조심2009지1109 (2010.11.10)

취득

경정

토지거래허가구역 내의 토지거래의 경우, 관할관청의 허가를 받기 전까지는 유효한 취득으로 볼 수 없으나 토지 취득을 위한 잔금을 지급한 이후에 토지거래허가를 받은 경우 당해 토지의 취득시기는 잔금지급일로 보는 것이 타당함

지방세법 제29조【납세의무의 성립시기】 / 지방세법시행령 제73조【취득의 시기 등】

조심2009지0896/조심2008부0853/조심2009지0046/조심2009지0046

조심2010지0749 / 조심2011지0222

1. 청구법인이 2009.1.20. 처분청에 신고하고 2009.1.20.과 2009.2.9. 납부한 취득세 600,505,180원, 농어촌특별세 60,050,410원, 등록세 600,505,180원, 지방교육세 120,100,940원, 합계 1,381,161,710원과 처분청이 2009.5.22. 청구법인에게 한 취득세 164,669,700원, 농어촌특별세 16,466,950원, 등록세 164,669,700원, 지방교육세 30,263,540원, 합계 376,069,890원(가산세 포함)의 부과처분은 각각의 토지에 대한 잔금지급일부터 토지거래허가일 또는 토지거래허가구역 지정 해제일까지 발생한 건설자금이자는 당해 토지 취득가액에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하되, 처분청이 2009.5.22. 청구법인에게 부과한 세액을 한도로 한다.

2. 청구법인이 2009.2.4. 처분청에 신고하고 2009.2.9.과 2009.3.6. 납부한 취득세 610,244,050원, 농어촌특별세 61,024,340원, 등록세 610,244,050원, 지방교육세 122,048,740원, 합계 1,403,561,180원에 대한 심판청구 중 2009.3.6. 납부한 등록세 610,244,050원, 지방교육세 122,048,740원, 합계 732,292,790원은 각각의 토지에 대한 잔금지급일부터 토지거래허가일 또는 토지거래허가구역 지정 해제일까지 발생한 건설자금이자는 당해 토지 취득가액에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 취득세 부분에 대한 심판청구는 각하한다.

3. 청구법인이 2009.2.26.과 2009.2.27. 처분청에 신고하고2009.3.2.과 2009.3.6. 및 2009.3.26. 납부한 취득세 2,563,493,290원, 농어촌특별세 256,349,020원, 등록세 2,550,318,130원, 지방교육세 510,063,360원, 합계 5,880,223,800원은 각각의 토지에 대한 잔금지급일부터 토지거래허가일 또는 토지거래허가구역 지정 해제일까지 발생한 건설자금이자는 당해 토지 취득가액에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

4. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분 개요

가. 청구법인은 토지거래허가구역 내에 있는 OOO 일원에 소재하고 있던 토지 191,513.7㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대한 매매대금을 2005.5.29.부터 2008.2.19.까지 전부 지급하고 2009.1.20.에는 이 건 토지 중 OOO 외 28필지 토지에 대하여 그 과세표준을 30,025,266,273원으로 하여 산출한 취득세 등 합계 1,381,161,710원을 신고하고 취득세 등은 2009.2.9.에, 등록세 등은 2009.1.20.에 납부하였으며(이하 “제1처분”이라 한다), 2009.2.4.에는 이 건 토지 중 OOO 외 1필지 토지에 대하여 그 과세표준을 30,512,206,523원으로 하여 산출한 취득세 등 합계 1,403,561,180원을 신고하고 취득세 등은 2009.2.9.에, 등록세 등은 2009.3.6.에 납부하였으며(이하 “제2처분”이라 한다), 2009.2.26.에는 OOO 외 72필지 토지에 대하여 그 과세표준을 120,705,964,585원으로 하여 산출한 취득세 등 합계 5,536,662,800원을 신고하고 취득세 등은 2009.3.2.에, 등록세 등은 2009.3.6.과 2009.3.26.에 납부하였으며(이하 “제3처분”이라 한다), 2009.2.27.에는 OOO 외 5필지 토지에 대하여 그 과세표준을 7,468,717,531원으로 하여 산출한 취득세 등 합계 343,561,100원을 신고하고 취득세 등은 2009.3.2.에, 등록세 등은 2009.3.6.에 납부하였다(이하 “제4처분”이라 한다).

나. 그 후 처분청은 청구법인이 이 건 토지 중 제1처분과 관련된 토지에 대한 취득신고 당시 건설자금이자 일부를 누락하였음을 확인하고 그 누락된 가액 6,675,979,759원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 164,669,700원, 농어촌특별세 16,466,950원, 등록세 164,669,700원, 지방교육세 30,263,540원, 합계 376,069,890원(가산세 포함)을 2009.5.22. 청구법인에게 아래 <표>와 같이 부과고지(이하 “제1처분에 대한 증액경정처분”이라 한다) 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.5.27. 이의신청을 거쳐(결정 : 일부 각하, 일부 기각) 2009.10.30. 심판청구를 제기하였다.

<표> 과세내역

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 2006.12.28.부터 2007.2.2.까지 토지거래허가구역인 OOO 일원에 소재하고 있던 이 건 토지 취득에 따른 대금 전부를 지급하였고, 그 후 2008.12.2. 처분청의 OOO 도시개발사업실시계획(변경) 인가·고시로 인해 이 건 토지가 위 도시개발사업지구로 편입된 다음 2009.1.8.과 2009.1.19. 일부에 대하여는 토지거래허가를 받았고, 그 나머지는 2009.1.30. 토지거래허가구역에서 해제되자 그 취득일을 토지거래허가일 또는 해제일로 보아 이로부터 30일 이내인 2009.1.20.부터 2009.2.27.까지 취득세 등을 신고납부하였다가 2009.5.22. 이 건 토지 중 공공시설용지로서 지방자치단체에 무상 귀속될 예정인 54,249.16.㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는 취득세 등의 비과세대상인 기부채납토지에 해당됨을 이유로 처분청에 이에 대한 과오납금 환부신청을 하였으나 처분청은 이를 거부함과 동시에 이 건 토지 취득과 관련한 건설자금이자 일부를 누락하였다고 하여 이에 해당하는 취득세 등을 추징하였는바,

「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제118조 제1항 및 제6항에서 허가구역에 있는 토지에 관한 소유권·지상권(소유권·지상권의 취득을 목적으로 하는 권리 포함)을 이전하거나 설정(대가를 받고 이전하거나 설정하는 경우만 해당)하는 계약(예약 포함)을 체결하려는 당사자는 공동으로 시장·군수 또는 구청장의 허가를 받아야 하고, 허가를 받지 아니하고 체결한 토지거래계약은 그 효력이 발생하지 아니한다고 규정하고 있으며,

토지거래허가를 전제로 한 거래계약은 정지조건부 계약으로 볼 수 있는데, 「민법」 제147조 제1항에 의하여 정지조건 있는 법률행위는 조건이 성취한 때로부터 그 효력이 생기는 것이고,

OOO에서 토지거래허가구역 내에 있는 토지에 관한 매매계약 등 거래계약은 관할 관청의 허가를 받아야만 효력이 발생하며 허가를 받기 전에는 물권적 효력은 물론 채권적 효력도 발생하지 아니하여 무효이고, 토지에 대한 거래허가를 받지 아니하여 무효의 상태에 있다면 매수인이 매매대금을 전액 지급했다 하더라도 매수인이 토지를 취득했다고 할 수는 없다고 판시하고 있음을 볼 때,

토지거래허가구역 내에 있는 토지를 취득하면서 잔금을 지급한 후에 토지거래허가를 받은 경우 당해 토지의 취득일은 토지거래허가일OOO로 봄이 타당하다.

따라서 2006.12.28.부터 2007.2.2.까지의 사이에 이 건 토지 취득에 따른 매매대금을 모두 납부하였다 하더라도 그 취득일은 토지거래허가를 받은 날인 2009.1.8.과 2009.1.19. 또는 토지거래허가구역에서 해제된 날인 2009.1.30.로 보아야 한다.

그렇다면 지방자치단체장의 국토이용계획변경결정이 있었다는 사정만으로 기부채납의 대상이 되는 공공시설용지의 위치나 면적이 특정되었다거나 또는 기부채납의 합의가 있었다고 인정하기는 어렵다 할 것이며, 지방자치단체장이 주택건설사업계획에 대한 승인결정을 할 무렵에 기부채납의 대상이 되는 공공시설용지의 위치나 면적이 어느 정도 특정되고, 구체적으로 공공시설용지로 편입될 토지에 관하여 기부채납을 하도록 승인조건을 부과한 때에 비로소 기부채납에 대한 의사의 합치가 있었던 것으로 볼 수 있으므로, 그 사업승인결정 이후에 취득하는 토지만이 「지방세법」 제106조 제2항 및 제126조 제2항 소정의 ‘국가 또는 지방자치단체에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’으로 취득세 및 등록세의 비과세대상이 된다고 한다고 판시한 OOO에 비추어 볼 때,

2008.12.2. 처분청의 OOO 도시개발사업실시계획(변경) 인가·고시로 인해 위 도시개발사업지구로 편입된 이 건 토지 일부인 쟁점토지는 처분청에 무상 귀속될 공공시설용지로서 그 면적과 위치가 결정된 상태에서 취득하였다고 보아야 하겠으므로 「지방세법」 제106조 제2항 및 제126조 제2항에서 비과세대상으로 규정하고 있는 국가 또는 지방자치단체에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득한 부동산에 해당된다.

(2) 설령, 이 건 토지의 취득시기를 토지거래허가일 또는 토지거래허가구역 해제일로 보지 아니하고 잔금지급일로 보아야 한다면, 이 건 토지 취득과정에서 발생한 건설자금이자 중 잔금지급일 이후에 지급한 부분(21,267,247,974원)은 이 건 취득세 등의 과세표준에서 제외되어야 할 것이다.

(3) 한편, 처분청은 이 건 취득세 등에 대한 불복기간 기산일은 그 신고일이 된다고 보아 이로부터 90일이 경과하여 심판청구를 제기한 부분에 대하여는 부적법한 심판청구라고 주장하고 있지만,

OOO에서 “과세표준과 세액을 증액하는 경정처분이 있는 경우 그 경정처분은 당초처분을 그대로 둔 채 당초처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가 확정하려는 처분이 아니고, 재조사에 의하여 판명된 결과에 따라서 당초처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서의 과세표준과 세액을 결정하는 것이므로, 증액경정처분이 되면 먼저 된 당초처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하고 오직 경정처분만이 쟁송의 대상이 된다 할 것이고, 「국세기본법」 제22조의2 시행 이후에도 증액경정처분이 있는 경우, 당초 신고나 결정이 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 된다고 보아야 하므로, 원칙적으로는 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세의무자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다고 해석함이 타당하다고 일관되게 판시하고 있음을 볼 때,

이 건 토지 중 일부에 대한 당초 신고납부는 2009.1.20.부터 2009.2.27.까지의 사이에 이루어졌으나, 처분청은 이와 관련한 건설자금이자가 과세표준에서 누락되었다는 사유로 2009.5.22. 이에 대한 취득세 등을 추징하는 부과처분을 한 이상 2009.1.20.과 2009.2.4. 신고납부한 당초처분은 이러한 증액경정처분에 흡수되었다 할 것이어서 이 건 증액경정처분에 대한 심판청구대상에 당초 신고납부에 대한 위법·부당사유를 포함하여 주장할 수 있다 하겠으므로 이 건 심판청구 일부가 부적법한 심판청구에 해당된다는 처분청의 판단은 잘못이 있다 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세법」 제106조 제2항, 제126조 제2항에서 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 부과하지 아니한다고 규정하고 있으므로 취득세 등의 비과세대상에 해당되는지 여부는 취득세 납세의무 성립일 현재를 기준으로 비과세요건을 모두 충족하였는지 여부를 기준으로 판단하여야 할 것인바OOO,

「지방세법」 제111조 제5항 제3호 및 「지방세법 시행령」(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제73조 제1항에서 유상승계취득의 경우에는 계약상의 잔금지급일에 취득한 것으로 보되, 법인장부 등에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고,

「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」상 토지거래허가구역 내의 토지에 관하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 잔금을 지급한 다음 허가를 받거나 토지거래허가구역에서 해제된 경우에, 비록 그 매매계약은 허가를 받거나 토지거래허가구역에서 해제될 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 소유권 등 권리의 이전에 관한 계약의 효력이 전혀 발생하지 아니하지만 일단 허가를 받으면 그 계약은 소급하여 유효한OOO,

2008.12.2. OOO 도시개발사업 실시계획(변경)의 인가·고시로 인해 위 도시개발사업지구에 편입된 이 건 토지 일부인 쟁점토지가 공공시설용지로서 처분청에 무상귀속 되도록 확정된 이상, 비록 이 건 토지에 대한 잔금 지급 이후 토지거래허가를 받거나 토지거래허가구역에서 해제되었다 하더라도 그 취득일은 매매대금을 전부 지급한 날(2006.12.28.～2007.2.2.)로 보아야 할 것이어서 쟁점토지가 공공시설용지로서 처분청에 무상귀속될 예정으로 있다고 하여 위 「지방세법」의 규정에 의한 국가 또는 지방자치단체에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득한 부동산으로서 취득세 등의 비과세대상에 해당된다고 할 수는 없다 할 것이다.

(2) 한편, 「지방세법」 제74조 제1항에서 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우라 함은 이의신청 기간을 준수하여 제기한 적법한 이의신청에 대한 결정 통지를 받은 날로부터 90일 이내에 심판청구를 제기하는 것을 의미하는 것이지 위 기간의 경과로 인해 각하된 경우까지 포함하는 것은 아니라 하겠으므로, 이 건 심판청구 중 청구법인이 2009.1.20.과 2009.2.4. 신고하고 납부한 취득세 등에 대한 심판청구 부분은 부적법한 심판청구에 해당된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 신고납부방식의 세목에 있어 그 불복청구 기산일인 처분일을 신고일로 보아야 하는지 아니면 납부일로 보아야 하는지

② 토지거래허가구역 내 토지 취득에 따른 잔금 지급 이후 도시개발사업계획 인가·고시로 인해 공공시설용지로서 처분청에 무상귀속토록 확정된 다음 당해 토지에 대하여 토지거래허가를받거나 토지거래허가구역에서 해제된 경우 무상귀속 예정 토지를지방자치단체에 귀속을 조건으로 취득한 토지로 볼 수 있는지

③ 토지거래허가구역 내 토지 취득시기를 잔금지급일로 보는 경우 잔금지급일 이후부터 토지거래허가일 또는 토지거래허가구역 지정 해제일까지 발생한 건설자금이자를 토지 취득비용으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 쟁점① 관련 법령

(가) 지방세법

제29조【납세의무의 성립시기】① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다.

1. 취득세 : 취득세 과세물건을 취득하는 때

2. 등록세 : 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때

제30조【납세의무의 확정】① 지방세는 다음 각 호에 해당하는 때에 그 세액이 확정된다.

1. 납세의무자가 과세표준과 세액을 지방자치단체에 신고납부하는 지방세에 있어서는 이를 신고하는 때

제72조【청구대상】① 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 절에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청, 심사청구 및 심판청구를 할 수 있다.

제73조【이의신청】① 이의신청을 하고자 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 불복의 사유를 구비하여 도세[도세 중 공동시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세 중 특별시분 재산세·도시계획세·공동시설세 및 구세(군세 및 특별시분 재산세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 제외한다]에 있어서는 도지사에게, 시·군세[도세 중 공동시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세 중 특별시분 재산세·도시계획세·공동시설세 및 구세(군세 및 특별시분 재산세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 포함한다]에 있어서는 시장·군수에게 이의신청을 하여야 한다.

제74조【심사청구 및 심판청구】① 이의신청을 거친 후 심사청구 또는 심판청구를 하려는 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 도지사의 결정에 대하여는 조세심판원장에게, 시장·군수의 결정에 대하여는 도지사에게 심사청구를 하거나 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다.

③ 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심사청구 또는 심판청구를 하려는 때에는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 도세[도세 중 공동시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세 중 특별시분 재산세·도시계획세·공동시설세 및 구세(군세 및 특별시분 재산세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 제외한다]에 있어서는 조세심판원장에게 심판청구를, 시·군세[도세 중 공동시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세 중 특별시분 재산세·도시계획세·공동시설세 및 구세(군세 및 특별시분 재산세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 포함한다]에 있어서는 도지사에게 심사청구를 하거나 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다.

제82조【국세기본법 등의 준용】지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 「국세기본법」과 「국세징수법」을 준용한다.

제120조【신고 및 납부】① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일[상속으로 인한 경우는 상속개시일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일부터 각각 6월(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 각각 9월)]이내에 그 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

제150조의2【신고 및 납부】① 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다.

(나) 국세기본법

제22조의2【경정 등의 효력】① 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

(2) 쟁점②, ③ 관련 법령

(가) 지방세법

제104조【정의】취득세에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.

8. 취득 : 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상을 불문한 일체의 취득을 말한다.

제105조【납세의무자 등】② 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 있어서는 「민법」·「광업법」·「수산업법」·「선박법」·「산림법」·「건설기계관리법」·「자동차관리법」 또는 「항공법」등 관계법령의 규정에 의한 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비·항공기 및 주문에 의하여 건조하는 선박은 승계취득의 경우에 한한다.

제106조【국가 등에 대한 비과세】② 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.

제111조【과세표준】① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각 호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

1. · 2. (생 략)

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

⑦ 제1항 내지 제5항의 규정에 의한 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

제126조【국가 등에 대한 비과세】② 국가·지방자치단체 및 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산의 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.

제130조【과세표준】① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록 당시의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다.

③ 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조 동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기·등록 당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다.

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 과세표준이 되는 가액의 범위 및 그 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(나) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것)

제73조【취득의 시기 등】① 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제111조 제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 30일이 경과되는 날). 다만, 취득 후 30일 이내에 「민법」 제543조 내지 제546조의 규정에 의한 원인으로 계약이 해제된 사실이 화해조서·인낙조서·공정증서 등에 의하여 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.

제82조3【취득가격의 범위】① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

(다) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률

제117조【허가구역의 지정】① 국토해양부장관은 국토의 이용 및 관리에 관한 계획의 원활한 수립과 집행, 합리적인 토지 이용 등을 위하여 토지의 투기적인 거래가 성행하거나 지가(地價)가 급격히 상승하는 지역과 그러한 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에 대하여는 5년 이내의 기간을 정하여 제118조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역(이하 “허가구역”이라 한다)으로 지정할 수 있다.

⑥ 국토해양부장관은 허가구역의 지정 사유가 없어졌다고 인정되거나 관계 시·도지사, 시장·군수 또는 구청장으로부터 허가구역의 지정 해제 또는 축소 요청이 이유 있다고 인정되면 지체 없이 허가구역의 지정을 해제하거나 지정된 허가구역의 일부를 축소하여야 한다.

제118조【토지거래계약에 관한 허가】① 허가구역에 있는 토지에 관한 소유권·지상권(소유권·지상권의 취득을 목적으로 하는 권리를 포함한다)을 이전하거나 설정(대가를 받고 이전하거나 설정하는 경우만 해당한다)하는 계약(예약을 포함한다. 이하 “토지거래계약”이라 한다)을 체결하려는 당사자는 공동으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장·군수 또는 구청장의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

⑥ 제1항에 따른 허가를 받지 아니하고 체결한 토지거래계약은 그 효력이 발생하지 아니한다.

(라) 도시개발법

제11조【시행자 등】① 도시개발사업의 시행자(이하 “시행자”라 한다)는 다음 각 호의 자 중에서 지정권자가 지정한다. 다만, 도시개발구역의 전부를 환지 방식으로 시행하는 경우에는 제5호의 토지 소유자나 제6호의 조합을 시행자로 지정한다.

5. 도시개발구역의 토지 소유자( 「공유수면매립법」 제9조에 따라 면허를 받은 자를 해당 공유수면을 소유한 자로 보고 그 공유수면을 토지로 보며, 제21조에 따른 수용 또는 사용 방식의 경우에는 도시개발구역의 국공유지를 제외한 토지면적의 3분의 2 이상을 소유한 자를 말한다)

제17조【실시계획의 작성 및 인가 등】① 시행자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 도시개발사업에 관한 실시계획(이하 “실시계획”이라 한다)을 작성하여야 한다. 이 경우 실시계획에는 지구단위계획이 포함되어야 한다.

② 시행자(지정권자가 시행자인 경우는 제외한다)는 제1항에 따라 작성된 실시계획에 관하여 지정권자의 인가를 받아야 한다.

③ 지정권자가 실시계획을 작성하거나 인가하는 경우 국토해양부장관이 지정권자이면 시·도지사 또는 대도시 시장의 의견을, 시·도지사가 지정권자이면 시장(대도시 시장을 제외한다)·군수 또는 구청장의 의견을 미리 들어야 한다.

④ 제2항과 제3항은 인가를 받은 실시계획을 변경하거나 폐지하는 경우에 준용한다. 다만, 국토해양부령으로 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제18조【실시계획의 고시】① 지정권자가 실시계획을 작성하거나 인가한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 관보나 공보에 고시하고 시행자에게 관계 서류의 사본을 송부하며, 대도시 시장인 지정권자는 일반에게 관계 서류를 공람시켜야 하고, 대도시 시장이 아닌 지정권자는 해당 도시개발구역을 관할하는 시장(대도시 시장을 제외한다)·군수 또는 구청장에게 관계 서류의 사본을 보내야 한다. 이 경우 지정권자인 특별자치도지사와 본문에 따라 관계 서류를 받은 시장(대도시 시장을 제외한다)·군수 또는 구청장은 이를 일반인에게 공람시켜야 한다.

② 제1항에 따라 실시계획을 고시한 경우 그 고시된 내용 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 도시관리계획(지구단위계획을 포함한다. 이하 같다)으로 결정하여야 하는 사항은 같은 법에 따른 도시관리계획이 결정되어 고시된 것으로 본다. 이 경우 종전에 도시관리계획으로 결정된 사항 중 고시 내용에 저촉되는 사항은 고시된 내용으로 변경된 것으로 본다.

③ 제2항에 따라 도시관리계획으로 결정·고시된 사항에 대한 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제32조의 도시관리계획에 관한 지형도면의 고시에 관하여는 제9조 제4항을 준용한다.

제66조【공공시설의 귀속 등】② 제11조 제1항 제5호부터 제11호까지의 규정에 따른 시행자가 새로 설치한 공공시설은 그 관리청에 무상으로 귀속되며, 도시개발사업의 시행으로 용도가 폐지되는 행정청의 공공시설은 「국유재산법」과 「공유재산 및 물품 관리법」 등에도 불구하고 새로 설치한 공공시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 시행자에게 무상으로 귀속시킬 수 있다.

⑥ 제11조 제1항 제5호부터 제11호까지의 규정에 따른 시행자는 제2항에 따라 그에게 양도되거나 관리청에 귀속될 공공시설에 대하여 도시개발사업의 준공검사를 마치기 전에 해당 공공시설의 관리청에 그 종류와 토지의 세부목록을 알려야 하고, 준공검사를 한 지정권자는 그 내용을 해당 공공시설의 관리청에 통보하여야 한다. 이 경우 공공시설은 지정권자가 준공검사증명서를 내어준 때에 해당 공공시설을 관리할 관리청과 시행자에게 각각 귀속되거나 양도된 것으로 본다.

(마) 민법

제147조【조건성취의 효과】① 정지조건있는 법률행위는 조건이 성취한 때로부터 그 효력이 생긴다.

다. 사실관계

(1) 청구법인은 이 건 토지 취득에 따른 매매대금을 2005.5.29.부터 2008.2.19.까지 완납하였다.

(2) 청구법인은 이 건 토지 일부에 대하여는 2009.1.8.과 2009.1.19.처분청으로부터 토지거래허가를 받았고, 그 외 나머지 토지는 2009.1.30.토지거래허가구역에서 해제되었다OOO.

(3) 청구법인은 이 건 토지에 대한 처분청의 토지거래허가 또는 OOO의 토지거래허가구역 지정 해제가 있자 2009.1.20.부터 2009.2.27.까지 이 건 토지에 대한 취득세 등을 신고하고 2009.1.20.부터 2009.3.26.까지 이를 납부하였는데,

청구법인은 제1처분 당시에는 잔금지급일까지 발생한 건설자금이자를 취득비용에 포함하여 취득세 등을 신고납부하였다가 그 후 처분청의 증액처분에 의하여 토지거래허가일 또는 토지거래허가구역 지정 해제일까지 발생한 건설자금이자에 대한 취득세 등을 납부하였고, 제2·3·4처분 당시에는 토지거래허가일 또는 토지거래허가구역 지정 해제일까지 발생한 건설자금이자를 취득비용에 포함하여 취득세 등을 신고납부하였다(상세내역 아래 표 참조).

(4) 한편, 처분청은 2008.12.2. 이 건 토지를 포함한 OOO 일원 387,798.8㎡를 사업지구로 하는 도시개발사업에 대하여 OOO 도시개발구역지정(변경)·개발계획(변경)수립 및 실시계획인가·고시OOO를 하였다.

라. 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 제1처분의 경우 청구법인은 제1처분과 관련된 토지에 대하여 2009.1.20. 취득세 등을 신고한 후 취득세 등은 2009.2.9.에, 등록세 등은 2009.1.20.에 납부한 다음 2009.5.27. 이에 불복하여 심판청구를 하였지만,

그 후 처분청은 청구법인이 위 토지에 대한 취득신고 당시 취득비용인 건설자금이자 일부를 누락하였다고 보아 2009.5.22. 이에 대한 취득세 등을 추징하는 증액경정처분을 하였고,

증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃게 된다고 보는 것이어서 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분에 대하여 심판청구를 제기하면서 납세의무자는 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다고 해석하고 있으므로,

청구법인은 위 토지 취득과 관련된 증액경정처분에 대한 납세고지서 수령일(2009.5.22.)부터 90일 이내인 2009.5.27. 이의신청을 거쳐 2009.10.30. 이 건 심판청구를 제기한 이상, 이는 본안심리대상이라 할 것이다OOO.

(나) 제3·4처분의 경우 「지방세법」 제72조에서 이 법에 의한 신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다고 규정하고 있으므로, 신고납부방식의 세목에 있어 신고납부기한내에 신고를 하고 납부한 경우 납부한 때에 처분이 있는 것으로봄이 타당하다 할 것이어서 그 불복청구 기산일은 납부일이라 하겠고,

그렇다면 청구법인은 위 처분과 관련한 토지 취득에 따른 취득세 등을 2009.2.26.과 2009.2.27. 신고하고 취득세 등은 납기 내인 2009.3.2.에, 등록세 등은 등기를 하기 전에 2009.3.6.과 2009.3.26.에 이를 납부한 다음 이로부터 90일 이내인 2009.5.27. 이의신청을 거쳐 2009.10.30. 심판청구를 제기하였으므로 이에 대한 심판청구 또한 본안심리대상에 해당된다OOO.

(다) 다만, 제2처분의 경우 청구법인은 제2처분과 관련한 토지 취득에 따른 취득세 등을 2009.2.4. 신고하고 취득세는 2009.2.9.에, 등록세는 2009.3.6.에 각각 납부한 다음 2009.5.27. 이에 대한 이의신청을 거쳐 2009.10.30. 심판청구를 제기한 사실이 처분청이 제출한 자료와 이 건 심판청구서의 접수 일부인에서 확인되고 있는 이상, 위 처분 중 취득세 부분에 대한 심판청구는 기간경과로 인한 부적법한 심판청구로 보아야 하겠다.

(1) 쟁점②, ③에 대하여 본다.

(가) 「지방세법」 제105조 제2항에서 부동산 등의 취득에 있어 「민법」 등 관계법령에 의한 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제73조 제1항 제1호와 제2호에서 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일 또는 계약상의 잔금지급일을 취득일로 보도록 규정하고 있는바, 여기에서 사실상의 취득이라 함은 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 의미하는 것이다.

위 규정에서 잔금지급일과 관련하여 관련법령에서 토지거래허가와 같은 공법상 절차를 거쳐야 취득할 수 있는 경우에 있어서의 취득시기는 토지거래허가지역 내의 토지에 관하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 잔금을 지급한 다음 허가를 받은 경우에 비록 그 매매계약은 허가를 받을 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 소유권 등 권리의 이전에 관한 계약의 효력이 전혀 발생하지 아니하지만 일단 허가를 받으면 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 된다는 것과 소유권이 법률상 이전된 경우 뿐만 아니라 사실상의 이전 또는 사실상의 소유권 취득도 모두 포함된다 할 것이어서 그 대금청산일에 이를 취득하였다고 봄이 상당하다는 것과 토지거래허가구역 안에 있는 토지에 관한 매매계약 등 거래계약은 관할 관청의 허가를 받아야만 효력이 발생하며 허가를 받기 전에는 물권적 효력은 물론 채권적 효력도 발생하지 아니하여 무효이므로 만약 토지거래허가를 받지 못하였다면 매수인의 취득세 신고행위는 특별한 사정으로 말미암아 조세채무의 확정력을 인정할 여지가 없는 중대하고 명백한 하자가 있는 것으로 당연무효로서 민사소송에 의한 반환청구는 인정된다는 것 등을 종합하여 볼 때,

토지거래허가 등 별도의 공법상 절차를 거치기 전에 잔금을 치룬 경우에는 재화의 이전이라고 하는 사실자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하여 부과하는 취득세의 성질상 일단 잔금을 지급한 때가 곧 취득시기라고 할 것이다OOO.

그러므로, 청구법인은 2005.5.29.부터 2008.2.19.까지 이 건 토지 취득에 따른 매매대금 전부를 지급한 이상, 이때 이를 사실상 취득하였다고 봄이 타당하고, 추후 이에 대하여 처분청으로부터 토지거래허가를 받았다거나 토지거래허가구역에서 해제되었다 하여 달리 볼 수는 없다.

(나) 또한, 「지방세법」 제106조 제2항 및 제126조 제2항에서 국가 또는 지방자치단체에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 이에 관한 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고,

「도시개발법」 제66조 제2항에서 도시개발사업시행자가 새로 설치한 공공시설은 그 관리청에 무상으로 귀속된다고 규정하고 있으며, 위 법령에 의하여 도시개발사업시행자가 설치할 공공시설용지는 동 사업에 대한 실시계획 인가·고시가 있은 때에 면적과 위치가 확정되는 것이다.

그렇다면 청구법인은 OOO 일원에서 시행되고 있는 OOO 도시개발사업과 관련하여 그 실시계획 인가·고시일인 2008.12.2. 이전인 2005.5.29.부터 2008.2.19.까지의 사이에 이 건 토지를 취득한 이상, 취득 당시 이 건 토지는 국가 또는 지방자치단체에 무상귀속될 것으로 확정되지 아니한 상태에 있었으므로, 쟁점토지가 「지방세법」 제106조 제2항 및 제126조 제2항의 규정에 의한 취득세와 등록세 등의 비과세대상에 해당된다고 볼 수는 없다.

(다) 한편, 「지방세법」 제111조 제7항 및 같은 법 시행령 제82조의3 제1항에 따라 취득세의 과세표준이 되는 “취득가격”은 과세대상 물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 그 취득시기 이후에 발생되는 건설자금이자는 당해 과세대상 물건의 취득가액에 포함되지 않는 것이다.

그렇다면 청구법인은 이 건 토지 취득일을 잔금지급일이 아닌 토지거래허가일 또는 토지거래허가구역 지정 해제일로 보고 그때까지 발생한 건설자금이자를 이 건 토지 취득비용에 포함하여 신고납부(부과고지 포함)하였으므로, 이 건 토지 취득일인 잔금지급일 이후 발생한 건설자금이자는 그 취득가액에서 제외되어야 할 것이나OOO,

다만, 「국세기본법」 제22조의2 제1항에서 “당초 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.”라고 하여 경정의 효력이 미치는 범위를 세액을 기준으로 하여 증액경정이 있는 경우에도 당초에 확정된 세액에 그 효력이 미치지 못하도록 국한하고 있어 불복청구를 함에 있어서도 당초의 확정된 세액을 초과하는 범위의 세액만이 다툼의 대상이 된다고 하여야 함이 세액을 기준으로 경정의 효력을 정한 위 규정에 비추어 보아 그 타당성이 인정된다 하겠으므로, 제1처분은 2009.5.22. 경정된 세액을 한도로 세액을 경정함이 타당하다OOO.

따라서 처분청이 이 건 토지 취득일을 잔금지급일로 보아 쟁점토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제2항 및 제126조 제2항의 국가 등에 대한 비과세적용을 배척한 것은 정당하나, 이 건 토지 취득일 이후 발생한 건설자금이자를 취득세 등의 과세표준에 포함한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「지방세법」 제77조 제5항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제1호, 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.