개정 전 예정신고납부세액공제액공제를 반영하지 아니한 경정거부처분은 정당함

구 조세특례제한법 개정에 따라 감면세액이 확대되어 환급이 발생하는 경우, 종전에 납부된 예정신고납부세액공제액을 그대로 주장할 수는 없음

소득세법 제108조예정신고납부세액공제

2013구단13351 양도소득세경정거부처분취소

함DD

oo세무서장

2013. 9. 27.

2013. 10. 25.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2012. 7. 2. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 OOOO원의 경정청구 거부처분을 취소한다는 판결.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 1. 14. OO시 OO구 OO동 34-2 답 1,437㎡와 같은 동 35-3 답 1,345㎡를 양도한 후 2008. 3. 31. 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조, 제133조에 따라 자경농지임을 이유로 OOOO원을 한도로 양도소득세를 감면하는 것으로 하여 양도소득세 OOOO원을 예정신고, 납부하였다.

나. 그 후 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 조세특례제한법 제133조가 개정되어 제69조에 의해 자경농지임을 이유로 감면되는 양도소득세액의 한도가 OOOO원으로 증가함에 따라, 피고는 2009. 6. 1. 감면되는 양도소득세액을 OOOO원으로 하여 원고가 납부한 양도소득세 중 OOOO원을 환급하였다.

다. 원고는 2012. 5. 31. 양도소득세 OOOO원이 아닌 OOOO원을 감면받아야 한다면서 OOOO원을 추가 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였으나, 피고는 2012. 7. 2. 이를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

라. 이에 대하여 원고는 2012. 9. 28. 이의신청을 거쳐 2013. 1. 23. 심판청구를 제기하였으나 2013. 3. 25. 기각되었다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑1, 2, 을1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

원고는 당초 산출세액을 OOOO원(감면세액 OOOO원 기준)으로 보아 예정신고를 하고 자진납부한 바 있으므로, 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제108조에 따라 산출세액의 10%인 OOOO원을 예정신고납부 세액공제액으로 공제하여야 함에도 불구하고, 피고는 원고가 예정신고 및 자진납부한 사실을 간과하고 다시 예정신고 및 자진납부하는 경우와 마찬가지로 산출세액을 OOOO원(개정된 감면세액 OOOO원 기준)으로 보아 예정신고납부세액공제액을 산출세액의 10%인 OOOO원만 공제함으로써 그만큼 환급세액이 줄어들었으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

3. 처분의 적법여부

가. 관련 법령

■ 구 조세특례제한법

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상(괄호 생략) 직접 경작한 토지로서 농업소득세 과세대상이 되는 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다(단서 생략)

제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의 3 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 과세기간별로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

나. 제33조, 제43조, 제69조 제70조, 제77조, 제77조의 3 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

부칙 (제9272호, 2008. 12. 26.)

제1조(시행일) 이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다. 다만 … 제133조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, (이하 생략)

제29조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도에 관한 적용례) 제133조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

■ 구 소득세법

제108조(예정신고납부세액공제) ① 예정신고와 함께 자진납부하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다.

② 제1항의 규정에 의한 공제는 이를 예정신고납부세액공제라고 한다.

■ 구 소득세법 시행규칙(2010. 4. 30. 기획재정부령 제154호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제84조(예정신고납부세액공제) ① 법 제108조의 규정에 의한 예정신고납부세액공제는 그 신고하는 금액에 대하여 납부할 세액에서 당해 예정신고납부세액공제를 한 금액을 전액 자진신고납부(괄호 생략)하는 경우에 한한다. (단서 생략)

② 제1항에서 납부할 세액이라 함은 산출세액에서 「조세특례제한법」에 의하여 감면되는 세액을 감면되는 세액, 법 제118조의 6에 따른 외국납부세액과 법률 제5586호 토지초과이득세법 폐지법률에 의하여 폐지되기 전의 「토지초과이득세법」 제26조의 규정에 의하여 양도소득세의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세를 차감한 것을 말한다.

나. 판단

1) 원, 피고의 주장의 비교

<표> 판결문 4~5쪽 참조

2) 위 표에서 보는 바와 같이 원고와 피고의 주장의 차이는 '예정신고납부세액공제액'을 계산하는 방법에 있다.

살피건대, 구 소득세법 제108조 제1항에 따르면 '예정신고납부세액공제액'의 계산은 '산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10'으로 계산하도록 하고, 구 소득세법 시행규칙 제84조 제2항에 따르면 '납부할 세액'이라 함은 산출세액에서「조세특례제한법」에 의하여 감면되는 세액을 차감한 것을 말한다고 규정하고 있으므로, 이러한 방식에 따라 계산하면 피고가 환급결정한 내역과 같이 '납부할 세액'은 OOOO원이고, 이것의 100분의 10에 해당하는 OOOO원을 '예정신고납부세액공제액'으로 공제하면 OOOO원이 결정세액이 된다. 원고가 예정신고, 납부한 이후에 관련 법령의 개정됨으로써 이미 예정신고, 납부한 금액이 있다고 하여 납부한 금액을 기준으로 공제액을 산정하여야 한다고 볼 아무런 근거가 없다.

3) 이 사건 처분은 관련 법령에 따른 것으로 적법하다.

4. 결론

그러므로 원고의 청구는 이유 없어 기각한다.