될 상황에 이르자 회사를 분리하여 ○○세무서의 관할을 유지하기로 하고, 1995. 10. 23. 자본금 2억원(발행주식 4만주, 액면금 5,000원)을 출자하여 원고 회사를 설립하였으나, 발행주식은 형식상 조○○ 외 7명(모두 소외 회사의 직원들이다) 명의로 분산시켜 두었다.

주주명

1995. 10. 23.기준

1995. 12. 31.기준

1996. 12. 31.기준

1997. 12. 31.기준

조○○

12,000주(30%)

42,000주(30%)

권○○

8,000주(20%)

28,000주(20%)

최○○

8,000주(20%)

김○○

6,000주(15%)

21,000주(15%)

진○○

2,000주(5%)

6,000주(15%)

21,000주(15%)

김○○

2,000주(5%)

4,000주(10%)

14,000주(10%)

황○○

1,600주(4%)

4,000주(10%)

14,000주(10%)

박○○

400주(1%)

심○○

28,000주(20%)

성○○

21,000주(15%)

정○○

28,000주(20%)

발행 주식수

40,000주

140,000주

원고

회사가 설립된 이후 발행 주식의 보유현황은 다음 표와 같다(괄호는 지분율).

㈏ 원고 회사는 설립 당시 소외 회사와 같은 사무실을 사용하면서, 업무집행 및 자금지급에 대하여는 참가인이 최종결재권을 행사하였고, 조○○은 소외 회사와 동일하게 영업이사의 직함으로 대외적인 영업업무만을 담당하였다.

한편, 원고 회사가 1995. 10. 23., 1996. 3. 26. 및 1997. 1. 3. 개최한 이사회 회의록에는 조○○이 이사회 의장으로 서명 · 날인하였고(위 의사록에 원고 회사 이사로 서명 · 날인한 권○○, 최○○, 김○○는 모두 소외 회사 임 · 직원이다), 1997. 1. 6. 주식회사 ○○○○과 사이에 '○○○○○○공장 신축공사 중 도장공사'와 관련하여 체결한 시공계약서에는 조○○이 원고 회사 대표이사로 기재되어 있으며, 1997. 3. 31. 개최된 원고 회사 정기주주총회 의사록에도 조○○이 총회 의장으로서 서명 · 날인하였다.

㈐ 그런데 조○○은 참가인이 자신의 영업실적에 상응한 처우를 해주지 않자 이에 불만을 품고 1997. 1. 3. 법인등기부상 원고 회사 대표이사직을 사임하였고, 이에 참가인은 조○○에게 원고 회사 경영권을 이전시켜 주겠다고 제의하였다(조○○은 같은 해 2. 4. 다시 원고 회사 대표이사로 취임하였다).

그 후 조○○은 1997. 4. 경 참가인으로부터 원고 회사의 법인인감도장과 운영자금 5억원이 입금된 법인계좌를 건네받고, 같은 해 7. 5.경 참가인과 원고 회사 실비정산내역서를 작성함으로써 비로소 참가인으로부터 원고 회사의 경영권을 이전받았다.

㈑ 원고 회사는 ○○○○지방법원 99가단174555호로 소외 회사를 상대로 소외 회사가 소지하고 있는 원고 회사의 공장 및 법인 등록, 공장부지 및 건물 취득, 자동차구입시 각 매입한 지역개발공채, 국민주택채권, 도시철도공재 등의 반환을 구하는 증권인도 등 청구소송을 제기하였으나, 위 법원은 2000. 6. 30. 원고 회사는 참가인이 조○○을 명의상 대표이사로 등재시키고, 당시 소외 회사 임 · 직원들을 발기인으로 하여 설립하였으나, 당시 원고 회사는 사무실과 직원을 별도로 두지 아니한 채 소외 회사의 직원들이 원고 회사 명의로 업무를 수행하였으며, 조○○이 1996. 12. 31. 소외 회사 대표이사직을 사임한 이후 1997. 4. 1. 경에서야 비로소 원고 회사를 소외 회사와 분리하여 독립적인 물적 · 인적 시설을 갖춘 법인으로 운영하기 시작하였으므로 위 채권들은 소외 회사가 그의 비용으로 취득한 소외 회사의 소유라는 이유로 원고 회사의 청구를 기각하였다(위 판결은 그 항소심인 ○○○○지방법원 2000나49748호 사건이 항소취하 간주됨으로써 그대로 확정되었다).

(3) 이 사건 1차 세무조사 경위

○○○○국세청장은 2000. 3. 16. 원고 회사의 회계장부 등을 기초로 1996 ~ 1999사업연도에 걸친 부가가치세 및 법인세에 대한 세무조사를 한 결과, 원고 회사가 위 사업연도에 걸쳐 아래 표와 같은 가공 재료비 및 노무비를 계상하는 등의 방법으로 부가가치세와 법인세를 탈루한 사실을 적발하고, 원고 회사에 그에 대한 부가가치세와 법인세를 부과 · 고지하였다.

구분

1996년

1997년

1998년

1999년

적발내용

가공재료비

274,366,000원

71,383,000원

71,475,000원

가공노무비

242,425,000원

72,428,000원

16,340,000

80,540,000원

기타

149,483,000원

부과처분

법인세

49,474,000원

64,852,000원

1,336,000원

55,235,000원

부가가치세

9,280,000원

17,095,000원

9,670,000원

(4) 소외 회사는 2002. 2. 1. 조○○을 ○○○○지방검찰청에 소외 회사의 자금을 횡령한 혐의로 고소하였고, 위 지방검찰청은 같은 해 6. 25. ○○○○지방법원에 조○○을 횡령으로 기소하였다.

그 후 ○○○○지방법원은 2003. 6. 11. 선고 2002고단2695호로 조○○에 대하여 횡령죄를 인정하여 징역 8월에 집행유예 2년을 선고하였고, 그 항소심인 ○○지방법원은 같은 해 8. 28. 2003노5289호로 원심판결을 파기하여 조○○에게 벌금 1,000만원을 선고하였으며, 위 판결은 대법원이 같은 해 11. 27. 상고를 기각함으로써 그대로 확정되었다.

(5) ○○지방국세청장은 원고 회사의 과세전적부심사신청에 따라 소득처분에 대한 귀속자를 재조사한 결과, ① 참가인의 계좌에 대한 금융조사 결과 입 · 출금이 대부분 현금 처리되어 실지 귀속자를 확인할 수 없고, ② 조○○과 참가인은 서로 상대방이 원고 회사의 실질 경영자라고 주장하고 있으나, 쌍방이 제출한 증거자료만으로는 누가 사실상의 대표자인지 여부를 확인할 수 없다는 등의 이유로, 2003. 6. 11. 원고 회사에게 귀속불분명 소득을 등기부상 대표이사인 조○○ 등에게 상여처분할 것이라고 통보하였다.

라. 판단

(1) 중복조사금지 위반 여부

보건대, 구 국세기본법 제81조의3은 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등을 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있는바, 이 사건 2차 세무조사는 이 사건 1차 세무조사와 달리 소외 회사 및 원고 회사의 대표이사를 역임한 김○○으로부터 관련 서류가 첨부된 적극적인 탈세제보에 따라 이루어진 것이고, 그 결과 원고 회사가 실제로 상당한 규모의 부가가치세 및 법인세 등을 탈루한 사실이 적발된 사정을 종합하면, 이 사건 2차 세무조사는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 기하여 이루어진 세무조사로서 중복조사금지의 원칙에 반한다고 볼 수 없다.

이에 대하여 원고 회사는, ○○지방국세청장은 이 사건 1차 세무조사 당시 이미 이 사건 2차 세무조사에서 적발된 가공세금계산서의 존재를 확인하였음에도 그에 따른 부가가치세 및 법인세 부과처분을 유보하였다는 취지로 주장하나, 위와 같은 원고 회사의 주장사실을 인정할 아무런 증거가 없다.

원고

회사의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 징수처분이 부과제척기간 등을 준수하였는지 여부

㈎ 먼저, 이 사건 징수처분의 근거가 된 조○○과 김○○에 대한 근로소득세 부과제척기간 부분을 보건대, 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 의하면 납세자가 '사기 기타 부정한 행위로서 국세를 포탈하거나 환급 · 공제받은 경우에는 당해 국세를 부과 할 수 있는 날부터 10년간' 국세를 부과할 수 있다고 규정하고 있고, 여기서 '사기 기타 부정한 행위'란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위를 말하는 것으로서 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 아니한다고 할 것인데(대법원 2003. 2. 14. 선고 2001도3797 판결 참조), 원고 회사는 실물거래 없이 6개 업체로부터 30억원 상당의 가공매입세금계산서를 수위하여 부가가치세 신고시 이를 매입세액으로 공제하고, 법인세 신고시 그 공급가액을 손금에 산입함으로써 부가가치세와 법인세를 포탈하였는바, 이는 과세관청의 조세 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저하게 곤란하게 하는 적극적 행위로서 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 소정의 사기 기타 부정한 행위에 해당한다고 할 것이다.

따라서, 원고 회사의 위와 같은 부가가치세 및 법인세 포탈 부분에 대한 부과제척기간은 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 따라 해당 과세기간의 부가가치세와 법인세의 신고기한 종료일의 다음날부터 10년간이라 할 것이고, 이와 관련하여 사기 기타 부정한 행위에 의한 가공원가를 손금에 산입함으로써 그 소득차액을 대표자에게 인정상여로 처분하여 소득세를 부과하는 것 역시 10년간의 부과제척기간이 적용된다고 할 것이므로, 조○○과 김○○에 대한 인정상여로 인한 1996년 및 1997년 귀속 소득세 부과제척기간도 소득세법 제70조 제1항에 따라 종합소득세 신고기한 다음날인 1997. 6. 1. 및 1998. 6. 1.부터 10년이 경과하는 2007. 5. 31. 및 2008. 5. 31.까지라고 할 것이다.

㈏ 다음으로, 이 사건 징수처분의 징수권소멸시효 부분을 보건대, 구 소득세법(1998. 12. 28. 법률 제5580호로 개정되기 전의 것) 제127조, 제128조는 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 납부하도록 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18705로 개정되기 전의 것) 제192조 제1항, 제2항은 세무서장은 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어 상여로 처분되는 소득은 그 결정일 또는 경정일부터 15일 내에 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에 통지하여야 하며, 그 경우 상여는 그 통지서를 받은 날에 지급한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 앞서 본 바와 같이 피고 ○○세무서장은 원고 회사의 소득차액을 조○○과 김○○에 대한 인정사여로 처분하여 2003. 7. 3. 및 같은 해 8. 11. 원고 회사에 소득금액변동통지를 하였으므로, 조○○과 김○○에 대한 상여는 같은 날 지급된 것으로 의제되고, 그에 의한 원천징수소득세 징수권 소멸시효기간은 국세기본법 제27조 제1항에 따라 그 다음달 10일로부터 5년이 경과되는 2008. 8. 10. 및 같은 해 9. 10.이 된다고 할 것이다.

㈐ 따라서, 이 사건 징수처분은 조○○과 김○○에 대한 소득세 부과제척기간 및 그 징수권소멸시효 기간 내에 고지된 것으로서 적법하다고 할 것이다.

원고

회사의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 원고 회사의 귀속불분명 소득 부분

㈎ 먼저, 피고 ○○세무서장의 원고 회사에 대한 1996년 제1기 내지 1997년 제1기 사이의 세무조정시 발생한 소득차액이 참가인에게 실지 귀속되었는지 여부를 보건대, 위 인정사실만으로는 위 소득이 참가인에게 실지 귀속되었다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 위 소득차액은 사외로 유출된 귀속불분명 소득이라고 할 것이다.

㈏ 다음으로, 위 귀속불분명 소득이 인정사여로 귀속될 원고 회사의 대표자가 누구인지 여부를 보건대, 법인세법령상 대표자에 대한 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발행한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에게 상여로 간주하도록 하는데 그 취지가 있는 것으로서, 이와 같은 경우 상여처분의 대상이 되는 법인의 대표자는 제한적으로 엄격히 해석하여야 하며(대법원 1994. 3. 8. 선고 93누1176 판결 참조), 회사의 법인등기부상 대표자로 등재되어 있더라도 당해 회사를 실질적으로 운영한 사실이 없다면 그 회사의 귀속불명소득을 그에게 귀속시켜 종합소득세를 부과할 수 없다(대법원 1989. 4. 11. 선고 88누3802 판결 참조).

㈐ 위와 같은 법리에 비추어 법인등기부상 대표자로 등재되어 있던 조○○과 김○○이 1996년 제1기 내지 1997년 제1기 사이에 원고 회사를 실질적으로 운영한 대표자였는지 여부를 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고 회사의 법인등기부상 조○○은 1995. 10. 23.부터 1997. 1. 3.까지 및 1997. 2. 4.부터 2004. 3. 30.까지, 김○○은 1997. 1. 3.부터 같은 해 2. 4.까지 각 원고 회사의 대표이사로 등재되어 있었던 사실은 인정되나, 반면 ① 원고 회사는 소외 회사가 자산규모의 확대에 따라 관할 세무서가 변경될 상황에 처하게 되자 형식상 반도체 클린룸 시공 부분을 독립시켜 설립한 회사이나, 설립 이후에도 소외 회사와 같은 사무실을 사용하고, 직원들을 공유하는 등 명목상의 회사에 불과하였다는 점, ② 조○○과 김○○은 원고 회사의 대표이사로 등재되어 있기는 하였으나 회사의 실질적인 경영은 참가인이 최종결재권자로서 주도하고 있었고, 조○○은 단지 이사라는 직함으로 대외적인 영업업무만을 담당한 점, ③ 김○○은 조○○이 참가인의 회사 운영에 불만을 품고 1997. 1. 3. 원고 회사 대표이사직을 사임하였다가 다시 복귀하기까지 한 달 정도 원고 회사의 대표이사로 등재되어 있었을 뿐인점, ④ 그 후 참가인은 1997. 7. 5.경 조○○과 실비정산내역서를 작성함으로써 원고회사 경영권을 조○○에게 양도한 점, ⑤ 참가인이 소외 회사의 사실상 대표자로서 가공매입세금계산서를 수취한 주식회사 ○○○○은 원고 회사가 수취한 가공매입세금계산서의 발행회사와 동일한 점, ⑥ 조○○이 원고 회사 이사회 의사록 및 주주총회 의사록 등에 대표이사의 직위에서 서명 · 날인한 것은 법인등기부상 대표이사로 등재되어 있었기 때문에 형식을 갖추기 위한 것으로 보이는 점 등 변론에 나타난 제반사정을 종합하면, 참가인이 1997. 7. 5.경 조○○에게 원고 회사의 실질적인 경영권을 양도하기 전까지 원고 회사를 실질적으로 운영한 대표자는 참가인이라고 할 것이고, 조○○과 김○○은 원고 회사의 경영에 관여한바 없이 명목상 대표이사로 등재되어 있었던 것에 불과하다고 할 것이다.

이에 대하여 참가인은 설립 당시부터 원고 회사를 실질적으로 운영한 사람은 조○○이고, 참가인은 단지 국외영업과 기술적인 부분만을 담당하였다고 주장하므로 보건대, 참가인의 주장에 부합하는 을 제18호증, 을 제19호증의 1, 2, 3, 을 제20, 21호증의 각 기재와 증인 김○○(참가인)의 일부 증언은 앞서 본 바와 같은 사정에 비추어 그대로 믿기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 참가인의 위 주장은 받아들일 수 없다.

㈑ 따라서, 1996년 제1기 내지 1997년 제1기 사이의 원고 회사 대표자가 조○○과 김○○임을 전제로 그들에게 위 기간 중에 발생한 원고 회사의 소득을 인정상여로 처분하고, 이를 따른 소득세를 징수 · 고지한 이 사건 징수처분은 위법하다.