조심-2015-구-1339(2016.12.09)

이 사건 시설물의 기부채납은 무상사용 권리를 취득한 것으로 부가가치세 과세대상임

이 사건 시설물은 원고가 '증설' 공사 완료 후 기부채납하였고, 반대급부로 원고의 책임하에 사후관리를 하면서 독점적.배타적.영구적으로 사용할 수 있는 권리를 암묵적으로 취득한 것이므로 부가가치세 과세대상임

부가가치세법제12조(면세)

대구지방법원-2017-구합-20547

○○○

○○세무서장

2018.04.11.

2018.05.25.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2014. 11. 18. 원고에게 한 2011년 제1기분 부가가치세 4,991,XXX,XXX원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 당사자의 지위

1) 원고는 2001. 4. 2. 전력자원의 개발 등을 목적으로 공공기관의 운영에 관한 법률에 따라 설립된 시장형 공기업이다. 원고는 ○○군에 위치한 AAAFFF발전소 1~6호기 등 FFF발전소를 설치ㆍ운영하고 있다.

2) 한국FFF환경공단(원래 명칭이 "한국xxx폐기물관리공단"이고, 2013. 7. 31. 현재와 같이 변경되었다. 이하 '공단'이라고 한다)은 2009. 1. 2. 방사성폐기물 관리법(이하 '방사성폐기물법'이라고 한다)에 따라 설립된 방사성폐기물 관리사업자로서 방사성폐기물을 발생시키는 자(이하 '방사성폐기물 발생자'라고 한다)로부터 FFF안전법 제70조 제2항에 따라 처분이 제한된 방사성폐기물을 인수하여 방사성폐기물의 운반ㆍ저장ㆍ처리 및 처분하는 것과 이를 위한 모든 활동을 하고 있다.

나. 항만시설의 공사 경과

1) FFF안전위원회는 2004년경 방사성폐기물 관리대책 기본방침을 수립하였다.

그 기본방침에 의하면, ① FFF발전소에서 발생하는 중ㆍ저준위 방사성폐기물을 경주시 인근 지역의 방사성폐기물 처분시설에 보관하여 처분하여야 하고, ② 방사성폐기물은 그 처분시설까지 해상으로 운반한다.

2) 산업자원부장관(현재 산업통상자원부장관, 이하 같다)은 2007. 8. 1. 다음과 같은 내용으로 전원개발사업 실시계획을 변경ㆍ고시(제2007-98호)하였다(이하 '전원개발사업 변경 실시계획'이라고 한다)."중ㆍ저준위 방사성폐기물을 안전하게 해상으로 운반할 수 있도록 AAAFFF발전소 본부[○○군 ○면 BBB리(이하 'BBB리'라고만 한다)에 있다]의 전면 해상에 설치되어 있는 물양장(物揚場: 선박이 접안하여 하역하는 접안 시설로서 보통 수심이 4.5m 이내인 벽을 의미한다)과 방파제를 증설한다."

3) 위 전원개발사업 변경 실시계획에 의하면, ① 기존에 설치되어 있던 물양장(이하 '기존 물양장'이라고 한다)과 남ㆍ북 방파제(이하 '기존 방파제'라고 하고, 기존 물양

장과 함께 이를 통틀어 '기존 항만시설'이라고 한다)의 일부를 제거하고, ② 공유수면을 매립하여, ③ 물양장 2,158㎡(이하 '신규 물양장'이라고 한다), 남방파제 1,784㎡, 북방파제 3,643㎡(이하 '신규 남ㆍ북방파제'라고 한다) 등 총면적 7,585㎡의 시설(이하 신규물양장과 신규 남ㆍ북방파제를 통틀어 '신규 항만시설'이라고 한다)을 증설한다.

4) 원고는 전원개발사업 변경 실시계획에 따라 2009. 12. 10.경 ① BBB리 1-21 잡종지 2,158㎡를 매립하여 그곳에 신규 물양장을 설치하였고, ② BBB리 1-22 제방 3,643㎡를 매립하여 그곳에 신규 북방파제를 설치하였으며, ③ BBB리 1-23 제방 1,784㎡를 매립하여 그곳에 신규 남방파제를 설치하였다(이하 위와 같이 매립된 토지 를 통틀어 '이 사건 매립지'라고 한다).

5) 원고는 총공사비 30,000,000,000원을 투입하여 이 사건 매립지와 신규 항만시설 (총면적 7,585㎡) 공사를 완료하였다.

다. 경상북도지사의 준공검사 승인 및 원고의 기부채납

1) 경상북도지사는 2011. 3. 28. 원고에게 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률(2011. 8. 4. 법률 제11020호로 개정되기 전의 것, 이하 '공유수면법'이라고 한다) 제45조 제2항에 따라 이 사건 매립지에 대한 공유수면 매립공사의 준공검사를 승인하였다.

경상북도지사는 위 준공검사 승인 당시 원고에게 아래와 같은 내용으로 승인조건을 부

가하였다.

[승인조건]

1. 공유수면법 제49조의 규정에 의거 준공승인을 받은 매립지에 대하여는 준공승인일로부터 10년 이내에는 매립목적을 변경하여 사용할 수 없음

2. 공유수면법 제46조 제2항, 같은 법 시행령 제52조, 제53조의 규정에 의거 매립지의 소유권보존등기를 신청할 때에는 신청서에 공유수면 매립공사 준공검사확인증을 첨부하고, '이 매립지는 면허관청의 승인을 받지 아니하고는 준공승인일로부터 10년 이내에는 매립목적을 변경하여 사용할 수 없다'는 사항을 기재하여야 하며, 등기공무원은 소유권보존등기를 함에 있어서 직권에 의하여 소유권 행사의 제한에 관한 사항을 부기하여야 함

3. 공유수면매립 업무처리규정 제25조의 규정에 의거 공공용 매립지와 국가가 소유권을 취득하는 매립지에 대하여 하자보수를 보증하기 위한 하자담보 책임기간은 준공승인일로부터 5년으로 함

4. 자연재해 등으로 피해발생 시 피면허자가 부담하여 책임지고 복구하여야 함

5. 공공용의 시설의 유지.관리는 피면허자가 부담함

6. BBB리 1-21 잡종지 외 2필지 7,585㎡는 국유로 귀속하고, 국유 귀속에 따른 이전등기는 피면허자 부담으로 필하여야 함

2) 원고는 2011. 4. 30. 신규 항만시설에 대하여 회계처리를 하면서 '건설 중인 자산' 계정에서 '무형자산' 계정(중ㆍ저준위 방사성폐기물 처분시설 항만공사)으로 전기ㆍ계상하였다.

3) 그리고 원고는 2013. 2. 18. 국가(소관청 지식경제부, 현재는 산업통상자원부이다) 앞으로 이 사건 매립지에 대하여 소유권보존등기를 하였다.

라. 피고의 부가가치세 부과처분

1) 원고는 국가에 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 무상으로 귀속시킨 것(이하'기부채납'이라고 한다)이 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제19호에서 정한 '국가에 무상으로 공급하는 용역'에 해당한다고 주장하며, 피고에게 이 사건 매립지 및 신규 항만시설의 공사비 전부를 부가가치세 면제 대상에 포함시켜 2011년 제1기분1) 부가가치세 확정신고를 하였다.

2) 이에 대하여 피고는 원고가 기부채납의 대가로 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 무상으로 사용할 수 있는 권리를 취득하였다고 보고, 2014. XX. XX. 원고에게 이 사건 매립지 및 신규 항만시설의 공사비 전부를 과세표준에 포함시켜 2011년 제1기분 부가가치세 4,991,813,360원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 고 한다).

마. 전심절차

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 2. XX. 조세심판원에 조세심판을 청구하였으나, 2016. 12. XX. 그 심판청구가 기각되었다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 19호증, 을 제1, 2, 10 내지 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 주위적 주장

가) 전원개발사업자가 공유수면을 매립하여 물양장이나 방파제를 증설한 경우 전원개발촉진법이나 공유수면법 등 관계 법령에서 전원개발사업자에게 매립지나 증설된 항만시설을 무상으로 사용할 수 있는 권리를 부여하는 규정이 없다.

따라서 원고가 관계 법령에 의하여 곧바로 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 무상으로 사용할 수 있는 권리를 취득한다고 볼 수는 없다.

나) 이 사건 매립지 및 신규 항만시설은 무상으로 국가에 귀속되었으므로, 원고가 이를 사용하기 위해서는 국유재산법(2012. 12. 18. 법률 제11548호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제30조 제1항에 따라 중앙관서의 장으로부터 행정재산의 사용허가를 받아야 한다.

그런데 원고는 이 사건 매립지 및 신규 항만시설에 대하여 위와 같이 사용허가를 받은 사실이 없고, 경상북도지사는 원고에게 이를 무상으로 사용할 수 있는 권리를 부여할 권한도 없다.

따라서 원고가 허가권자로부터 이 사건 매립지 및 신규 항만시설에 대한 사용허가를 받았다고 볼 수도 없다.

다) 원고와 국가는 원고가 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 기부채납하고 그 대가로 이를 무상으로 사용할 수 있는 권리를 취득한다는 내용으로 명시적ㆍ묵시적 약정을 한 사실도 없다.

라) 게다가 원고는 다음과 같이 신규 항만시설을 전혀 사용하고 있지도 않다.

⑴ 신규 항만시설은 방사성폐기물을 운반하기 위한 용도로만 사용할 수 있다.

그런데 공단이 방사성폐기물법에 따라 방사성폐기물 운반을 전담하게 되었다.

따라서 원고는 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 사용해야 할 아무런 이유가 없고, 임의로 이를 사용할 수도 없다.

⑵ 기존 물양장은 '┌' 형상으로 이루어져 있고, 신규 물양장은 '│' 형상으로 이루어져 있다. 그런데 공단이 방사성폐기물을 운반하기 위하여 사용하는 대형 선박은

'│' 형상의 물양장이 필요한 반면에, 원고가 건설 기자재 등을 운반하기 위하여 사용하는 바지선(Barge: 주로 화물을 운반하는 중소형 선박을 말한다)은 '┌' 형상의 물양장이 필요하다.

따라서 원고는 '│' 형상인 신규 물양장을 사용할 필요가 없다.

마) 결국 원고가 국가에 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 기부채납한 대가로 이를 무상으로 사용할 수 있는 권리를 취득하였다고 볼 만한 법률상ㆍ계약상의 원인이 전혀 존재하지 않으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

2) 예비적 주장

가) 설령 원고가 국가에 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 기부채납한 것이 부가가치세 과세대상에 해당한다고 하더라도, 이 사건 매립지 및 신규 항만시설은 방사성폐기물 관리사업을 위한 것이다.

따라서 원고가 아니라 방사성폐기물 관리사업자인 공단이 부가가치세의 납세의무자라고 할 것이다.

나) 설령 원고가 부가가치세의 납세의무자에 해당한다고 하더라도, 원고는 이 사건 매립지의 전부 또는 일부에 대하여 소유권을 취득하는 대가로 국가에 이 사건 매립지의 조성공사 용역을 제공한 것이 아니다.

따라서 이 사건 매립지의 조성공사비는 부가가치세의 과세표준에서 이를 제외하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 관련 법리

1) 전원개발촉진법(2011. 7. 25. 법률 제10911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제14조 제1항에 의하면, 전원개발사업자가 전원개발사업의 시행으로 새로 설치한 공공시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속된다.

이 사건 매립지 및 신규 항만시설은 원고가 전원개발사업의 시행으로 새로 설치한 것이므로, 위 규정에 따라 국가에 원시적으로 소유권이 귀속되는 것이지, 원고가 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 기부채납함으로써 비로소 국가에 양도된 것이라고 할

수 없다.

따라서 이 사건 매립지 및 신규 항만시설이 국가에 귀속된 것을 두고 부가가치세의 과세대상인 '재화의 공급'에 해당한다고 할 수는 없다.

그러나 원고가 전원개발사업을 시행하면서 그 사업의 일환으로 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 설치하고 이를 국가에 기부채납한 것은 원고가 시행하는 전원개발

사업 등의 범위 내에서 이와 관련하여 또는 부수하여 이루어진 '용역의 공급'에 해당한다.

이 경우 국가가 그 설치비용을 보전해주기 위하여 원고에게 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 무상으로 사용할 수 있는 권리를 부여한 경우에는 이 사건 매립지 및 신규 항만시설에 대한 용역의 공급과 무상 사용권의 취득 사이에 경제적, 실질적 대가관계에 있다고 보아야 한다.

그러므로 그러한 용역의 공급은 부가가치세법에서 정한 과세대상이 된다(대법원 1991. 4. 26. 선고 90누7272 판결 등의 취지 참조).

2) 그리고 원고가 이 사건 매립지 및 신규 항만시설에 대한 용역을 공급한 데에 대한 대가로 국가로부터 그에 대한 무상 사용권을 취득함으로써 경제적, 실질적 반대급부를 받은 이상, 그 용역의 공급은 새로운 부가가치를 창출한 것으로 보아야 한다.

따라서 그러한 무상 사용권의 취득이 관계 법령에서 정한 행정재산의 사용허가나 대부계약 등의 절차를 따르지 아니하였다는 이유만으로 부가가치세법에서 정한 과세대상이 되지 않는다고 볼 수는 없다.

다. 인정사실

앞서 든 각 증거들과 갑 제20 내지 42호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제3내지 9호증의 각 기재 및 사진 영상에 의하면, 다음의 사실이 인정된다.

1) 항만시설의 구체적인 현황

가) 기존 항만시설

⑴ 기존 항만시설과 신규 항만시설은 모두 아래의 사진 영상과 같이 원고가 운영하는 AAAFFF발전소 본부의 전면 해상에 설치되어 있다.

⑵ 한국전력공사는 1980년대부터 AAAFFF발전소 1~6호기의 건설 및 유지를 위하여 기존 항만시설을 사용하였다. 그러다가 원고가 2001. XX. XX. 한국전력공사로부터 분할 설립되면서 이를 사용ㆍ관리하여 왔다.

⑶ 기존 항만시설은 전체 면적이 52,344㎡이고, 그중 기존 물양장은 그 길이가 70m로 2,200톤급 바지선을 수용하기에 적합한 규모이다.

⑶ 아래의 도면과 같이 기존 북방파제는 기존 물양장에서 북쪽으로 연결되어 있고, 기존 남방파제는 기존 물양장과 북방파제의 맞은편에 설치되어 가운데에 선박이 항행할 수 있는 해상을 형성하고 있다.

나) 신규 항만시설

⑴ 원고는 주식회사 CCC(이하 'CCC'이라고 한다)에 신규 항만시설의 공사설계업무를 도급하였다. CCC은 아래와 같이 기존 항만시설이 방사성폐기물의 해상운송용 운반선이 입ㆍ출항하기에는 그 규모가 다소 작다는 문제점을 지적하였다.

○ 검토 사항

- 기존 물양장은 항 입구로부터 안쪽에 위치하고 있어 항내 정온도[항만 내 수면의 정온한 정도를 말한다]는 비교적 양호한 편이다. 물양장 규모도 70m×15m로 수송선박의 계류를 위하여 필요한 선석길이[한 척의 선박을 계류시키는 데 필요한 접안 장소의 길이를 말한다) 100m는 만족하지 못하나, 일부 증축을 통해 소요 선석길이를 만족할 수 있을 것으로 판단된다. 증축을 위한 주변 조건도 양호한 상태이다. 물양장 전면수역도 소요 선회장(선박이 방향을 바꾸거나 회전할 때 필요한 수역을 말한다) 폭인 160m를 확보할 수 있으며, 최근 물양장 전면 준설작업을 실시하여 소요 수심도 확보한 상태이다. 단, 취수구 물양장 전면의 항로 폭은 현재 70m로 소요 항로폭 80m에 미치지 못하며 선박운항 시 기존 남방파제와 충돌이 우려된다.

○ 평면배치 계획

- 시설규모

기존 북방파제 연장선상에 방파제 250m를 신규로 축조하고, 기존 남방파제 140m를 제거한 후 항 외측으로 재배치하여 136m를 신규 축조한다. 물양장은 기존 물양장을 120m 연장하여 신규 축조한다.

- 시설 검토

항내 정온도가 비교적 양호하나, 물양장 길이가 부족한 기존 항만시설 현황을 보완하기 위하여 기존 물양장을 기존 북방파제를 따라 120m 연장하여 축조하고, 선회장을 물양장 전면에 계획하여 선회 시 해양생물 유입저지 그물망과 육지부 호안과 인접하여 선회하여야 하는 문제를 보완한다. 또한 현 상태에서 선박 입항 시 90° 가까이 변침(항해 중인 선박이 나아갈 방향을 변경하는 것을 말한다)해야 하는 문제점을 보완하기 위해 기존 남방파제를 140m 제거하고, 기존 북방파제 간BBB간과 평행하게 남방파제를 136m 연장하여 이설 축조함으로써 변침각을 약 40°로 완화한다.

⑵ CCC은 위와 같은 문제점을 보완하기 위하여 이 사건 매립지 및 신규 항만시설의 규모를 아래와 같이 설계하였다.

○ 대상선박 제원

○ 물양장 시설규모

○ 소요 시설규모

2) 전원개발사업 변경 실시계획

산업자원부장관은 2007. 8. 1. 아래와 같은 내용으로 전원개발사업 실시계획을 변경ㆍ고시(제2007-98호)하였다

1. 사업 명칭: ○○○발전소 건설사업(○○○ 5, 6호기 추가) 변경

2. 사업시행자의 성명 및 주소

가. 성명: ○○○○주식회사 사장 ○○○

3. 사업목적 및 개요

가. 중저준위방사성폐기물의 안전한 해상수송을 위한 방파제 증설/제거 및 물양장 증설과 ○○○ 1, 2호기 예정부지와의 간섭에 따라 신축, 이전이 필요한 건축물들을 재배치하고자 하며, 이를 위해 사업기간을 연장하고자 함

4. 사업시행기간

○ 변경 전: 1980. 4. ~ 2007. 7.

○ 변경 후: 1980. 4. ~ 2009. 12.(17개월 연장)

7. 추가되는 토지 등의 소유자와 이해관계인의 성명 및 주소

○ 소재지: ○○군 ○○면 ○○FFF발전소 전면 해상

○ 지번: 해면

○ 편입면적: 당초 0㎡에서 18,658㎡로 변경

○ 소유자: 국(해양수산부)

○ 공유수면 점유사용

나. 상세내역

○ 중저준위방사성폐기물 해상수송관련 항만시설 증설

○ 기자재창고 신축

8. 기타 변경사항

3) 원고와 공단의 사업 양도ㆍ양수 등

가) 원고와 공단은 2008. 12.경 아래와 같은 내용으로 방사성폐기물 관리사업을 양도ㆍ양수하는 협약(이하 '양도ㆍ양수 협약'이라고 한다)을 체결하였다.

제1조(양도양수 대상)

원고는 다음 각 호의 방사성폐기물 관리사업 및 이와 관련한 자산(재산 및 권리의무 포함,이하 같음)과 인력을 공단에 포괄적으로 양도하고 공단을 이를 양수한다.

1. 사업: 원고가 전기사업법 제82조의 규정에 의한 방사성폐기물 관리사업자의 지위에서 행하는 별지 1의 사업으로서, 동 사업의 양도양수에 관한 세부적인 사항은 본 협약서의 관련 조항에 따른다.

2. 자산: 제1호의 업무에서 산출된 결과물 또는 동 사업의 수행에 필요한 유무형의 자산으로서 대상, 가액 등 세부적인 사항은 본 협약서의 관련 조항과 별도의 인계인수서에 따른다.

3. 인력: 원고 소속 직원 중 공단으로의 전적에 동의한 자로서 인원, 인원별 직급 및 급여 등 세부적인 사항은 본 협약서의 관련 조항에 따른다.

제4조(부지 및 건설사업 양도양수 기본원칙)

① 원고는 별지 1의 제5호에 따라 수행하는 방사성폐기물의 영구처분시설 및 중간저장시설의 부지선정 확보, 건설 등에 관한 사업을 공단에 양도한다.

② 공단은 제1항과 관련하여 양수한 사업 중에서 중저준위 방사성폐기물 처분시설 1단계 건설사업을 원고에 위탁하며, 이에 대해 별도의 협약을 체결한다.

제5조(부지 및 건설사업 등의 자산취득 및 정산)

① 제4조 제2항에 따라 원고가 수행하는 건설사업으로 준공 및 구매되는 부지, 시설, 장비 등의 자산은 공단이 취득한다. 단, 원고가 건설사업을 위해 2008. 12. 31. 전에 기 취득한 자산은 건설사업 완료시 공단으로 이관하고 공단은 이를 취득한다.

② 제4조 제2항과 관련된 사업수행을 위해 원고가 기 지출한 비용 및 향후 지출하여야 할 비용은 건설사업 완료 후 공단이 원고에 정산한다.

제8조(방사성폐기물 운반 및 인도인수) 방사성폐기물의 운반은 공단이 수행하며 인도인수 지점은 해당 ○○본부 방사성폐기물 저장고에서의 운반차량 상차로 한다.

제10조(물양장 이용) 원고는 공단이 방사성폐기물 운반을 위한 각 ○○본부의 물양장 사용에 협조한다.

제21조(자산 양도양수 기본원칙)

① 원고는 방사성폐기물 관리사업을 목적으로 취득한 자산은 공단에 양도한다. 다만, 건설사업과 관련되는 자산은 제5조의 규정에 따르며, 2009년도에 취득되는 자산은 원고가 비용을 지출하고 해당 사업완료 후에 양도한다.

② 제1항에 의한 양도대상 자산의 목록은 별도의 인계인수서로 작성한다.

라) 원고는 공단이 설립된 이후에도 이 사건 매립지에 대한 공유수면 매립공사의 사업시행자를 변경하지 아니한 채 2009. 12. 10.경 위 공사를 완료하고, 2011. 3. 28. 경상북도지사로부터 원고 이름으로 공유수면 매립공사에 대한 준공검사를 승인받았다.

4) 신규 항만시설의 사용ㆍ관리 실태

가) 피고는 공단에 신규 항만시설의 사용 및 관리 실태에 대하여 질의하였다. 이에 공단은 2014. 8. 21. 및 2016. 8. 17. 두 번에 걸쳐 피고에게 아래와 같은 내용으로 회신하였다.

[2014. 8. 21.자 회신]

○ 무상대부 여부 및 근거, 무상대부를 받지 않았을 경우 사용료 납부내역

- 현재 공단은 신규 항만시설에 대한 무상대부를 받은 사실이 없으며, 중저준위방사성폐기물 1단계 처분시설 건설사업 중 FFF발전소 항만시설 공사는 방사성폐기물 관리사업 양도양수협약서 및 양도양수에 따른 공단 및 원고 사이의 채권채무관계 확정 시 공단으로 이관된 사업이 아니고 원고에게 귀속된 사업이다.

○ AAAFFF발전소 본부 전면 해상의 중저준위 방사성폐기물 해상수송 항만시설에 대한 입출항내역 및 입출항 신청서 사본

- 2010년 AAAFFF발전소의 중저준위 방사성폐기물을 인수할 당시 AAAFFF발전소

본부 전면 해상의 물양장은 원고 소유로 사유부두이며, 개항 항구가 아니었다.

- 당시 지방해양항만청에 문의한 결과, 개항장이 아니라는 이유로 지방해양항만청에 신고할 의무가 없으며, 지방자치단체에 문의하라는 답변을 받았다.

- 지방자치단체에 문의한 결과, 국가시설물이 아닌 사유부두이기 때문에 신고를 받아줄 근거가 없다고 하여 최종적으로 ○○군청에 입출항에 대한 공문을 보내 입출항 신고를 갈음하였다.

[2016. 8. 17.자 회신]

가. 신규 물양장 관리여부 및 관련 규정과 증빙서류

○ 물양장 관리여부: 관리하지 않음

○ 관련 규정과 증빙서류: 없음

나. 사용수익권 회계처리 및 무형자산 내역: 없음

나) 피고는 산업통상자원부장관에게 신규 항만시설의 사용허가 여부 등에 대하여 질의하였다. 이에 산업통상자원부장관은 2014. 10. 29. 피고에게 아래와 같은 내용으로 회신하였다.

○ 원고는 신규 항만시설에 대하여 사용허가를 요청한 사실이 없고, 이에 따라 사용허가 부여 및 사용료를 징수한 바가 없다. 향후 사용료는 사용허가 요청 시 해당 법령에 의거하여 처리하겠다.

다) 원고는 기존 물양장은 건설기자재 등을 운반하는 데에만 사용하고, 신규 물양장은 공단의 방사성폐기물 전용운반선(GGG호)만이 사용한다고 주장한다. 원고가 주장하는 운송 경로는 아래 그림과 같다.

라) 국토지리정보원은 2013년경 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 항공사진으로 촬영하였다. 그 사진 영상에 의하면, 원고가 운항하는 선박(소형보트, 바지선 등)이

신규 물양장에 정박해있는 모습을 볼 수 있다.

마) 원고는 2010. 12. 1.부터 2014. 8. 21.까지 관련 업체들로부터 이 사건 매립지 및 신규 항만시설의 사용에 대하여 총 000건의 해상출입신청을 받았다. 그 중 방사성폐기물 관련 신청은 2010년에 한 건 뿐이었고, 나머지는 모두 터빈기자재, 변압기, 발전기 등 FFF발전소 건설 및 운영과 관련된 신청이었다.

바) 원고는 2014. 12. 23. FFF발전소 발전시설인 이동형 발전차 보관차고에 대하여, 2016. 1. 5. 제1발전소 자재창고(비, 씨)에 대하여 자기 명의로 각 소유권보존등기를 하였다. 위 각 부동산등기부등본 표제부의 '소재지번 및 건물번호'란에는 이 사건 매립지의 지번(BBB리 1-21, 1-22, 1-23)이 포함되어 있다.

5) 원고의 회계처리

원고는 2011 사업연도 회계처리를 하면서 이 사건 매립지 및 신규 항만시설의 공사비를 손금에 산입하지 아니하였다. 또한 원고는 이 사건 매립지 및 신규 항만시설에 대하여 '건설 중인 자산' 계정에서 '무형자산' 계정으로 전기하여 이를 원고의 자산으로 계상하였다.

마. 원고의 주위적 주장(무상 사용권의 취득 여부)에 대하여

앞서 본 법리와 위 인정사실에다가 이 사건 변론에 나타난 다음과 같은 여러 사정들을 종합하면, 원고는 국가에 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 기부채납한 대가로 이를 무상으로 사용할 수 있는 권리를 사실상 취득하였다고 할 것이다.

따라서 원고의 주위적 주장은 이유가 없다.

1) 다음과 같은 이유로 원고는 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 전면적으로 점유ㆍ사용하며 그 이익을 독점적으로 향유하고 있다고 할 것이다.

가) 방사성폐기물법 제14조 제1항, 제15조 제1항 및 그 시행령(2013. 3. 23. 대통령령 제24442호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제3항, 제5항에 의하면, ①방사성폐기물 발생자는 방사성폐기물의 종류 및 발생량 등 대통령령으로 정하는 기준에 따라 산정된 방사성폐기물 관리에 드는 비용(이하 "관리비용"이라고 한다)을 부담하여야 하되, 다만, FFF발전사업자는 관리비용 중 사용후핵연료관리부담금에 상당하는 금액은 부담하지 아니하고, ② 방사성폐기물 발생자가 방사성폐기물을 인도하는 장소는 방사성폐기물 관리사업자가 지정하는 방사성폐기물 관리시설로 하되, 다만, 방사성폐기물 관리사업자는 방사성폐기물 발생자와 협의하여 그 인도 장소를 달리 정할 수 있으며, ③ 방사성폐기물 관리사업자는 방사성폐기물의 분류ㆍ포장 및 운반 등의 방법 또는 절차가 인도기준에 맞지 아니하는 경우에는 방사성폐기물을 반송하거나 그 인도 기준에 맞도록 재분류 및 포장 등의 필요한 조치를 할 수 있으며, 이 경우 방사성폐기물의 반송이나 재분류 및 포장 등에 필요한 비용은 방사성폐기물 발생자가 부담하여야 한다.

이처럼 원고는 방사성폐기물 발생자 겸 FFF발전사업자로서 공단이 지정하는 방사성폐기물 관리시설(○○ 방사성폐기물 처리장)까지 방사성폐기물을 인도하여야 하고, 방사성폐기물 관리비용(다만, 사용후핵연료관리부담금에 상당하는 금액은 제외한

다)뿐만 아니라 그 반송이나 재분류 및 포장 등에 필요한 비용을 부담하여야 한다.

따라서 원고는 AAAFFF발전소 내 임시 저장고에서 공단의 방사성폐기물 관리시설까지 방사성폐기물의 운송에 대한 권리와 의무를 가진다. 또 원고가 방사성폐기물의 관리ㆍ반송이나 재분류 및 포장 등을 하기 위해서는 중ㆍ저준위 방사성폐기물을 해상 수송하기 위해 건설된 신규 항만시설을 반드시 사용할 수밖에 없다.

나) CCC은 이 사건 매립지에 대한 공유수면 매립공사를 설계하면서 다음과 같은 내용으로 기존 항만시설의 입지 적정성 등을 검토하였다.

"기존 물양장이 항 입구로부터 안쪽에 위치하고 있어 항내 정온도가 비교적 양호한 편이므로 물양장의 길이를 일부 증축하여 선석길이를 만족할 수 있다."

이처럼 신규 항만시설은 기존 항만시설의 입지 및 환경조건을 그대로 유지하면서 그 규모를 일부 증설한 것일 뿐만 아니라 그 면적이 7,585㎡로 기존 항만시설의 전체 면적(52,344㎡)의 약 14.5% 수준에 불과하다.

따라서 원고가 기존 항만시설과 신규 항만시설을 전체로 이용하여야 사업목적을 원활하게 달성할 수 있는 것이지 특정 부분만을 별도로 분리하여 사용할 수가 없

다.

다) 국토지리정보원이 2013년 촬영한 항공사진 영상에 의하면, 원고가 운항하는

선박(소형보트, 바지선 등)이 신규 물양장에 정박해있는 모습을 볼 수 있다.

그리고 원고의 AAAFFF발전소 본부는 국가보안시설로서 전면 해상에 해상경계구역을 설정하였고, 그로 인해 경계구역 내에 출입하는 모든 선박은 해상출입신청을 통해 출입할 수 있다. 2010. 12. 1.부터 2014. 8. 21.까지 신규 항만시설에 대한 총 000건의 해상출입신청 중 방사성폐기물 운송 관련 신청은 단 한 건에 불과하고, 나머지는 모두 FFF발전소 건설 및 운영 등과 같이 원고의 고유 업무와 직접 관련된 신청이다.

게다가 원고가 제출한 'AAA본부 중량물 운송경로 및 방폐물 전용운반선 운송경로'(갑 제8호증)에 의하더라도, 공단이 운항하는 방사성폐기물 전용운반선인 GGG호의 운송 경로와 원고가 건설기자재 등을 운반하기 위하여 운항하는 바지선의 운송경로는 모두 신규 북방파제 안쪽으로 진입하여 신규 물양장을 따라 기존 물양장 또는 신규 물양장에 접안하게 되므로 별다른 차이가 없고, 각자의 사용 부분이 뚜렷하게 구분되지도 아니한다.

라) 원고는 공단이 운항하는 대형 선박은 '│' 형상의 신규 물양장이 필요한 반면에, 원고가 운항하는 바지선은 '┌' 형상의 기존 물양장이 필요하다는 취지로 주장한다.

그러나 위에서 본 것처럼 2013년 촬영된 항공사진 영상에는 원고의 선박이 신규 물양장에 정박해있는 모습이 나타나 있다. 그뿐만 아니라 원고가 운항하는 선박이 2대 이상 동시에 접안해야 할 경우에는 선석길이 등을 감안할 때 기존 물양장만으로는 그 선박들을 모두 수용하기에 부족할 것이 분명하다.

따라서 원고의 위 주장은 이를 받아들이기가 어렵다.

2) 원고는 공단이 설립된 이후에도 이 사건 매립지 및 신규 항만시설 공사의 사업시행자를 공단으로 변경하지 아니한 채 자기 이름으로 위 공사를 완료하였고, 공단이 설립되기 전까지는 FFF발전소 건설 및 운영 업무 외에도 방사성폐기물의 관리 업무까지 함께 수행하고 있었다.

따라서 만약 공단이 별도로 설립되지 아니하였다면 원고는 방사성폐기물 관리를 하기 위하여 어떠한 방법으로든지 이 사건 매립지 및 신규 항만시설에 대한 사용권원을 확보하였을 것이 분명하다.

그런데 원고와 공단이 2008. 12.경 체결한 방사성폐기물관리사업 양도ㆍ양수 협약에 의하면, 원고가 공단에 방사성폐기물 관리사업 및 이와 관련한 자산과 인력을 포괄적으로 양도하고, 공단이 방사성폐기물의 운반을 수행하기로 약정하면서도 공단에 이 사건 매립지 및 신규 항만시설에 대한 사용권을 양도하지 아니하였다.

오히려 위 협약 제10조에 의하면, 원고는 공단이 방사성폐기물 운반을 위하여 물양장을 사용하는 데에 협조할 의무를 부담한다. 이는 원고가 신규 물양장에 대한 사용권원을 여전히 그대로 가지고 있음을 전제로 하는 것이다.

그리고 공단도 피고의 질의에 대하여 "신규 항만시설 공사는 방사성폐기물 관리사업 양도ㆍ양수에 따른 공단과 원고 사이의 채권채무관계 확정 시 공단으로 이관된 사업이 아니라 원고에게 귀속된 사업이다. 2010년 AAAFFF발전소의 중ㆍ저준위 방사성폐기물을 인수할 당시 AAAFFF발전소 본부 전면 해상의 물양장은 원고 소유로 사유부두이며, 공단은 신규 물양장을 관리하고 있지 않다."는 내용으로 답변하였다.

3) 만약 원고의 주장대로라면, 원고는 이 사건 매립지 및 신규 항만시설에 대한 어떠한 사용권원도 확보하지 아니한 채 아무런 대책도 없이 그 설치공사만을 완료한 후 공단에 방사성폐기물 관리사업 및 이와 관련한 자산과 인력을 양도함으로써 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 무단으로 점유ㆍ사용하도록 만들었다는 부당한 결론에

이르게 된다.

더군다나 원고는 이 사건 매립지 및 신규 항만시설에 대한 아무런 사용권원도 없이 공단이 방사성폐기물을 운반하기 위하여 이를 사용하는 데에 협조하겠다고 양도ㆍ양수협약(제10조)까지 하였다는 것이 되므로, 이를 선뜻 수긍하기가 어렵다.

결국 원고는 이 사건 매립지 및 신규 항만시설에 대한 사용권을 취득한 후 공단에 이를 양도하지 아니한 채 그대로 보유하고 있다고 볼 수밖에 없다.

4) 한편 국유재산법 제7조 제1항, 제8조 제1항, 제30조 제1항, 제72조 제1항, 제82조에 의하면, ① 누구든지 국유재산법 또는 다른 법률에서 정하는 절차와 방법에 따르지 아니하고는 행정재산을 사용하거나 수익하지 못하고, ② 총괄청인기획재정부장관은 행정재산을 관리ㆍ처분하며, ③ 중앙관서의 장은 그 용도나 목적에 장애가 되지 아니하거나(공용ㆍ공공용ㆍ기업용 재산) 보존목적의 수행에 필요한 범위(보존용 재산)에서만 행정재산의 사용허가를 할 수 있고, ④ 중앙관서의 장등은 무단점유자에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 재산에 대한 사용료나 대부료의 100분의 120에 상당하는 변상금을 징수하며, ⑤ 국유재산 관계 법령에서 정하는 절차와 방법을 따르지 아니하고 행정재산을 사용하거나 수익한 자는 2년 이하의 징역 또는 1천만 원 이하의 벌금에 처한다.

그런데 이 사건 매립지와 신규 항만시설은 국유재산 중 행정재산(공공용 재산)에 해당한다. 원고는 현재까지 국가에 위 행정재산에 대하여 사용허가를 신청하거나 사용료를 납부한 적도 없다.

그럼에도 국가 또는 총괄청이 현재까지 원고에게 이 사건 매립지와 신규 항만시설을 무단으로 점유ㆍ사용한다는 이유로 변상금을 부과ㆍ징수하거나 다른 행정적ㆍ형사적 제재를 가한 사실이 없다.

따라서 국가는 사실상 원고에게 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 무상으로 사용할 수 있도록 묵시적으로 승인하고 있는 것으로 보인다.

5) 원고는 2011 사업연도 회계처리 당시 이 사건 매립지 및 신규 항만시설의 공사비를 법정기부금 등으로 당해 연도의 손금에 산입하지 아니하였다. 오히려 원고는 이를 '건설 중인 자산' 계정에서 '무형자산' 계정으로 전기ㆍ계상함으로써 여전히 원고의 자산으로 인식하였다.

이는 원고가 이 사건 매립지 및 신규 항만시설에 대하여 무상으로 사용할 수 있는 권리(무형자산)를 가지고 있다는 전제에서 회계처리를 하였기 때문으로 보인다.

6) 원고는 자신이 운영하는 AAAFFF발전소의 발전시설[이동형 발전차 보관차고, 제1발전소 자재창고(비, 씨)]에 대하여 그 명의로 소유권보존등기를 하였다.

그런데 그 발전시설의 부동산등기부등본 표제부의 '소재지번 및 건물번호'란에는 이 사건 매립지의 지번(BBB리 1-21, 1-22, 1-23)이 포함되어 있다.

이처럼 원고는 이 사건 매립지를 사용할 수 있는 권리를 당연히 가지고 있다는 전제에서 이 사건 매립지를 자신이 운영하는 AAAFFF발전소의 시설부지로 등기한 것으로 보인다.

7) 경상북도지사는 이 사건 매립지에 대한 준공검사 당시 원고에게 그 승인조건으로 ① 준공승인일부터 10년 이내에는 매립목적을 변경하여 사용할 수 없도록 제한하고, ② 준공승인일부터 5년간 이 사건 매립지에 대하여 하자보수 담보책임을 져야 하며, ③ 자연재해 등으로 피해 발생 시 원고가 비용을 부담하여 책임지고 복구하여야 하는 등 공공용의 시설을 유지ㆍ관리할 의무를 부과하였다.

그런데 경상북도지사는 행정재산인 이 사건 매립지 및 신규 항만시설에 대하여 사용허가를 할 수 있는 법적 권한은 없으므로,7) 원고가 위 승인조건에 의하여 곧바로 이 사건 매립지를 사용할 수 있는 권리를 취득하는 것은 아니다.

그러나 경상북도지사가 원고에게 위와 같은 내용으로 준공검사 승인조건을 부가한 것은 원고가 이미 이 사건 매립지를 사용할 수 있는 권리를 가지고 있음을 당연한 전제로 하였기 때문으로 보인다.

8) 게다가 경상북도지사가 원고에게 준공검사 승인조건으로 신규 항만시설을 유지ㆍ관리할 의무를 부과하였음에도, 이에 대하여 원고는 어떠한 이의도 제기한 사실이

없다.

만약 원고가 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 사용할 수 있는 권리를 가지고 있지 않다면, 아무런 사용권원도 없는 공공용의 시설에 대하여 이를 유지ㆍ관리할 의무만 부담한다는 것이 되어 매우 부당하다. 그럼에도 원고가 즉시 경상북도지사에게 아무런 이의를 제기하지 아니한 것은 이를 선뜻 수긍하기가 어렵다.

9) 전원개발촉진법 제2조 제1호, 제2호, 제4호에 의하면, ① "전원설비"란 발전ㆍ송전 및 변전을 위한 전기사업용 전기설비와 그 부대시설을 말하고, ② 전원개발사업"이란 전원설비를 설치ㆍ개량하는 사업과 설치 중이거나 설치된 전원설비의 토지등을 취득하거나 사용권원을 확보하는 사업을 말하며, ③ "토지등"이란 토지ㆍ건물 또는 토지에 정착한 물건과 이에 관한 소유권 외의 권리, 광업권, 어업권 및 물 사용에 관한 권리를 말한다.

이에 따라 전원개발사업자는 전원설비를 설치ㆍ개량하는 사업뿐만 아니라 전원설비의 토지등을 취득하거나 이에 대한 사용권원을 확보하는 사업까지도 수행한다. 그리고 전원개발사업자가 그 토지등에서 전원개발사업에 필요한 행위를 해야만 할 경우에는 필연적으로 그 토지등을 취득하거나 사용권원을 확보하여야 하는 것은 너무나 당연하다.

그런데 산업통상자원부장관의 전원개발사업 변경 실시계획은 이 사건 매립지 및 신규 항만시설의 증설을 포함하는 내용으로 되어 있고, 이 사건 매립지 및 그 위에 정착한 물건인 신규 항만시설은 전원개발촉진법에서 정한 "토지등"에 해당한다.

따라서 원고는 산업통상자원부장관의 전원개발사업 변경 실시계획에 따라 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 취득하거나 그 사용권원을 확보하는 사업까지 수행하였을 것임이 분명하다.

10) 이 사건 매립지 및 신규 항만시설은 방사성폐기물의 안전한 해상 수송을 위하여 ○○ 전원단지 내의 기존 항만시설의 일부를 제거하고 증설한 것으로서 원고의 고유목적 사업에 사용될 시설물이고, 미래에도 FFF발전사업이 존재하는 한 계속적으로 사용해야 하는 영구적인 것이다.

그리고 위에서 살펴본 것처럼 원고가 국내에서는 독점적ㆍ배타적으로 FFF발전소 건설 및 유지 보수 등의 사업을 영위하면서 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 여전히 사용하고 있음은 분명하다.

만약 원고가 처음부터 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 사용하지 아니할 예정이었다면 총공사비 300여억 원을 투입하면서까지 이를 증설할 아무런 합리적인 이유가 없다. 원고가 위와 같은 필요에서 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 증설하였지만, 관계 법령에서 정한 바에 따라 그 소유권이 국가에 귀속된 것이고 그 반대급부로 원고는 이를 무상으로 사용할 수 있는 권리를 취득한 것이다.

따라서 이 사건 매립지 및 신규 항만시설에 대한 용역의 공급과 이에 대한 무상사용권의 취득 사이에는 경제적, 실질적 대가관계가 있다고 인정된다.

11) 이 사건에서 원고가 공유수면법이나 전원개발촉진법 등 관계 법령 또는 행정재산의 사용허가에 의하여 국가로부터 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 무상으로 사용할 수 있는 권리를 취득하였다고 단정하기 어려운 것은 사실이다.

그러나 위에서 살펴본 것처럼 원고가 국가에 이 사건 매립지 및 신규 항만시설의 공사 용역을 제공한 데에 대한 경제적, 실질적인 대가로 이를 무상으로 사용할 수 있는 권리를 취득하였고, 국가도 원고가 이를 무상으로 사용하고 있는 것을 묵시적으로 승인하고 있다고 할 것이다.

따라서 피고가 원고의 위 용역 공급을 부가가치세의 과세대상으로 본 것은 적법하다.

바. 원고의 예비적 주장(부가가치세의 납세의무자와 과세표준)에 대하여

1) 원고가 아니라 공단이 부가가치세의 납세의무자인지 여부

방사성폐기물법 부칙(법률 제9016호, 2008. 3. 28.) 제4조 제1항에 의하면, ① 이 법 시행 당시 FFF발전사업자가 그 이사회에서 공단에 양도하거나 인계하기로 의결한 재산과 권리ㆍ의무는 공단의 설립과 동시에 공단이 이를 승계하되, ② 다만, 조건부로 양도하거나 인계하는 경우로서 공단의 설립등기일 이후에 조건이 충족되는 경우에는 그 조건이 충족되는 날에 승계한다.

그런데 원고와 공단이 체결한 양도ㆍ양수 협약에 의하면, ① 원고는 공단에 방사성폐기물 관리사업 및 이와 관련한 자산과 인력을 포괄적으로 양도하면서도 이 사건 매립지 및 신규 항만시설에 대한 사용권을 양도하지 아니하였고, ② 오히려 원고는 자기 책임으로 공단이 방사성폐기물 운반을 위하여 기존 및 신규 물양장을 사용하는 데에 협조하기로 하였다.

따라서 원고는 공단에 이 사건 매립지 및 신규 항만시설에 대한 일체의 권리나 의무를 양도하지 않은 것이고, 그 밖에 원고가 그 이사회에서 위와 같은 내용을 의결하였다고 인정할 만한 증거도 없다.

결국 원고는 국가에 이 사건 매립지 및 신규 항만시설에 대한 공사 용역을 공급함으로써 일단 사업자로서 부가가치세의 납세의무자에 해당하게 되었고, 이후 원고의 이사회에서 공단에 이 사건 매립지 및 신규 항만시설에 대한 권리나 부가가치세의 납세의무를 양도ㆍ양수하는 내용으로 의결한 사실이 없다.

따라서 공단이 이 사건 매립지 및 신규 항만시설에 대한 부가가치세의 납세의무자에 해당한다고 볼 수는 없으므로, 원고의 위 주장도 이유가 없다.

2) 이 사건 매립지의 조성 공사비가 부가가치세의 과세표준에서 제외되어야 하는

지 여부

위에서 본 것처럼 원고는 총공사비 300여억 원을 투입하여 이 사건 매립지를 조성하고 신규 항만시설을 건설하는 공사를 완료하였고, 그에 따라 이 사건 매립지 및 신규 항만시설은 무상으로 국가에 귀속되었다. 그리고 원고는 그에 대한 경제적, 실질적인 대가로 이 사건 매립지 및 신규 항만시설을 무상으로 사용할 수 있는 권리를 취득하였다.

이처럼 이 사건 매립지 및 신규 항만시설의 전체 공사 용역의 공급과 그에 대한 무상 사용권의 취득과는 서로 경제적, 실질적 대가관계에 있다고 볼 수밖에 없고, 그중 이 사건 매립지의 조성 공사비가 부가가치세의 과세표준에서 제외되어야 할 이유는 없다.

원고는 부가가치세법 제12조 제1항 제19호 및 그 시행령(2011. 5. 30. 대통령령 제22932호로 개정되기 전의 것) 제48조 제6항에 근거하여 위와 같은 주장을 한다.

그러나 위 규정은 사업자가 국가에 무상으로 공급하는 용역에 대하여는 원칙적으로 부가가치세를 면제하되(부가가치세법 제12조 제1항 제19호), 그 용역을 공급한 사업자가 매립지의 전부 또는 일부에 대한 소유권을 취득하게 된 경우에는(공유수면법

제46조 제1항 제3호) 그 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 정하여부가가치세를 산정한다는 의미일 뿐이지, 사업자가 매립지의 전부 또는 일부에 대한 소유권을 취득한 경우에만 부가가치세를 부과할 수 있다는 의미는 아니다.

따라서 원고의 위 주장도 이유가 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 어느 모로 보더라도 이유가 없으므로, 주문과 같이 판결한

다.