주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 2008. 1. 14. 서울 강동구 B 답 1,437㎡와 C 답 1,345㎡를 양도한 후 2008. 3. 31. 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조, 제133조에 따라 자경농지임을 이유로 1억원을 한도로 양도소득세를 감면하는 것으로 하여 양도소득세 103,674,020원을 예정신고, 납부하였다.
나. 그 후 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 조세특례제한법 제133조가 개정되어 제69조에 의해 자경농지임을 이유로 감면되는 양도소득세액의 한도가 2억원으로 증가함에 따라, 피고는 2009. 6. 1. 감면되는 양도소득세액을 2억원으로 하여 원고가 납부한 양도소득세 중 9,000만원을 환급하였다.
다. 원고는 2012. 5. 31. 양도소득세 1억 9,000만원이 아닌 2억원을 감면받아야 한다면서 1,000만원을 추가 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였으나, 피고는 2012. 7. 2. 이를 거부하는 이 사건 처분을 하였다. 라.
이에 대하여 원고는 2012. 9. 28. 이의신청을 거쳐 2013. 1. 23. 심판청구를 제기하였으나 2013. 3. 25. 기각되었다.
【인정근거】다툼 없는 사실, 갑1, 2, 을1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 원고의 주장 원고는 당초 산출세액을 115,193,000원(감면세액 1억원 기준)으로 보아 예정신고를 하고 자진납부한 바 있으므로, 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제108조에 따라 산출세액의 10%인 11,519,000원을 예정신고납부세액공제액으로 공제하여야 함에도 불구하고, 피고는 원고가 예정신고 및 자진납부한 사실을 간과하고 다시 예정신고 및 자진납부하는 경우와 마찬가지로 산출세액을 15,193,000원(개정된 감면세액 2억원 기준)으로 보아 예정신고납부세액공제액을 산출세액의 10%인 1,519,000원만 공제함으로써...