1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고의 이사 B과 감사 C은 2010. 12. 21. 원고의 대표이사 D D는 2007. 2. 1.부터 원고의 대표이사로 재직하였다. 가 2008년부터 2010년까지 직원급여를 허위로 계상하는 방법으로 원고의 자금을 횡령하였다는 혐의로 고소를 제기하였다.

나. 이후 D는 2011. 1. 12.부터 2011. 1. 18.까지 3차례에 걸쳐 원고에게 합계 237,502,512원을 반환하였고, 원고는 2011. 6. 16. 피고에게 법인세 수정신고를 하면서, 법인세법 시행령 제106조 제4항 본문에 따라 수정신고기한 내에 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수한 경우에 해당한다는 이유로 2008년도 가공급여 72,555,570원, 2009년도 가공급여 110,386,491원, 2010년도 가공급여 94,761,217원을 익금에 산입하고 사내유보로 처리하였다.

다. D는 2011. 6. 15. 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령) 등으로 기소되었고, 2011. 12. 22. 청주지방법원 2011고합104호 사건에서 ‘2008. 4.경 실제 원고 회사에 근무하지 않는 사람들을 직원으로 등재시켜 놓고 그 급여 명목으로 지급한 금원을 반환받아 임의로 사용한 것을 비롯하여 그 때부터 2010. 11. 15.경까지 158회에 걸쳐 원고의 자금을 임의로 사용하여 횡령하였다’는 등의 범죄사실이 유죄로 인정되어 징역 2년에 집행유예 3년을 선고받았고, 이에 D와 검사가 항소를 제기하였으나 모두 기각되었으며(대전고등법원 청주재판부 2012노8), D가 상고를 제기하였으나 기각되어 위 1심판결 이하 '이 사건 형사판결'이라 한다

)이 그대로 확정되었다(대법원 2012도4536). 라. 한편 D가 2008년부터 2010년까지 원고의 직원이 아닌 사람들을 직원인 것처럼 허위로 등재하여 계상한 가공급여를 횡령한 것으로 확인된 내역은 아래 표 기재와 같다. (단위 : 천원 구분 합계 2008년 2009년...