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전심사건번호
조심- 2017-광주청-1186(2017.06.02)
제목
과면세 겸업을 영위하는 도축업자의 공통매입세액은 공급가액의 비율에 따라 안분계산 하여야 함
요지
과면세 겸업(자기도축은 면세, 위탁도축은 과세)을 영위하는 도축업자의 공통매입세액은 도축두수에 따라 그 실지귀속을 구분할 수 없으므로 공통매입세액은 공급가액의 비율에 따라 안분계산 하여야 함
사건
전주지방법원 2017구합2001 경정청구거부처분취소
원고
주식회사 AA
피고
BB세무서장
변론종결
2018. 05. 02.
판결선고
2018. 05. 30.
주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
청 구 취 지
피고가 2016. 11. 22. 원고에 대하여 한 경정청구 거부처분을 취소한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고의 과세ㆍ면세사업 겸영
1) 원고는 도축업 등을 목적으로 1984. 11. 19. 설립된 회사이다.
2) 원고는 판매목적으로 매입한 생우ㆍ생돈의 도축, 가공 및 육류판매업 등 부가가치세 면세사업(이하 '자가도축'이라 한다)과 타인으로부터 위탁을 받아 도축ㆍ가공서비스를 제공하는 부가가치세 과세사업(이하 '위탁도축'이라 한다)을 겸영하고 있다.
3) 2013년 제1기부터 2015년 제2기까지 원고의 생우・생돈 도축 두수는 아래 표 기재와 같다.
(표생략)
나. 원고의 부가가치세 신고
1) 2013년 제1기부터 2015년 제2기까지 원고의 과세공급가액, 면세공급가액은 아래 표 기재와 같다.
(표생략)
2) 원고는 2013년 제1기부터 2015년 제2기까지(이하 '이 사건 과세기간'이라 한다)의 부가가치세를 신고하면서, 그 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하는 고정자산, 복리후생비, 수선비, 소모품비, 연료비, 폐기물 처리비, 전기요금 등 매입세액(이하 '이 사건 매입세액'이라 한다)에 대하여, 구 부가가치세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26983호로 개정되기 전의 것) 제81조 제1항에 따라 아래 표 기재와 같이 원고 사업장에서 발생한 면세사업의 공급가액이 총 공급가액에서 차지하는 비율로 안분하여 불공제대상인 면세사업 관련 매입세액을 계산하였다.
다. 원고의 경정청구 및 피고의 거부처분
1) 원고는 2016. 10. 26. 이 사건 과세기간의 부가가치세에 관하여 당초 신고한 이 사건 매입세액의 공급가액 비율에 따른 안분계산 방식은 타당하지 않고 자가도축과 위탁도축의 각 도축 두수를 기준으로 안분 계산해야 한다는 이유로 아래 표 기재와 같이 합계 258,617,901원의 감액경정신청을 하였다.
(표생략)
2) 피고는 2016. 11. 25. '도축업을 영위하는 사업자가 공통매입세액을 과세사업 및 면세사업에 관련된 도축 두수를 기준으로 안분하여 계산할 수 있는 부가가치세법 시행규칙 제54조 제1항은 2016. 3. 9. 신설되어 2016년 제1기 과세기간부터 적용하도록 규정하고 있어 이 사건 과세기간에는 도축 두수를 기준으로 안분하는 규정을 적용할 수 없다'는 이유로 원고의 감액경정을 거부하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).
라. 전심절차
원고는 이에 불복하여 2017. 2. 15. 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조세심판원은 2017. 6. 2. 원고의 심판청구를 기각하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
이 사건 매입세액을 구 부가가치법 시행령 제81조 제1항에 따라 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율에 따라 안분하여 계산한 이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 세법해석의 기준, 부가가치세 매입세액 공제범위의 기본원리, 과세형평의 원칙에 반하여 위법하다.
① 국세기본법 제18조 제1항은 '세법을 해석ㆍ적용할 때는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다' 고 규정하고 있으므로, 부가가치세법 시행령 제81조 제1항에서 정한 안분계산방식에 따르는 것이 현저하게 불합리하다고 볼 만한 경우에는 위 규정에서 정한 안분계산방식을 따르지 않을 수 있다.
② 원고는 자가도축(면세사업)과 위탁도축(과세사업)을 겸영하는 사업자로, 위탁도축과 자가도축은 동일한 시설에서 동일한 비용, 시간, 공정을 거쳐 도축ㆍ가공되므로, 공통 매입한 재화 및 용역이 과ㆍ면세사업에 기여한 정도는 각 도축 두수에 비례한 것으로 보는 것이 합리적이고, 부가가치세 매입세액에 대한 공통매입세액 안분계산의 취지에 비추어 이 사건 매입세액을 각 도축 두수에 따라 안분하여 계산하는 것이 경제적 실질에 부합한다.
③ 원고는 2017. 2. 15. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판을 청구하였으나 조세심판원은 2017. 6. 2. 원고의 심판청구를 기각하였다. 그런데 조세심판원은 2017. 8. 24. 이 사건과 동일한 사안에서 공통매입세액은 도축 두수에 따라 안분하여 계산함이 타당하다고 심결 하였는바, 이 사건 처분이 취소되지 않는다면 과세형평에 어긋난다.
나. 관계 법령
별지 기재와 같다.
다. 판단
구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것) 제40조, 구 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 본문에 의하면, 사업자가 과세사업과 면세사업
등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 '공통매입세액'이라 한다)이 있는 경우 면세사업 등에 관련된 매입세액은 원칙적으로 총 공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산하여야 한다.
구 부가가치세법 제39조 제2항의 위임에 따라 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 범위를 정하기 위하여 공통매입세액의 안분계산방식 등을 규정한 구 부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 법률에서 구체적으로 범위를 정하여 위임받은 사항에 관하여 헌법 제75조에 따라 대통령이 발한 법규명령이라 할 것이고, 한편 시행령 제81조 제1항의 내용 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 위 규정은 거기서 정하고 있는 안분계산방식에 구애됨이 없이 언제든지 다른 방식으로 공통매입가액을 안분할 수 있는 예시규정에 불과한 것으로 볼 수는 없으므로, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 위 규정에서 정한 안분계산방식에 따르는 것이 현저하게 불합리하다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 위 규정에 따라 안분계산 하여야 한다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두4810 판결 등 참조).
이 사건 매입세액이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어져 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당함은 원고와 피고 사이에 다툼이 없고, 원고는 이 사건 과세기간에 과세사업과 면세사업을 모두 영위하면서 일정한 매출이 있었으므로 위 공통매입세액 중 공제되지 않는 매입세액은 구 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 본문에 따라 산정하여야 한다. 그런데 앞서 든 증거, 갑 제2호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 매입세액을 구 부가가치세법 시행령 제81조 제1항에서 정한 방식에 따라 과세사업과 면세사업의 공급가액의 비율에 따라 안분하여 계산하는 것이 현저하게 불합리하다고 볼 만한 특별한 사정이 있다고 볼 수 없으므로, 이 사건 매입세액은 구 부가가치세법 시행령 제81조 제1항에 따라 안분 계산하여야 한다.
① 매입한 소ㆍ돼지를 도축한 후 추가로 해체작업 등을 하여 육류를 판매하는 자가도축 및 육류판매업은 부가가치세 면세사업이고, 위탁받은 소ㆍ돼지를 도축한 후 수수료를 받는 위탁도축은 부가가치세 과세사업이다. 원고는 동일한 시설에서 면세사업인 자가도축과 과세사업인 위탁도축을 하는데, 이 사건 매입세액을 과세사업과 면세사업의 공급가액의 비율에 따라 안분하여 계산할 경우 면세사업 부분에서 발생하는 공급가액은 원고가 생우ㆍ생돈을 매입하여 도축ㆍ가공한 후 판매한 가액(생돈 1두당 약42만 원, 생우 1두당 약 550만 원)이고, 과세사업 부분에서 발생하는 공급가액은 타인으로 부터 위탁받은 소와 돼지를 도축한 데 대한 수수료(생돈 1두당 약 13,000원, 생우 1두당 약 88,000원)이다. 그 결과 면세사업에 대한 공급가액은 소ㆍ돼지 육류의 판매가액인 재화의 공급가액이 되나, 과세사업에 대한 공급가액은 도축한 소ㆍ돼지의 가액이 포함되지 않은 용역의 공급가액이어서 면세사업 부분과 과세사업 부분에 포함되는 공급가액의 성격이 상이하게 되는 측면이 있다. 그러나 이는 면세사업과 과세사업의 내용이 다른 점에서 기인하는 불가피한 현상이라고 할 것이어서 위와 같은 사정만으로는 이 사건 매입세액을 면세사업 부분과 과세사업 부분의 공급가액의 비율에 따라 안분하는 것이 국세기본법 제18조 제1항에 반하여 현저하게 불합리하다고 볼 수 없다.
② 구 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 본문에 따라 공급가액의 비율에 따라 공통 매입세액을 안분하는 것은 그 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분 사이에 관련성이 있을 경우에 한하고, 그 각 사업 부분이 서로 분리ㆍ독립되어 있다면 공급가액을 기준으로 공통매입세액을 안분할 것은 아니다. 이 경우 위 각 사업 부분이 서로 관련된 것인지 여부는 공통매입세액의 발생사유인 재화 등을 공급받은 경위와 목적, 사업운영의 형태, 공통매입세액과 공급가액이 발생한 사업장의 장소적 연관성, 업종의 특성 등 관련 사정을 종합적으로 고려하여 판단할 것이다(대법원 2017. 1. 25. 선고 2016두51788 판결 참조).
이 사건 매입세액은 고정자산, 복리후생비, 수선비, 소모품비, 연료비, 폐기물처리비, 전기요금 등임은 앞에서 본 바와 같고, 원고는 소ㆍ돼지를 매입하여 도축, 가공 후 육류를 판매하는 면세사업을 하고 있어 면세사업 부분의 공급가액에는 소ㆍ돼지의 매입가격, 도축ㆍ가공 원가, 이윤이 포함되어 있다. 위와 같은 원고의 면세사업 내용을 보면, 이 사건 매입세액은 면세사업과 과세사업에 공통된 소ㆍ돼지의 도축 및 가공 공정 뿐만 아니라 소ㆍ돼지의 매입 과정 및 판매 과정 등에도 사용되었을 것으로 보여, 이 사건 매입세액이 과ㆍ면세사업에 기여한 정도는 각 도축 두수에 정확히 비례한다고 보기는 어렵다. 또한 이 사건 매입세액이 발생 사업 부분은 소ㆍ돼지를 매입하여 도축, 가공 후 육류를 판매하는 면세사업 부분 전체와 관련성이 있는 것으로 보인다.
③ 부가가치세법 시행령은 2016. 2. 17. 대통령령 제26983호로 개정되면서 제81조 제1항에서 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우로서 공통매입세액이 있는 경우면세사업에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산한다고 규정하였고, 그 부칙 제5조는 제81조 제1항의 개정규정은 2016. 1.1. 이후 개시하는 과세기간에 재화나 용역을 공급받는 분부터 적용하도록 하였다. 이에 따라 부가가치세법 시행규칙이 2016. 3. 9. 기획재정부령 제546호로 개정되면서 제54조 제1항에서 도축업을 영위하는 사업자는 공통매입세액을 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수에 따라 안분하여 계산하도록 하였고, 그 부칙 제4조는 제54조의 개정규정은 2016. 3. 9.이 속하는 과세기간에 대하여 과세표준을 신고하는 분부터 적용하도록 하였다.
부가가치세법 시행규칙 제54조 제1항이 신설되어 시행되기 이전인 이 사건에서는, 원고가 주장하는 사정만으로 구 부가가치세법 시행령 제81조 제1항에 따라 이 사건 매입세액을 과세사업과 면세사업의 공급가액의 비율에 따라 안분하여 계산한다고하여 과세형평의 원칙에 어긋난다고 볼 수 없다.
3. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
관계 법령
제38조(공제하는 매입세액)
매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에
대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
제39조(공제하지 아니하는 매입세액)
제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과
대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액
제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로
정한다.
제40조(공통매입세액의 안분)
사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매
입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하
공통매입세액 이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는
기준(이하 공통매입세액 안분기준 이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안
분(按分)하여 계산한다.
제81조(공통매입세액 안분 계산)
법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을
구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액 이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된
매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고
기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및
제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.
제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기
획재정부령으로 정한다.
제81조(공통매입세액 안분 계산)
법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을
구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액 이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된
매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산
식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급
가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의
비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.
제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기
획재정부령으로 정한다.
부칙 <대통령령 제26983호, 2016. 2. 17.>
제5조(공통매입세액 안분 계산에 관한 적용례)
제81조 제1항의 개정규정은 2016년 1월 1일 이후 개시하는 과세기간에 재화나 용역을 공급받
는 분부터 적용한다.
제54조(공통매입세액 안분 계산)
영 제81조 제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 법 제40조에 따른 공통매입세액(이하 공
통매입세액 이라 한다)과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 법 제29조
제8항에 따른 면세사업등(이하 면세사업등 이라 한다)에 대한 수입금액의 합계액으로 하
고, 같은 항에 따른 면세공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 면세사업등에
대한 수입금액으로 한다.
제54조(공통매입세액 안분 계산)
1영 제81조제1항에 따른 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우 란 도축업
을 영위하는 사업자가 법 제40조에 따른 공통매입세액(이하 공통매입세액 이라 한다)을 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수(數)에 따라 안분하여 계산하는 경우를 말한다.
영 제81조 제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 법 제29조 제8항에 따른 면세사업등(이하 면세사업 등 이라한다)에 대한 수입금액의 합계액으로 하고, 같은 항에 따른 면세공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 면세사업등에 대한 수입금액으로 한다.
부칙 <제546호, 2016. 3. 9>
제4조(공통매입세액 안분 계산에 관한 적용례)
제54조의 개정규정은 이 규칙 시행일이 속하는 과세기간에 대하여 과세표준을 신고하는 분부
터 적용한다.