1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 원고에게 한,

가. 2013. 7. 10.자 ① 등록세(부동산) 수시분 99...

1. 처분의 경위

가. 원고의 이 사건 건물 및 토지의 취득 원고는 종교사업을 목적으로 하는 단체로서 원고 소속 A교회(이하 ‘이 사건 교회’라 한다)의 교육관 등으로 사용할 목적으로 2007. 5. 23. ① 서울 동대문구 B, C, D 토지 및 그 지상 연면적 1,406.53㎡인 건물(이하 건물의 부지까지 포함하여 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 매매대금 3,808,000,000원에, ② E 토지 2010. 7. 27. B 토지로 합병됨 및 그 지상 건물 2008. 12. 18. 멸실됨 을 매매대금 517,200,000원에 각 취득하고, 구 지방세법(2010. 10. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조, 제127조 제1항에 따라 감면을 신청하여 취득세 및 등록세를 전액 감면받았다.

또한 원고는 2010. 5. 24. 이 사건 건물의 주차장으로 사용하기 위해 증여를 원인으로 서울 동대문구 F, G 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득한 후 마찬가지로 취득세 및 등록세 합계 15,310,990원을 감면받았다

(이하, 이 사건 건물과 이 사건 토지를 통칭하여 ‘이 사건 부동산’이라고 한다). 나.

이 사건 건물에 대한 부과처분 피고는 원고가 이 사건 건물 연면적 1,406.53㎡ 중 878.63㎡(2층 전체 383.75㎡ 3층 중 257.67㎡ 공용부분 중 위 미사용부분에 해당하는 비율에 따른 환산 면적 237.21㎡)를 종교목적에 직접 사용하지 않는 것으로 보아 위 가.

①, ②항 기재 부동산의 매매대금 합계액 4,325,200,000원(3,808,000,000원 517,200,000원)에 부동산중개수수료 13,000,000원을 합한 4,338,200,000원(4,325,200,000원 13,000,000원)을 취득가액으로 산정하고, 과세표준을 2,709,983,190원[4,338,200,000원 × (878.63/1,406.53), 원 이하 버림]으로 산출하여, 원고에게 아래와 같은 각 부과처분을 하였다.

(1) 2013. 7. 10. 이 사건 건물에 관하여 ① 등록세(부동산) 수시분 99,733...