1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 종교사업을 목적으로 하는 단체로서 원고 소속 A교회(이하 ‘이 사건 교회’라 한다)의 교육관 및 주차장으로 사용할 목적으로 2007. 5. 23. ① 서울 동대문구 B, C, D 토지 및 그 지상 연면적 1,406.53㎡인 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 매매대금 3,808,000,000원에, ② E 토지 2010. 7. 27. B 토지로 합병됨 및 그 지상 건물 2008. 12. 18. 멸실됨 을 매매대금 517,200,000원에 취득하고, 구 지방세법(2007. 5. 25. 법률 제8491호로 개정되기 전의 것) 제107조, 제127조 제1항에 따라 감면을 신청하여 취득세 및 등록세를 전액 감면받았다.

또한 원고는 2010. 5. 24. 이 사건 건물의 주차장으로 사용하기 위해 증여를 원인으로 서울 동대문구 F, G 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득한 후 마찬가지로 취득세 및 등록세 합계 15,310,990원을 감면받았다.

나. 피고는 원고가 별지 건물사용내역 목록 기재와 같이 이 사건 건물 연면적 1,406.53㎡ 중 일부인 878.63㎡(= 2층 전체 미사용 면적 383.75㎡ 3층 일부 미사용 면적 257.67㎡ 공용부분 중 위 미사용부분에 해당하는 비율에 따른 환산 면적 237.21㎡)를 종교목적에 직접 사용하지 않는 것으로 보아 위 가.

항 기재 부동산의 매매대금 합계액 4,325,200,000원(= 3,808,000,000원 517,200,000원)에 부동산중개수수료 13,000,000원을 합한 4,338,200,000원을 취득가액으로 산정하고, 과세표준액을 2,709,983,190원(≒ 4,338,200,000원 × 878.63/1,406.53, 원 이하 버림)으로 산출하였다.

다. 이에 따라 피고는 원고에게, 2013. 7. 10. ① 등록세(부동산) 수시분 99,733,860원, ② 취득세(부동산) 수시분 92,416,360원, ③ 재산세(토지) 2010년 9월분 7,010,950원, ④ 재산세(토지) 2011년 9월분 7,123,980원, ⑤ 재산세(토지) 2012년 9월분 7,138,090원, ⑥...