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주문
1. 피고가 2015. 8. 5. 원고에 대하여 한 취득세(2건) 12,960,060원, 지방교육세(2건) 686,670원,...
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 2011. 1. 24. 의료기기, 정밀기계장치 제조 및 도소매업 등을 목적으로 설립된 회사이다.
나. 원고는 B단지 내 토지인 청주시 흥덕구 C 공장용지 12,107㎡(이하 토지는 리와 지번으로만 표시한다)를 분양받은 후 그 지상에 일반철골구조 기타지붕(판넬) 단층공장 563.2㎡ 및 일반철골구조 기타지붕(판넬) 단층공장 326.4㎡(이하 위 공장건물을 통틀어 ‘이 사건 건물’이라 한다)를 신축 및 증축하였다
(한편, C은 2014. 4. 29. C 및 D로 분할되었다). 원고는 이와 같이 이 사건 건물을 취득하면서 구 지방세특례제한법(2014. 11. 19. 법률 제12844호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세특례제한법’이라 한다) 제78조 제4항에 의하여 각 취득세를 면제받고, 아래와 같이 각 농어촌특별세를 신고납부하였다.
이 사건 건물 (2013. 11. 19. 소유권보존등기) 2013. 10. 7. 신축 2013. 11. 13. 증축 2014. 8. 1. 증축 C 지상 일반철골구조 기타지붕(판넬) 단층공장 563.2㎡ 일반철골구조 기타지붕(판넬) 단층공장 326.4㎡ 일반철골구조 기타지붕(판넬) 단층공장 236.8㎡ - D 지상 일반철골구조 기타지붕(판넬) 단층공장 326.4㎡ 일반철골구조 기타지붕(판넬) 단층공장 326.4㎡ - 일반철골구조 기타지붕(판넬) 단층공장 84.58㎡ 신고납부한 세액 2013. 11. 13. 농어촌특별세 2,304,140 2013. 11. 13. 농어촌특별세 840,000원 2014. 8. 7. 농어촌특별세 117,600원
나. 원고는 2015. 8. 4. 피고에게 창업중소기업에 대한 조세감면을 정하고 있는 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제120조 제3항을 적용하여 달라는 취지의 과세표준 및 세액 경정 청구를 하였다.
다. 피고는 원고의 청구를 받아들여 원고가 위와 같이 납부한...