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제목
본점등의 공통경비 배분액을 그룹별로 경비 배분을 할 수 있는지 여부
요지
본점의 경비 중 △△그룹과 관련된다고 판단되는 비용을 이 사건 배분대상 공통경비에서 제외하고 있는 사실을 인정할 수 있으므로, 그 배분비율을 정함에 있어 ○○그룹과 관련된 본점 및 산하 지점의 수입금액을 기초로 산출함이 합리적임
관련법령
법인세법 제19조 손금의 범위
법인세법시행령 제130조 본점등의 경비배분
주문
1. 피고가 2004. 7. 1. 원고에 대하여 한, 1999 사업연도 법인세 부과처분 중 금 63,990,492원을 초과하는 부분, 2000 사업연도 법인세 부과처분 중 금 84,630,651원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 이를 2분하여 그 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
청구취지
피고가 2004. 7. 1. 원고에 대하여 한 법인세 1999 사업연도 195,928,770원, 2000 사업연도 197,960,820원, 2001 사업연도 65,786,780원의 부과처분을 모두 취소한다.
이유
1. 처분의 경위
다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1내지 18, 갑 제4호증의 1 내지 26, 갑 제5호증의 1 내지 28, 갑 제6, 7, 8호증, 갑 제9호증의 1 내지 9, 갑 제10호증, 갑 제11호증, 을 제1호증의 1 내지 10, 을 제2호증의 1 내지 9, 을 제3호증의 1 내지 11, 을 제4호증의 1 내지 9의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.
가. 원고는 1992. 9. 28. 싱가포르에 그 본점을 두고, 홍콩, 아르헨티나, 아랍에미리트 공화국, 러시아, 남아프리카 공화국, 터키공화국을 비롯하여 세계 여러 나라에 지점을 설치하여 투자관리서비스, 매매주문업무 및 기타 관련업무 등 자산운용업을 영위하는 싱가포르법률에 따라 설립된 자산운용사로서, 1998. 9. 30. 국내 4대 구조조정기금의 하나인 ○○구조조정기금과 자산운용계약을 체결하고 위 ○○구조조정기금의 자산운용업무를 영위하기 위하여 1998. 11. 1. ○○시 ○○구 ○○동에 국내 영업소(이하 '서울 영업소'이라고 한다)를 설치하였다.
나. 한편 원고는 그 조직을 크게 자산운용업무부서인 ○○ 그룹(○○ Group)과 판매부서인 △△ 그룹(△△ Group)으로 나누어 각 다른 그룹과는 독립적으로 운영하고 있는데, ○○구조조정기금의 관리, 운용과 관련하여서는 싱가포르 본점 및 홍콩 지점의 ○○ 그룹에서 주된 투자대상선정 및 결정, 투자관리, 회수, 청산, 재투자 등의 핵심적인 업무를 수행하였고, 서울 영업소는 최소의 인력을 가지고 시장조사, 분석 등의 보조적인 업무를 수행하였다.
다. 원고는 법인세법 제91조에 의하여 국내사업장을 가진 외국법인으로서 피고에게 서울 영업소에 대한 법인세를 신고 · 납부하였는데, 1999. 12. 29. 1999 사업연도(1998. 11. 1.부터 1999. 9. 30.까지)에 관하여, 2000. 12. 30. 2000 사업연도(1999. 10. 1.부터 2000. 9. 30.까지)에 관하여, 2001. 12. 31. 2001 사업연도(2000. 10. 1.부터 2001.9. 30.까지)에 관하여 각 아래와 같은 내용으로 신고 · 납부하였다.
<원고 신고·납부 내역> (단위 ; 원)
사업연도
(수입금액)매출액
영업비용
당기순이익
②
과세표준
③
납부세액
④
수수료비용
판매비와 관리비
영업비용
총계①
지급
급료
회계법무
본점
수수료
수수료
경비배분
99
2,912,873,529
1,073,163,929
38,248,388
748,499,354
2,121,611,643
791,261,886
791,261886
211,553,328
00
3,488,109,238
1,101,801,194
152,703,247
197,821,986
32,285,709
751,562,736
2,288,244,609
1,198,327,280
1,192,045,915
321,772,856
01
251,837,801
62,664,850
142,731,818
48,077,824
392,543,375
-143,117,313
-150,017,236
-160,886,420
① 영업비용 총계는 수수료비용 및 판매비와 관리비를 합한 금액이고, 판매비와 관리비항목에는 위에서 적시된 지급수수료, 급료, 회계 · 법무수수료, 본점경비배분 이외에 복리후생비, 임대료, 접대비, 감가상각비, 통신비, 기타가 더 있으나 이 사건 쟁점과 관련되지 않아 따로 표시하지 아니하였다.
② 당기 순이익은 1999 및 2000 사업연도의 경우에는 매출액에서 영업비용 총계를 뺀 나머지 금액이 되나, 2001 사업연도의 경우에는 매출액에서 영업비용 총계를 뺀 나머지 -140,705,574원에 영업외 수익 703,734원을 더하고 영업외비용(외화차손) 3,115,473원을 뺀 금액이다.
③ 과세표준은 1999 사업연도의 경우 매출액에서 영업비용 총계를 뺀 나머지 금액(당기 순이익)과 동일하나, 2000 사업연도의 경우 매출액에서 영업비용 총계를 빼고(당기 순이익) 여기에 환율차이로 인한 본점경비 추가 배부액 6,281,365원을 손금으로 산입한 금액이며, 2001 사업연도의 경우 위 당기 순이익에 퇴직급여충당금 8,995,271원, 외화환산이익 15,601,838원, 감가상각비 3,438,584원, 미지급 상여 15,851,200원을 익금으로 산입하고, 외화환산손실 50,786,816원을 손금산입하여 산출된 금액이다.
④ 납부세액은 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제55조 제1항, 제2항에 의하여 산출된 금액인데, 2001 사업연도의 경우 결손이 되나 원고의 기납부세액이 160,886,420원이 있어 위 금액을 납부세액으로 표시한 것이다.
한편, 원고는 위와 같이 1999와 2000 사업연도의 법인세 신고를 함에 있어 법인세법 시행령 제130조 제1항에 의하여 원고의 싱가포르 본점과 홍콩지점에서 발생한 경비 중 서울 영업소와 관련된다고 판단되는 경비를 공통경비로 하여 아래 계산내역과 같이 산출하여 원고 서울 영업소의 영업비용으로 산입하였는데, 그 배분기준은 서울영업소의 자산이 원고 전체의 자산합계에서 차지하는 비율(이하 '자산비율기준'이라고 한다)에 의하였다.
1. 본점 경비 배분액 계산
발생
장소
1999 사업연도
2000 사업연도
배분대상
서울영업소
원고전체
배분
경비
배분대상
서울영업소
원고전체
배분
경비
경비
자산
관리자산
율
배분액
경비
자산
관리자산
율
배분액
싱가포르
15,855,470SGD
117,710만USD
4,104,720만USD
2.87%
454,697,SGD
14,806,659SGD
129,070만USD
4,570,100만USD
2.82%
418,186SGD
홍콩
94,405,802HKD
177,710만USD
4,104,720만USD
2.87%
2,707,333HKD
116,046,112HKD
129,070만USD
4,570,170만USD
2.82%
3,277,506HKD
① SGD는 싱가포르 달러를, HKD는 홍콩 달러를, USD는 미국달러를 말하고, 이하 이와 같이 약칭하기로 한다.
2. 원화환산
발생장소
1999 사업연도
2000 사엽연도
배분대상비용
환율
계산
배분대상비용
환율
계산
싱가포르
454,697 SGD
716.61516
325,842,820원
418,186 SGD
659.6871
275,872,238원
홍콩
2,707,333 HKD
156.11544
422,656,534원
3,277,506 HKD
145.13794
475,690,498원
합계
748,499,354원
751,562,736원
라. 그런데 피고는 2004. 4. 26.부터 같은 해 5. 24.까지 원고 서울 영업소의 1999 내지 2001 사업연도에 대한 세무조사를 실시한 결과, 1999 및 2000 사업연도의 본점 등 배분대상 공통경비 금액 중 법률자문료 등 일부 금액을 본점 등 배분대상 공통경비에서 제외하고, 또 경비배분기준을 각 해당연도 원고 전체의 수입금액에서 원고 서울 영업소의 수입이 차지하는 비율(이하 '수입비율기준'이라 한다)에 따라 산출하여 2004. 7. 1. 원고에게 각 아래와 같은 내용으로 1999 및 2000 사업연도 법인세를 경정 · 부과 하였고, 2001 사업연도에 대하여는 원고가 2000. 10. 31. ○○구조조정기금과의 자산 운용계약을 종료하고 이후 원고가 대한민국에서 위 구조조정기금과 관련한 사업을 영위하지 아니하고 또 이후 서울 영업소가 신고한 국내원천소득이 없다는 이유로 2000. 11. 1. 이후 발생한 원고 서울 영업소의 비용 328,495,069원을 손금 부인하여 아래와 같은 내용으로 같은 날 원고에게 2001 사업연도 법인세를 경정 · 부과하였다.
1. 1999, 2000 사업연도 본점 등 배분대상 공통경비 중 피고 제외 내역 및 인정 배분금액
1999 사업연도
2000 사업연도
싱가포르(SGD)
홍콩(HKD)
싱가포르(SGD)
홍콩(HKD)
배분대상
본점경비
배분
대상
제외
내역
신고금액과 부서별 금액의
차이분
1,275,965
하청자문수수료
618,505
ICA 비용(IS&T; 제외)
5,042,290
4,339,507
2,877,976
12,247,567
IS&T; ICA 용역비
714,603
540,147
회계수수료
11,080
278,560
11,800
52,000
자문료(마케팅, IS&T; 제외)
22,927
186,779
321,750
법률자문료
686,893
1,006,369
480,361
220,342
기타수수료
57,430
103,766
51,317
401,216
감사수수료
48,816
77,615
71,549
115,181
제외금액 합계
7,806,004
5,992,596
4,651,655
13,358,056
배분대상 합계
7,995,466
88,413,206
10,155,004
102,688,056
배분기준
총수입금액(SGD)
244,098,860
333,334,199
서울 영업소 수입금액(SGD)
4,159,712
5,340,339
배분비율
약 0.17%
약 0.16%
환율
713.1773846
155.4699892
664.1802843
145.5099841
배분대상 원화환산금액
97,171,845
234,240,103
108,057,483
239,387,642
2. 1999 내지 2001 사업연도 법인세 경정 · 부과 내역 (단위; 원)
사업
연도
당초 과세표준
본점경비배분
익금산입
손금산입
과세표준③
산출세액④
가산세액
차감
고지세액⑤
당고신고금액
인정배분대상경비
경비제외금액
①
기타
②
1999
791,261,886
748,499,354
331,411,947
417,087,407
6,956,390
1,215,305,683
329,285,591
78,196,513
195,928,776
2000
1,192,045,915
751,562,736
347,445,125
410,398,977
688,297
4,258,310
1,598,874,879
435,684,966
95,231,860
209,143,970
2001
-150,017,236
328,495,069
683,734
184,694,022
39,714,326
26,072,454
65,786,780
① 경비제외금액은 당초 신고한 본점 등 경비에서 위와 같이 산출한 인정배분대상경비 뺀 나머지 금액이고, 이를 익금 산입한 것인데, 다만 2000 사업연도의 경우 익금 산입할 경비제외금액은 1. 1999, 2000 사업연도 배분대상 공통경비 중 피고 제외 내역 및 인정 배분금액표에 의하면 404,117,611원이 산출된다.
② 익금 산입한 기타 금액은 1999 사업연도의 경우 ○○구조조정기금의 운용수수료 미수액 매출 미계상분을 익금 산입한 금액이고, 2000 사업연도의 경우 불분명 화폐성 외화자산 및 부채에 대한 외화자산평가차손을 익금 산입한 것이며, 2001 사업연도의 경우 2000. 11. 이후 발생한 원고 서울 영업소의 비용계상분 전부를 원고 서울 영업소의 업무와 무관한다고 하여 손금 불산입한 것이다.
③ 과세표준은 1999, 2000 사업연도의 경우 당초 신고한 과세표준에 경정된 익금을 가산하고 추가로 손금 산입할 금액을 뺀 나머지 금액이고, 2001 사업연도의 경우 원고는 당초 과세표준을 결산서상 당기순이익 -143,117,313원에 위 익금 43,886,893원을 가산하고 손금 50,786,816원을 공제하여 산출된 -150,017,236원으로 하여 신고하였으나, 피고는 원고가 당초 익금가산 및 손금산입한 위 소득조정금액 전부를 원고 서울 사업장의 ○○구조조정기금과 관련이 없다고 하면서 부인하고, 당초 결산서상 당기순이익 -143,117,313원에 위 328,495,069원을 업무무관비용으로 하여 위 익금산입하고, 외화환산차익 683,734원을 손금산입하여 산출하였다.
④ 산출세액은 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제55조 제1항, 제2항에 의하여, 1999 사업연도의 경우에는 "[1,600만원 + {(과세표준 X 12/11) - 1억원} X 28%] X 11/12"의 방법으로, 2000, 2001년 사업연도의 경우 "{1,600만원 + (과세표준 - 1억원) X 28%}" 의 방법으로 각 산출된 금액이다.
⑤ 차감고지세액은 1999, 2000 사업연도의 산출세액에서 가산세액을 합한 금액에서 기납부세액을 공제한 금액이고, 2001 사업연도의 경우 위와 같이 산출된 산출세액에서 가산세액을 합한 금액이다.
마. 이에 대하여 원고는 2004. 9. 30. 국세심판원에 (1) 피고가 제외한 본점 등 배분 대상 공통경비는 국내원천소득과 관련하여 합리적으로 발생한 비용임에도 이를 부인한 것은 부당하고, (2) 배분대상 공통경비를 자산운용비율로 배분하는 것이 합리적이며, (3) 2000 사업연도 법인세 경정부과처분에 있어서 과다배분액은 배분기준 차이에 의하여 발생된 차이일 뿐 원고가 허위로 계상한 것이 아님에도 피고가 부당과소신고금액으로 하여 가산세를 산출한 것은 부당하고, (4) 원고는 ○○구조조정기금과의 자산운용계약이 종료된 이후에도 다른 자산운용사업을 위한 활동을 위하여 비용이 발생하였으므로 이를 2001 법인세 산정시 손금부인한 것은 부당하다는 이유로, 국세심판을 청구하였는데, 국세심판원은 2005. 8. 31. 원고의 위 (1), (2), (4) 주장에 대하여는 이를 인정하지 아니하고, (3) 주장에 대하여는 이를 받아들여 '피고가 2004. 7. 1. 원고에게 한 2000 사업연도 법인세 209,143,970원의 부과처분은 본점 경비배분차액 410,398,976원을 일반과소신고금액으로 하여 그 세액을 경정하고 나머지 청구는 기각한다'라는 결정을 하였다(위 1999, 2001 사업연도 법인세 부과처분과 2000 사업연도 법인세 중 이와 같이 감액경정된 부과처분을 모두 '이 사건 부과처분'이라고 한다).
바. 피고는 위 결정에 따라 2005. 9. 15. 원고에 대한 2000 사업연도 법인세 부과처분 중 가산세를 일반과소신고금액으로 하여 산출한 다음 당초 경정 · 부과한 금액에서 11,183,155원을 감액하여 원고에 대한 2000 사업연도 법인세를 197,960,815원으로 감액경정하였다.
2. 이 사건 부과처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
(1) 원고 싱가포르 본점과 홍콩 지점이 ○○구조조정기금의 투자대상 선정, 투자관리, 투자자문 등의 핵심적인 역할을 하였으므로 이 사건 배분대상 공통경비에서 제외한 금액 중 법률수수료, 자문료 등은 원고 서울 영업소의 ○○구조조정기금의 운용과 합리적을 관련된 비용이다. 또 원고가 자산운용업의 수행을 위하여 소요된 전산 설비의 구입, 설치, 운영, 관리, 용역에 따른 비용도 서울 영업소의 ○○구조조정기금의 운영, 관리를 위한 합리적으로 관련된 비용이라고 할 것이므로 피고가 ICA 비용 등을 배분대상 공통경비에서 제외한 것은 부당하다
(2) 원고가 고객의 운용자산의 일정비율을 기준으로 하여 정기적인 운용수수료를 지급받고, 고객의 운용자산의 가치를 높임으로서 수익을 창출하며, 운용자산이 커질수록 자산 포토폴리오도 다양해지고 이를 효율적으로 운용하기 위해서 영업경비, 규제관련경비, 인건비 및 기타 일반관리경비의 지출이 늘어나게 되는 점 등을 고려할 때 자산비율기준에 따라 공통경비를 배분하는 것은 합리적이고, 가사 수입비율기준에 의하더라도 원고는 1999, 2000 사업연도 홍콩 지점 및 싱가포르 본점의 발생 경비 중 서울 영업소와 관련된 비용 즉 ○○ 그룹에 관련된 비용만을 배분대상 공통경비로 삼았으므로, 수입비율기준을 산출함에 있어서도 서울 영업소의 수입금액이 원고의 총수입금액에서 차지하는 비율로 할 것은 아니고 ○○ 그룹에 관련된 수입금액을 기준으로 하여야 한다.
(3) 원고는 2000. 10. 31. ○○구조조정기금과의 자산운용계약을 종료하였으나 이 후 위 업무종료에 따른 결산, 보고 업무의 수행 및 국내에서의 새로운 자산운용사업의 개발, 영위를 위하여 서울 영업소를 계속 유지할 필요성이 있고, 따라서 위 계약이 종료된 이후 발생된 비용이 국내원천소득과 합리적 관련성이 없는 비용이라고 하여 전액 손금 부인한 이 부분 부과처분은 부당하다.
나. 관계법령
제19조 (손금의 범위)
① 손금은 자본 또는 출금의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제91조 (과세표준)
① 국내사업장을 가진 외국법인과 제93조 제3호의 규정에 의한 부동산소득이 있는 외국법인 또는 동조 제8호의 규정에 의한 산림소득이 있는 외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 국내원천소득의 총합계액(제98조 제1항의 규정에 의하여 원천징수되는 국내원천소득금액을 제외한다)에서 다음 각호의 규정에 의한 금액 또는 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.
제92조 (국내원천소득금액의 계산)
① 제91조 제1항의 규정에 해당하는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득의 총합계액은 대통령령이 정하는 바에 따라 제14조 내지 제54조와 「조세특례제한법」 제104조 및 같은 법 제138조의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.
제93조(국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각호와 같이 구분한다.
5. 외국법인이 영위하는 사업에서 발생하는 소득(조세조약에 따라 국내원천사업소득으로 과세할 수 있는 소득을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 제6호의 규정에 의한 소득을 제외한다.
제94조 (외국법인의 국내사업장)
① 외국법인이 국내에 사업의 전부 또는 일부를 수행하는 고정된 장소를 가지고 있는 경우에는 국내사업장이 있는 것으로 한다.
제129조 (국내원천소득금액의 계산)
① 법 제92조의 규정에 의하여 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득의 총합계액을 계산함에 있어서 익금과 손금의 계산은 법과 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호의 규정에 의한다.
1. 법 제14조의 규정에 의한 손금은 법 제93조의 규정에 의한 국내원천소득과 관련되는 수입금액·자산가액과 국내원천소득에 합리적으로 배분되는 것에 한한다.
제130조 (본점등의 경비배분)
① 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득금액을 결정함에 있어서 본점 및 그 국내사업장을 관할하는 관련지점 등의 경비 중 공통경비로서 그 국내사업장의 국내원천소득의 발생과 합리적으로 관련된 것은 국내사업장에 배분하여 손금에 산입한다.
② 제1항의 규정에 의하여 국내사업장에 배분되는 경비의 범위·배분방식, 업종별 경비배분방법, 경비배분시 외화의 원화환산방법, 경비배분계산서 등 첨부서류의 제출 기타 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다.
제64조 (본점 등의 경비배분)
① 영 제130조의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 본점 등의 경비는 국내사업장에 배분하지 아니한다.
1. 본점등에서 수행하는 업무중 회계감사, 각종 재무제표의 작성 또는 주식발행등 본점만의 고유업무를 수행함으로써 발생하는 경비
2. 본점등의 특정부서나 특정지점만을 위하여 지출한 경비
3. 다른 법인에 대한 투자와 관련되어 발생되는 경비
4. 기타 국내원천소득의 발생과 합리적으로 관련되지 아니하는 경비
② 영 제130조 제1항의 규정에 의하여 외국법인의 국내사업장에 본점 침 그 국내사업장을 관할하는 관련지점 등의 공통경비를 배분함에 있어서는 배분의 대상이 되는 경비를 경비항목별 기준에 따라 배분하는 항목별 배분방법에 의하거나 배분의 대상이 되는 경비를 국내사업장의 수입금액이 본점 및 그 국내사업장을 관할하는 관련지점 등의 총수입금액에서 차지하는 비율에 따라 배분하는 일괄배분방법에 의할 수 있다.
③ 제2항의 규정에 의하여 공통경비를 배분하는 경우 외화의 원화환산은 당해 사업연도의 「외국환거래법」에 의한 기준환율 또는 재정환율의 평균을 적용한다.
④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 구체적인 계산방법, 첨부서류의 제출 기타 필요한 사항은 국세청장이 정한다.
[외국기업의 과세소득계산상 손금산입되는 본점경비 등의 배분방법 및 서류제출에 관한 고시]
[국세청 고시 제99-28호(1999. 9. 1.)]
1. 배분대상경비의 범위
(1) 외국기업 국내사업장의 본점 및 지역통할점 등에서 발생한 경영비 및 일반관리비에 해당되는 경비 중에서 국내사업장의 국내원천소득의 발생과 합리적으로 관련이 있는 경비를 배분대상경비로 한다.
(2) 국내사업장에서 발생된 경비 중에서 공통경비는 국내사업장의 손금에 직접 산입하지 않고 배분대상경비에 포함한다.
2. 배분대상경비에 포함되지 않는 경비
가. 법인세법 시행규칙 제64조 제1항 및 소득세법 시행규칙 제86조의4 제1항의 규정에 열거된 경비
① 본점 및 지역통할점에서 수행하는 업무 중 회계감사, 각종 재무제표의 작성 또는 주식발행 등 본점 및 지역통할점만의 고유업무를 수행함으로써 발생하는 경비
② 본점 및 지역통할점의 특정 부서나 특정 지점만을 위하여 지출하는 경비
③ 본점 및 지역통할점에서 다른 법인에 대한 투자와 관련되어 발생하는 경비
④ 기타 국내원천소득의 발생과 합리적으로 관련되지 아니하는 경비
3. 경비 배분액의 계산방법 외국기업의 국내사업장이 각 사엽연도 소득금액 계산이 있어서 손금에 산입할 수 있는 공통경비배분액은 다음 각호에 게기한는 방법 중 하나를 선택하여 계산하여야 하며, 그 국내사업장이 선택하여 적용한 배분방법은 특별한 사유가 없는 한 다음 사업연도 이후에도 계속하여 적용하여야 한다.
가. 항목별 배분방법
나. 일괄배분방법
(1) 일괄배분방법은 항목별 배분방법을 적용하는 것이 적절하지 않거나 배분대상 공통경비액이 적어 항목배분의 실익이 없는 때에 국내사업장에 귀속되는 공통경비 합계액을 수입금액 기준에 의하여 계산하는 방법을 말한다.
(2) 일괄배분방법에 의한 국내사업장에 귀속되는 공통경비 배분액은 배분대상 공통경비 총액에 국내사업장의 수입금액이 본점 및 그 국내 사업장을 관할하는 지역통할점의 총 수입금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다.
본점 및 지역통할점의 공통경비 배분액 = 본점의 배분대상 경비 X (국내 사업장의 수입금액/본점의 수입금액과 본점 산하 각 지점 등의 수입금액 합계액) + 지역통할점의 배분대상경비 X (국내사업장의 수입금액/지역통할점의 수입금액과 지역통할점 산하 각 지점 등의 수입금액의 합계액)
5. 첨부서류 제출 및 입증
가. 외국기업 국내사업장이 각 사업연도의 국내원천소득금액을 계산함에 있어서 손금에 산입한 공통경비가 있는 경우에는 다음 각 호에 게기하는 서류를 법인세 신고시 또는 법인세 수정신고시에 해당 신고서에 첨부하여 제출하여야 한다.
(1) 본점 및 지역통할점의 조직도와 부서별 업무분장 규정
(2) 배분대상경비항목이 국내사업장에 배분대상이 되는 공통경비에 해담됨을 설명하는 자료
(3) 배분대상 공통경비 명세서
(4) 공통경비 배분계산서
(5) 본점 및 지역통할점 등의 수입금액 명세서
(6) 본점 및 지역통할점 자체의 계장과목멸 경비항목명세가 기재된 손익계산서 및 부속명세서
(7) 본점 및 지역통할점의 당해 사업연도말 현재 통합손익계산서
다만, 다음 사항은 본점 및 지역통할점이 소재하는 국가의 외부 회계전문가가 그 내용을 확인하였음을 서명하여야 한다.
① 배분대상 관련점 경비 명세
② 전세계 관련점 수입금액 명세
③ 본점 및 관련점의 조직도 및 부서멸 업무분장 내용설명서
나. 지방국세청장 또는 세무서장이 외국기업 국내사업장의 소득금액을 계산하는 때에 손금에 산입한 공통경비배분액과 관련하여 그 국내사업장에 필요한 증빙서류의 제출을 요구하거나 경비배분기준의 합리성 및 경비배분계산이 적정함을 입증할 것을 요구하는 경우에는 그 국내사업장은 이를 제출하거나 입증하여야 한다.
다. 국내사업장이 정당한 사유 없이 위 '가' 및 '나'의 규정에 의한 첨부서류를 제출하지 않거나 입증하지 않은 경우에는 그렇게 제출하지 않거나 입증하지 않은 공통경비배분액은 당해 서류를 제출하거나 입증할 때까지 그 외국법인 국내사업장의 소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 손금에 산입하지 아니한다.
부칙
① (시행일) 이 고시는 고시한 날로부터 시행한다.
② (적용례) 이 고시는 시행일 이후 최초로 신고하는 사업연도분부터 적용한다.
다. 판단
(1) 적용법령의 검토
(가) 원래 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전 구 법인세법 시행령 제121조 제1항 제1호는 법인세법 제54조의 규정에 의하여 외국법인의 국내원천소득의 총합계금액을 계산함에 있어서 법인세법 제9조에 의한 손금은 법인세법 제55조에 규정하는 국내원천소득에 관련하는 수입금액 · 자산가액과 국내원천소득에 합리적으로 배분되는 것에 한한다고 규정하고 있을 뿐 그 배분대상금액 및 배분방법에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 아니하였고, 다만 국세청 고시 제89-60호가 외국법인의 본점 등 경비의 배분대상금액 및 배분방법을 정하고 있었다.
(나) 그런데 법인세법이 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되고, 이어 같은 법 시행령이 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되면서 그 제130조 제1항으로 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득금액을 결정함에 있어 본점 및 그 국내사업장을 관할하는 관련지점 등의 경비 중 공통경비로서 그 국내사업장의 국내원천 소득의 발생과 합리적으로 관련된 비용은 국내사업장에 배분하여 손금에 산입한다고 규정하게 되었다.
(다) 한편 위 법인세법 시행령 제130조 제2항은 그 경비의 범위, 배분방식, 첨부서류 등 기타 필요한 사항은 재정경제부령으로 정하도록 규정하고 있고, 이에 법인세법 시행규칙이 1999. 5. 24. 재정경제부령 제54호로 전문개정되어 그 제64조로 법인세법 시행령 제130조의 규정을 적용함에 있어 그 배분대상금액의 범위 및 배분방법에 관하여 규정한 다음 구체적인 계산방법, 첨부서류의 제출 기타 필요한 사항은 국세청장이 정하도록 하였는데, 그 위임을 받은 국세청장은 1999. 9. 1. 국세청 고시 1999-28호로 '외국기업의 과세소득계산상 손금산입되는 본점경비 등의 배분방법 및 제출서류에 관한 고시'를 제정, 고시하였다.
1999. 1. 1.로 하고 있으나 일반적인 적용은 시행 후 최초로 개시하는 사업연도분 부터 적용한다고 규정하고 있고, 위 개정된 법인세법 시행규칙 또한 일반적인 적용은 1999. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다고 규정하고 있다.
따라서 원고의 경우 1998. 11. 1. 사업연도가 개시되는 1999 사업연도 법인세에 관하여는 위와 같이 개정된 법인세법 시행령 및 시행규칙이 직접 적용될 수는 없다고 할 것이다.
그런데 한편, 국세청 고시 1999-28호는 그 부칙에 이 고시는 고시한 날(1999. 9. 1.)로부터 시행하되 시행일 이후 최초로 신고하는 사업연도부터 적용한다고 규정하고 있고, 위와 같이 개정되기 전의 법인세법 시행령 제121조 제1항 제1호는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득의 총합계금액을 계산함에 있어서 법인세법 제9조에서 규정하는 손금은 법인세법 제55조에 규정하는 국내원천소득에 관련하는 수입금액 · 자산가액과 국내원천소득에 합리적으로 배분되는 것에 한한다고 규정하여 손금산입에 관한 원칙을 규정하고 있었으므로, 위 개정된 법인세법 시행령 및 시행규칙에서 비로소 외국법인의 국내사업장의 손금에 산입할 본점경비의 배부대상금액에 대한 구체적인 규정을 두게 되었다 하더라도 이러한 개정규정의 내용은 1999. 9. 1. 이후 신고한 원고의 1999 사업연도 법인세의 본점경비 등의 배분방법을 정함에 있어서 하나의 해석원리로 적용될 수는 있다고 할 것이다.
나아가 2000 사업연도의 법인세에 관하여는 위와 같이 개정된 법인세법 시행령 및 시행규칙, 위 국세청 고시가 직접 적용됨은 물론이다.
(2) 배분대상 공통경비 제외 금액에 대하여
(가) 법인세법 제19조(1998. 12. 28. 법률 제5518호로 전문 개정되기 전의 구 법인세법 제9조 제3항도 같다)는 손금은 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로서 위 손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인으로 통상적인 것이나 수익과 직접 관련된 것으로 하고, 법인세법 시행령 제129조 제1항 제1호(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전 구 법인세법 시행령 제121조 제1항 제1호와 같다)는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득의 총 합계액을 계산함에 있어 손금은 법인세법 제93조의 규정에 의한 국내원천소득과 관련되는 수입금액 · 자산가액과 국내원천소득에 합리적으로 배분되는 것에 한다고 각 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제130조 제2항의 위임을 받은 같은 법 시행규칙 제64조는 법인세법 시행령 제130조의 규정을 적용함에 있어 ① 본점 등에서 수행하는 업무 중 회계감사, 각종 재무제표의 작성 또는 주식발행 등 본점만의 고유업무를 수행함으로써 발생하는 경비, ② 본점 등의 특정부서나 특정지점만을 위하여 지출한 경비, ③ 다른 법인에 대한 투자와 관련되어 발생하는 경비, ④ 기타 국내원천소득의 발생과 합리적으로 관련되지 아니하는 경비는 국내사업장에 배분하지 아니한다고 규정하고 있다. 또 국세청고시 제1999-28호 제2의 가.항은 배분대상경비에 포함되지 않는 경비로써 법인세법 시행규칙 제64조 제1항에 열거된 경비로서 본점 및 지역통할점에서 수행하는 업무 중 회계감사, 각종 재무제표의 작성 또는 주식발행 등 본점 및 지역통할점만의 고유업무를 수행함으로써 발생하는 경비, 본점 및 지역통할점의 특정 부서나 특정 지점만을 위하여 지출하는 경비, 본점 및 지역통할점에서 다른 법인에 대한 투자와 관련되어 발생하는 경비, 기타 국내원천소득의 발생과 합리적으로 관련되지 아니하는 경비를 규정하고, 같은 고시 제5의 나.항은 지방국세청장 또는 세무서장이 외국기업 국내사업장의 소득금액을 계산하는 때에 손금에 산입한 공통경비배분액과 관련하여 그 국내사업장에 필요한 증빙서류의 제출을 요구하거나 경비배분기준의 합리성 및 경비배분계산이 적정함을 입증할 것을 요구하는 경우에는 그 국내사업장은 이를 제출하거나 입증하여야 하고, 국내사업장이 정당한 사유 없이 제5의 가., 나.항의 규정에 의한 첨부서류를 제출하지 않거나 입증되지 않은 경우에는 그렇게 제출하지 않거나 입증하지 않은 공통경비배분액은 당해 서류를 제출하거나 입증할 때까지 그 외국법인의 국내사업장의 소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다.
(나) 그러므로 위와 같은 관계법령의 내용을 두루 종합하여 볼 때, 외국법인의 국내사업장에 대한 각 사업연도의 소득금액을 산출함에 있어 손금에 산입될 본점 등의 공통경비 배분액은 그 국내영업소의 국내원천소득과 합리적인 관련성이 있는 경우에 한하여 국내사업장에 배분될 수 있고, 또 그 배분된 공통경비가 국내원천소득과 합리적으로 관련되어 있다는 점에 대하여는 납세자에게 입증책임이 있다고 풀이된다.
(다) 그런데, 피고가 본점 등 배분대상 공통경비 중 일부 항목에 대하여 서울 영업소의 국내원천소득과 합리적으로 관련된 비용이 아니라는 이유로 제외하고 있는 것에 대하여, 원고는 위 금액이 서울 영업소와 합리적으로 관련되어 있다고 주장하고 있을 뿐 이를 인정할 아무런 입증자료를 제출하고 있지 아니할 뿐만 아니라, 나아가 갑 제4호증의 24, 갑 제5호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 싱가포르 본점 및 홍콩 지점도 회계감사, 각종 재무제표 작성 등 당해 본점 및 지점의 고유업무를 수행하기 위하여 회계수수료 및 법률수수료 등이 발생하였을 것임에도 원고가 이 사건 배분대상 공통경비에 포함시킨 금액 이외에 다른 법률수수료, 회계감사료 등의 비용이 나타나지 아니하고, 원고 서울 영업소는 싱가포르 본점 및 홍콩 지점과 별개로 상당한 금액의 회계, 법무수수료 등을 지출하고 이를 각 사업연도의 판매비와 관리비 명목으로 영업비용에 산입한 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 사실관계를 종합하여 볼 때, 위 싱가포르 본점과 홍콩지점에서 소요되었다는 법률수수료 등이 원고 서울 영업소의 국내원천소득발생과 합리적으로 관련된 비용이라고 보이지 아니하고, 또 전산설비의 구입, 설치, 운영, 관리, 용역에 따른 비용도 싱가포르 본점 및 홍콩 지점 등 특정부서나 특정지점만을 위하여 지출한 경비로 보인다.
따라서, 피고가 위 금액을 본점 등의 배분대상 공통경비에서 제외한 것은 타당하다.
(2) 배분방법에 관하여
(가) 살피건대, 자국의 과세권의 행사는 자국의 법령에 기초하여 이루어지므로 외국법인의 국내원천소득금액을 산출함에 있어서도 그 준거할 법령 등에 관하여 조약이나 국내법에 별도의 규정이 없는 한 국내의 법령과 회계기준에 따르는 것이 원칙이고 (대법원 2000. 2. 22. 선고 97누3903 판결 참조), 법인세법 시행규칙 제64조 제2항은 법인세법 시행령 제130조 제1항의 규정에 의하여 외국법인의 국내사업장에 본점 및 그 국내사업장을 관할하는 관련지점 등의 공통경비를 배분함에 있어서는 배분의 대상이 되는 경비를 경비항목별 기준에 따라 배분하는 항목별 배분방법에 의하거나 배분의 대상이 되는 경비를 국내사업장의 수입금액이 본점 및 그 국내사업장을 관할하는 관련지점 등의 총 수입금액에서 차지하는 비율에 따라 배분하는 일괄배분방법에 의할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 조 제4항은 위 규정을 적용함에 있어 구체적인 계산방법, 첨부서류의 제출 기타 필요한 사항은 국세청장이 정하도록 규정하고 있는데, 그 위임을 받은 국세청 고시 제1999-28호에 의하면 일괄배분방법에 의한 국내사업장에 귀속되는 공통경비 배분액은 배분대상 공통경비 총액에 국내사업장의 수입금액이 본점 및 그 국내 사업장을 관할하는 지역통할점의 총 수입금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하고, 구체적으로 "본점 및 지역통할점의 공통경비 배분액 = 본점의 배분대상 경비X (국내 사업장의 수입금액/본점의 수입금액과 본점 산하 각 지점 등의 수입금액 합계액) + 지역통할점의 배분대상경비 X (국내사업장의 수입금액 / 지역통할점의 수입금액과 지역통할점 산하 각 지점 등의 수입금액의 합계액)"의 방법에 의하도록 규정하고 있다.
따라서 위와 같은 관계법령의 규정을 종합하여 볼 때, 본점 등 공통경비를 배분함에 있어서 배분의 대상이 되는 경비를 경비항목별 기준에 따라 배분하는 항목별 배분방법에 의하지 않은 이상 그 배분의 기준은 배분대상이 되는 경비를 국내사업장의 수입금액이 본점 및 그 국내사업장을 관할하는 관련 지점 등의 총 수입금액에서 차지하는 비율에 따라 배분하는 일괄배분방법에 의함이 가장 합당하다고 풀이된다. 그러므로 피고가 본점 등의 배분대상 공통경비를 일응 수입비율기준에 따라 배분한 것은 관련 법규정에 따른 것으로서 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다(원고가 들고 있는 대법원 1990. 3. 23. 선고 89누7320 판결은 외국법인이 당초 국내지점의 법인세 등을 신고함에 있어 본점경비 중 국내지점의 손금으로 산입할 수 있는 배부경비액을 항목별 배부방법에 의하여 신고 · 납부한 경우 합리적인 이유가 있는 경우 그 나름대로 합리성이 갖춘 경비배부방법으로 인정될 수 있어 과세관청이 이를 부인하여 그 배부방법을 달리하여 국세청 고시 제81-3호 소정의 일괄배부방법을 적용하여 그 차액을 과다하게 계상된 경비로 보아 손금부인한 것이 위법하다는 판결로서, 당초부터 항목별 배분방법이 아닌 일괄배분방법에 의하여 신고 · 납부한 이 사건과 사안을 달리한다).
(나) 그런데 이 사건에서 보면, 피고는 본점 등 공통경비의 배분기준을 정함에 있어서 원고 싱가포르 본점과 홍콩 지점의 배분대상 공통경비를 국내 사업장의 수입금액이 원고 전체의 수입금액 합계액에서 차지하는 비율에 따라 산출하고 있는 바, 이는 합당한 방법이 아니라고 할 것이므로(국세청 고시 1999-28호에 의하더라도 잘못된 계산방법임이 명백하다), 다음에서 그 적정 배분비율에 관하여 본다.
먼저 원고 싱가포르 본점의 공통경비 배분방법에 관하여 보건대, 원고는 조직을 자산운용을 담당하는 ○○ 그룹과 판매를 담당하는 △△ 그룹으로 나누고 있는데 ○○구조조정기금의 운용과 관련하여 서울 영업소 및 홍콩 지점은 ○○ 그룹에 속해 있다는 점은 앞서 본 바와 같고, 한편 갑 제5호증의 1 내지 28의 각 기재에 변론의 전취지를 종합해 보면 원고는 1999 및 2000 사업연도의 싱가포르 본점의 경비 중 △△ 그룹과 관련된다고 판단되는 판매부서 등의 비용을 이 사건 배분대상 공통경비에서 제외하고 있는 사실을 인정할 수 있으므로, 그 배분비율을 정함에 있어서도 ○○ 그룹과 관련된 본점 및 본점 산하 지점의 수입금액을 기초로 산출함이 합리적이라고 판단된다.
다음으로 지역통할점인 홍콩 지점의 배분대상 공통경비의 배분비율에 관하여 보건대, 앞서 든 증거에 의하면 홍콩 지점은 발생 경비를 싱가포르 본점과 같이 판매부서 비용 즉 △△ 그룹과 관련한 비용을 따로 제외하지 않고 있고 또 위 비용 중 어느 항목이 △△ 그룹과 관련된 것임을 알 수 있는 자료가 전혀 없는 이상 그 배분비율을 정함에 있어서도 홍콩지점의 수입금액 중 ○○ 그룹과 관련된 수입금액을 기초로 할 것이 아니라 서울영업소의 수입금액이 홍콩 지점 전체의 수입금액 및 그 산하 지점의 수입금액 합계액에서 차지하는 비율에 따라 산정함이 합당하다.
(다) 한편 앞서 든 증거에 의하면, 원고의 1999 사업연도 싱가포르 본점의 ○○ 그룹과 관련된 수입금액은 115,777,500 SGD, 홍콩 지점의 ○○ 그룹과 관련된 수입금액은 93,744,162 SGD, 서울 영업소의 수입금액은 4,159,712 SGD, 2000 사업연도 싱가포르 본점의 ○○ 그룹과 관련된 수입금액은 110,990,119 SGD, 홍콩 지점의 ○○ 그룹과 관련된 수입금액은 133,112,222 SGD, 서울 영업소의 수입금액은 5,340,339 SGD인 사실, 홍콩 지점의 1999 사업연도 총 수입금액은 109,375,893 SGD, 2000 사업연도 총 수입금액은 180,335,939 SGD인 사실을 각 인정할 수 있고, 앞서 본 바와 같은 기준에 의하여 이 사건 1999, 2000 사업연도 본점 등 배분대상 공통경비의 배분비율을 계산하여 보면 아래 표와 같다.
구분
1999 사업연도
2000 사업연도
싱가포르 본점
홍콩 지점
싱가포르 본점
홍콩 지점
배분대상금액
7,995,466 SGD
88,413,206 HKD
10,155,004 SGD
102,688,056 HKD
기초 수입금액
(단위 ; SGD)
①115,777,500
①109,375,893
①110,990,119
①180,335,939
②93,744,162
②4,159,712,
②133,112,222
②5,340,339
③4,159,712
③5,340,339
배분비율
0.019466890
0.036637952
0.021409082
0.028761557
{③÷(①+②+③)}
{②÷(①+②)}
{③÷(①+②+③)}
{②÷(①+②)}
환율
713.1773846
155.4699892
664.1802843
145.5099841
배분대상
원화환산금액
111,003,818
503,610,639
144,398,979
429,759,136
인정
배분대상금액합계
614,614,457원
574,158,115원
경비제외금액
(익금산입금액)
133,884,897원
177,404,621원
(당초 신고금액 748,499,354원 - 위
(당초 신고금액 751,562,736원 - 위
인정금액 614,614,457원)
인정금액 574,158,118원)
(3) 2001년 사업연도 손금 불산입에 관하여
원고는 2000. 10. 31. ○○구조조정기금과의 자산운용계약을 종료하였으나 이후의 업무종료에 따른 결산, 보고 업무의 수행 및 국내에서의 새로운 자산운용사업의 개발, 영위를 위하여 서울 영업소를 계속 유지할 필요성이 있고, 따라서 위 계약이 종료된 이후 발생된 비용이 국내원천소득과 합리적 관련성이 없는 비용이라고 하여 전액 손금 부인함은 부당하다는 것이다.
살피건대, 법인세법 시행령 제129조는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득의 총합계액을 계산함에 있어 법인세법 제14조의 규정에 의한 손금은 법인세법 제93조의 규정에 의한 국내원천소득과 관련되는 수입금액 · 자산가액과 국내원천소득에 합리적으로 배분되는 것에 한한다고 규정하고 있으므로, 사업연도 중 어느 기간 이후 국내원천소득이 전혀 발생하지 아니하였다고 하더라도 위 기간 이후 지출한 비용 전부가 국내 원천소득과 전혀 관련이 없다고 할 것이 아니라, 비용 지출의 경위, 명세, 금액 등에 비추어 합리성이 있다고 판단되면 국내원천소득과 관련된 비용으로 보고 손금에 산입할 수 있다고 할 것이다.
앞서 본 바와 같이, 원고의 서울영업소는 ○○구조정기금과 자산운용계약과 관련한 업무를 위하여 설치된 것이므로 위와 같이 자산운용계약이 종료된 이후에 새로운 자산운용사업의 개발, 영위를 위하여 서울영업소를 유지하고, 그에 필요한 비용이 소요되었더라도 이러한 비용은 위 기간 동안 발생한 국내원천소득과 합리적으로 관련된 비용이라고 할 수 없는 것이고, 다만 이 사건 자산운용계약의 종료에 따른 결산 및 보고 업무 등을 위해서 서울 영업소를 유지, 관리할 필요성이 있고 이와 관련된 비용은 위 기간 동안 발생한 국내원천소득과 합리적으로 관련된 비용이라고 할 것이다.
그런데, 한편 원칙적으로 과세원인이 되는 요건사실에 대한 입증책임은 과세관청이 에 있는 것이기는 하나, 이 사건 ○○구조조정기금과의 운용계약이 종료한 이후 서울영업소의 유지로 인하여 발생한 비용의 상당부분이 새로운 자산운용사업의 개발, 영위를 위하여 소요된 비용으로서 그 비용은 손금에 산입될 수 없음은 앞서 본 바와 같으므로, 위 계약 종료이후 서울영업소의 유지로 인하여 발생한 총비용 가운데 계약관계 종료에 따른 결산 및 보고 업무 등을 위해서 지출된 비용(손금에 산입될 비용)의 구체적 액수에 관하여는 원고가 이를 주장, 입증하여야 함이 상당하다고 할 것인데, 원고가 이에 대한 아무런 주장, 입증이 없으므로 이 부분 원고의 주장도 받아들일 수 없다.
(4) 각 사업연도별 법인세 정당세액 계산
따라서 앞서 본 바와 같은 기준에 의하여 원고 서울 영업소의 1999 내지 2001 사업연도 법인세의 정당 세액은 별지 정당세액계산 기재와 같고, 따라서 이 사건 부과 처분 중, 1999 사업연도 법인세 63,990,492원을, 2000 사업연도 법인세 84,630,651원을 각 초과하는 부분은 위법하다.
3. 결론
그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.