1. 피고가 2017. 7. 18. 원고에 대하여 한 3,978,807,180원의 과밀부담금 부과처분을 취소한다.

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1. 처분의 경위

가. 원고는 1977. 12. 31. 법률 제3056호로 제정된 서울대학교병원 설치법에 따라 설립된 법인이다.

원고는 2012. 5. 2. 서울특별시 종로구청장으로부터 국가 소유 서울 종로구 연건동 28-14, 128(이하 ‘이 사건 토지’) 등의 무상사용 허가를 받고 그 지상에 주용도 의료시설(교육연구시설/연구소), 연면적 31,484.28㎡(나중에 31,261.85㎡로 변경됨)인 서울대학교병원 첨단치료개발센터(의학연구혁신센터) 건물(이하 ‘이 사건 건물’)에 관한 건축허가를 받았고, 이 사건 건물을 완공한 뒤 2015. 6. 10.경 사용승인을 받아 2015. 6. 19. 원고 명의로 소유권보존등기를 경료하였다.

나. 원고는 2015. 6. 23. 이 사건 토지 등의 무상사용 허가의 조건에 따라 교육부장관에게 이 사건 건물의 기부채납을 신청하였고, 교육부장관은 위 기부채납을 승인하여 2015. 6. 29. 대한민국 명의로 소유권이전등기를 완료하였다.

다. 이 사건 건물은 수도권정비계획법 제2조, 제12조에서 정한 인구집중유발시설에 해당한다.

그러나 원고는 이 사건 건물의 사용승인일 무렵 피고로부터 ‘이 사건 건물이 국가에 기부채납되어 수도권정비계획법 제13조, 같은 법 시행령 제17조에 따라 과밀부담금 감면대상에 해당한다’는 이유로 과밀부담금 부과처분을 받지 않았다. 라.

이후 기획재정부는 교육부의 사전협의 요청에 따라 국유재산특례제한법 제4조, 별표 제89조, 서울대학교병원 설치법 제13조에 의하여 2015. 12. 31. 이 사건 건물을 원고에게 양여하기로 결정하고, 2017. 1. 17. 다시 원고 명의로 소유권이전등기를 완료하였다.

마. 피고는 2017. 7. 18. 원고에게 '이 사건 건물은 2015년 사용승인시 국가에 기부채납되어 수도권정비계획법 시행령 제17조에 따라 과밀부담금이...