조심2012중2446 (2012.08.03)

임대주택법상 임대주택사업자로 등록하지 않아 감면대상인 신축임대주택에 해당하지 아니함

임대주택법상 지방자치단체장에게 임대사업자로 등록하게 하는 것은 임대주택 건설 촉진 및 주거생활 안정 목적인 반면 소득세법상 임대사업자로 등록하는 것은 세금의 부과 목적으로 그 등록의 목적이 다른 점 등에 비추어 지방자치단체장에게 임대주택사업자로 등록하지 않은 경우 감면대상인 신축임대주택에 해당하지 아니함

2012구합11981 양도소득세등부과처분취소

AAAA

분당세무서장

2013. 5. 29.

2013. 7. 3.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2012. 1. 4. 원고에 대하여 한 양도소득세경정청구에 대한 거부처분 및 2012. 1. 7. 원고에 대하여 한 2011년 귀속 양도소득세 000원(신고불성실 가산세 0000원， 납부불성실 가산세 0000원 포함)의 부과처분을 각 취소한다(원고의 청구를 위와 같이 선해한다).

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 12. 20. 서울 강남구 OO동 000 대 330.2㎡ 지상에 2층 규모의 다가구주택(이하 '이 사건 주택'이라고 한다)을 신축하여， 그 무렵부터 이 사건 주택을 임대해 왔다.

나. 원고는 2011. 4. 5. 재단법인 PP미술문화재단에 이 사건 주택을 0000원에 매도하였는데， 당시 원고가 소유하고 있는 주택은 이 사건 주택을 포함하여 3개였다. 원고는 2011. 6. 28. 피고에게 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 소득세법 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 000원을 납부하였는데， 2011. 12. 2. 이 사건 주택이 조세특례제한법 제97조의2 제1항에서 규정하는 신축임대주택에 해당한다고 주장하면서 원고가 납부한 양도소득세 전액을 감면해 달라는 경정청구를 하였다

다. 피고는 2012. 1. 4. 원고가 임대주택법상 임대사업자로 등록하지 않았으므로 조 세특례제한법 제97조의2 제1항에서 규정하는 신축임대주택에 해당하지 않는다는 이유 로 원고의 경정청구를 거부하였고(이하 '이 사건 거부처분'이라고 한다)， 2012. 1. 7. 원고가 1세대 3주택자에 해당하므로 소득세법 제95조에 따른 장기보유특별공제 대상에도 해당하지 않는다는 이유로 원고에게 2011년 귀속 양도소득세 0000원(신고불성실 가산세 000원， 납부불성실 가산세 0000원 포함)을 경정 ・ 고지하였다 (이하 '이 사건 부과처분'이라고 한다).

라. 원고는 이 사건 거부처분 및 부과처분에 불복하여 2012. 3. 15. 이의신청을 하였 으나 기각결정을 받았고， 2012. 5. 1. 조세심판원에 심판청구 하였으나 2012. 8. 3. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1， 10호증， 을 제1 내지 3， 5， 6호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 주택은 12개의 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획되어 있는 12호의 공동주택이고， 원고가 관할 세무서장인 역삼세무서장에게 이 사건 주택의 임대사업자로 등록신고를 하고 성실하게 임대업을 영위한 이상 원고는 조세특례제한법 제97조의2 제1항에 따라 양도소득세를 감면받아야 하고， 1세대 3주택자에 해당하지도 않으므 로 장기보유 특별공제 대상에 해당한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 거부처분에 관하여

조세특례제한법 제97조의2 제1항은 "대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 해당 주택(이하 '신축임대주택'이라고 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제한다"고 규정하고 있고， 여기서 '다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택'으로 같은 항 제1호는 '임대주택법에 따른 건설임대주택'을 규정하고 있으며， 임대주 택법 제2조， 제6조에 의하면， '건설임대주택'이란 주택임대사업을 하기 위하여 특별자치도지사 ・ 시장 ・ 군수 또는 구청장에게 등록한 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택을 의미한다. 한편， 양도소득세를 감면받고자 하는 거주자는 세액감면신청서에 임대주택법 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록증을 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다(조세특례제한법 제97조의2 제2항， 제97조 제3항， 같은 법 시행령 제97조 제4항 제1호). 그리고， 임대주택법 시행령 제7조 제1항 제1호에 의하면 건설임대주택의 경우 2호 이상의 단독주택이 임대사업자로 등록할 수 있는 요건인데， 갑 제2호증， 을 제4， 7호증 의 각 기재에 의하면 원고가 이 사건 주택을 신축한 후 강남구청장에게 임대사업자로 등록하려고 하였으나， 이 사건 주택이 다가구주택으로 호수별 등기가 불가하고 1호의 주택으로 등기될 수 밖에 없는 관계로 임대주택법 시행령 제7조 제1항 제1호의 요건을 충족하지 못하여 임대사업자로 등록하지 못한 사실，이후 원고는 2004. 12. 31. 역삼세무서장에게 이 사건 주택의 임대사업자로 등록한 사실을 인정할 수 있는바， 위 인정사 실 및 관계 법령에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉，① 조세특례제한법 제97조 의2 제l항에 따른 양도소득세의 감면대상인 건설임대주택은 '임대주택법에 따라 지방자치단체장에게 등록한 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택'으로 한정함이 법령의 문언에 충실한 해석인 점，② 임대주택법상 임대사업자로 하여금 지방자치단체장에게 등록을 하게 하는 것은 임대주택 건설 촉진 및 주거생활 안정을 목적으로 하고 있는 반면에 소득세법상 임대사업자로 하여금 관할 세무서장에게 등록을 하게 하는 것은 세금의 부과를 목적으로 하고 있어 그 등록의 목적이 다른 점，③ 조세특례제한법 제97조의2 제1항에 따라 양도소득세를 감면받기 위해서는 임대주택법상의 임대사업자등록증을 세액감면신청서에 첨부할 것을 요구하고 있는 점 등에 비추어 보면， 임대주택법상 임대사업자로 등록하지 않은 원고는 조세특례제한법 제97조의2에 따른 감면대상에 해당한다고 볼 수 없고， 원고가 관할 세무서장에게 한 사업자등록을 임대주택법상의 임대사업자의 등록으로 갈음할 수도 없다. 따라서，원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 부과처분에 관하여

소득세법 제95조는 보유기간이 3년 이상인 토지나 건물에 대하여 장기보유 특별공제액을 인정하면서 소득세법 제104조 제1항 제4호에서 정하는 주택을 장기보유 특별공제를 인정하는 대상에서 제외하고 있고， 소득세법 제104조 제1항 제4호에서 정하는 주택은 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 말하며，'대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택'이란 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로(같은 법 시행령 제167조의3 제1항)，소득세법 제168조에 따른 사업자등록과 임대주택법 제6조에 따른 임대사업자 등록을 한 거주자 가 임대주택으로 등록하여 임대하는 일정 기준의 주택 및 조세특례제한법 제97조의2의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 임대주택으로서 5년 이상 임대한 국민주택은 1 세대 3주택에서의 주택에 해당하지 않는다고 하고 있다(같은 법 시행령 제167조의3 제 1항 제2호， 같은 항 제3호). 살피건대， 원고가 이 사건 주택을 양도할 당시 소유하고 있는 주택이 3개였던 사실，원고가 이 사건 주택에 관하여 임대주택법 제6조에 따른 임대사업자 등록을 하지 않은 사실 및 이 사건 주택이 조세특례제한법 제97조의2의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 임대주택에 해당하지 않은 점은 앞서 인정한 바와 같은바， 이 사건 주택은 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 또는 같은 항 제3호에 따라 1세대 3주택에서의 주택으로 보지 않는 경우에 해당하지 않는다고 할 것이므로 1세대 3주택자인 원고에게 장기보유 특별공제 대상에 해당하지 않는다는 이유로 한 이 사건 부과처분 역시 적법하다. 따라서， 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면， 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같 이 판결한다.