소득세법 제89조 제1항 제3호 , 시행령 제156조 제1항 에서는 대통령령으로 정하는 1세대 1주택의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 거래가액이 900,000,000원을 초과하는 고가주택을 제외하고 양도소득세를 과세하지 않는다고 규정하고 있고, 시행령 제154조 제3항 에 의하면 위 규정을 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 보되, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. 그런데 건물의 실제 면적이 등기부등본 등 공부상 기재와 달리 주택 외의 부분보다 크다는 사실은 과세관청이 자인하고 있으므로 위 건물 전체를 주택으로 보아 양도차익을 산정하여야 할 것임에도, 주택 면적이 주택 외 면적보다 적다는 것을 전제로 한 양도소득세부과처분은 위법하다. 과세관청은 위 시행령 제154조 제3항 이 1세대 1주택 비과세 양도소득의 범위를 정한 것에 불과하고 구체적인 양도차익 산정의 근거 규정은 아니라고 주장하나, 위 시행령 규정에 의하여 위 건물 전체를 주택으로 본 다음 과세표준 및 개별주택가격 등 기준시가를 적용하여 양도차익을 산정하는 것이지 위 규정 자체의 적용을 배제하고 곧바로 위 건물을 주택 부분과 주택 외 부분으로 구분하여 양도차익 산정에 나아갈 수 있다고 해석할 아무런 근거가 없다.

원고 (소송대리인 변호사 류성하)

금천세무서장

2014. 5. 1.

1. 피고가 2013. 7. 16. 원고에게 한 2011년 귀속 양도소득세 및 가산세 17,162,910원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분 경위

가. 원고는 1988. 9. 28. 서울 관악구 (주소 생략) 대지 및 그 지상 2층 주택 겸용 건물 181.22㎡(공부상 1층 면적 91.9㎡, 2층 면적 89.32㎡, 이하 ‘이 사건 건물’)를 취득한 후 2011. 2. 21. 소외인 등에게 이를 1,600,000,000원에 양도하였고, 2011. 8. 5. 이 사건 건물 전체를 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용하여 고가주택 기준금액인 900,000,000원을 초과하는 부분에 대한 환산취득가액을 675,978,301원으로 산정한 후 10,661,309원의 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. 피고는 과세전적부심사 결과 이 사건 건물 등에 대한 1세대 1주택 비과세 적용을 인정하되 위 건물 중 1층은 상가로, 2층은 주택으로 각 사용되었음을 이유로, 2013. 7. 16. 이 사건 건물 1층은 기준시가로 계산하고 2층은 개별주택가격을 기준시가로 안분함으로써 환산취득가액을 594,846,621원으로 재산정한 다음, 가산세 5,026,545원을 포함한 2011년 귀속 양도소득세로 총 17,162,910원을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’)을 하였다.

다. 원고는 2013. 9. 27. 이에 불복하여 심판청구를 하였으나, 2013. 12. 30. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5호증(각 가지번호 포함), 을 제1, 2호증, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

소득세법 제89조 제1항 제3호 , 시행령 제156조 제1항 에서는 대통령령으로 정하는 1세대 1주택의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 거래가액이 900,000,000원을 초과하는 고가주택을 제외하고 양도소득세를 과세하지 않는다고 규정하고 있고, 시행령 제154조 제3항 에 의하면 위 규정을 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 보되, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

그런데 이 사건 건물 주택 부분의 실제 면적이 등기부등본 등 공부상 기재와 달리 주택 외 부분보다 크다는 사실은 피고도 자인하고 있으므로 위 건물 전체를 주택으로 보아 양도차익을 산정하여야 할 것임에도, 주택 면적이 주택 외 면적보다 적다는 것을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다(피고는 위 시행령 제154조 제3항 이 1세대 1주택 비과세 양도소득의 범위를 정한 것에 불과하고 구체적인 양도차익 산정의 근거 규정은 아니라고 주장하나, 위 시행령 규정에 의하여 이 사건 건물 전체를 주택으로 본 다음 과세표준 및 개별주택가격 등 기준시가를 적용하여 양도차익을 산정하는 것이지 위 규정 자체의 적용을 배제하고 곧바로 위 건물을 주택 부분과 주택 외 부분으로 구분하여 양도차익 산정에 나아갈 수 있다고 해석할 아무런 근거가 없으므로, 위 주장은 받아들이지 않는다).

3. 결론

원고 청구는 이유 있어 이를 인용한다.

판사 노유경