1. 피고가 2015. 8. 31. 원고에 대하여 한 취득세 109,718,700원, 지방교육세 10,209,610원의 각...

1. 처분의 경위

가. 원고는 2011. 1. 24. 의료기기, 정밀기계장치 제조 및 도소매업 등을 목적으로 설립된 회사이다.

나. 원고는 2011. 5. 25. A단지 내 토지인 청주시 흥덕구 B 공장용지 12,107㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다, 이하 토지는 리와 지번으로만 표시한다) 한편 B은 2014. 4. 28. C, D로 각 분할되었다. 를 취득하였고, 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조, 제120조 제3항에 따라 취득세 등을 면제받았다.

다. 한편 원고는 이 사건 토지에 제2동 일반철골구조 기타지붕(판넬) 단층공장 563.2㎡ 및 제1동 일반철골구조 기타지붕(판넬) 단층공장 326.4㎡(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)를 신축하여 2013. 10. 7. 건물사용승인을 받은 다음 2013. 11. 19. 소유권보존등기를 경료하였다. 라.

청주시장은 2015. 6. 30. 원고에 대한 세무조사 결과, 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 위 토지를 해당 사업에 직접 사용하지 않은 사실을 확인하고, 2015. 7. 9. 원고에 대하여, 구 조세특례제한법상 추징사유가 존재하나 이 사건 토지가 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제4항에서 정한 산업단지 등에 대한 감면규정의 적용대상에 해당하므로 위 규정에 따라 취득세 등을 감면하여 농어촌특별세 25,049,150원을 추징하겠다는 취지의 과세예고통지를 하였고, 2015. 7. 16. 원고에 대하여 농어촌특별세 24,934,810원(과세예고기준일보다 부과일자를 앞당겨 가산세 차이가 발생함)을 부과하였다가, 원고가 2015. 7. 29. 구 지방세특례제한법 제78조 제4항에서 정한 산업단지 등에 대한 감면규정의 적용을 원하지 않는다고 하면서 관련 서류의 반환을 요구하자 위...